Protein–RNA interactions for Protein: O43542

XRCC3, DNA repair protein XRCC3, humanhuman

Predictions only

Length 346 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
XRCC3O43542 AMN-201ENST00000299155 1907 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
XRCC3O43542 AL161658.1-201ENST00000623641 1967 ntBASIC23.31■■□□□ 1.32
XRCC3O43542 MAPK1-202ENST00000398822 1487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
XRCC3O43542 NEUROG2-201ENST00000313341 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
XRCC3O43542 ZIC2-201ENST00000376335 2983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
XRCC3O43542 WDSUB1-205ENST00000409990 1920 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.29■■□□□ 1.32
XRCC3O43542 SIRT3-201ENST00000382743 2543 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
XRCC3O43542 SECTM1-201ENST00000269389 2235 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
XRCC3O43542 ARPC5L-202ENST00000353214 2507 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.28■■□□□ 1.32
XRCC3O43542 CDV3-203ENST00000431519 955 ntTSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
XRCC3O43542 FTCD-202ENST00000397743 1834 ntTSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
XRCC3O43542 EMC10-202ENST00000376918 2014 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
XRCC3O43542 PQLC1-203ENST00000397778 2555 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
XRCC3O43542 HAGHL-204ENST00000549114 1820 ntTSL 5 BASIC23.26■■□□□ 1.31
XRCC3O43542 FAM89B-202ENST00000449319 1337 ntTSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
XRCC3O43542 AGFG1-205ENST00000409979 2089 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.25■■□□□ 1.31
XRCC3O43542 TSPAN33-201ENST00000486685 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
XRCC3O43542 MBOAT7-203ENST00000391754 1797 ntTSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
XRCC3O43542 ZNF513-201ENST00000323703 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
XRCC3O43542 SH3GL3-202ENST00000427482 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
XRCC3O43542 FEV-201ENST00000295727 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
XRCC3O43542 ITGA9-203ENST00000422441 2282 ntTSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
XRCC3O43542 AGAP1-202ENST00000336665 5427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
XRCC3O43542 PI4KAP1-202ENST00000611748 1906 ntTSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
XRCC3O43542 RTN4R-201ENST00000043402 2157 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
XRCC3O43542 RASSF7-201ENST00000397582 1731 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.2■■□□□ 1.3
XRCC3O43542 SATB1-AS1-216ENST00000598149 1119 ntTSL 2 BASIC23.2■■□□□ 1.3
XRCC3O43542 AGTRAP-204ENST00000376637 1067 ntTSL 2 BASIC23.19■■□□□ 1.3
XRCC3O43542 FAM117A-201ENST00000240364 2365 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
XRCC3O43542 TMEM9-201ENST00000367330 1959 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
XRCC3O43542 COL13A1-203ENST00000398969 2267 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.17■■□□□ 1.3
XRCC3O43542 CCDC88C-205ENST00000553403 1651 ntTSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
XRCC3O43542 CACNG8-202ENST00000638874 1278 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
XRCC3O43542 ST7-AS1-201ENST00000456775 1889 ntBASIC23.17■■□□□ 1.3
XRCC3O43542 ARL8A-201ENST00000272217 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
XRCC3O43542 CERS2-205ENST00000368954 2505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
XRCC3O43542 LDB1-202ENST00000425280 2089 ntTSL 5 BASIC23.16■■□□□ 1.3
XRCC3O43542 MLST8-203ENST00000397124 1691 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.15■■□□□ 1.3
XRCC3O43542 CADPS-215ENST00000490353 2669 ntTSL 5 BASIC23.13■■□□□ 1.29
XRCC3O43542 SP8-201ENST00000361443 1714 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
XRCC3O43542 CTDNEP1-201ENST00000318988 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
XRCC3O43542 MAPK4-202ENST00000540640 1576 ntTSL 2 BASIC23.11■■□□□ 1.29
XRCC3O43542 PURG-201ENST00000339382 2693 ntTSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
XRCC3O43542 FAAH-201ENST00000243167 2094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
XRCC3O43542 HNRNPAB-207ENST00000514633 1571 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.1■■□□□ 1.29
XRCC3O43542 MVK-208ENST00000539696 608 ntTSL 5 BASIC23.09■■□□□ 1.29
XRCC3O43542 PDPK1-203ENST00000389224 2416 ntTSL 2 BASIC23.09■■□□□ 1.29
XRCC3O43542 SIGMAR1-203ENST00000378892 1743 ntTSL 2 BASIC23.08■■□□□ 1.28
XRCC3O43542 GIPC1-201ENST00000345425 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
