Protein–RNA interactions for Protein: A0A0B4J238

TRAV1-2, T-cell receptor alpha variable 1-2 (Fragment), humanhuman

Predictions only

Length 106 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRAV1-2A0A0B4J238 AC139426.1-201ENST00000568218 2529 ntBASIC23.77■■□□□ 1.4
TRAV1-2A0A0B4J238 FAM89B-202ENST00000449319 1337 ntTSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
TRAV1-2A0A0B4J238 HAGHL-204ENST00000549114 1820 ntTSL 5 BASIC23.75■■□□□ 1.39
TRAV1-2A0A0B4J238 FTCD-202ENST00000397743 1834 ntTSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
TRAV1-2A0A0B4J238 WDSUB1-205ENST00000409990 1920 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.74■■□□□ 1.39
TRAV1-2A0A0B4J238 TSPAN33-201ENST00000486685 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
TRAV1-2A0A0B4J238 AL161658.1-201ENST00000623641 1967 ntBASIC23.72■■□□□ 1.39
TRAV1-2A0A0B4J238 EMC10-202ENST00000376918 2014 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
TRAV1-2A0A0B4J238 MBOAT7-203ENST00000391754 1797 ntTSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
TRAV1-2A0A0B4J238 SATB1-AS1-216ENST00000598149 1119 ntTSL 2 BASIC23.71■■□□□ 1.39
TRAV1-2A0A0B4J238 SECTM1-201ENST00000269389 2235 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
TRAV1-2A0A0B4J238 AGTRAP-204ENST00000376637 1067 ntTSL 2 BASIC23.7■■□□□ 1.38
TRAV1-2A0A0B4J238 AGFG1-205ENST00000409979 2089 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.7■■□□□ 1.38
TRAV1-2A0A0B4J238 SH3GL3-202ENST00000427482 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
TRAV1-2A0A0B4J238 SIRT3-201ENST00000382743 2543 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
TRAV1-2A0A0B4J238 FEV-201ENST00000295727 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
TRAV1-2A0A0B4J238 RASSF7-201ENST00000397582 1731 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.68■■□□□ 1.38
TRAV1-2A0A0B4J238 CACNG8-202ENST00000638874 1278 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
TRAV1-2A0A0B4J238 NEUROG2-201ENST00000313341 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
TRAV1-2A0A0B4J238 PI4KAP1-202ENST00000611748 1906 ntTSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
TRAV1-2A0A0B4J238 ZNF513-201ENST00000323703 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
TRAV1-2A0A0B4J238 ARPC5L-202ENST00000353214 2507 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.66■■□□□ 1.38
TRAV1-2A0A0B4J238 CCDC88C-205ENST00000553403 1651 ntTSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
TRAV1-2A0A0B4J238 ARL8A-201ENST00000272217 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
TRAV1-2A0A0B4J238 ST7-AS1-201ENST00000456775 1889 ntBASIC23.63■■□□□ 1.37
TRAV1-2A0A0B4J238 PQLC1-203ENST00000397778 2555 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
TRAV1-2A0A0B4J238 ITGA9-203ENST00000422441 2282 ntTSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
TRAV1-2A0A0B4J238 TMEM9-201ENST00000367330 1959 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
TRAV1-2A0A0B4J238 MLST8-203ENST00000397124 1691 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.62■■□□□ 1.37
TRAV1-2A0A0B4J238 RTN4R-201ENST00000043402 2157 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
TRAV1-2A0A0B4J238 LDB1-202ENST00000425280 2089 ntTSL 5 BASIC23.61■■□□□ 1.37
TRAV1-2A0A0B4J238 ZIC2-201ENST00000376335 2983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
TRAV1-2A0A0B4J238 CTDNEP1-201ENST00000318988 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
TRAV1-2A0A0B4J238 MAPK4-202ENST00000540640 1576 ntTSL 2 BASIC23.6■■□□□ 1.37
TRAV1-2A0A0B4J238 MVK-208ENST00000539696 608 ntTSL 5 BASIC23.59■■□□□ 1.37
TRAV1-2A0A0B4J238 FBXO2-201ENST00000354287 1560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
TRAV1-2A0A0B4J238 HNRNPAB-207ENST00000514633 1571 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.58■■□□□ 1.37
TRAV1-2A0A0B4J238 SP8-201ENST00000361443 1714 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
TRAV1-2A0A0B4J238 COL13A1-203ENST00000398969 2267 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.57■■□□□ 1.36
TRAV1-2A0A0B4J238 GIPC1-201ENST00000345425 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
TRAV1-2A0A0B4J238 CERS2-205ENST00000368954 2505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
TRAV1-2A0A0B4J238 FAM117A-201ENST00000240364 2365 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
TRAV1-2A0A0B4J238 GALK1-205ENST00000588479 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
TRAV1-2A0A0B4J238 RNF130-201ENST00000261947 1766 ntTSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
TRAV1-2A0A0B4J238 HOXB3-210ENST00000489475 1845 ntTSL 2 BASIC23.52■■□□□ 1.36
TRAV1-2A0A0B4J238 MSANTD3-203ENST00000395067 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
TRAV1-2A0A0B4J238 SIGMAR1-203ENST00000378892 1743 ntTSL 2 BASIC23.51■■□□□ 1.35
TRAV1-2A0A0B4J238 EFNA3-201ENST00000368408 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
TRAV1-2A0A0B4J238 FAAH-201ENST00000243167 2094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
