Protein–RNA interactions for Protein: Q15427

SF3B4, Splicing factor 3B subunit 4, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 424 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3B4Q15427 KRT18-202ENST00000388837 1420 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.64■□□□□ 0.425e-8■■■■■ 49.6
SF3B4Q15427 KRT18-207ENST00000550600 1696 ntTSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.335e-8■■■■■ 49.6
SF3B4Q15427 KRT18-206ENST00000549078 2088 ntTSL 517.09■□□□□ 0.335e-8■■■■■ 49.6
SF3B4Q15427 VMP1-201ENST00000262291 2712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.96□□□□□ -0.345e-12■■■■■ 49.6
SF3B4Q15427 VMP1-208ENST00000588617 884 ntTSL 46.96□□□□□ -1.35e-12■■■■■ 49.6
SF3B4Q15427 VMP1-213ENST00000591877 791 ntTSL 36.72□□□□□ -1.335e-12■■■■■ 49.6
SF3B4Q15427 VMP1-215ENST00000592619 838 ntTSL 55.91□□□□□ -1.465e-12■■■■■ 49.6
SF3B4Q15427 VMP1-205ENST00000587470 995 ntTSL 24.31□□□□□ -1.725e-12■■■■■ 49.6
SF3B4Q15427 VMP1-212ENST00000591782 729 ntTSL 53.44□□□□□ -1.865e-12■■■■■ 49.6
SF3B4Q15427 UPF1-212ENST00000601689 561 ntTSL 417.72■□□□□ 0.431e-14■■■■■ 49.6
SF3B4Q15427 SMCHD1-205ENST00000581383 806 ntTSL 34.58□□□□□ -1.684e-7■■■■■ 49.6
SF3B4Q15427 ERBB3-213ENST00000549832 3289 ntTSL 2 BASIC7.98□□□□□ -1.134e-29■■■■■ 49.6
SF3B4Q15427 LARP1-211ENST00000521577 817 ntTSL 522.22■■□□□ 1.152e-12■■■■■ 49.5
SF3B4Q15427 LARP1-203ENST00000518194 450 ntTSL 510.3□□□□□ -0.762e-12■■■■■ 49.5
SF3B4Q15427 ACTN1-220ENST00000556433 1259 ntTSL 320.65■□□□□ 0.91e-25■■■■■ 49.5
SF3B4Q15427 ACTN1-204ENST00000438964 3043 ntTSL 1 (best) BASIC13.49□□□□□ -0.251e-25■■■■■ 49.5
SF3B4Q15427 ACTN1-202ENST00000376839 2824 ntTSL 2 BASIC12.67□□□□□ -0.381e-25■■■■■ 49.5
SF3B4Q15427 ACTN1-205ENST00000538545 2813 ntTSL 1 (best) BASIC12.2□□□□□ -0.461e-25■■■■■ 49.5
SF3B4Q15427 ACTN1-201ENST00000193403 3779 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.02□□□□□ -0.651e-25■■■■■ 49.5
SF3B4Q15427 ACTN1-203ENST00000394419 3464 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC9.99□□□□□ -0.811e-25■■■■■ 49.5
SF3B4Q15427 ACTN1-215ENST00000555616 919 ntTSL 38.71□□□□□ -1.021e-25■■■■■ 49.5
SF3B4Q15427 ACTN1-213ENST00000554508 585 ntTSL 47.99□□□□□ -1.131e-25■■■■■ 49.5
SF3B4Q15427 VPS13D-211ENST00000543710 5676 ntTSL 1 (best)7.85□□□□□ -1.158e-10■■■■■ 49.5
SF3B4Q15427 NBEAL2-201ENST00000416683 6364 ntTSL 1 (best)15.13■□□□□ 0.014e-7■■■■■ 49.5
SF3B4Q15427 RNF145-210ENST00000521266 551 ntTSL 42.44□□□□□ -2.024e-11■■■■■ 49.4
SF3B4Q15427 UNC13D-201ENST00000207549 4393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.68□□□□□ -0.382e-7■■■■■ 49.4
SF3B4Q15427 UNC13D-202ENST00000412096 3648 ntTSL 2 BASIC12.04□□□□□ -0.482e-7■■■■■ 49.4
SF3B4Q15427 HDAC1-206ENST00000476391 2409 ntTSL 1 (best)14.26□□□□□ -0.136e-7■■■■■ 49.4
SF3B4Q15427 KDM6B-203ENST00000570632 1339 ntTSL 514.96□□□□□ -0.013e-7■■■■■ 49.4
SF3B4Q15427 RNU2-29P-201ENST00000410423 189 ntBASIC3.16□□□□□ -1.91e-9■■■■■ 49.4
SF3B4Q15427 RUBCNL-203ENST00000378787 2731 ntTSL 2 BASIC18.19■□□□□ 0.54e-11■■■■■ 49.4
SF3B4Q15427 BICD2-201ENST00000356884 6427 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.054e-11■■■■■ 49.4
