Protein–RNA interactions for Protein: Q9UKF6

CPSF3, Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 684 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CPSF3Q9UKF6 PXDC1-202ENST00000380283 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.23■■□□□ 1.95
CPSF3Q9UKF6 JAG2-201ENST00000331782 5835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.23■■□□□ 1.95
CPSF3Q9UKF6 TMEM200C-201ENST00000383490 1920 ntAPPRIS P1 BASIC27.23■■□□□ 1.95
CPSF3Q9UKF6 EMID1-203ENST00000404820 2118 ntTSL 5 BASIC27.23■■□□□ 1.95
CPSF3Q9UKF6 SPIRE1-202ENST00000409402 5665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.23■■□□□ 1.95
CPSF3Q9UKF6 WTAP-206ENST00000621533 2109 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.22■■□□□ 1.95
CPSF3Q9UKF6 TRADD-201ENST00000345057 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.22■■□□□ 1.95
CPSF3Q9UKF6 TBX1-201ENST00000329705 1465 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.22■■□□□ 1.95
CPSF3Q9UKF6 ABHD17AP3-201ENST00000503096 1137 ntBASIC27.22■■□□□ 1.95
CPSF3Q9UKF6 KCTD15-206ENST00000588881 1211 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.22■■□□□ 1.95
CPSF3Q9UKF6 TSPOAP1-AS1-203ENST00000579527 2042 ntTSL 2 BASIC27.22■■□□□ 1.95
CPSF3Q9UKF6 ANKRD9-205ENST00000560748 1413 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.22■■□□□ 1.95
CPSF3Q9UKF6 SERPING1-205ENST00000403558 2231 ntTSL 5 BASIC27.21■■□□□ 1.95
CPSF3Q9UKF6 PIGX-201ENST00000296333 953 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.21■■□□□ 1.95
CPSF3Q9UKF6 MED25-210ENST00000612854 801 ntTSL 5 BASIC27.21■■□□□ 1.95
CPSF3Q9UKF6 MED25-213ENST00000620467 1293 ntTSL 1 (best) BASIC27.21■■□□□ 1.95
CPSF3Q9UKF6 MED25-214ENST00000622402 642 ntTSL 5 BASIC27.21■■□□□ 1.95
CPSF3Q9UKF6 ARPC2-202ENST00000315717 1505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.21■■□□□ 1.95
CPSF3Q9UKF6 GGA1-204ENST00000381756 2107 ntTSL 1 (best) BASIC27.2■■□□□ 1.95
CPSF3Q9UKF6 LINC01003-201ENST00000564834 1764 ntBASIC27.2■■□□□ 1.95
CPSF3Q9UKF6 EVC-203ENST00000509451 1960 ntTSL 1 (best) BASIC27.2■■□□□ 1.94
CPSF3Q9UKF6 MAP4K3-211ENST00000484274 407 ntTSL 2 BASIC27.19■■□□□ 1.94
CPSF3Q9UKF6 SLC16A3-214ENST00000582743 2002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.19■■□□□ 1.94
CPSF3Q9UKF6 BLOC1S3-202ENST00000587722 732 ntAPPRIS P1 BASIC27.18■■□□□ 1.94
CPSF3Q9UKF6 TXNRD2-205ENST00000400525 1874 ntTSL 5 BASIC27.18■■□□□ 1.94
CPSF3Q9UKF6 BMP7-204ENST00000450594 1857 ntTSL 2 BASIC27.18■■□□□ 1.94
CPSF3Q9UKF6 TCF24-201ENST00000563496 2450 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.17■■□□□ 1.94
CPSF3Q9UKF6 WDR86-204ENST00000477459 1428 ntTSL 2 BASIC27.17■■□□□ 1.94
CPSF3Q9UKF6 TMEM9-201ENST00000367330 1959 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
CPSF3Q9UKF6 FBXL8-206ENST00000519917 1460 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.17■■□□□ 1.94
CPSF3Q9UKF6 PPP4R4-202ENST00000328839 876 ntTSL 1 (best) BASIC27.16■■□□□ 1.94
CPSF3Q9UKF6 HSD17B1P1-201ENST00000590052 955 ntBASIC27.16■■□□□ 1.94
