Protein–RNA interactions for Protein: A8TX70

COL6A5, Collagen alpha-5(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 2,615 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A5A8TX70 SSSCA1-205ENST00000527920 806 ntTSL 3 BASIC28.03■■■□□ 2.08
COL6A5A8TX70 HRAS-203ENST00000397596 1100 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.73■■■□□ 2.03
COL6A5A8TX70 FBLL1-201ENST00000338333 1519 ntAPPRIS P1 BASIC27.26■■□□□ 1.95
COL6A5A8TX70 ALYREF-202ENST00000505490 1088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
COL6A5A8TX70 CACNG8-202ENST00000638874 1278 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.94■■□□□ 1.9
COL6A5A8TX70 CDV3-203ENST00000431519 955 ntTSL 1 (best) BASIC26.91■■□□□ 1.9
COL6A5A8TX70 PPP1CA-203ENST00000376745 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.86■■□□□ 1.89
COL6A5A8TX70 PPP2CB-204ENST00000518564 691 ntTSL 3 BASIC26.6■■□□□ 1.85
COL6A5A8TX70 ANKRD60-201ENST00000457363 1038 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.59■■□□□ 1.85
COL6A5A8TX70 MAF-203ENST00000569649 1217 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.53■■□□□ 1.84
COL6A5A8TX70 GALR3-201ENST00000249041 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.52■■□□□ 1.84
COL6A5A8TX70 AES-202ENST00000327141 1608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.36■■□□□ 1.81
COL6A5A8TX70 TAF5L-202ENST00000366674 492 ntTSL 3 BASIC26.34■■□□□ 1.81
COL6A5A8TX70 CYBA-201ENST00000261623 797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.21■■□□□ 1.79
COL6A5A8TX70 TCF15-201ENST00000246080 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
COL6A5A8TX70 OLFM1-208ENST00000392991 1057 ntTSL 2 BASIC26.08■■□□□ 1.77
COL6A5A8TX70 CSNK1E-204ENST00000403904 1580 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.02■■□□□ 1.76
COL6A5A8TX70 AC006077.2-201ENST00000623591 457 ntBASIC25.91■■□□□ 1.74
COL6A5A8TX70 FAM89B-203ENST00000530349 1263 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.84■■□□□ 1.73
COL6A5A8TX70 ZNRF2P1-201ENST00000441407 443 ntBASIC25.81■■□□□ 1.72
COL6A5A8TX70 AL357033.3-201ENST00000620143 614 ntTSL 3 BASIC25.77■■□□□ 1.72
COL6A5A8TX70 AL356512.1-201ENST00000607453 1739 ntBASIC25.74■■□□□ 1.71
COL6A5A8TX70 ARTN-201ENST00000372354 1003 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
COL6A5A8TX70 CMTM4-202ENST00000394106 1187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.71
COL6A5A8TX70 CMTM4-204ENST00000563952 1023 ntTSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.71
COL6A5A8TX70 MPND-201ENST00000262966 1567 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
COL6A5A8TX70 INO80B-203ENST00000409917 796 ntTSL 2 BASIC25.62■■□□□ 1.69
COL6A5A8TX70 INO80B-201ENST00000233331 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
COL6A5A8TX70 AC008738.5-201ENST00000587312 482 ntTSL 3 BASIC25.5■■□□□ 1.67
COL6A5A8TX70 ZFYVE21-201ENST00000216602 1521 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.45■■□□□ 1.66
COL6A5A8TX70 PRELID2-202ENST00000394450 1102 ntTSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
COL6A5A8TX70 HMGB1-205ENST00000399494 1282 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.3■■□□□ 1.64
COL6A5A8TX70 SATB1-AS1-216ENST00000598149 1119 ntTSL 2 BASIC25.29■■□□□ 1.64
COL6A5A8TX70 AP002365.1-201ENST00000603448 772 ntBASIC25.12■■□□□ 1.61
COL6A5A8TX70 FAM58A-202ENST00000440428 1164 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC25.09■■□□□ 1.61
COL6A5A8TX70 PHF10-201ENST00000339209 1719 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
COL6A5A8TX70 ARTN-211ENST00000498139 1303 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
COL6A5A8TX70 MBD2-202ENST00000398398 1237 ntTSL 2 BASIC25.07■■□□□ 1.6
COL6A5A8TX70 MBD2-205ENST00000583046 1182 ntTSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
COL6A5A8TX70 GIPC1-205ENST00000586027 1386 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.03■■□□□ 1.6
COL6A5A8TX70 AC015813.7-201ENST00000623294 581 ntBASIC25■■□□□ 1.59
COL6A5A8TX70 INAFM1-201ENST00000552360 1255 ntAPPRIS P1 BASIC24.94■■□□□ 1.58
COL6A5A8TX70 H2AFV-202ENST00000308153 752 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
COL6A5A8TX70 CBX4-202ENST00000448310 718 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC24.9■■□□□ 1.58
COL6A5A8TX70 NKX1-1-201ENST00000422806 1236 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.87■■□□□ 1.57
COL6A5A8TX70 CLEC3B-201ENST00000296130 936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
COL6A5A8TX70 AL355297.4-201ENST00000603191 1249 ntTSL 3 BASIC24.8■■□□□ 1.56
COL6A5A8TX70 FAM89B-202ENST00000449319 1337 ntTSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
