Protein–RNA interactions for Protein: O15259

NPHP1, Nephrocystin-1, humanhuman

Predictions only

Length 732 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NPHP1O15259 FBLL1-201ENST00000338333 1519 ntAPPRIS P1 BASIC43.59■■■■■ 4.57
NPHP1O15259 SSSCA1-205ENST00000527920 806 ntTSL 3 BASIC43.12■■■■■ 4.49
NPHP1O15259 HRAS-203ENST00000397596 1100 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC42.52■■■■■ 4.4
NPHP1O15259 PPP1CA-203ENST00000376745 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.43■■■■■ 4.38
NPHP1O15259 AES-202ENST00000327141 1608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.19■■■■■ 4.34
NPHP1O15259 CSNK1E-204ENST00000403904 1580 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC41.96■■■■■ 4.31
NPHP1O15259 TCF15-201ENST00000246080 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.76■■■■■ 4.28
NPHP1O15259 AL356512.1-201ENST00000607453 1739 ntBASIC41.62■■■■■ 4.25
NPHP1O15259 ANKRD60-201ENST00000457363 1038 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC41.38■■■■■ 4.21
NPHP1O15259 PPP2CB-204ENST00000518564 691 ntTSL 3 BASIC41.27■■■■■ 4.2
NPHP1O15259 CACNG8-202ENST00000638874 1278 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC41.04■■■■■ 4.16
NPHP1O15259 TAF5L-202ENST00000366674 492 ntTSL 3 BASIC40.96■■■■■ 4.15
NPHP1O15259 CDV3-203ENST00000431519 955 ntTSL 1 (best) BASIC40.95■■■■■ 4.15
NPHP1O15259 OLFM1-208ENST00000392991 1057 ntTSL 2 BASIC40.94■■■■■ 4.14
NPHP1O15259 ZFYVE21-201ENST00000216602 1521 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC40.72■■■■■ 4.11
NPHP1O15259 PHF10-201ENST00000339209 1719 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC40.67■■■■■ 4.1
NPHP1O15259 MPND-201ENST00000262966 1567 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC40.51■■■■■ 4.08
NPHP1O15259 GALR3-201ENST00000249041 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.42■■■■■ 4.06
NPHP1O15259 ALYREF-202ENST00000505490 1088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.18■■■■■ 4.02
NPHP1O15259 CMTM4-202ENST00000394106 1187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.11■■■■■ 4.01
NPHP1O15259 CMTM4-204ENST00000563952 1023 ntTSL 1 (best) BASIC40.11■■■■■ 4.01
NPHP1O15259 HES6-203ENST00000409160 1600 ntTSL 2 BASIC40.09■■■■■ 4.01
NPHP1O15259 FAM89B-203ENST00000530349 1263 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC40.08■■■■■ 4.01
NPHP1O15259 AL357033.3-201ENST00000620143 614 ntTSL 3 BASIC40.04■■■■■ 4
NPHP1O15259 INO80B-201ENST00000233331 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.91■■■■□ 3.98
NPHP1O15259 GIPC1-205ENST00000586027 1386 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC39.88■■■■□ 3.97
NPHP1O15259 PRR5-217ENST00000617066 1726 ntTSL 5 BASIC39.77■■■■□ 3.96
NPHP1O15259 PTF1A-201ENST00000376504 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.71■■■■□ 3.95
NPHP1O15259 INO80B-203ENST00000409917 796 ntTSL 2 BASIC39.71■■■■□ 3.95
NPHP1O15259 PRR5-216ENST00000611394 1843 ntTSL 2 BASIC39.68■■■■□ 3.94
NPHP1O15259 CYBA-201ENST00000261623 797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.65■■■■□ 3.94
NPHP1O15259 MAF-203ENST00000569649 1217 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC39.49■■■■□ 3.91
