Protein–RNA interactions for Protein: Q9HCM9

TRIM39, E3 ubiquitin-protein ligase TRIM39, humanhuman

Predictions only

Length 518 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM39Q9HCM9 C16orf95-205ENST00000567970 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.2■■□□□ 1.62
TRIM39Q9HCM9 TNFRSF25-205ENST00000377782 1632 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
TRIM39Q9HCM9 AC092902.2-221ENST00000628476 965 ntTSL 5 BASIC25.19■■□□□ 1.62
TRIM39Q9HCM9 HDGF-210ENST00000537739 2073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
TRIM39Q9HCM9 ST6GALNAC6-203ENST00000373142 2448 ntTSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
TRIM39Q9HCM9 CHST14-202ENST00000559991 1968 ntTSL 5 BASIC25.18■■□□□ 1.62
TRIM39Q9HCM9 TMEM150A-202ENST00000334462 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
TRIM39Q9HCM9 TSPAN3-203ENST00000424443 1530 ntTSL 2 BASIC25.18■■□□□ 1.62
TRIM39Q9HCM9 FAAP20-202ENST00000378546 729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
TRIM39Q9HCM9 FEZ1-201ENST00000278919 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
TRIM39Q9HCM9 COL13A1-214ENST00000522165 2061 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.17■■□□□ 1.62
TRIM39Q9HCM9 AC139426.1-201ENST00000568218 2529 ntBASIC25.17■■□□□ 1.62
TRIM39Q9HCM9 ANKS1B-203ENST00000341752 2115 ntTSL 2 BASIC25.17■■□□□ 1.62
TRIM39Q9HCM9 TXNL4A-208ENST00000588162 752 ntTSL 2 BASIC25.17■■□□□ 1.62
TRIM39Q9HCM9 SLC35A1-203ENST00000369557 1653 ntTSL 2 BASIC25.17■■□□□ 1.62
TRIM39Q9HCM9 TPRA1-209ENST00000489960 1903 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.16■■□□□ 1.62
TRIM39Q9HCM9 METRNL-202ENST00000570778 967 ntTSL 5 BASIC25.16■■□□□ 1.62
TRIM39Q9HCM9 TSPAN4-207ENST00000397411 1025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.15■■□□□ 1.62
TRIM39Q9HCM9 HMCES-202ENST00000389735 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
TRIM39Q9HCM9 PEX7-203ENST00000541292 945 ntTSL 5 BASIC25.14■■□□□ 1.62
TRIM39Q9HCM9 CAPNS1-201ENST00000246533 1918 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.61
TRIM39Q9HCM9 C14orf80-203ENST00000354560 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.61
TRIM39Q9HCM9 HOMER3-202ENST00000392351 1557 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.61
TRIM39Q9HCM9 VWA1-201ENST00000338660 2147 ntTSL 2 BASIC25.13■■□□□ 1.61
TRIM39Q9HCM9 SURF1-201ENST00000371974 1093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
TRIM39Q9HCM9 SURF1-205ENST00000615505 991 ntTSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
TRIM39Q9HCM9 AC008813.1-201ENST00000536597 885 ntBASIC25.12■■□□□ 1.61
TRIM39Q9HCM9 MIR4449-201ENST00000578365 66 ntBASIC25.12■■□□□ 1.61
TRIM39Q9HCM9 DCDC2C-201ENST00000399143 1476 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.12■■□□□ 1.61
TRIM39Q9HCM9 TMEM55B-202ENST00000398020 1696 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
TRIM39Q9HCM9 CERS2-205ENST00000368954 2505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
TRIM39Q9HCM9 POLR3H-201ENST00000337566 1330 ntTSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
TRIM39Q9HCM9 AGAP1-202ENST00000336665 5427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
TRIM39Q9HCM9 TNFSF12-201ENST00000293825 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
TRIM39Q9HCM9 GSR-206ENST00000546342 1482 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
TRIM39Q9HCM9 DERA-201ENST00000428559 1705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
TRIM39Q9HCM9 DTNBP1-212ENST00000622898 1305 ntTSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
TRIM39Q9HCM9 RALY-201ENST00000246194 1789 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
TRIM39Q9HCM9 SSBP3-202ENST00000357475 1533 ntTSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
TRIM39Q9HCM9 TAZ-201ENST00000369776 1596 ntTSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
TRIM39Q9HCM9 CCNYL1-203ENST00000392209 1952 ntTSL 2 BASIC25.09■■□□□ 1.61
TRIM39Q9HCM9 SECTM1-201ENST00000269389 2235 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
TRIM39Q9HCM9 CLK2-201ENST00000355560 2120 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.09■■□□□ 1.61
TRIM39Q9HCM9 IGFBPL1-201ENST00000377694 1093 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.09■■□□□ 1.61
TRIM39Q9HCM9 U2AF1-203ENST00000398137 1019 ntTSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
TRIM39Q9HCM9 U2AF1L5-212ENST00000639996 1019 ntTSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
TRIM39Q9HCM9 ARL6IP4-211ENST00000454885 1318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
TRIM39Q9HCM9 MAPK13-201ENST00000211287 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
