RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000556433.5

ACTN1-220, Transcript of actinin alpha 1, humanhuman

TSL 3

Gene ACTN1, Length 1,259 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Nucleus .

Download Table  
RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ACTN1-220ENST00000556433 NISCHQ9Y2I1 1504 aa56.11■■■■■ 6.57
ACTN1-220ENST00000556433 CCDC180Q9P1Z9 1646 aa50.13■■■■■ 5.62
ACTN1-220ENST00000556433 ABCC9O60706 1549 aa50.07■■■■■ 5.61
ACTN1-220ENST00000556433 RB1CC1Q8TDY2 1594 aa47.69■■■■■ 5.22
ACTN1-220ENST00000556433 DCAF8L2P0C7V8 631 aa47.47■■■■■ 5.19
ACTN1-220ENST00000556433 NACADO15069 1562 aa47.43■■■■■ 5.18
ACTN1-220ENST00000556433 DNAJC5BQ9UF47 199 aa46.85■■■■■ 5.09
ACTN1-220ENST00000556433 MYO15BQ96JP2 1530 aa46.83■■■■■ 5.09
ACTN1-220ENST00000556433 PABPN1Q86U42 306 aaKnown RBP eCLIP46.75■■■■■ 5.07
ACTN1-220ENST00000556433 ZCCHC6Q5VYS8 1495 aaKnown RBP46.51■■■■■ 5.04
ACTN1-220ENST00000556433 UNC13AQ9UPW8 1703 aa46.51■■■■■ 5.04
ACTN1-220ENST00000556433 DCAF1Q9Y4B6 1507 aa46.32■■■■■ 5.01
ACTN1-220ENST00000556433 BICRAQ9NZM4 1560 aa46.27■■■■■ 5
ACTN1-220ENST00000556433 SCRIBQ14160 1630 aa45.77■■■■■ 4.92
ACTN1-220ENST00000556433 SHROOM4Q9ULL8 1493 aa45.66■■■■■ 4.9
ACTN1-220ENST00000556433 CC2D2AQ9P2K1 1620 aa45.18■■■■■ 4.82
ACTN1-220ENST00000556433 EIF4G1Q04637 1599 aaKnown RBP45.14■■■■■ 4.82
ACTN1-220ENST00000556433 CECR2Q9BXF3 1484 aa45.08■■■■■ 4.81
ACTN1-220ENST00000556433 NCAPD3P42695 1498 aa43.83■■■■■ 4.61
ACTN1-220ENST00000556433 ATAD2BQ9ULI0 1458 aa43.72■■■■■ 4.59
ACTN1-220ENST00000556433 SMARCA4P51532 1647 aa43.66■■■■■ 4.58
ACTN1-220ENST00000556433 SMARCA2P51531 1590 aa43.58■■■■■ 4.57
ACTN1-220ENST00000556433 BAZ1AQ9NRL2 1556 aaPredicted RBP43.51■■■■■ 4.56
ACTN1-220ENST00000556433 HMGXB3Q12766 1538 aa43.44■■■■■ 4.54
ACTN1-220ENST00000556433 BAZ1BQ9UIG0 1483 aaKnown RBP43.31■■■■■ 4.52
ACTN1-220ENST00000556433 MROH2BQ7Z745 1585 aa43.24■■■■■ 4.51
ACTN1-220ENST00000556433 PEG3Q9GZU2 1588 aa43.23■■■■■ 4.51
ACTN1-220ENST00000556433 ERCC6Q03468 1493 aa43.22■■■■■ 4.51
ACTN1-220ENST00000556433 NESP48681 1621 aa43.07■■■■■ 4.48
ACTN1-220ENST00000556433 CUX2O14529 1486 aa43.01■■■■■ 4.48
ACTN1-220ENST00000556433 DNAJC5Q9H3Z4 198 aa42.89■■■■■ 4.46
