Protein–RNA interactions for Protein: Q8N205

SYNE4, Nesprin-4, humanhuman

Predictions only

Length 404 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SYNE4Q8N205 FBLL1-201ENST00000338333 1519 ntAPPRIS P1 BASIC43.52■■■■■ 4.56
SYNE4Q8N205 SSSCA1-205ENST00000527920 806 ntTSL 3 BASIC42.54■■■■■ 4.4
SYNE4Q8N205 PPP1CA-203ENST00000376745 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.28■■■■■ 4.36
SYNE4Q8N205 AES-202ENST00000327141 1608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.06■■■■■ 4.32
SYNE4Q8N205 TCF15-201ENST00000246080 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42■■■■■ 4.31
SYNE4Q8N205 CSNK1E-204ENST00000403904 1580 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC41.97■■■■■ 4.31
SYNE4Q8N205 HRAS-203ENST00000397596 1100 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC41.92■■■■■ 4.3
SYNE4Q8N205 AL356512.1-201ENST00000607453 1739 ntBASIC41.78■■■■■ 4.28
SYNE4Q8N205 ANKRD60-201ENST00000457363 1038 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC40.85■■■■■ 4.13
SYNE4Q8N205 OLFM1-208ENST00000392991 1057 ntTSL 2 BASIC40.72■■■■■ 4.11
SYNE4Q8N205 PHF10-201ENST00000339209 1719 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC40.71■■■■■ 4.11
SYNE4Q8N205 TAF5L-202ENST00000366674 492 ntTSL 3 BASIC40.6■■■■■ 4.09
SYNE4Q8N205 PPP2CB-204ENST00000518564 691 ntTSL 3 BASIC40.55■■■■■ 4.08
SYNE4Q8N205 ZFYVE21-201ENST00000216602 1521 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC40.51■■■■■ 4.08
SYNE4Q8N205 CACNG8-202ENST00000638874 1278 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC40.44■■■■■ 4.06
SYNE4Q8N205 HES6-203ENST00000409160 1600 ntTSL 2 BASIC40.43■■■■■ 4.06
SYNE4Q8N205 MPND-201ENST00000262966 1567 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC40.33■■■■■ 4.05
SYNE4Q8N205 CDV3-203ENST00000431519 955 ntTSL 1 (best) BASIC40.33■■■■■ 4.05
SYNE4Q8N205 PRR5-217ENST00000617066 1726 ntTSL 5 BASIC40.27■■■■■ 4.04
SYNE4Q8N205 PTF1A-201ENST00000376504 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.96■■■■□ 3.99
SYNE4Q8N205 PRR5-216ENST00000611394 1843 ntTSL 2 BASIC39.94■■■■□ 3.98
SYNE4Q8N205 GALR3-201ENST00000249041 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.93■■■■□ 3.98
SYNE4Q8N205 GIPC1-205ENST00000586027 1386 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC39.9■■■■□ 3.98
SYNE4Q8N205 ALYREF-202ENST00000505490 1088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.88■■■■□ 3.97
SYNE4Q8N205 CMTM4-202ENST00000394106 1187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.58■■■■□ 3.93
SYNE4Q8N205 CMTM4-204ENST00000563952 1023 ntTSL 1 (best) BASIC39.58■■■■□ 3.93
SYNE4Q8N205 AL357033.3-201ENST00000620143 614 ntTSL 3 BASIC39.42■■■■□ 3.9
SYNE4Q8N205 INO80B-203ENST00000409917 796 ntTSL 2 BASIC39.41■■■■□ 3.9
SYNE4Q8N205 INO80B-201ENST00000233331 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.4■■■■□ 3.9
SYNE4Q8N205 FAM89B-203ENST00000530349 1263 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC39.27■■■■□ 3.88
SYNE4Q8N205 CYBA-201ENST00000261623 797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.17■■■■□ 3.86
SYNE4Q8N205 MAF-203ENST00000569649 1217 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC39.15■■■■□ 3.86
