Protein–RNA interactions for Protein: P39060

COL18A1, Collagen alpha-1(XVIII) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,754 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL18A1P39060 AL662864.1-201ENST00000454388 1167 ntTSL 3 BASIC36.99■■■■□ 3.51
COL18A1P39060 MBP-237ENST00000579129 1052 ntTSL 5 BASIC36.99■■■■□ 3.51
COL18A1P39060 PDCD2-209ENST00000542896 1082 ntTSL 2 BASIC36.99■■■■□ 3.51
COL18A1P39060 MPST-201ENST00000341116 1504 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC36.98■■■■□ 3.51
COL18A1P39060 DBP-205ENST00000601104 1489 ntTSL 1 (best) BASIC36.98■■■■□ 3.51
COL18A1P39060 MTMR1-214ENST00000542156 1227 ntTSL 1 (best) BASIC36.97■■■■□ 3.51
COL18A1P39060 CDKN2A-201ENST00000304494 1218 ntTSL 1 (best) BASIC36.96■■■■□ 3.51
COL18A1P39060 CSNK1E-205ENST00000405675 2127 ntTSL 5 BASIC36.95■■■■□ 3.51
COL18A1P39060 CCM2-218ENST00000541586 1719 ntTSL 3 BASIC36.95■■■■□ 3.51
COL18A1P39060 ACOT7-209ENST00000545482 1804 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC36.93■■■■□ 3.5
COL18A1P39060 BOD1-201ENST00000285908 1286 ntTSL 1 (best) BASIC36.93■■■■□ 3.5
COL18A1P39060 LSM14B-204ENST00000370915 1079 ntTSL 1 (best) BASIC36.93■■■■□ 3.5
COL18A1P39060 NMB-202ENST00000394588 1017 ntTSL 1 (best) BASIC36.93■■■■□ 3.5
COL18A1P39060 BOD1-206ENST00000480951 814 ntTSL 2 BASIC36.93■■■■□ 3.5
COL18A1P39060 HDAC11-206ENST00000405025 576 ntTSL 4 BASIC36.91■■■■□ 3.5
COL18A1P39060 B4GALT2-203ENST00000372324 2203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.91■■■■□ 3.5
COL18A1P39060 HGH1-207ENST00000628266 258 ntTSL 5 BASIC36.89■■■■□ 3.5
COL18A1P39060 AC096888.1-201ENST00000487097 565 ntTSL 4 BASIC36.88■■■■□ 3.49
COL18A1P39060 RPS2-209ENST00000529806 993 ntTSL 3 BASIC36.88■■■■□ 3.49
COL18A1P39060 CAPNS1-211ENST00000590874 926 ntTSL 5 BASIC36.86■■■■□ 3.49
COL18A1P39060 CACNG6-201ENST00000252729 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.85■■■■□ 3.49
COL18A1P39060 TRAPPC10-202ENST00000380221 1763 ntTSL 1 (best) BASIC36.85■■■■□ 3.49
COL18A1P39060 ACOT12-204ENST00000513751 612 ntTSL 1 (best) BASIC36.84■■■■□ 3.49
COL18A1P39060 TGIF1-202ENST00000343820 2076 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.84■■■■□ 3.49
COL18A1P39060 PPP1R14B-201ENST00000309318 982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.83■■■■□ 3.49
COL18A1P39060 ZNRF2P2-203ENST00000454624 420 ntBASIC36.83■■■■□ 3.49
COL18A1P39060 NAA50-207ENST00000493900 962 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC36.83■■■■□ 3.49
COL18A1P39060 VEGFA-207ENST00000413642 1197 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC36.82■■■■□ 3.48
COL18A1P39060 HS3ST6-201ENST00000454677 1273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.78■■■■□ 3.48
COL18A1P39060 SLC35D2-202ENST00000375257 889 ntTSL 2 BASIC36.78■■■■□ 3.48
COL18A1P39060 ATRAID-201ENST00000380171 1240 ntTSL 1 (best) BASIC36.78■■■■□ 3.48
COL18A1P39060 WNT5A-AS1-201ENST00000469484 500 ntTSL 3 BASIC36.77■■■■□ 3.48
COL18A1P39060 GTF3C4-202ENST00000483873 1417 ntTSL 3 BASIC36.77■■■■□ 3.48
COL18A1P39060 MAD2L2-205ENST00000376669 864 ntTSL 3 BASIC36.76■■■■□ 3.48