ACTN1-220ENST00000556433 LAMC3Q9Y6N6 1575 aa42.74■■■■■ 4.43
ACTN1-220ENST00000556433 WIZO95785 1651 aa42.7■■■■■ 4.43
ACTN1-220ENST00000556433 PDS5BQ9NTI5 1447 aa42.58■■■■■ 4.41
ACTN1-220ENST00000556433 CADPSQ9ULU8 1353 aa42.54■■■■■ 4.4
ACTN1-220ENST00000556433 THOC2Q8NI27 1593 aaKnown RBP42.48■■■■■ 4.39
ACTN1-220ENST00000556433 RSF1Q96T23 1441 aaPredicted RBP42.46■■■■■ 4.39
ACTN1-220ENST00000556433 KIF21AQ7Z4S6 1674 aa42.41■■■■■ 4.38
ACTN1-220ENST00000556433 TOP2AP11388 1531 aaKnown RBP42.18■■■■■ 4.34
ACTN1-220ENST00000556433 MRC2Q9UBG0 1479 aa42.15■■■■■ 4.34
ACTN1-220ENST00000556433 CFTRP13569 1480 aa42.06■■■■■ 4.32
ACTN1-220ENST00000556433 CEP164Q9UPV0 1460 aa42.03■■■■■ 4.32
ACTN1-220ENST00000556433 FANCD2Q9BXW9 1451 aa42.02■■■■■ 4.32
ACTN1-220ENST00000556433 WDR62O43379 1518 aa42■■■■■ 4.31
ACTN1-220ENST00000556433 CCDC88BA6NC98 1476 aa41.76■■■■■ 4.28
ACTN1-220ENST00000556433 URB2Q14146 1524 aaKnown RBP41.64■■■■■ 4.26
ACTN1-220ENST00000556433 PRDM2Q13029 1718 aa41.49■■■■■ 4.23
ACTN1-220ENST00000556433 TOPBP1Q92547 1522 aa41.23■■■■■ 4.19
ACTN1-220ENST00000556433 OSCARQ8IYS5 282 aa41.23■■■■■ 4.19
ACTN1-220ENST00000556433 IFT140Q96RY7 1462 aa41.2■■■■■ 4.19
ACTN1-220ENST00000556433 ABCC8Q09428 1581 aa41.18■■■■■ 4.18
ACTN1-220ENST00000556433 ZNF608Q9ULD9 1512 aaPredicted RBP41.12■■■■■ 4.17
ACTN1-220ENST00000556433 TRIM41Q8WV44 630 aa41.11■■■■■ 4.17
ACTN1-220ENST00000556433 DNMBPQ6XZF7 1577 aa41.08■■■■■ 4.17
ACTN1-220ENST00000556433 SUPT5HO00267 1087 aaKnown RBP40.89■■■■■ 4.14
ACTN1-220ENST00000556433 POLA1P09884 1462 aaPredicted RBP40.83■■■■■ 4.13
ACTN1-220ENST00000556433 AQRO60306 1485 aaKnown RBP eCLIP40.81■■■■■ 4.123e-10■■■■■ 47.9
ACTN1-220ENST00000556433 EIF4G3O43432 1585 aaKnown RBP40.81■■■■■ 4.12
ACTN1-220ENST00000556433 TARBP1Q13395 1621 aaKnown RBP40.8■■■■■ 4.12
ACTN1-220ENST00000556433 RAD54L2Q9Y4B4 1467 aa40.72■■■■■ 4.11
ACTN1-220ENST00000556433 SOGA1O94964 1423 aa40.72■■■■■ 4.11
ACTN1-220ENST00000556433 TDRD9Q8NDG6 1382 aaKnown RBP40.62■■■■■ 4.09
ACTN1-220ENST00000556433 FGD5Q6ZNL6 1462 aa40.62■■■■■ 4.09
ACTN1-220ENST00000556433 CUX1P39880 1505 aa40.6■■■■■ 4.09
ACTN1-220ENST00000556433 FBLN2P98095 1184 aa40.59■■■■■ 4.09