SYNE4Q8N205 SLC25A28-201ENST00000370495 1451 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.13■■■■□ 3.85
SYNE4Q8N205 SEPT3-204ENST00000406029 1866 ntTSL 5 BASIC39.11■■■■□ 3.85
SYNE4Q8N205 NT5DC2-203ENST00000459839 1639 ntTSL 1 (best) BASIC38.86■■■■□ 3.81
SYNE4Q8N205 CSNK1E-206ENST00000413574 1631 ntTSL 5 BASIC38.81■■■■□ 3.8
SYNE4Q8N205 AC015813.7-201ENST00000623294 581 ntBASIC38.76■■■■□ 3.8
SYNE4Q8N205 ZNRF2P1-201ENST00000441407 443 ntBASIC38.75■■■■□ 3.79
SYNE4Q8N205 AC006077.2-201ENST00000623591 457 ntBASIC38.73■■■■□ 3.79
SYNE4Q8N205 NECTIN3-201ENST00000319792 1549 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC38.68■■■■□ 3.78
SYNE4Q8N205 AC008738.5-201ENST00000587312 482 ntTSL 3 BASIC38.65■■■■□ 3.78
SYNE4Q8N205 UBE2M-201ENST00000253023 1508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.55■■■■□ 3.76
SYNE4Q8N205 SATB1-AS1-216ENST00000598149 1119 ntTSL 2 BASIC38.47■■■■□ 3.75
SYNE4Q8N205 ARTN-201ENST00000372354 1003 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC38.46■■■■□ 3.75
SYNE4Q8N205 C11orf68-202ENST00000449692 1559 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC38.44■■■■□ 3.74
SYNE4Q8N205 CAPNS1-206ENST00000588815 1471 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC38.35■■■■□ 3.73
SYNE4Q8N205 PRELID2-202ENST00000394450 1102 ntTSL 1 (best) BASIC38.28■■■■□ 3.72
SYNE4Q8N205 NKAIN4-203ENST00000370316 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.23■■■■□ 3.71
SYNE4Q8N205 FAM89B-202ENST00000449319 1337 ntTSL 1 (best) BASIC38.2■■■■□ 3.71
SYNE4Q8N205 HAGHL-201ENST00000341413 1701 ntTSL 2 BASIC38.07■■■■□ 3.69
SYNE4Q8N205 METRNL-201ENST00000320095 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.93■■■■□ 3.66
SYNE4Q8N205 FAM149A-215ENST00000514153 2070 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC37.9■■■■□ 3.66
SYNE4Q8N205 CYHR1-209ENST00000530374 1870 ntTSL 3 BASIC37.9■■■■□ 3.66
SYNE4Q8N205 FAM149A-205ENST00000502970 1990 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC37.81■■■■□ 3.64
SYNE4Q8N205 AP002365.1-201ENST00000603448 772 ntBASIC37.78■■■■□ 3.64
SYNE4Q8N205 NT5M-207ENST00000616989 1635 ntTSL 1 (best) BASIC37.72■■■■□ 3.63
SYNE4Q8N205 CCM2-219ENST00000544363 1620 ntTSL 3 BASIC37.64■■■■□ 3.62
SYNE4Q8N205 AC079848.1-201ENST00000511301 327 ntTSL 3 BASIC37.63■■■■□ 3.61
SYNE4Q8N205 RAN-202ENST00000392369 1530 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.59■■■■□ 3.61
SYNE4Q8N205 FGF2-203ENST00000614010 867 ntTSL 1 (best) BASIC37.58■■■■□ 3.61
SYNE4Q8N205 HMGB1-205ENST00000399494 1282 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC37.57■■■■□ 3.6
SYNE4Q8N205 PWWP2B-202ENST00000631148 2013 ntTSL 5 BASIC37.56■■■■□ 3.6
SYNE4Q8N205 FAM58A-202ENST00000440428 1164 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC37.54■■■■□ 3.6
SYNE4Q8N205 NT5DC2-202ENST00000422318 1795 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC37.54■■■■□ 3.6
SYNE4Q8N205 CLEC3B-201ENST00000296130 936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.53■■■■□ 3.6
SYNE4Q8N205 H2AFV-202ENST00000308153 752 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC37.51■■■■□ 3.6
SYNE4Q8N205 MBD2-202ENST00000398398 1237 ntTSL 2 BASIC37.51■■■■□ 3.6
