Protein–RNA interactions for Protein: P23469

PTPRE, Receptor-type tyrosine-protein phosphatase epsilon, humanhuman

Predictions only

Length 700 aa.

Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PTPREP23469 FBLL1-201ENST00000338333 1519 ntAPPRIS P1 BASIC39.73■■■■□ 3.95
PTPREP23469 SSSCA1-205ENST00000527920 806 ntTSL 3 BASIC39.26■■■■□ 3.88
PTPREP23469 PPP1CA-203ENST00000376745 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.71■■■■□ 3.79
PTPREP23469 HRAS-203ENST00000397596 1100 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC38.7■■■■□ 3.79
PTPREP23469 AES-202ENST00000327141 1608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.4■■■■□ 3.74
PTPREP23469 TCF15-201ENST00000246080 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.35■■■■□ 3.73
PTPREP23469 CSNK1E-204ENST00000403904 1580 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC38.2■■■■□ 3.71
PTPREP23469 AL356512.1-201ENST00000607453 1739 ntBASIC37.92■■■■□ 3.66
PTPREP23469 ANKRD60-201ENST00000457363 1038 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC37.62■■■■□ 3.61
PTPREP23469 HES6-203ENST00000409160 1600 ntTSL 2 BASIC37.43■■■■□ 3.58
PTPREP23469 PPP2CB-204ENST00000518564 691 ntTSL 3 BASIC37.41■■■■□ 3.58
PTPREP23469 SEPT3-204ENST00000406029 1866 ntTSL 5 BASIC37.36■■■■□ 3.57
PTPREP23469 OLFM1-208ENST00000392991 1057 ntTSL 2 BASIC37.31■■■■□ 3.56
PTPREP23469 TAF5L-202ENST00000366674 492 ntTSL 3 BASIC37.26■■■■□ 3.56
PTPREP23469 CACNG8-202ENST00000638874 1278 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC37.21■■■■□ 3.55
PTPREP23469 CDV3-203ENST00000431519 955 ntTSL 1 (best) BASIC37.12■■■■□ 3.53
PTPREP23469 PRR5-217ENST00000617066 1726 ntTSL 5 BASIC37.11■■■■□ 3.53
PTPREP23469 ZFYVE21-201ENST00000216602 1521 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC37.03■■■■□ 3.52
PTPREP23469 PHF10-201ENST00000339209 1719 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC37■■■■□ 3.51
PTPREP23469 MPND-201ENST00000262966 1567 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC36.87■■■■□ 3.49
PTPREP23469 GALR3-201ENST00000249041 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.83■■■■□ 3.49
PTPREP23469 PRR5-216ENST00000611394 1843 ntTSL 2 BASIC36.69■■■■□ 3.46
PTPREP23469 ALYREF-202ENST00000505490 1088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.64■■■■□ 3.46
PTPREP23469 AC116565.1-201ENST00000610212 2421 ntAPPRIS P1 BASIC36.48■■■■□ 3.43
PTPREP23469 CMTM4-202ENST00000394106 1187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.4■■■■□ 3.42
PTPREP23469 CMTM4-204ENST00000563952 1023 ntTSL 1 (best) BASIC36.4■■■■□ 3.42
PTPREP23469 GIPC1-205ENST00000586027 1386 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC36.38■■■■□ 3.41
PTPREP23469 AL357033.3-201ENST00000620143 614 ntTSL 3 BASIC36.32■■■■□ 3.4
PTPREP23469 PTF1A-201ENST00000376504 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.26■■■■□ 3.4
PTPREP23469 INO80B-201ENST00000233331 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.25■■■■□ 3.39
PTPREP23469 FAM89B-203ENST00000530349 1263 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC36.25■■■■□ 3.39
PTPREP23469 INO80B-203ENST00000409917 796 ntTSL 2 BASIC36.15■■■■□ 3.38