XRCC3O43542 FBXO2-201ENST00000354287 1560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
XRCC3O43542 ARHGAP22-202ENST00000374170 2107 ntTSL 5 BASIC23.07■■□□□ 1.28
XRCC3O43542 GALK1-205ENST00000588479 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
XRCC3O43542 PLSCR3-202ENST00000535512 2067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
XRCC3O43542 ZNF787-203ENST00000610935 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
XRCC3O43542 HOXB3-210ENST00000489475 1845 ntTSL 2 BASIC23.05■■□□□ 1.28
XRCC3O43542 IL17D-201ENST00000304920 1861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
XRCC3O43542 CHPT1-205ENST00000549872 2001 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.04■■□□□ 1.28
XRCC3O43542 TSPOAP1-AS1-203ENST00000579527 2042 ntTSL 2 BASIC23.04■■□□□ 1.28
XRCC3O43542 RNF130-201ENST00000261947 1766 ntTSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
XRCC3O43542 PIP4K2B-204ENST00000619039 5734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
XRCC3O43542 EFNA3-201ENST00000368408 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
XRCC3O43542 GAL3ST1-205ENST00000406361 1819 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.03■■□□□ 1.28
XRCC3O43542 RAB40C-201ENST00000248139 2699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
XRCC3O43542 MSANTD3-203ENST00000395067 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
XRCC3O43542 SENP3-201ENST00000321337 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
XRCC3O43542 FOXQ1-201ENST00000296839 2309 ntAPPRIS P1 BASIC23■■□□□ 1.27
XRCC3O43542 CNIH2-203ENST00000528852 1524 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
XRCC3O43542 RUNDC3A-206ENST00000590941 1675 ntTSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
XRCC3O43542 FOXE3-201ENST00000335071 1981 ntAPPRIS P1 BASIC23■■□□□ 1.27
XRCC3O43542 COL13A1-213ENST00000520267 2276 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.98■■□□□ 1.27
XRCC3O43542 AP003068.2-202ENST00000526623 1662 ntTSL 2 BASIC22.98■■□□□ 1.27
XRCC3O43542 TESK1-201ENST00000336395 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
XRCC3O43542 CTBP1-201ENST00000290921 2297 ntTSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
XRCC3O43542 PLSCR3-209ENST00000574401 2032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
XRCC3O43542 JMJD8-216ENST00000609261 1901 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
XRCC3O43542 DPF1-202ENST00000412732 2303 ntTSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
XRCC3O43542 GRK2-204ENST00000526285 1458 ntTSL 5 BASIC22.96■■□□□ 1.27
XRCC3O43542 PGM5-201ENST00000396392 1782 ntTSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
XRCC3O43542 SLC52A2-201ENST00000329994 1896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
XRCC3O43542 TCFL5-201ENST00000217162 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
XRCC3O43542 TCFL5-202ENST00000335351 2456 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
XRCC3O43542 BMP7-204ENST00000450594 1857 ntTSL 2 BASIC22.94■■□□□ 1.26
XRCC3O43542 AC008738.5-201ENST00000587312 482 ntTSL 3 BASIC22.94■■□□□ 1.26
XRCC3O43542 TM6SF1-202ENST00000322019 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
XRCC3O43542 ZNF219-201ENST00000360947 3071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
XRCC3O43542 SLC30A10-202ENST00000366926 1915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
XRCC3O43542 PGM5P2-201ENST00000613141 1980 ntTSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
XRCC3O43542 LRRC61-202ENST00000359623 1877 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.93■■□□□ 1.26
XRCC3O43542 CHCHD4-201ENST00000295767 1603 ntTSL 2 BASIC22.93■■□□□ 1.26
XRCC3O43542 ST6GALNAC6-205ENST00000373146 2460 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
XRCC3O43542 SMARCD3-201ENST00000262188 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
XRCC3O43542 AC142086.6-201ENST00000621154 1765 ntBASIC22.92■■□□□ 1.26
XRCC3O43542 C9orf40-201ENST00000376854 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
XRCC3O43542 HOOK2-201ENST00000264827 2603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
XRCC3O43542 GABRA5-203ENST00000400081 2761 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.9■■□□□ 1.26
XRCC3O43542 MSX1-201ENST00000382723 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
XRCC3O43542 PICK1-201ENST00000356976 2055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
XRCC3O43542 RAB26-201ENST00000210187 1675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
XRCC3O43542 COPS6-201ENST00000303904 1432 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
XRCC3O43542 DBP-205ENST00000601104 1489 ntTSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27.8 ms