SYNE4Q8N205 MBD2-205ENST00000583046 1182 ntTSL 1 (best) BASIC37.51■■■■□ 3.6
SYNE4Q8N205 MPND-207ENST00000599840 1611 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC37.49■■■■□ 3.59
SYNE4Q8N205 HOXB3-208ENST00000476342 1420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.46■■■■□ 3.59
SYNE4Q8N205 AC005524.1-203ENST00000586528 451 ntTSL 3 BASIC37.45■■■■□ 3.59
SYNE4Q8N205 ZNF358-202ENST00000597229 1954 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC37.44■■■■□ 3.58
SYNE4Q8N205 LIMCH1-211ENST00000509638 1570 ntTSL 1 (best) BASIC37.43■■■■□ 3.58
SYNE4Q8N205 PQLC1-211ENST00000590381 1247 ntTSL 2 BASIC37.42■■■■□ 3.58
SYNE4Q8N205 AL136373.1-201ENST00000634804 1449 ntAPPRIS P1 BASIC37.41■■■■□ 3.58
SYNE4Q8N205 CHCHD4-202ENST00000396914 1405 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.36■■■■□ 3.57
SYNE4Q8N205 ARTN-211ENST00000498139 1303 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC37.35■■■■□ 3.57
SYNE4Q8N205 SYNGR1-202ENST00000318801 1361 ntTSL 1 (best) BASIC37.33■■■■□ 3.57
SYNE4Q8N205 LINC01578-201ENST00000553829 732 ntTSL 2 BASIC37.28■■■■□ 3.56
SYNE4Q8N205 AL355297.4-201ENST00000603191 1249 ntTSL 3 BASIC37.27■■■■□ 3.56
SYNE4Q8N205 NRGN-201ENST00000284292 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.26■■■■□ 3.56
SYNE4Q8N205 ECHS1-201ENST00000368547 1617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.21■■■■□ 3.55
SYNE4Q8N205 AGTRAP-204ENST00000376637 1067 ntTSL 2 BASIC37.14■■■■□ 3.54
SYNE4Q8N205 NKX1-1-201ENST00000422806 1236 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC37.11■■■■□ 3.53
SYNE4Q8N205 DYNLL1-207ENST00000549989 719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.11■■■■□ 3.53
SYNE4Q8N205 DYNLL1-208ENST00000550178 581 ntBASIC37.11■■■■□ 3.53
SYNE4Q8N205 MAP6D1-202ENST00000431348 890 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC37.1■■■■□ 3.53
SYNE4Q8N205 CBX4-202ENST00000448310 718 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC37.09■■■■□ 3.53
SYNE4Q8N205 AP001107.7-201ENST00000533287 272 ntTSL 2 BASIC37.04■■■■□ 3.52
SYNE4Q8N205 LINC01578-203ENST00000554669 578 ntTSL 5 BASIC37.04■■■■□ 3.52
SYNE4Q8N205 ANKRD65-203ENST00000454272 1506 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC37.01■■■■□ 3.52
SYNE4Q8N205 GSTZ1-201ENST00000216465 1338 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC36.98■■■■□ 3.51
SYNE4Q8N205 MSANTD3-203ENST00000395067 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.98■■■■□ 3.51
SYNE4Q8N205 HRH3-201ENST00000317393 1419 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC36.95■■■■□ 3.51
SYNE4Q8N205 SAP30-201ENST00000296504 1108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.88■■■■□ 3.49
SYNE4Q8N205 AC116565.1-201ENST00000610212 2421 ntAPPRIS P1 BASIC36.87■■■■□ 3.49
SYNE4Q8N205 TRIP10-202ENST00000313285 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.86■■■■□ 3.49
SYNE4Q8N205 DRD4-201ENST00000176183 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.84■■■■□ 3.49
SYNE4Q8N205 AL031258.1-201ENST00000623562 325 ntBASIC36.84■■■■□ 3.49
SYNE4Q8N205 C11orf68-201ENST00000438576 1619 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC36.83■■■■□ 3.49
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 9.1 ms