NPHP1O15259 AC008738.5-201ENST00000587312 482 ntTSL 3 BASIC39.29■■■■□ 3.88
NPHP1O15259 ZNRF2P1-201ENST00000441407 443 ntBASIC39.25■■■■□ 3.87
NPHP1O15259 AC006077.2-201ENST00000623591 457 ntBASIC39.25■■■■□ 3.87
NPHP1O15259 SLC25A28-201ENST00000370495 1451 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.19■■■■□ 3.86
NPHP1O15259 SATB1-AS1-216ENST00000598149 1119 ntTSL 2 BASIC39.19■■■■□ 3.86
NPHP1O15259 AC015813.7-201ENST00000623294 581 ntBASIC39.05■■■■□ 3.84
NPHP1O15259 PRELID2-202ENST00000394450 1102 ntTSL 1 (best) BASIC38.96■■■■□ 3.83
NPHP1O15259 ARTN-201ENST00000372354 1003 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC38.94■■■■□ 3.82
NPHP1O15259 CSNK1E-206ENST00000413574 1631 ntTSL 5 BASIC38.84■■■■□ 3.81
NPHP1O15259 UBE2M-201ENST00000253023 1508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.58■■■■□ 3.77
NPHP1O15259 NT5DC2-203ENST00000459839 1639 ntTSL 1 (best) BASIC38.57■■■■□ 3.77
NPHP1O15259 FAM89B-202ENST00000449319 1337 ntTSL 1 (best) BASIC38.52■■■■□ 3.76
NPHP1O15259 C11orf68-202ENST00000449692 1559 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC38.52■■■■□ 3.76
NPHP1O15259 NKAIN4-203ENST00000370316 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.5■■■■□ 3.75
NPHP1O15259 HAGHL-201ENST00000341413 1701 ntTSL 2 BASIC38.38■■■■□ 3.73
NPHP1O15259 AP002365.1-201ENST00000603448 772 ntBASIC38.3■■■■□ 3.72
NPHP1O15259 SEPT3-204ENST00000406029 1866 ntTSL 5 BASIC38.28■■■■□ 3.72
NPHP1O15259 NECTIN3-201ENST00000319792 1549 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC38.26■■■■□ 3.72
NPHP1O15259 CAPNS1-206ENST00000588815 1471 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC38.16■■■■□ 3.7
NPHP1O15259 CLEC3B-201ENST00000296130 936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.1■■■■□ 3.69
NPHP1O15259 MBD2-202ENST00000398398 1237 ntTSL 2 BASIC38.07■■■■□ 3.68
NPHP1O15259 MBD2-205ENST00000583046 1182 ntTSL 1 (best) BASIC38.07■■■■□ 3.68
NPHP1O15259 FBRSL1-201ENST00000434748 5568 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC38.06■■■■□ 3.68
NPHP1O15259 SYNGR1-202ENST00000318801 1361 ntTSL 1 (best) BASIC38.03■■■■□ 3.68
NPHP1O15259 H2AFV-202ENST00000308153 752 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC37.99■■■■□ 3.67
NPHP1O15259 FAM58A-202ENST00000440428 1164 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC37.97■■■■□ 3.67
NPHP1O15259 AC079848.1-201ENST00000511301 327 ntTSL 3 BASIC37.96■■■■□ 3.67
NPHP1O15259 FGF2-203ENST00000614010 867 ntTSL 1 (best) BASIC37.96■■■■□ 3.67
NPHP1O15259 HMGB1-205ENST00000399494 1282 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC37.92■■■■□ 3.66
NPHP1O15259 PQLC1-211ENST00000590381 1247 ntTSL 2 BASIC37.91■■■■□ 3.66
NPHP1O15259 NT5M-207ENST00000616989 1635 ntTSL 1 (best) BASIC37.84■■■■□ 3.65
NPHP1O15259 AL355297.4-201ENST00000603191 1249 ntTSL 3 BASIC37.84■■■■□ 3.65
NPHP1O15259 ARTN-211ENST00000498139 1303 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC37.84■■■■□ 3.65
NPHP1O15259 HOXB3-208ENST00000476342 1420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.78■■■■□ 3.64
NPHP1O15259 AC005524.1-203ENST00000586528 451 ntTSL 3 BASIC37.75■■■■□ 3.63
