Protein–RNA interactions for Protein: Q9NZ43

USE1, Vesicle transport protein USE1, humanhuman

Predictions only

Length 259 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USE1Q9NZ43 ANGPTL6-204ENST00000592641 1781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
USE1Q9NZ43 BCL7B-201ENST00000223368 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.87■■□□□ 1.73
USE1Q9NZ43 EFNA1-202ENST00000368407 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.87■■□□□ 1.73
USE1Q9NZ43 RNF215-203ENST00000382363 1992 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
USE1Q9NZ43 FSD1L-204ENST00000469022 1836 ntTSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
USE1Q9NZ43 HOXD13-201ENST00000392539 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
USE1Q9NZ43 CYP26C1-201ENST00000285949 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
USE1Q9NZ43 MATK-201ENST00000310132 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
USE1Q9NZ43 FTCD-204ENST00000397748 1955 ntTSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
USE1Q9NZ43 GATA6-202ENST00000581694 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
USE1Q9NZ43 FOXA2-202ENST00000419308 2422 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
USE1Q9NZ43 SLC12A2-202ENST00000343225 5509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
USE1Q9NZ43 MAPK13-201ENST00000211287 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
USE1Q9NZ43 ELK4-201ENST00000289703 2118 ntTSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
USE1Q9NZ43 NIT1-201ENST00000368007 1749 ntTSL 2 BASIC25.76■■□□□ 1.71
USE1Q9NZ43 DRD4-201ENST00000176183 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
USE1Q9NZ43 MEX3D-201ENST00000402693 2850 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
USE1Q9NZ43 AGAP3-216ENST00000479901 1881 ntTSL 5 BASIC25.73■■□□□ 1.71
USE1Q9NZ43 ARHGEF7-206ENST00000375741 5525 ntTSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
USE1Q9NZ43 TPI1-201ENST00000229270 1763 ntTSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
USE1Q9NZ43 MBD2-201ENST00000256429 5188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
USE1Q9NZ43 ABCB10P1-201ENST00000614297 2181 ntBASIC25.73■■□□□ 1.71
USE1Q9NZ43 ZBTB12-201ENST00000375527 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
USE1Q9NZ43 HOXB3-208ENST00000476342 1420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
USE1Q9NZ43 INO80B-201ENST00000233331 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
USE1Q9NZ43 ST6GALNAC6-203ENST00000373142 2448 ntTSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
USE1Q9NZ43 MSRB2-201ENST00000376510 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.71
USE1Q9NZ43 TPRA1-201ENST00000296210 1725 ntTSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
USE1Q9NZ43 GNB5-202ENST00000358784 1735 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
USE1Q9NZ43 ANGPTL6-201ENST00000253109 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
USE1Q9NZ43 KLHL35-204ENST00000539798 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
USE1Q9NZ43 ANKRD13D-211ENST00000511455 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
USE1Q9NZ43 CUEDC1-201ENST00000360238 2193 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.66■■□□□ 1.7
USE1Q9NZ43 ARL8A-204ENST00000614750 1727 ntTSL 3 BASIC25.66■■□□□ 1.7
USE1Q9NZ43 CMTM4-202ENST00000394106 1187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
USE1Q9NZ43 CMTM4-204ENST00000563952 1023 ntTSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
USE1Q9NZ43 PPP1CC-202ENST00000340766 1472 ntTSL 2 BASIC25.65■■□□□ 1.7
USE1Q9NZ43 NGB-201ENST00000298352 1884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
USE1Q9NZ43 PANK2-207ENST00000610179 1807 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
USE1Q9NZ43 ABCB10P3-201ENST00000561950 2166 ntBASIC25.62■■□□□ 1.69
USE1Q9NZ43 CCM2-218ENST00000541586 1719 ntTSL 3 BASIC25.6■■□□□ 1.69
USE1Q9NZ43 LTB4R2-204ENST00000533293 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
USE1Q9NZ43 CCZ1B-215ENST00000626257 2211 ntTSL 2 BASIC25.6■■□□□ 1.69
USE1Q9NZ43 RTN2-201ENST00000245923 2293 ntTSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
USE1Q9NZ43 ARHGEF7-205ENST00000375739 5375 ntTSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
USE1Q9NZ43 ARRDC1-201ENST00000371421 1586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
USE1Q9NZ43 FADS3-201ENST00000278829 1779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
USE1Q9NZ43 RCC1L-201ENST00000610322 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
USE1Q9NZ43 AC120057.4-201ENST00000624722 1615 ntBASIC25.56■■□□□ 1.68