PTPREP23469 CYBA-201ENST00000261623 797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.04■■■■□ 3.36
PTPREP23469 MAF-203ENST00000569649 1217 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC35.94■■■■□ 3.34
PTPREP23469 FAM149A-205ENST00000502970 1990 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC35.76■■■■□ 3.32
PTPREP23469 CYHR1-209ENST00000530374 1870 ntTSL 3 BASIC35.76■■■■□ 3.32
PTPREP23469 RAB12-201ENST00000329286 2137 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.74■■■■□ 3.31
PTPREP23469 NECTIN3-201ENST00000319792 1549 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC35.73■■■■□ 3.31
PTPREP23469 AC006077.2-201ENST00000623591 457 ntBASIC35.72■■■■□ 3.31
PTPREP23469 ZNRF2P1-201ENST00000441407 443 ntBASIC35.7■■■■□ 3.31
PTPREP23469 SLC25A28-201ENST00000370495 1451 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.67■■■■□ 3.3
PTPREP23469 AC008738.5-201ENST00000587312 482 ntTSL 3 BASIC35.66■■■■□ 3.3
PTPREP23469 AC015813.7-201ENST00000623294 581 ntBASIC35.61■■■■□ 3.29
PTPREP23469 SATB1-AS1-216ENST00000598149 1119 ntTSL 2 BASIC35.53■■■■□ 3.28
PTPREP23469 ZNF358-202ENST00000597229 1954 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC35.47■■■■□ 3.27
PTPREP23469 CSNK1E-206ENST00000413574 1631 ntTSL 5 BASIC35.35■■■■□ 3.25
PTPREP23469 CAPNS1-206ENST00000588815 1471 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC35.32■■■■□ 3.24
PTPREP23469 ARTN-201ENST00000372354 1003 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC35.31■■■■□ 3.24
PTPREP23469 PRELID2-202ENST00000394450 1102 ntTSL 1 (best) BASIC35.29■■■■□ 3.24
PTPREP23469 PPP2CB-201ENST00000221138 2006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.24■■■■□ 3.23
PTPREP23469 NT5DC2-203ENST00000459839 1639 ntTSL 1 (best) BASIC35.2■■■■□ 3.23
PTPREP23469 UBE2M-201ENST00000253023 1508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.12■■■■□ 3.21
PTPREP23469 C11orf68-202ENST00000449692 1559 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC35.11■■■■□ 3.21
PTPREP23469 MPND-207ENST00000599840 1611 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC35.03■■■■□ 3.2
PTPREP23469 TRIP10-202ENST00000313285 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.02■■■■□ 3.2
PTPREP23469 FAM89B-202ENST00000449319 1337 ntTSL 1 (best) BASIC35.01■■■■□ 3.19
PTPREP23469 NKAIN4-203ENST00000370316 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.98■■■■□ 3.19
PTPREP23469 FOXD1-202ENST00000615637 2272 ntAPPRIS P1 BASIC34.95■■■■□ 3.19
PTPREP23469 ACOT7-209ENST00000545482 1804 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.95■■■■□ 3.18
PTPREP23469 HAGHL-201ENST00000341413 1701 ntTSL 2 BASIC34.86■■■■□ 3.17
PTPREP23469 FAM149A-215ENST00000514153 2070 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC34.82■■■■□ 3.16
PTPREP23469 TGIF1-202ENST00000343820 2076 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.81■■■■□ 3.16
PTPREP23469 AP002365.1-201ENST00000603448 772 ntBASIC34.8■■■■□ 3.16
PTPREP23469 CCM2-219ENST00000544363 1620 ntTSL 3 BASIC34.7■■■■□ 3.14
PTPREP23469 CLEC3B-201ENST00000296130 936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.62■■■■□ 3.13
PTPREP23469 METRNL-201ENST00000320095 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.61■■■■□ 3.13
