Protein–RNA interactions for Protein: A0A0B4J248

TRAV1-1, T-cell receptor alpha variable 1-1 (Fragment), humanhuman

Predictions only

Length 108 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRAV1-1A0A0B4J248 RNF130-205ENST00000521389 2263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
TRAV1-1A0A0B4J248 CCZ1B-215ENST00000626257 2211 ntTSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
TRAV1-1A0A0B4J248 RTN2-201ENST00000245923 2293 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
TRAV1-1A0A0B4J248 ANXA5-201ENST00000296511 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
TRAV1-1A0A0B4J248 EXOC3L4-201ENST00000380069 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
TRAV1-1A0A0B4J248 TESK1-206ENST00000620767 2438 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
TRAV1-1A0A0B4J248 BCL7B-201ENST00000223368 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
TRAV1-1A0A0B4J248 TAF5L-202ENST00000366674 492 ntTSL 3 BASIC22.03■■□□□ 1.12
TRAV1-1A0A0B4J248 TPRA1-202ENST00000355552 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.11
TRAV1-1A0A0B4J248 RAN-202ENST00000392369 1530 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
TRAV1-1A0A0B4J248 RRAGC-201ENST00000373001 2732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
TRAV1-1A0A0B4J248 NEUROG2-201ENST00000313341 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
TRAV1-1A0A0B4J248 RAB43-207ENST00000476465 1627 ntTSL 3 BASIC22.01■■□□□ 1.11
TRAV1-1A0A0B4J248 TPRA1-201ENST00000296210 1725 ntTSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
TRAV1-1A0A0B4J248 BRF1-221ENST00000619151 1530 ntTSL 5 BASIC22■■□□□ 1.11
TRAV1-1A0A0B4J248 ANGPTL6-201ENST00000253109 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
TRAV1-1A0A0B4J248 ELK4-201ENST00000289703 2118 ntTSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
TRAV1-1A0A0B4J248 ANGPTL6-204ENST00000592641 1781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
TRAV1-1A0A0B4J248 VPS37D-201ENST00000324941 1624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
TRAV1-1A0A0B4J248 FGFRL1-205ENST00000510644 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
TRAV1-1A0A0B4J248 GATA6-202ENST00000581694 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
TRAV1-1A0A0B4J248 SHF-206ENST00000560471 2499 ntTSL 5 BASIC21.98■■□□□ 1.11
TRAV1-1A0A0B4J248 ZBTB12-201ENST00000375527 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
TRAV1-1A0A0B4J248 PQLC1-202ENST00000357575 2475 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.95■■□□□ 1.1
TRAV1-1A0A0B4J248 PPP1R1A-201ENST00000257905 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
TRAV1-1A0A0B4J248 C11orf68-202ENST00000449692 1559 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
TRAV1-1A0A0B4J248 FZD2-201ENST00000315323 2112 ntAPPRIS P1 BASIC21.92■■□□□ 1.1
TRAV1-1A0A0B4J248 KLHL35-204ENST00000539798 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
TRAV1-1A0A0B4J248 RNF215-203ENST00000382363 1992 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
TRAV1-1A0A0B4J248 NIT1-201ENST00000368007 1749 ntTSL 2 BASIC21.91■■□□□ 1.1
TRAV1-1A0A0B4J248 TPM2-203ENST00000378292 2147 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
TRAV1-1A0A0B4J248 UCK1-201ENST00000372208 2063 ntTSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
TRAV1-1A0A0B4J248 BRF1-213ENST00000548421 1452 ntTSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
TRAV1-1A0A0B4J248 TPRA1-209ENST00000489960 1903 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.88■■□□□ 1.09
TRAV1-1A0A0B4J248 ARPC5L-202ENST00000353214 2507 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.87■■□□□ 1.09
TRAV1-1A0A0B4J248 MSRB2-201ENST00000376510 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
TRAV1-1A0A0B4J248 ATRNL1-207ENST00000527407 1583 ntTSL 5 BASIC21.86■■□□□ 1.09
TRAV1-1A0A0B4J248 PANK2-207ENST00000610179 1807 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
TRAV1-1A0A0B4J248 FAM117A-201ENST00000240364 2365 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
TRAV1-1A0A0B4J248 PHOX2A-201ENST00000298231 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
TRAV1-1A0A0B4J248 CGREF1-203ENST00000402394 1906 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.82■■□□□ 1.08
TRAV1-1A0A0B4J248 FADS3-201ENST00000278829 1779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
TRAV1-1A0A0B4J248 CADPS-215ENST00000490353 2669 ntTSL 5 BASIC21.81■■□□□ 1.08
TRAV1-1A0A0B4J248 DCBLD1-201ENST00000296955 1979 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
TRAV1-1A0A0B4J248 ZIC2-201ENST00000376335 2983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
TRAV1-1A0A0B4J248 PURG-201ENST00000339382 2693 ntTSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
TRAV1-1A0A0B4J248 GIPC1-203ENST00000393033 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
TRAV1-1A0A0B4J248 ARL8A-204ENST00000614750 1727 ntTSL 3 BASIC21.79■■□□□ 1.08
TRAV1-1A0A0B4J248 KCTD17-202ENST00000403888 1763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
TRAV1-1A0A0B4J248 CYP26C1-201ENST00000285949 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