CPSF3Q9UKF6 ARPC2-201ENST00000295685 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.16■■□□□ 1.94
CPSF3Q9UKF6 KCNG2-201ENST00000316249 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.16■■□□□ 1.94
CPSF3Q9UKF6 VEGFC-202ENST00000618562 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.15■■□□□ 1.94
CPSF3Q9UKF6 PTPMT1-203ENST00000426530 1014 ntTSL 1 (best) BASIC27.15■■□□□ 1.94
CPSF3Q9UKF6 REXO4-201ENST00000371935 1899 ntTSL 3 BASIC27.15■■□□□ 1.94
CPSF3Q9UKF6 SLC12A2-202ENST00000343225 5509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.14■■□□□ 1.94
CPSF3Q9UKF6 ARHGEF7-206ENST00000375741 5525 ntTSL 1 (best) BASIC27.14■■□□□ 1.94
CPSF3Q9UKF6 GPX1-201ENST00000419349 1106 ntBASIC27.14■■□□□ 1.94
CPSF3Q9UKF6 AP000911.3-201ENST00000526377 1130 ntTSL 3 BASIC27.14■■□□□ 1.94
CPSF3Q9UKF6 GNPTG-204ENST00000527137 386 ntTSL 2 BASIC27.14■■□□□ 1.94
CPSF3Q9UKF6 AC060814.1-201ENST00000554326 538 ntBASIC27.14■■□□□ 1.94
CPSF3Q9UKF6 TMEM114-202ENST00000568335 899 ntTSL 3 BASIC27.14■■□□□ 1.94
CPSF3Q9UKF6 TSR3-201ENST00000007390 1243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.14■■□□□ 1.94
CPSF3Q9UKF6 EMC10-206ENST00000598585 1610 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.14■■□□□ 1.94
CPSF3Q9UKF6 YBX2-201ENST00000007699 1590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.14■■□□□ 1.93
CPSF3Q9UKF6 CIB2-202ENST00000539011 1511 ntTSL 1 (best) BASIC27.13■■□□□ 1.93
CPSF3Q9UKF6 CEP120-209ENST00000515110 606 ntTSL 3 BASIC27.13■■□□□ 1.93
CPSF3Q9UKF6 UBALD1-203ENST00000587649 707 ntTSL 3 BASIC27.13■■□□□ 1.93
CPSF3Q9UKF6 AC022413.1-201ENST00000624602 984 ntBASIC27.13■■□□□ 1.93
CPSF3Q9UKF6 MAPKAPK2-201ENST00000294981 2171 ntTSL 1 (best) BASIC27.13■■□□□ 1.93
CPSF3Q9UKF6 PLPPR3-204ENST00000520876 2328 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.13■■□□□ 1.93
CPSF3Q9UKF6 LYPD6B-203ENST00000409642 1577 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.13■■□□□ 1.93
CPSF3Q9UKF6 HYAL2-202ENST00000395139 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.13■■□□□ 1.93
CPSF3Q9UKF6 BX255925.1-201ENST00000566954 1854 ntBASIC27.13■■□□□ 1.93
CPSF3Q9UKF6 RAD21-AS1-201ENST00000521487 2010 ntTSL 1 (best) BASIC27.12■■□□□ 1.93
CPSF3Q9UKF6 PMS1-220ENST00000618056 1468 ntTSL 5 BASIC27.12■■□□□ 1.93
CPSF3Q9UKF6 TTC39C-209ENST00000584250 1048 ntTSL 1 (best) BASIC27.11■■□□□ 1.93
CPSF3Q9UKF6 HDHD5-202ENST00000336737 1799 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.1■■□□□ 1.93
CPSF3Q9UKF6 KDM4C-203ENST00000401787 1406 ntTSL 1 (best) BASIC27.1■■□□□ 1.93
CPSF3Q9UKF6 SAE1-209ENST00000598840 1831 ntTSL 5 BASIC27.1■■□□□ 1.93
CPSF3Q9UKF6 CTSZ-201ENST00000217131 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.1■■□□□ 1.93
CPSF3Q9UKF6 SHOX2-201ENST00000389589 2072 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.1■■□□□ 1.93
CPSF3Q9UKF6 CD6-206ENST00000452451 1782 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.09■■□□□ 1.93
CPSF3Q9UKF6 EFEMP2-201ENST00000307998 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.09■■□□□ 1.93
CPSF3Q9UKF6 C1orf122-201ENST00000373042 973 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.09■■□□□ 1.93