PTPREP23469 AC079848.1-201ENST00000511301 327 ntTSL 3 BASIC34.6■■■■□ 3.13
PTPREP23469 H2AFV-202ENST00000308153 752 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC34.58■■■■□ 3.13
PTPREP23469 FAM58A-202ENST00000440428 1164 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC34.58■■■■□ 3.13
PTPREP23469 FGF2-203ENST00000614010 867 ntTSL 1 (best) BASIC34.56■■■■□ 3.12
PTPREP23469 MBD2-202ENST00000398398 1237 ntTSL 2 BASIC34.52■■■■□ 3.12
PTPREP23469 MBD2-205ENST00000583046 1182 ntTSL 1 (best) BASIC34.52■■■■□ 3.12
PTPREP23469 HMGB1-205ENST00000399494 1282 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC34.48■■■■□ 3.11
PTPREP23469 NT5M-207ENST00000616989 1635 ntTSL 1 (best) BASIC34.47■■■■□ 3.11
PTPREP23469 KHSRP-213ENST00000619396 2226 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC34.46■■■■□ 3.11
PTPREP23469 SYNGR1-202ENST00000318801 1361 ntTSL 1 (best) BASIC34.46■■■■□ 3.11
PTPREP23469 PQLC1-211ENST00000590381 1247 ntTSL 2 BASIC34.45■■■■□ 3.11
PTPREP23469 AC005524.1-203ENST00000586528 451 ntTSL 3 BASIC34.43■■■■□ 3.1
PTPREP23469 ARTN-211ENST00000498139 1303 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC34.4■■■■□ 3.1
PTPREP23469 C11orf63-202ENST00000307257 1964 ntTSL 2 BASIC34.38■■■■□ 3.09
PTPREP23469 HOXB3-208ENST00000476342 1420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.35■■■■□ 3.09
PTPREP23469 AL355297.4-201ENST00000603191 1249 ntTSL 3 BASIC34.34■■■■□ 3.09
PTPREP23469 LINC01578-201ENST00000553829 732 ntTSL 2 BASIC34.31■■■■□ 3.08
PTPREP23469 NRGN-201ENST00000284292 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.25■■■■□ 3.07
PTPREP23469 NKX1-1-201ENST00000422806 1236 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC34.22■■■■□ 3.07
PTPREP23469 RAN-202ENST00000392369 1530 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.21■■■■□ 3.07
PTPREP23469 CHCHD4-202ENST00000396914 1405 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.21■■■■□ 3.07
PTPREP23469 MAP6D1-202ENST00000431348 890 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC34.18■■■■□ 3.06
PTPREP23469 AL136373.1-201ENST00000634804 1449 ntAPPRIS P1 BASIC34.15■■■■□ 3.06
PTPREP23469 LIMCH1-211ENST00000509638 1570 ntTSL 1 (best) BASIC34.15■■■■□ 3.06
PTPREP23469 NT5DC2-202ENST00000422318 1795 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC34.13■■■■□ 3.05
PTPREP23469 PABPN1-201ENST00000216727 2001 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC34.13■■■■□ 3.05
PTPREP23469 PWWP2B-202ENST00000631148 2013 ntTSL 5 BASIC34.13■■■■□ 3.05
PTPREP23469 B4GALT2-203ENST00000372324 2203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.11■■■■□ 3.05
PTPREP23469 AGTRAP-204ENST00000376637 1067 ntTSL 2 BASIC34.11■■■■□ 3.05
PTPREP23469 AP001107.7-201ENST00000533287 272 ntTSL 2 BASIC34.11■■■■□ 3.05
PTPREP23469 CBX4-202ENST00000448310 718 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC34.1■■■■□ 3.05
PTPREP23469 INO80B-WBP1-202ENST00000452361 2040 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC34.09■■■■□ 3.05
PTPREP23469 DYNLL1-207ENST00000549989 719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.08■■■■□ 3.05
PTPREP23469 DYNLL1-208ENST00000550178 581 ntBASIC34.08■■■■□ 3.05
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18.4 ms