TRAV1-2A0A0B4J238 PLSCR3-202ENST00000535512 2067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
TRAV1-2A0A0B4J238 IL17D-201ENST00000304920 1861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
TRAV1-2A0A0B4J238 ARHGAP22-202ENST00000374170 2107 ntTSL 5 BASIC23.49■■□□□ 1.35
TRAV1-2A0A0B4J238 CHPT1-205ENST00000549872 2001 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.49■■□□□ 1.35
TRAV1-2A0A0B4J238 GAL3ST1-205ENST00000406361 1819 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.48■■□□□ 1.35
TRAV1-2A0A0B4J238 CNIH2-203ENST00000528852 1524 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
TRAV1-2A0A0B4J238 ZNF787-203ENST00000610935 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
TRAV1-2A0A0B4J238 RUNDC3A-206ENST00000590941 1675 ntTSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
TRAV1-2A0A0B4J238 TSPOAP1-AS1-203ENST00000579527 2042 ntTSL 2 BASIC23.47■■□□□ 1.35
TRAV1-2A0A0B4J238 CADPS-215ENST00000490353 2669 ntTSL 5 BASIC23.46■■□□□ 1.35
TRAV1-2A0A0B4J238 AP003068.2-202ENST00000526623 1662 ntTSL 2 BASIC23.45■■□□□ 1.34
TRAV1-2A0A0B4J238 GRK2-204ENST00000526285 1458 ntTSL 5 BASIC23.45■■□□□ 1.34
TRAV1-2A0A0B4J238 AC008738.5-201ENST00000587312 482 ntTSL 3 BASIC23.45■■□□□ 1.34
TRAV1-2A0A0B4J238 PDPK1-203ENST00000389224 2416 ntTSL 2 BASIC23.45■■□□□ 1.34
TRAV1-2A0A0B4J238 FOXQ1-201ENST00000296839 2309 ntAPPRIS P1 BASIC23.45■■□□□ 1.34
TRAV1-2A0A0B4J238 FOXE3-201ENST00000335071 1981 ntAPPRIS P1 BASIC23.45■■□□□ 1.34
TRAV1-2A0A0B4J238 PLSCR3-209ENST00000574401 2032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
TRAV1-2A0A0B4J238 PURG-201ENST00000339382 2693 ntTSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
TRAV1-2A0A0B4J238 CHCHD4-201ENST00000295767 1603 ntTSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
TRAV1-2A0A0B4J238 SLC52A2-201ENST00000329994 1896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
TRAV1-2A0A0B4J238 TESK1-201ENST00000336395 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
TRAV1-2A0A0B4J238 PGM5-201ENST00000396392 1782 ntTSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
TRAV1-2A0A0B4J238 JMJD8-216ENST00000609261 1901 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
TRAV1-2A0A0B4J238 LRRC61-202ENST00000359623 1877 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.41■■□□□ 1.34
TRAV1-2A0A0B4J238 COPS6-201ENST00000303904 1432 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
TRAV1-2A0A0B4J238 SMARCD3-201ENST00000262188 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
TRAV1-2A0A0B4J238 COL13A1-213ENST00000520267 2276 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.39■■□□□ 1.33
TRAV1-2A0A0B4J238 DBP-205ENST00000601104 1489 ntTSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
TRAV1-2A0A0B4J238 SLC30A10-202ENST00000366926 1915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
TRAV1-2A0A0B4J238 LINC01578-203ENST00000554669 578 ntTSL 5 BASIC23.38■■□□□ 1.33
TRAV1-2A0A0B4J238 DPF1-202ENST00000412732 2303 ntTSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
TRAV1-2A0A0B4J238 PLPP2-203ENST00000434325 1383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
TRAV1-2A0A0B4J238 PGM5P2-201ENST00000613141 1980 ntTSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
TRAV1-2A0A0B4J238 BMP7-204ENST00000450594 1857 ntTSL 2 BASIC23.37■■□□□ 1.33
TRAV1-2A0A0B4J238 RAB26-201ENST00000210187 1675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
TRAV1-2A0A0B4J238 AC142086.6-201ENST00000621154 1765 ntBASIC23.37■■□□□ 1.33
TRAV1-2A0A0B4J238 SYNGR1-202ENST00000318801 1361 ntTSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
TRAV1-2A0A0B4J238 TM6SF1-202ENST00000322019 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
TRAV1-2A0A0B4J238 MSX1-201ENST00000382723 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
TRAV1-2A0A0B4J238 RAB40C-201ENST00000248139 2699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
TRAV1-2A0A0B4J238 CTBP1-201ENST00000290921 2297 ntTSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
TRAV1-2A0A0B4J238 WHRN-203ENST00000374057 1718 ntTSL 2 BASIC23.33■■□□□ 1.33
TRAV1-2A0A0B4J238 SENP3-201ENST00000321337 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
TRAV1-2A0A0B4J238 AL360182.2-201ENST00000451656 470 ntTSL 3 BASIC23.33■■□□□ 1.33
TRAV1-2A0A0B4J238 MTCH1-201ENST00000373616 2006 ntTSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
TRAV1-2A0A0B4J238 PLSCR3-214ENST00000619711 2066 ntTSL 5 BASIC23.31■■□□□ 1.32
TRAV1-2A0A0B4J238 HNRNPAB-202ENST00000358344 1796 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
TRAV1-2A0A0B4J238 GKAP1-203ENST00000376371 1778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
TRAV1-2A0A0B4J238 PICK1-201ENST00000356976 2055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
TRAV1-2A0A0B4J238 TCFL5-201ENST00000217162 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
TRAV1-2A0A0B4J238 TCFL5-202ENST00000335351 2456 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 73.2 ms