CPSF3Q9UKF6 SOD3-201ENST00000382120 1526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.08■■□□□ 1.93
CPSF3Q9UKF6 MAP3K8-203ENST00000375322 932 ntTSL 2 BASIC27.08■■□□□ 1.93
CPSF3Q9UKF6 IZUMO4-202ENST00000395301 1021 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.08■■□□□ 1.93
CPSF3Q9UKF6 AC126177.7-201ENST00000547904 679 ntBASIC27.08■■□□□ 1.93
CPSF3Q9UKF6 TBX2-AS1-202ENST00000589814 539 ntTSL 3 BASIC27.08■■□□□ 1.93
CPSF3Q9UKF6 ZNF639-209ENST00000496856 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.07■■□□□ 1.92
CPSF3Q9UKF6 AL359258.2-201ENST00000564063 1566 ntBASIC27.07■■□□□ 1.92
CPSF3Q9UKF6 GPR137-202ENST00000377702 1478 ntTSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
CPSF3Q9UKF6 EMID1-202ENST00000404755 2049 ntTSL 5 BASIC27.06■■□□□ 1.92
CPSF3Q9UKF6 MFSD12-201ENST00000355415 2124 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
CPSF3Q9UKF6 NME2-205ENST00000512737 826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
CPSF3Q9UKF6 ANKRD65-205ENST00000537107 2190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.06■■□□□ 1.92
CPSF3Q9UKF6 PTPRF-216ENST00000617451 1129 ntTSL 5 BASIC27.05■■□□□ 1.92
CPSF3Q9UKF6 AP003068.2-202ENST00000526623 1662 ntTSL 2 BASIC27.05■■□□□ 1.92
CPSF3Q9UKF6 AGO3-204ENST00000397828 1035 ntTSL 2 BASIC27.04■■□□□ 1.92
CPSF3Q9UKF6 IGFBP2-201ENST00000233809 1439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
CPSF3Q9UKF6 C12orf75-201ENST00000443585 1366 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.03■■□□□ 1.92
CPSF3Q9UKF6 ANKRD53-203ENST00000441349 1797 ntTSL 5 BASIC27.02■■□□□ 1.92
CPSF3Q9UKF6 WHAMMP3-201ENST00000611636 1609 ntBASIC27.02■■□□□ 1.92
CPSF3Q9UKF6 CAPNS1-215ENST00000628018 1509 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.02■■□□□ 1.92
CPSF3Q9UKF6 AC068134.2-201ENST00000437095 576 ntTSL 3 BASIC27.02■■□□□ 1.92
CPSF3Q9UKF6 AC092296.2-201ENST00000589470 999 ntBASIC27.02■■□□□ 1.92
CPSF3Q9UKF6 MCCD1-201ENST00000376191 955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.01■■□□□ 1.91
CPSF3Q9UKF6 C14orf80-205ENST00000392523 1845 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.01■■□□□ 1.91
CPSF3Q9UKF6 FKBP1A-204ENST00000400137 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.01■■□□□ 1.91
CPSF3Q9UKF6 ARHGEF7-205ENST00000375739 5375 ntTSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1.91
CPSF3Q9UKF6 RNF126P1-201ENST00000567452 1320 ntBASIC27■■□□□ 1.91
CPSF3Q9UKF6 AL157400.5-201ENST00000507624 621 ntBASIC27■■□□□ 1.91
CPSF3Q9UKF6 C8orf58-202ENST00000409586 2021 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27■■□□□ 1.91
CPSF3Q9UKF6 AC009690.3-201ENST00000569547 1902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27■■□□□ 1.91
CPSF3Q9UKF6 RFFL-206ENST00000447669 2030 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.99■■□□□ 1.91
CPSF3Q9UKF6 BRD4-212ENST00000630599 726 ntTSL 2 BASIC26.99■■□□□ 1.91
CPSF3Q9UKF6 HES4-202ENST00000428771 1040 ntTSL 2 BASIC26.98■■□□□ 1.91
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22 ms