COL18A1P39060 U2AF2-206ENST00000590551 1104 ntTSL 3 BASIC36.76■■■■□ 3.48
COL18A1P39060 TCEA2-202ENST00000343484 1235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.76■■■■□ 3.47
COL18A1P39060 RPS2-202ENST00000526522 924 ntTSL 2 BASIC36.75■■■■□ 3.47
COL18A1P39060 GSTP1-202ENST00000398606 965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.73■■■■□ 3.47
COL18A1P39060 AC013394.1-201ENST00000629685 808 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC36.73■■■■□ 3.47
COL18A1P39060 CHMP4B-201ENST00000217402 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.71■■■■□ 3.47
COL18A1P39060 TERF2-207ENST00000567296 1129 ntTSL 1 (best) BASIC36.71■■■■□ 3.47
COL18A1P39060 SMARCD3-201ENST00000262188 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.7■■■■□ 3.47
COL18A1P39060 PSMG4-202ENST00000380305 489 ntTSL 5 BASIC36.68■■■■□ 3.46
COL18A1P39060 JUND-201ENST00000252818 1863 ntAPPRIS P1 BASIC36.68■■■■□ 3.46
COL18A1P39060 KIAA2013-203ENST00000616327 2170 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC36.67■■■■□ 3.46
COL18A1P39060 MAPK3-201ENST00000263025 1861 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC36.67■■■■□ 3.46
COL18A1P39060 MFAP2-202ENST00000375535 1260 ntTSL 1 (best) BASIC36.66■■■■□ 3.46
COL18A1P39060 DUSP14-206ENST00000617516 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.66■■■■□ 3.46
COL18A1P39060 HDAC3-201ENST00000305264 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.65■■■■□ 3.46
COL18A1P39060 REPIN1-204ENST00000466559 1022 ntTSL 1 (best) BASIC36.63■■■■□ 3.45
COL18A1P39060 AC187653.1-201ENST00000506382 702 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC36.61■■■■□ 3.45
COL18A1P39060 AL451007.3-201ENST00000640271 588 ntAPPRIS P1 BASIC36.61■■■■□ 3.45
COL18A1P39060 VAX2-201ENST00000234392 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.61■■■■□ 3.45
COL18A1P39060 GSC-201ENST00000238558 1264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.58■■■■□ 3.45
COL18A1P39060 FEZF2-201ENST00000283268 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.58■■■■□ 3.45
COL18A1P39060 MNX1-207ENST00000543409 1620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC36.57■■■■□ 3.45
COL18A1P39060 AC116407.1-201ENST00000398832 1599 ntTSL 2 BASIC36.57■■■■□ 3.44
COL18A1P39060 CRIP1-201ENST00000330233 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.56■■■■□ 3.44
COL18A1P39060 RPS2-201ENST00000343262 985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.55■■■■□ 3.44
COL18A1P39060 RCE1-201ENST00000309657 1485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.55■■■■□ 3.44
COL18A1P39060 CCDC149-203ENST00000502801 1079 ntTSL 1 (best) BASIC36.54■■■■□ 3.44
COL18A1P39060 INO80B-WBP1-202ENST00000452361 2040 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC36.52■■■■□ 3.44
COL18A1P39060 DUX4L29-201ENST00000425409 679 ntBASIC36.51■■■■□ 3.44
COL18A1P39060 HSD11B1L-209ENST00000577917 1553 ntTSL 1 (best) BASIC36.51■■■■□ 3.44
COL18A1P39060 TXNL4A-210ENST00000591711 669 ntTSL 2 BASIC36.51■■■■□ 3.44
COL18A1P39060 GRASP-206ENST00000552049 1688 ntTSL 1 (best) BASIC36.51■■■■□ 3.43
COL18A1P39060 IL1R1-201ENST00000409288 1735 ntTSL 5 BASIC36.51■■■■□ 3.43