SF3B4Q15427 BICD2-202ENST00000375512 4636 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.034e-11■■■■■ 49.4
SF3B4Q15427 RUBCNL-204ENST00000378797 3206 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.99□□□□□ -0.014e-11■■■■■ 49.4
SF3B4Q15427 RRP12-210ENST00000491313 1919 ntTSL 214.75□□□□□ -0.054e-11■■■■■ 49.4
SF3B4Q15427 RUBCNL-201ENST00000378781 3322 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.89□□□□□ -0.194e-11■■■■■ 49.4
SF3B4Q15427 RUBCNL-212ENST00000631139 1948 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.12□□□□□ -0.314e-11■■■■■ 49.4
SF3B4Q15427 YLPM1-207ENST00000552421 4899 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC12.41□□□□□ -0.424e-11■■■■■ 49.4
SF3B4Q15427 YLPM1-201ENST00000325680 7108 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC11.4□□□□□ -0.584e-11■■■■■ 49.4
SF3B4Q15427 PRKDC-207ENST00000536483 834 ntTSL 211.3□□□□□ -0.64e-11■■■■■ 49.4
SF3B4Q15427 RUBCNL-208ENST00000429979 3979 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC11.16□□□□□ -0.624e-11■■■■■ 49.4
SF3B4Q15427 CPNE7-206ENST00000532500 550 ntTSL 310.34□□□□□ -0.754e-11■■■■■ 49.4
SF3B4Q15427 RRP12-207ENST00000479481 3271 ntTSL 1 (best)10.16□□□□□ -0.784e-11■■■■■ 49.4
SF3B4Q15427 RRP12-211ENST00000536831 4476 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC10.04□□□□□ -0.84e-11■■■■■ 49.4
SF3B4Q15427 RRP12-202ENST00000370992 4425 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC9.47□□□□□ -0.894e-11■■■■■ 49.4
SF3B4Q15427 RUBCNL-206ENST00000409879 2997 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC9.36□□□□□ -0.914e-11■■■■■ 49.4
SF3B4Q15427 RRP12-203ENST00000414986 4242 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC9.34□□□□□ -0.914e-11■■■■■ 49.4
SF3B4Q15427 RUBCNL-207ENST00000417405 494 ntTSL 39.33□□□□□ -0.924e-11■■■■■ 49.4
SF3B4Q15427 RRP12-201ENST00000315563 4038 ntTSL 1 (best) BASIC9.31□□□□□ -0.924e-11■■■■■ 49.4
SF3B4Q15427 YLPM1-204ENST00000549197 2085 ntTSL 1 (best)8.43□□□□□ -1.064e-11■■■■■ 49.4
SF3B4Q15427 GOLGA1-204ENST00000475407 4107 ntTSL 58.12□□□□□ -1.114e-11■■■■■ 49.4
SF3B4Q15427 RUBCNL-202ENST00000378784 2361 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC8.07□□□□□ -1.124e-11■■■■■ 49.4
SF3B4Q15427 YLPM1-205ENST00000549293 5500 ntTSL 1 (best)7.37□□□□□ -1.234e-11■■■■■ 49.4
SF3B4Q15427 RUBCNL-210ENST00000441284 2754 ntTSL 57.35□□□□□ -1.234e-11■■■■■ 49.4
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SF3B4Q15427 RUBCNL-209ENST00000439642 972 ntTSL 26.36□□□□□ -1.394e-11■■■■■ 49.4
SF3B4Q15427 YLPM1-209ENST00000554107 4424 ntTSL 35.75□□□□□ -1.494e-11■■■■■ 49.4
SF3B4Q15427 RUBCNL-205ENST00000389908 3956 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC5.52□□□□□ -1.534e-11■■■■■ 49.4
SF3B4Q15427 PIK3C3-201ENST00000262039 9443 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.05□□□□□ -1.64e-11■■■■■ 49.4
SF3B4Q15427 PIK3C3-217ENST00000639914 2722 ntTSL 5 BASIC4.66□□□□□ -1.664e-11■■■■■ 49.4
SF3B4Q15427 RNU2-6P-201ENST00000411404 190 ntBASIC4.12□□□□□ -1.754e-11■■■■■ 49.4
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SF3B4Q15427 ANKRD13D-210ENST00000508422 477 ntTSL 216.34■□□□□ 0.212e-10■■■■■ 49.3