COL6A5A8TX70 CAPNS1-217ENST00000629983 799 ntTSL 5 BASIC24.73■■□□□ 1.55
COL6A5A8TX70 ARTN-204ENST00000438616 889 ntTSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
COL6A5A8TX70 PQLC1-211ENST00000590381 1247 ntTSL 2 BASIC24.63■■□□□ 1.53
COL6A5A8TX70 MAP6D1-202ENST00000431348 890 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.63■■□□□ 1.53
COL6A5A8TX70 AC079848.1-201ENST00000511301 327 ntTSL 3 BASIC24.6■■□□□ 1.53
COL6A5A8TX70 MACROD1-201ENST00000255681 1205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
COL6A5A8TX70 AC005524.1-203ENST00000586528 451 ntTSL 3 BASIC24.57■■□□□ 1.52
COL6A5A8TX70 PARD6A-202ENST00000458121 1260 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
COL6A5A8TX70 SYNGR1-202ENST00000318801 1361 ntTSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
COL6A5A8TX70 UBALD2-203ENST00000589240 660 ntTSL 2 BASIC24.51■■□□□ 1.51
COL6A5A8TX70 MARCH2-202ENST00000381035 1192 ntTSL 5 BASIC24.47■■□□□ 1.51
COL6A5A8TX70 HRH3-201ENST00000317393 1419 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
COL6A5A8TX70 MSANTD3-203ENST00000395067 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
COL6A5A8TX70 FGF2-203ENST00000614010 867 ntTSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
COL6A5A8TX70 LINC01578-201ENST00000553829 732 ntTSL 2 BASIC24.38■■□□□ 1.49
COL6A5A8TX70 MZT2B-202ENST00000409255 769 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.36■■□□□ 1.49
COL6A5A8TX70 LINC01089-207ENST00000538335 630 ntTSL 3 BASIC24.35■■□□□ 1.49
COL6A5A8TX70 CACNG6-202ENST00000346968 645 ntTSL 5 BASIC24.34■■□□□ 1.49
COL6A5A8TX70 NRGN-201ENST00000284292 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
COL6A5A8TX70 C11orf68-202ENST00000449692 1559 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
COL6A5A8TX70 RPS2P35-201ENST00000443417 897 ntBASIC24.31■■□□□ 1.48
COL6A5A8TX70 AL133346.1-201ENST00000435287 495 ntTSL 2 BASIC24.31■■□□□ 1.48
COL6A5A8TX70 AP001107.7-201ENST00000533287 272 ntTSL 2 BASIC24.3■■□□□ 1.48
COL6A5A8TX70 SLC25A28-201ENST00000370495 1451 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
COL6A5A8TX70 ADNP-AS1-201ENST00000558899 927 ntTSL 3 BASIC24.29■■□□□ 1.48
COL6A5A8TX70 CSNK1E-206ENST00000413574 1631 ntTSL 5 BASIC24.28■■□□□ 1.48
COL6A5A8TX70 ANAPC11-203ENST00000392376 687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
COL6A5A8TX70 PTF1A-201ENST00000376504 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
COL6A5A8TX70 HAGHL-201ENST00000341413 1701 ntTSL 2 BASIC24.23■■□□□ 1.47
COL6A5A8TX70 LFNG-203ENST00000359574 1377 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
COL6A5A8TX70 PDCD2-215ENST00000614056 1287 ntTSL 2 BASIC24.19■■□□□ 1.46
COL6A5A8TX70 LY6K-203ENST00000519387 963 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.17■■□□□ 1.46
COL6A5A8TX70 HOXB3-211ENST00000490677 1109 ntTSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
COL6A5A8TX70 DYNLL1-207ENST00000549989 719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
COL6A5A8TX70 DYNLL1-208ENST00000550178 581 ntBASIC24.15■■□□□ 1.46
COL6A5A8TX70 GSTZ1-201ENST00000216465 1338 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.46
COL6A5A8TX70 SAP30-201ENST00000296504 1108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
COL6A5A8TX70 CDK2AP1-203ENST00000535979 1281 ntTSL 3 BASIC24.11■■□□□ 1.45
COL6A5A8TX70 RARRES2P7-201ENST00000567349 469 ntBASIC24.11■■□□□ 1.45
COL6A5A8TX70 NMB-201ENST00000360476 1007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
COL6A5A8TX70 AL360182.2-201ENST00000451656 470 ntTSL 3 BASIC24.02■■□□□ 1.44
COL6A5A8TX70 HES6-203ENST00000409160 1600 ntTSL 2 BASIC24.02■■□□□ 1.44
COL6A5A8TX70 NRGN-202ENST00000412681 1106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
COL6A5A8TX70 NRTN-201ENST00000303212 1109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
COL6A5A8TX70 CMC4-202ENST00000369484 1107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
COL6A5A8TX70 PRR5-217ENST00000617066 1726 ntTSL 5 BASIC23.95■■□□□ 1.43
COL6A5A8TX70 LINC01578-203ENST00000554669 578 ntTSL 5 BASIC23.92■■□□□ 1.42
COL6A5A8TX70 METRNL-201ENST00000320095 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
COL6A5A8TX70 UBE2M-201ENST00000253023 1508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
COL6A5A8TX70 PRR5-216ENST00000611394 1843 ntTSL 2 BASIC23.89■■□□□ 1.42
COL6A5A8TX70 LINC01578-204ENST00000554894 556 ntTSL 3 BASIC23.87■■□□□ 1.41
COL6A5A8TX70 LINC01578-207ENST00000556895 802 ntTSL 2 BASIC23.87■■□□□ 1.41
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 14.3 ms