Protein–RNA interactions for Protein: Q14050

COL9A3, Collagen alpha-3(IX) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 684 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL9A3Q14050 FBLL1-201ENST00000338333 1519 ntAPPRIS P1 BASIC40.37■■■■■ 4.05
COL9A3Q14050 TCF15-201ENST00000246080 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.97■■■■□ 3.99
COL9A3Q14050 AL356512.1-201ENST00000607453 1739 ntBASIC39.47■■■■□ 3.91
COL9A3Q14050 CSNK1E-204ENST00000403904 1580 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC39.34■■■■□ 3.89
COL9A3Q14050 AES-202ENST00000327141 1608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.05■■■■□ 3.84
COL9A3Q14050 PPP1CA-203ENST00000376745 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.98■■■■□ 3.83
COL9A3Q14050 HES6-203ENST00000409160 1600 ntTSL 2 BASIC38.89■■■■□ 3.82
COL9A3Q14050 PRR5-217ENST00000617066 1726 ntTSL 5 BASIC38.75■■■■□ 3.79
COL9A3Q14050 SEPT3-204ENST00000406029 1866 ntTSL 5 BASIC38.73■■■■□ 3.79
COL9A3Q14050 SSSCA1-205ENST00000527920 806 ntTSL 3 BASIC38.34■■■■□ 3.73
COL9A3Q14050 PHF10-201ENST00000339209 1719 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC38.33■■■■□ 3.73
COL9A3Q14050 PRR5-216ENST00000611394 1843 ntTSL 2 BASIC38.22■■■■□ 3.71
COL9A3Q14050 AC116565.1-201ENST00000610212 2421 ntAPPRIS P1 BASIC37.97■■■■□ 3.67
COL9A3Q14050 PTF1A-201ENST00000376504 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.83■■■■□ 3.65
COL9A3Q14050 ZFYVE21-201ENST00000216602 1521 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC37.62■■■■□ 3.61
COL9A3Q14050 HRAS-203ENST00000397596 1100 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC37.59■■■■□ 3.61
COL9A3Q14050 OLFM1-208ENST00000392991 1057 ntTSL 2 BASIC37.33■■■■□ 3.57
COL9A3Q14050 NECTIN3-201ENST00000319792 1549 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC37.2■■■■□ 3.55
COL9A3Q14050 FAM149A-205ENST00000502970 1990 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC37.2■■■■□ 3.55
COL9A3Q14050 MPND-201ENST00000262966 1567 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC37.14■■■■□ 3.54
COL9A3Q14050 RAB12-201ENST00000329286 2137 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.12■■■■□ 3.53
COL9A3Q14050 GIPC1-205ENST00000586027 1386 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC37.1■■■■□ 3.53
COL9A3Q14050 CYHR1-209ENST00000530374 1870 ntTSL 3 BASIC37.06■■■■□ 3.52
COL9A3Q14050 TAF5L-202ENST00000366674 492 ntTSL 3 BASIC37.03■■■■□ 3.52
COL9A3Q14050 ANKRD60-201ENST00000457363 1038 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC36.94■■■■□ 3.5
COL9A3Q14050 ZNF358-202ENST00000597229 1954 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC36.91■■■■□ 3.5
COL9A3Q14050 NT5DC2-203ENST00000459839 1639 ntTSL 1 (best) BASIC36.82■■■■□ 3.49
COL9A3Q14050 CAPNS1-206ENST00000588815 1471 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC36.63■■■■□ 3.45
COL9A3Q14050 SLC25A28-201ENST00000370495 1451 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.56■■■■□ 3.44
COL9A3Q14050 PPP2CB-204ENST00000518564 691 ntTSL 3 BASIC36.52■■■■□ 3.44
COL9A3Q14050 FAM149A-215ENST00000514153 2070 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC36.47■■■■□ 3.43
COL9A3Q14050 PPP2CB-201ENST00000221138 2006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.42■■■■□ 3.42