USE1Q9NZ43 BIN1-204ENST00000348750 2074 ntTSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
USE1Q9NZ43 ATRNL1-207ENST00000527407 1583 ntTSL 5 BASIC25.55■■□□□ 1.68
USE1Q9NZ43 TPM2-203ENST00000378292 2147 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
USE1Q9NZ43 SPIRE1-202ENST00000409402 5665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
USE1Q9NZ43 PCYT2-205ENST00000570391 1857 ntTSL 2 BASIC25.53■■□□□ 1.68
USE1Q9NZ43 RNF130-205ENST00000521389 2263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
USE1Q9NZ43 RRAGC-201ENST00000373001 2732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
USE1Q9NZ43 TESK1-206ENST00000620767 2438 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.52■■□□□ 1.68
USE1Q9NZ43 MAGI2-211ENST00000535697 6146 ntTSL 5 BASIC25.52■■□□□ 1.68
USE1Q9NZ43 ZBTB10-204ENST00000455036 5458 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.51■■□□□ 1.67
USE1Q9NZ43 MAPK12-201ENST00000215659 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
USE1Q9NZ43 AC105285.1-201ENST00000500914 2036 ntTSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
USE1Q9NZ43 FGFRL1-205ENST00000510644 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
USE1Q9NZ43 COL13A1-212ENST00000520133 1833 ntTSL 5 BASIC25.51■■□□□ 1.67
USE1Q9NZ43 UCK1-201ENST00000372208 2063 ntTSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
USE1Q9NZ43 TPRA1-202ENST00000355552 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
USE1Q9NZ43 PQLC1-202ENST00000357575 2475 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.5■■□□□ 1.67
USE1Q9NZ43 EXOC3L4-201ENST00000380069 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
USE1Q9NZ43 BMP7-202ENST00000395864 1746 ntTSL 5 BASIC25.49■■□□□ 1.67
USE1Q9NZ43 INO80B-203ENST00000409917 796 ntTSL 2 BASIC25.48■■□□□ 1.67
USE1Q9NZ43 CAPNS1-201ENST00000246533 1918 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
USE1Q9NZ43 MPST-201ENST00000341116 1504 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.46■■□□□ 1.67
USE1Q9NZ43 ANKRD65-203ENST00000454272 1506 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.46■■□□□ 1.67
USE1Q9NZ43 CCND3-203ENST00000372991 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
USE1Q9NZ43 GALR3-201ENST00000249041 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
USE1Q9NZ43 TRAPPC10-202ENST00000380221 1763 ntTSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
USE1Q9NZ43 SHF-206ENST00000560471 2499 ntTSL 5 BASIC25.43■■□□□ 1.66
USE1Q9NZ43 GNPTAB-206ENST00000549940 1678 ntTSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
USE1Q9NZ43 CHCHD4-202ENST00000396914 1405 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
USE1Q9NZ43 HOXD8-201ENST00000313173 1917 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.42■■□□□ 1.66
USE1Q9NZ43 PHOX2A-201ENST00000298231 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
USE1Q9NZ43 DCBLD1-201ENST00000296955 1979 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
USE1Q9NZ43 JUND-201ENST00000252818 1863 ntAPPRIS P1 BASIC25.41■■□□□ 1.66
USE1Q9NZ43 AL357033.3-201ENST00000620143 614 ntTSL 3 BASIC25.41■■□□□ 1.66
USE1Q9NZ43 AC015813.7-201ENST00000623294 581 ntBASIC25.41■■□□□ 1.66
USE1Q9NZ43 EXOC3-209ENST00000512944 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
USE1Q9NZ43 CGREF1-203ENST00000402394 1906 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC25.41■■□□□ 1.66
USE1Q9NZ43 NFKBIA-209ENST00000557389 1537 ntTSL 2 BASIC25.4■■□□□ 1.66
USE1Q9NZ43 ADGRB2-204ENST00000398542 5176 ntTSL 5 BASIC25.38■■□□□ 1.65
USE1Q9NZ43 SLC2A4RG-201ENST00000266077 1731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
USE1Q9NZ43 TPRA1-209ENST00000489960 1903 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.37■■□□□ 1.65
USE1Q9NZ43 GIPC1-203ENST00000393033 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
USE1Q9NZ43 RCC1L-202ENST00000614461 2419 ntTSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
USE1Q9NZ43 KCTD17-202ENST00000403888 1763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
USE1Q9NZ43 HOXB3-207ENST00000472863 1909 ntTSL 2 BASIC25.35■■□□□ 1.65
USE1Q9NZ43 FZD2-201ENST00000315323 2112 ntAPPRIS P1 BASIC25.34■■□□□ 1.65
USE1Q9NZ43 FOXG1-201ENST00000313071 4890 ntAPPRIS P1 BASIC25.34■■□□□ 1.65
USE1Q9NZ43 AL161658.1-201ENST00000623641 1967 ntBASIC25.31■■□□□ 1.64
USE1Q9NZ43 HMX1-201ENST00000400677 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
USE1Q9NZ43 COL13A1-210ENST00000517713 2007 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.29■■□□□ 1.64
USE1Q9NZ43 DEXI-201ENST00000331808 1561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 13.1 ms