COL18A1P39060 MIR4449-201ENST00000578365 66 ntBASIC36.5■■■■□ 3.43
COL18A1P39060 MACF1-219ENST00000484793 834 ntTSL 2 BASIC36.48■■■■□ 3.43
COL18A1P39060 LAPTM4B-203ENST00000521545 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.48■■■■□ 3.43
COL18A1P39060 AC021231.2-201ENST00000594613 730 ntBASIC36.47■■■■□ 3.43
COL18A1P39060 KHSRP-213ENST00000619396 2226 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC36.45■■■■□ 3.43
COL18A1P39060 GRPEL2-204ENST00000513661 546 ntTSL 2 BASIC36.45■■■■□ 3.43
COL18A1P39060 RNF150-204ENST00000507500 1530 ntTSL 1 (best) BASIC36.44■■■■□ 3.42
COL18A1P39060 CGREF1-202ENST00000312734 1610 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC36.44■■■■□ 3.42
COL18A1P39060 HINT2-201ENST00000259667 628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.43■■■■□ 3.42
COL18A1P39060 CTDNEP1-210ENST00000574322 1708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.43■■■■□ 3.42
COL18A1P39060 TWIST1-201ENST00000242261 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.43■■■■□ 3.42
COL18A1P39060 DNLZ-201ENST00000371738 724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.43■■■■□ 3.42
COL18A1P39060 CPNE1-203ENST00000397442 1695 ntTSL 5 BASIC36.42■■■■□ 3.42
COL18A1P39060 NREP-216ENST00000508870 540 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC36.42■■■■□ 3.42
COL18A1P39060 RP9P-201ENST00000381639 1303 ntTSL 1 (best) BASIC36.41■■■■□ 3.42
COL18A1P39060 DDN-AS1-203ENST00000552284 934 ntTSL 3 BASIC36.39■■■■□ 3.42
COL18A1P39060 RNF130-201ENST00000261947 1766 ntTSL 1 (best) BASIC36.38■■■■□ 3.41
COL18A1P39060 ACTR3B-202ENST00000377776 1566 ntTSL 1 (best) BASIC36.38■■■■□ 3.41
COL18A1P39060 SLC25A10-203ENST00000545862 1911 ntTSL 1 (best) BASIC36.38■■■■□ 3.41
COL18A1P39060 BMP7-202ENST00000395864 1746 ntTSL 5 BASIC36.37■■■■□ 3.41
COL18A1P39060 AP000547.3-202ENST00000592107 1019 ntTSL 1 (best) BASIC36.37■■■■□ 3.41
COL18A1P39060 DEXI-201ENST00000331808 1561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.36■■■■□ 3.41
COL18A1P39060 KCNK1-202ENST00000366621 2161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.35■■■■□ 3.41
COL18A1P39060 MIR639-201ENST00000384974 98 ntBASIC36.35■■■■□ 3.41
COL18A1P39060 MIR6090-201ENST00000622481 60 ntBASIC36.33■■■■□ 3.41
COL18A1P39060 CGREF1-204ENST00000402550 1575 ntTSL 2 BASIC36.33■■■■□ 3.41
COL18A1P39060 RP9-201ENST00000297157 1121 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC36.32■■■■□ 3.41
COL18A1P39060 POLR1D-201ENST00000302979 1166 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC36.32■■■■□ 3.41
COL18A1P39060 DOCK5-202ENST00000410074 786 ntTSL 2 BASIC36.32■■■■□ 3.41
COL18A1P39060 UBE2L6-201ENST00000287156 1354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.32■■■■□ 3.4
COL18A1P39060 SERINC2-201ENST00000373709 1997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.31■■■■□ 3.4
COL18A1P39060 STUB1-201ENST00000219548 1472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.31■■■■□ 3.4
COL18A1P39060 CR559946.2-201ENST00000623684 991 ntBASIC36.3■■■■□ 3.4
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 13.3 ms