COL9A3Q14050 TRIP10-202ENST00000313285 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.38■■■■□ 3.41
COL9A3Q14050 MPND-207ENST00000599840 1611 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC36.37■■■■□ 3.41
COL9A3Q14050 FOXD1-202ENST00000615637 2272 ntAPPRIS P1 BASIC36.37■■■■□ 3.41
COL9A3Q14050 CCM2-219ENST00000544363 1620 ntTSL 3 BASIC36.16■■■■□ 3.38
COL9A3Q14050 CSNK1E-206ENST00000413574 1631 ntTSL 5 BASIC36.15■■■■□ 3.38
COL9A3Q14050 METRNL-201ENST00000320095 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.1■■■■□ 3.37
COL9A3Q14050 UBE2M-201ENST00000253023 1508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.05■■■■□ 3.36
COL9A3Q14050 TGIF1-202ENST00000343820 2076 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.04■■■■□ 3.36
COL9A3Q14050 ACOT7-209ENST00000545482 1804 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC35.91■■■■□ 3.34
COL9A3Q14050 GALR3-201ENST00000249041 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.87■■■■□ 3.33
COL9A3Q14050 PWWP2B-202ENST00000631148 2013 ntTSL 5 BASIC35.84■■■■□ 3.33
COL9A3Q14050 KHSRP-213ENST00000619396 2226 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC35.84■■■■□ 3.33
COL9A3Q14050 CMTM4-202ENST00000394106 1187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.79■■■■□ 3.32
COL9A3Q14050 CMTM4-204ENST00000563952 1023 ntTSL 1 (best) BASIC35.79■■■■□ 3.32
COL9A3Q14050 CDV3-203ENST00000431519 955 ntTSL 1 (best) BASIC35.77■■■■□ 3.32
COL9A3Q14050 B4GALT2-203ENST00000372324 2203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.72■■■■□ 3.31
COL9A3Q14050 INO80B-201ENST00000233331 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.72■■■■□ 3.31
COL9A3Q14050 INO80B-203ENST00000409917 796 ntTSL 2 BASIC35.7■■■■□ 3.31
COL9A3Q14050 NT5DC2-202ENST00000422318 1795 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC35.68■■■■□ 3.3
COL9A3Q14050 CACNG8-202ENST00000638874 1278 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC35.63■■■■□ 3.29
COL9A3Q14050 C11orf68-202ENST00000449692 1559 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC35.63■■■■□ 3.29
COL9A3Q14050 AL357033.3-201ENST00000620143 614 ntTSL 3 BASIC35.52■■■■□ 3.28
COL9A3Q14050 NKAIN4-203ENST00000370316 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.5■■■■□ 3.27
COL9A3Q14050 C11orf63-202ENST00000307257 1964 ntTSL 2 BASIC35.48■■■■□ 3.27
COL9A3Q14050 PABPN1-201ENST00000216727 2001 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC35.41■■■■□ 3.26
COL9A3Q14050 INO80B-WBP1-202ENST00000452361 2040 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC35.28■■■■□ 3.24
COL9A3Q14050 HAPLN2-201ENST00000255039 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.28■■■■□ 3.24
COL9A3Q14050 AC015813.7-201ENST00000623294 581 ntBASIC35.24■■■■□ 3.23
COL9A3Q14050 RAN-202ENST00000392369 1530 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.2■■■■□ 3.23
COL9A3Q14050 FEZF2-203ENST00000486811 2001 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC35.17■■■■□ 3.22
COL9A3Q14050 NT5M-207ENST00000616989 1635 ntTSL 1 (best) BASIC35.16■■■■□ 3.22
COL9A3Q14050 ILK-212ENST00000532063 1617 ntTSL 2 BASIC35.14■■■■□ 3.22
COL9A3Q14050 MAPK3-201ENST00000263025 1861 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC35.13■■■■□ 3.21
COL9A3Q14050 C11orf84-201ENST00000294244 2024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.05■■■■□ 3.2