NPHP1O15259 METRNL-201ENST00000320095 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.74■■■■□ 3.63
NPHP1O15259 NKX1-1-201ENST00000422806 1236 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC37.73■■■■□ 3.63
NPHP1O15259 CHCHD4-202ENST00000396914 1405 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.72■■■■□ 3.63
NPHP1O15259 LINC01578-201ENST00000553829 732 ntTSL 2 BASIC37.66■■■■□ 3.62
NPHP1O15259 MAP6D1-202ENST00000431348 890 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC37.63■■■■□ 3.61
NPHP1O15259 NRGN-201ENST00000284292 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.61■■■■□ 3.61
NPHP1O15259 AL136373.1-201ENST00000634804 1449 ntAPPRIS P1 BASIC37.6■■■■□ 3.61
NPHP1O15259 CBX4-202ENST00000448310 718 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC37.58■■■■□ 3.61
NPHP1O15259 AP001107.7-201ENST00000533287 272 ntTSL 2 BASIC37.58■■■■□ 3.61
NPHP1O15259 RAN-202ENST00000392369 1530 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.56■■■■□ 3.6
NPHP1O15259 LIMCH1-211ENST00000509638 1570 ntTSL 1 (best) BASIC37.53■■■■□ 3.6
NPHP1O15259 HRH3-201ENST00000317393 1419 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC37.5■■■■□ 3.59
NPHP1O15259 FAM149A-215ENST00000514153 2070 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC37.49■■■■□ 3.59
NPHP1O15259 GSTZ1-201ENST00000216465 1338 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC37.47■■■■□ 3.59
NPHP1O15259 AGTRAP-204ENST00000376637 1067 ntTSL 2 BASIC37.45■■■■□ 3.59
NPHP1O15259 DYNLL1-207ENST00000549989 719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.45■■■■□ 3.59
NPHP1O15259 DYNLL1-208ENST00000550178 581 ntBASIC37.45■■■■□ 3.59
NPHP1O15259 MSANTD3-203ENST00000395067 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.4■■■■□ 3.58
NPHP1O15259 NT5DC2-202ENST00000422318 1795 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC37.34■■■■□ 3.57
NPHP1O15259 SAP30-201ENST00000296504 1108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.3■■■■□ 3.56
NPHP1O15259 CCM2-219ENST00000544363 1620 ntTSL 3 BASIC37.28■■■■□ 3.56
NPHP1O15259 LINC01089-207ENST00000538335 630 ntTSL 3 BASIC37.27■■■■□ 3.56
NPHP1O15259 LINC01578-203ENST00000554669 578 ntTSL 5 BASIC37.25■■■■□ 3.55
NPHP1O15259 CYHR1-209ENST00000530374 1870 ntTSL 3 BASIC37.24■■■■□ 3.55
NPHP1O15259 ANAPC11-203ENST00000392376 687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.23■■■■□ 3.55
NPHP1O15259 ECHS1-201ENST00000368547 1617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.2■■■■□ 3.55
NPHP1O15259 INAFM1-201ENST00000552360 1255 ntAPPRIS P1 BASIC37.18■■■■□ 3.54
NPHP1O15259 PWWP2B-202ENST00000631148 2013 ntTSL 5 BASIC37.16■■■■□ 3.54
NPHP1O15259 PLPP2-203ENST00000434325 1383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.1■■■■□ 3.53
NPHP1O15259 AL031258.1-201ENST00000623562 325 ntBASIC37.1■■■■□ 3.53
NPHP1O15259 ANKRD65-203ENST00000454272 1506 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC37.09■■■■□ 3.53
NPHP1O15259 FAM149A-205ENST00000502970 1990 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC37.08■■■■□ 3.53
NPHP1O15259 NRTN-201ENST00000303212 1109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.06■■■■□ 3.52
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 52.1 ms