TRAV1-1A0A0B4J248 COL13A1-212ENST00000520133 1833 ntTSL 5 BASIC21.77■■□□□ 1.08
TRAV1-1A0A0B4J248 RCC1L-202ENST00000614461 2419 ntTSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
TRAV1-1A0A0B4J248 HMX1-201ENST00000400677 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
TRAV1-1A0A0B4J248 ANKRD60-201ENST00000457363 1038 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.76■■□□□ 1.07
TRAV1-1A0A0B4J248 LIMCH1-211ENST00000509638 1570 ntTSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
TRAV1-1A0A0B4J248 MAPK12-201ENST00000215659 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
TRAV1-1A0A0B4J248 AC139426.1-201ENST00000568218 2529 ntBASIC21.75■■□□□ 1.07
TRAV1-1A0A0B4J248 VWA1-201ENST00000338660 2147 ntTSL 2 BASIC21.74■■□□□ 1.07
TRAV1-1A0A0B4J248 HRAS-203ENST00000397596 1100 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.73■■□□□ 1.07
TRAV1-1A0A0B4J248 COL13A1-203ENST00000398969 2267 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.71■■□□□ 1.07
TRAV1-1A0A0B4J248 HOXD8-201ENST00000313173 1917 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.7■■□□□ 1.06
TRAV1-1A0A0B4J248 TMEM9-201ENST00000367330 1959 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
TRAV1-1A0A0B4J248 FAM19A5-203ENST00000402357 1508 ntTSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
TRAV1-1A0A0B4J248 FEV-201ENST00000295727 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
TRAV1-1A0A0B4J248 CCM2-218ENST00000541586 1719 ntTSL 3 BASIC21.67■■□□□ 1.06
TRAV1-1A0A0B4J248 AC120057.4-201ENST00000624722 1615 ntBASIC21.67■■□□□ 1.06
TRAV1-1A0A0B4J248 ITGA9-203ENST00000422441 2282 ntTSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.06
TRAV1-1A0A0B4J248 CUL4A-202ENST00000375440 2364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
TRAV1-1A0A0B4J248 WDSUB1-205ENST00000409990 1920 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.64■■□□□ 1.05
TRAV1-1A0A0B4J248 SECTM1-201ENST00000269389 2235 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
TRAV1-1A0A0B4J248 AC105285.1-201ENST00000500914 2036 ntTSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
TRAV1-1A0A0B4J248 COL13A1-210ENST00000517713 2007 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.63■■□□□ 1.05
TRAV1-1A0A0B4J248 PQLC1-203ENST00000397778 2555 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
TRAV1-1A0A0B4J248 GNB5-202ENST00000358784 1735 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
TRAV1-1A0A0B4J248 PLSCR3-202ENST00000535512 2067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
TRAV1-1A0A0B4J248 FAAH-201ENST00000243167 2094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
TRAV1-1A0A0B4J248 TRAPPC10-202ENST00000380221 1763 ntTSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
TRAV1-1A0A0B4J248 SENP3-201ENST00000321337 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
TRAV1-1A0A0B4J248 SLC2A4RG-201ENST00000266077 1731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
TRAV1-1A0A0B4J248 ZNF219-201ENST00000360947 3071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.04
TRAV1-1A0A0B4J248 AL136373.1-201ENST00000634804 1449 ntAPPRIS P1 BASIC21.57■■□□□ 1.04
TRAV1-1A0A0B4J248 CTBP1-201ENST00000290921 2297 ntTSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
TRAV1-1A0A0B4J248 AGFG1-205ENST00000409979 2089 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.57■■□□□ 1.04
TRAV1-1A0A0B4J248 AMN-201ENST00000299155 1907 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
TRAV1-1A0A0B4J248 ABHD12-201ENST00000339157 2117 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.56■■□□□ 1.04
TRAV1-1A0A0B4J248 TMEM158-201ENST00000503771 1813 ntAPPRIS P1 BASIC21.55■■□□□ 1.04
TRAV1-1A0A0B4J248 EMC10-202ENST00000376918 2014 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
TRAV1-1A0A0B4J248 MXI1-201ENST00000239007 2424 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
TRAV1-1A0A0B4J248 ZNF787-203ENST00000610935 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
TRAV1-1A0A0B4J248 AP003068.2-202ENST00000526623 1662 ntTSL 2 BASIC21.52■■□□□ 1.04
TRAV1-1A0A0B4J248 BMP7-202ENST00000395864 1746 ntTSL 5 BASIC21.52■■□□□ 1.03
TRAV1-1A0A0B4J248 LTB4R2-204ENST00000533293 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
TRAV1-1A0A0B4J248 TSPOAP1-AS1-203ENST00000579527 2042 ntTSL 2 BASIC21.51■■□□□ 1.03
TRAV1-1A0A0B4J248 SMARCD3-201ENST00000262188 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
TRAV1-1A0A0B4J248 RTN4R-201ENST00000043402 2157 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
TRAV1-1A0A0B4J248 SIRT3-201ENST00000382743 2543 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
TRAV1-1A0A0B4J248 GNPTAB-206ENST00000549940 1678 ntTSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
TRAV1-1A0A0B4J248 DRD4-201ENST00000176183 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
TRAV1-1A0A0B4J248 PICK1-201ENST00000356976 2055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
TRAV1-1A0A0B4J248 PPP1CC-202ENST00000340766 1472 ntTSL 2 BASIC21.48■■□□□ 1.03
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 148.2 ms