COL9A3Q14050 LMO2-202ENST00000395833 1687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35■■■■□ 3.19
COL9A3Q14050 KIAA2013-203ENST00000616327 2170 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC34.99■■■■□ 3.19
COL9A3Q14050 HAGHL-201ENST00000341413 1701 ntTSL 2 BASIC34.96■■■■□ 3.19
COL9A3Q14050 FAM89B-203ENST00000530349 1263 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC34.96■■■■□ 3.19
COL9A3Q14050 CRIP2-201ENST00000329146 1857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.95■■■■□ 3.18
COL9A3Q14050 LIMCH1-211ENST00000509638 1570 ntTSL 1 (best) BASIC34.92■■■■□ 3.18
COL9A3Q14050 MAPK3-202ENST00000322266 1743 ntTSL 5 BASIC34.91■■■■□ 3.18
COL9A3Q14050 ECHS1-201ENST00000368547 1617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.9■■■■□ 3.18
COL9A3Q14050 SLC25A10-203ENST00000545862 1911 ntTSL 1 (best) BASIC34.87■■■■□ 3.17
COL9A3Q14050 CSNK1E-205ENST00000405675 2127 ntTSL 5 BASIC34.75■■■■□ 3.15
COL9A3Q14050 ALYREF-202ENST00000505490 1088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.75■■■■□ 3.15
COL9A3Q14050 AL136373.1-201ENST00000634804 1449 ntAPPRIS P1 BASIC34.74■■■■□ 3.15
COL9A3Q14050 FAM89B-202ENST00000449319 1337 ntTSL 1 (best) BASIC34.73■■■■□ 3.15
COL9A3Q14050 AC008738.5-201ENST00000587312 482 ntTSL 3 BASIC34.69■■■■□ 3.14
COL9A3Q14050 AGAP1-204ENST00000409457 2165 ntTSL 1 (best) BASIC34.62■■■■□ 3.13
COL9A3Q14050 CYBA-201ENST00000261623 797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.6■■■■□ 3.13
COL9A3Q14050 SATB1-AS1-216ENST00000598149 1119 ntTSL 2 BASIC34.6■■■■□ 3.13
COL9A3Q14050 HOXB3-208ENST00000476342 1420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.6■■■■□ 3.13
COL9A3Q14050 TPRG1L-201ENST00000344579 2189 ntTSL 1 (best) BASIC34.6■■■■□ 3.13
COL9A3Q14050 Z97634.1-201ENST00000412293 1715 ntTSL 1 (best) BASIC34.58■■■■□ 3.13
COL9A3Q14050 CTDNEP1-208ENST00000573600 1724 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC34.56■■■■□ 3.12
COL9A3Q14050 SSBP3-204ENST00000371320 2077 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC34.54■■■■□ 3.12
COL9A3Q14050 FAM19A5-203ENST00000402357 1508 ntTSL 1 (best) BASIC34.47■■■■□ 3.11
COL9A3Q14050 ADRA1D-201ENST00000379453 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.45■■■■□ 3.11
COL9A3Q14050 NADK2-202ENST00000381937 2243 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC34.4■■■■□ 3.1
COL9A3Q14050 CHCHD4-202ENST00000396914 1405 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.4■■■■□ 3.1
COL9A3Q14050 SDCCAG3-202ENST00000357365 2304 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC34.39■■■■□ 3.1
COL9A3Q14050 AC006077.2-201ENST00000623591 457 ntBASIC34.38■■■■□ 3.09
COL9A3Q14050 AC145285.7-201ENST00000614819 1539 ntBASIC34.36■■■■□ 3.09
COL9A3Q14050 ANKRD65-203ENST00000454272 1506 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC34.34■■■■□ 3.09
COL9A3Q14050 SULT4A1-201ENST00000330884 2468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.33■■■■□ 3.09
COL9A3Q14050 DRD4-201ENST00000176183 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.32■■■■□ 3.08
COL9A3Q14050 ADRA2C-201ENST00000330055 2129 ntAPPRIS P1 BASIC34.31■■■■□ 3.08
COL9A3Q14050 STK25-202ENST00000401869 2251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.28■■■■□ 3.08
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