SF3B4Q15427 ANKRD13D-215ENST00000513750 2081 ntTSL 216.03■□□□□ 0.162e-10■■■■■ 49.3
SF3B4Q15427 ANKRD13D-213ENST00000512231 2768 ntTSL 214.06□□□□□ -0.162e-10■■■■■ 49.3
SF3B4Q15427 ANKRD13D-203ENST00000504186 564 ntTSL 49.16□□□□□ -0.942e-10■■■■■ 49.3
SF3B4Q15427 CDK10-218ENST00000565470 724 ntTSL 316.63■□□□□ 0.251e-9■■■■■ 49.3
SF3B4Q15427 MYO9B-205ENST00000594971 461 ntTSL 515.27■□□□□ 0.042e-8■■■■■ 49.3
SF3B4Q15427 MYO9B-216ENST00000601490 557 ntTSL 213.22□□□□□ -0.292e-8■■■■■ 49.3
SF3B4Q15427 MYO9B-219ENST00000602177 524 ntTSL 39.73□□□□□ -0.852e-8■■■■■ 49.3
SF3B4Q15427 MYO9B-217ENST00000601749 645 ntTSL 28.72□□□□□ -1.012e-8■■■■■ 49.3
SF3B4Q15427 MYO9B-214ENST00000598464 223 ntTSL 24.15□□□□□ -1.752e-8■■■■■ 49.3
SF3B4Q15427 PCBP2-211ENST00000547987 681 ntTSL 37.96□□□□□ -1.146e-7■■■■■ 49.3
SF3B4Q15427 SBF1-206ENST00000473724 446 ntTSL 211.99□□□□□ -0.497e-14■■■■■ 49.3
SF3B4Q15427 RPL3-208ENST00000460589 630 ntTSL 215.49■□□□□ 0.075e-17■■■■■ 49.2
SF3B4Q15427 RPL3-217ENST00000484615 827 ntTSL 211.69□□□□□ -0.541e-10■■■■■ 49.2
SF3B4Q15427 ARFGAP1-213ENST00000520022 558 ntTSL 415.94■□□□□ 0.142e-40■■■■■ 49.2
SF3B4Q15427 RBM6-206ENST00000433811 582 ntTSL 313.25□□□□□ -0.292e-13■■■■■ 49.2
SF3B4Q15427 ABCA7-209ENST00000526885 1076 ntTSL 1 (best)12.42□□□□□ -0.424e-14■■■■■ 49.1
SF3B4Q15427 SFI1-201ENST00000357852 1453 ntTSL 1 (best)16.42■□□□□ 0.221e-6■■■■■ 49.1
SF3B4Q15427 SFI1-221ENST00000476577 1485 ntTSL 1 (best)15.54■□□□□ 0.081e-6■■■■■ 49.1
SF3B4Q15427 SFI1-214ENST00000464333 3019 ntTSL 212.97□□□□□ -0.331e-6■■■■■ 49.1
SF3B4Q15427 SFI1-219ENST00000474741 708 ntTSL 512.47□□□□□ -0.411e-6■■■■■ 49.1
SF3B4Q15427 RNF138-206ENST00000580499 503 ntTSL 213.47□□□□□ -0.258e-12■■■■■ 49.1
SF3B4Q15427 RNF138-202ENST00000261593 3570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.76□□□□□ -0.698e-12■■■■■ 49.1
SF3B4Q15427 RNF138-201ENST00000257190 2071 ntTSL 2 BASIC7.86□□□□□ -1.158e-12■■■■■ 49.1
SF3B4Q15427 RNF138-203ENST00000577999 420 ntTSL 24.19□□□□□ -1.748e-12■■■■■ 49.1
SF3B4Q15427 ASPSCR1-220ENST00000585140 447 ntTSL 316.93■□□□□ 0.37e-15■■■■■ 49.1
SF3B4Q15427 PACS2-209ENST00000549030 1925 ntTSL 218.07■□□□□ 0.483e-13■■■■■ 49.1
SF3B4Q15427 BAG6-250ENST00000451898 993 ntTSL 317.03■□□□□ 0.322e-27■■■■■ 49
SF3B4Q15427 BAG6-248ENST00000441054 654 ntTSL 315.97■□□□□ 0.152e-27■■■■■ 49
SF3B4Q15427 BAG6-243ENST00000434444 766 ntTSL 315.97■□□□□ 0.152e-27■■■■■ 49
SF3B4Q15427 BAG6-240ENST00000424480 1056 ntTSL 215.39■□□□□ 0.052e-27■■■■■ 49
SF3B4Q15427 BAG6-251ENST00000452994 880 ntTSL 314.36□□□□□ -0.112e-27■■■■■ 49
SF3B4Q15427 BAG6-244ENST00000435080 1710 ntTSL 512.87□□□□□ -0.352e-27■■■■■ 49
SF3B4Q15427 BAG6-254ENST00000456286 807 ntTSL 1 (best)11.94□□□□□ -0.52e-27■■■■■ 49
SF3B4Q15427 BAG6-253ENST00000454165 544 ntTSL 311.37□□□□□ -0.592e-27■■■■■ 49
SF3B4Q15427 BAG6-255ENST00000456622 859 ntTSL 511.34□□□□□ -0.592e-27■■■■■ 49
SF3B4Q15427 BAG6-239ENST00000424176 747 ntTSL 311.03□□□□□ -0.642e-27■■■■■ 49
SF3B4Q15427 BAG6-241ENST00000428326 1051 ntTSL 510.33□□□□□ -0.762e-27■■■■■ 49
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