TRIM39Q9HCM9 VEGFA-208ENST00000417285 1081 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
TRIM39Q9HCM9 STARD10-220ENST00000545082 1085 ntTSL 3 BASIC25.08■■□□□ 1.61
TRIM39Q9HCM9 S1PR4-201ENST00000246115 1565 ntAPPRIS P1 BASIC25.08■■□□□ 1.61
TRIM39Q9HCM9 GNAS-207ENST00000354359 1975 ntTSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
TRIM39Q9HCM9 GNAS-210ENST00000371085 1972 ntTSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
TRIM39Q9HCM9 NRBF2-202ENST00000435510 1816 ntTSL 2 BASIC25.07■■□□□ 1.6
TRIM39Q9HCM9 RPS2-210ENST00000530225 765 ntTSL 2 BASIC25.07■■□□□ 1.6
TRIM39Q9HCM9 SNX15-202ENST00000377244 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
TRIM39Q9HCM9 ARHGAP22-202ENST00000374170 2107 ntTSL 5 BASIC25.07■■□□□ 1.6
TRIM39Q9HCM9 PXDC1-202ENST00000380283 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
TRIM39Q9HCM9 SHARPIN-202ENST00000398712 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
TRIM39Q9HCM9 BIN1-204ENST00000348750 2074 ntTSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
TRIM39Q9HCM9 RPS2-201ENST00000343262 985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
TRIM39Q9HCM9 CLTA-207ENST00000470744 1102 ntTSL 2 BASIC25.05■■□□□ 1.6
TRIM39Q9HCM9 LINC01896-206ENST00000575722 1256 ntTSL 2 BASIC25.05■■□□□ 1.6
TRIM39Q9HCM9 TESK1-206ENST00000620767 2438 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.05■■□□□ 1.6
TRIM39Q9HCM9 GNAS-211ENST00000371095 1931 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
TRIM39Q9HCM9 PDPK1-203ENST00000389224 2416 ntTSL 2 BASIC25.04■■□□□ 1.6
TRIM39Q9HCM9 AP002414.2-202ENST00000590929 1450 ntBASIC25.04■■□□□ 1.6
TRIM39Q9HCM9 TPRA1-202ENST00000355552 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
TRIM39Q9HCM9 TBCC-201ENST00000372876 1616 ntAPPRIS P1 BASIC25.02■■□□□ 1.6
TRIM39Q9HCM9 ADAP1-201ENST00000265846 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
TRIM39Q9HCM9 GSX1-201ENST00000302945 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
TRIM39Q9HCM9 EXOC3-209ENST00000512944 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
TRIM39Q9HCM9 SDCCAG3-201ENST00000298537 2314 ntTSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
TRIM39Q9HCM9 LAGE3-201ENST00000357360 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
TRIM39Q9HCM9 RPS20-211ENST00000524349 752 ntTSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
TRIM39Q9HCM9 AC073111.5-206ENST00000642087 859 ntAPPRIS P1 BASIC25.01■■□□□ 1.59
TRIM39Q9HCM9 DPF1-202ENST00000412732 2303 ntTSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
TRIM39Q9HCM9 BCAP31-201ENST00000345046 1589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
TRIM39Q9HCM9 CENPV-201ENST00000299736 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
TRIM39Q9HCM9 UBA52-204ENST00000595158 743 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25■■□□□ 1.59
TRIM39Q9HCM9 FEV-201ENST00000295727 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
TRIM39Q9HCM9 TESK1-201ENST00000336395 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
TRIM39Q9HCM9 AC009041.3-201ENST00000564390 879 ntTSL 5 BASIC24.99■■□□□ 1.59
TRIM39Q9HCM9 EXOC3L4-201ENST00000380069 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
TRIM39Q9HCM9 BMP8A-201ENST00000331593 1692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
TRIM39Q9HCM9 TPI1-201ENST00000229270 1763 ntTSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
TRIM39Q9HCM9 MBD2-201ENST00000256429 5188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
TRIM39Q9HCM9 SHF-206ENST00000560471 2499 ntTSL 5 BASIC24.97■■□□□ 1.59
TRIM39Q9HCM9 COMMD7-201ENST00000278980 1900 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
TRIM39Q9HCM9 CHST11-203ENST00000547956 936 ntTSL 2 BASIC24.97■■□□□ 1.59
TRIM39Q9HCM9 AC148477.6-201ENST00000623746 465 ntBASIC24.97■■□□□ 1.59
TRIM39Q9HCM9 CIC-201ENST00000160740 6111 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.97■■□□□ 1.59
TRIM39Q9HCM9 C9orf50-201ENST00000372478 1620 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.97■■□□□ 1.59
TRIM39Q9HCM9 DCUN1D5-201ENST00000260247 1337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
TRIM39Q9HCM9 C16orf74-204ENST00000602719 1002 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC24.96■■□□□ 1.59
TRIM39Q9HCM9 PROC-203ENST00000409048 1586 ntTSL 5 BASIC24.96■■□□□ 1.59
TRIM39Q9HCM9 HTR6-201ENST00000289753 1984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
TRIM39Q9HCM9 GPR25-201ENST00000304244 1224 ntAPPRIS P1 BASIC24.95■■□□□ 1.58
TRIM39Q9HCM9 VEGFA-202ENST00000324450 954 ntTSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
TRIM39Q9HCM9 VEGFA-203ENST00000372055 1286 ntTSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 11.6 ms