ACTN1-220ENST00000556433 RIMBP3CA6NJZ7 1639 aa40.5■■■■■ 4.07
ACTN1-220ENST00000556433 RIMBP3BA6NNM3 1639 aa40.5■■■■■ 4.07
ACTN1-220ENST00000556433 RIMBP3Q9UFD9 1639 aa40.5■■■■■ 4.07
ACTN1-220ENST00000556433 CHD1O14646 1710 aa40.45■■■■■ 4.07
ACTN1-220ENST00000556433 ARHGEF11O15085 1522 aa40.43■■■■■ 4.06
ACTN1-220ENST00000556433 WDR97A6NE52 1622 aa40.38■■■■■ 4.05
ACTN1-220ENST00000556433 SNAPC4Q5SXM2 1469 aa40.35■■■■■ 4.05
ACTN1-220ENST00000556433 CHMP7Q8WUX9 453 aaPredicted RBP40.31■■■■■ 4.04
ACTN1-220ENST00000556433 GRIN2BQ13224 1484 aa40.29■■■■■ 4.04
ACTN1-220ENST00000556433 CYB5RLQ6IPT4 315 aa40.27■■■■■ 4.04
ACTN1-220ENST00000556433 MAGI1Q96QZ7 1491 aaPredicted RBP40.24■■■■■ 4.03
ACTN1-220ENST00000556433 GAPVD1Q14C86 1478 aa40.19■■■■■ 4.02
ACTN1-220ENST00000556433 ABCA10Q8WWZ4 1543 aa40.16■■■■■ 4.02
ACTN1-220ENST00000556433 SYNJ2O15056 1496 aa40.13■■■■■ 4.01
ACTN1-220ENST00000556433 WRNQ14191 1432 aaPredicted RBP eCLIP40.09■■■■■ 4.01
ACTN1-220ENST00000556433 ARAP1Q96P48 1450 aa40.06■■■■■ 4
ACTN1-220ENST00000556433 SYNJ1O43426 1573 aa40.05■■■■■ 4
ACTN1-220ENST00000556433 PBRM1Q86U86 1689 aa40.03■■■■■ 4
ACTN1-220ENST00000556433 CLASP1Q7Z460 1538 aa40.02■■■■■ 4
ACTN1-220ENST00000556433 ABCA5Q8WWZ7 1642 aa40.01■■■■■ 4
ACTN1-220ENST00000556433 TOP2BQ02880 1626 aa39.98■■■■□ 3.99
ACTN1-220ENST00000556433 BIVM-ERCC5R4GMW8 1640 aa39.94■■■■□ 3.99
ACTN1-220ENST00000556433 TRHP20396 242 aaPredicted RBP39.76■■■■□ 3.96
ACTN1-220ENST00000556433 GRIN2AQ12879 1464 aa39.75■■■■□ 3.95
ACTN1-220ENST00000556433 FHAD1B1AJZ9 1412 aa39.7■■■■□ 3.95
ACTN1-220ENST00000556433 ADAMTS12P58397 1594 aa39.7■■■■□ 3.95
ACTN1-220ENST00000556433 ERICH3Q5RHP9 1530 aa39.64■■■■□ 3.94
ACTN1-220ENST00000556433 NUP160Q12769 1436 aa39.62■■■■□ 3.93
ACTN1-220ENST00000556433 CEP170Q5SW79 1584 aa39.57■■■■□ 3.92
ACTN1-220ENST00000556433 ERCC6L2Q5T890 1561 aa39.46■■■■□ 3.91
ACTN1-220ENST00000556433 SHROOM2Q13796 1616 aa39.34■■■■□ 3.89
ACTN1-220ENST00000556433 JPH4Q96JJ6 628 aa39.33■■■■□ 3.89
ACTN1-220ENST00000556433 KIF27Q86VH2 1401 aa39.31■■■■□ 3.88
ACTN1-220ENST00000556433 IGF1RP08069 1367 aa39.29■■■■□ 3.88
ACTN1-220ENST00000556433 PRG4Q92954 1404 aaPredicted RBP39.27■■■■□ 3.88
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 16 ms