Protein–RNA interactions for Protein: Q8N205

SYNE4, Nesprin-4, humanhuman

Predictions only

Length 404 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SYNE4Q8N205 ACOT7-201ENST00000361521 2429 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.12■■■□□ 2.73
SYNE4Q8N205 LACTBL1-202ENST00000618559 1500 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC32.11■■■□□ 2.73
SYNE4Q8N205 AC078883.1-202ENST00000450443 1397 ntTSL 3 BASIC32.11■■■□□ 2.73
SYNE4Q8N205 TAF10-201ENST00000299424 1215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.11■■■□□ 2.73
SYNE4Q8N205 KLHL21-203ENST00000463043 667 ntTSL 5 BASIC32.11■■■□□ 2.73
SYNE4Q8N205 PLEKHF2-202ENST00000519516 1144 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC32.11■■■□□ 2.73
SYNE4Q8N205 RPARP-AS1-205ENST00000596045 431 ntTSL 3 BASIC32.11■■■□□ 2.73
SYNE4Q8N205 TSR3-201ENST00000007390 1243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.11■■■□□ 2.73
SYNE4Q8N205 EFNA1-202ENST00000368407 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.1■■■□□ 2.73
SYNE4Q8N205 TAZ-215ENST00000612460 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.1■■■□□ 2.73
SYNE4Q8N205 COPZ2-210ENST00000621465 895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.1■■■□□ 2.73
SYNE4Q8N205 DCDC2C-201ENST00000399143 1476 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC32.1■■■□□ 2.73
SYNE4Q8N205 GNAI2-202ENST00000313601 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.09■■■□□ 2.73
SYNE4Q8N205 SLC35D2-201ENST00000253270 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.09■■■□□ 2.73
SYNE4Q8N205 PRELID2-207ENST00000511435 1894 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC32.08■■■□□ 2.73
SYNE4Q8N205 ITPKA-201ENST00000260386 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.07■■■□□ 2.73
SYNE4Q8N205 AC012354.3-201ENST00000623734 483 ntBASIC32.07■■■□□ 2.72
SYNE4Q8N205 MAZ-205ENST00000562337 1574 ntTSL 3 BASIC32.07■■■□□ 2.72
SYNE4Q8N205 SSBP3-202ENST00000357475 1533 ntTSL 1 (best) BASIC32.06■■■□□ 2.72
SYNE4Q8N205 PTCH1-210ENST00000468211 1254 ntTSL 1 (best) BASIC32.06■■■□□ 2.72
SYNE4Q8N205 LIME1-206ENST00000487026 805 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC32.06■■■□□ 2.72
SYNE4Q8N205 SLC15A4-201ENST00000266771 2779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.06■■■□□ 2.72
SYNE4Q8N205 FEZ1-201ENST00000278919 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.06■■■□□ 2.72
SYNE4Q8N205 TTC39C-209ENST00000584250 1048 ntTSL 1 (best) BASIC32.05■■■□□ 2.72
SYNE4Q8N205 BCL7C-201ENST00000215115 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.05■■■□□ 2.72
SYNE4Q8N205 COL13A1-210ENST00000517713 2007 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC32.04■■■□□ 2.72
SYNE4Q8N205 RAMP2-AS1-202ENST00000589716 1985 ntTSL 5 BASIC32.04■■■□□ 2.72
SYNE4Q8N205 CDC34-201ENST00000215574 1471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.03■■■□□ 2.72
SYNE4Q8N205 TPM2-203ENST00000378292 2147 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC32.03■■■□□ 2.72
SYNE4Q8N205 RPS2-210ENST00000530225 765 ntTSL 2 BASIC32.03■■■□□ 2.72
SYNE4Q8N205 HNRNPUL1-221ENST00000617305 1018 ntTSL 1 (best) BASIC32.03■■■□□ 2.72
SYNE4Q8N205 AC148477.6-201ENST00000623746 465 ntBASIC32.03■■■□□ 2.72
SYNE4Q8N205 LFNG-201ENST00000222725 2377 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC32.03■■■□□ 2.72
SYNE4Q8N205 EPB41L4A-AS2-201ENST00000623705 1396 ntBASIC32.02■■■□□ 2.72
SYNE4Q8N205 MEST-211ENST00000437945 1455 ntTSL 5 BASIC32.02■■■□□ 2.72
SYNE4Q8N205 DNPEP-201ENST00000273075 2425 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC32.01■■■□□ 2.72
SYNE4Q8N205 MIR219A2-201ENST00000608502 1504 ntBASIC32.01■■■□□ 2.72
SYNE4Q8N205 AC027237.3-202ENST00000558617 1778 ntTSL 2 BASIC32.01■■■□□ 2.71
SYNE4Q8N205 RPUSD1-208ENST00000567114 1835 ntTSL 2 BASIC32■■■□□ 2.71
SYNE4Q8N205 CTSZ-201ENST00000217131 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.99■■■□□ 2.71
SYNE4Q8N205 HES4-202ENST00000428771 1040 ntTSL 2 BASIC31.99■■■□□ 2.71
SYNE4Q8N205 TMEM150A-202ENST00000334462 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.99■■■□□ 2.71
SYNE4Q8N205 LSM6-202ENST00000502781 1352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.98■■■□□ 2.71
SYNE4Q8N205 AC060814.1-201ENST00000554326 538 ntBASIC31.98■■■□□ 2.71
SYNE4Q8N205 NPW-202ENST00000566435 991 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.98■■■□□ 2.71
SYNE4Q8N205 G6PC3-201ENST00000269097 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.98■■■□□ 2.71
SYNE4Q8N205 TAZ-201ENST00000369776 1596 ntTSL 1 (best) BASIC31.98■■■□□ 2.71
SYNE4Q8N205 PXMP2-201ENST00000317479 957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.97■■■□□ 2.71
SYNE4Q8N205 TNFRSF25-204ENST00000356876 1625 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.97■■■□□ 2.71
SYNE4Q8N205 FTCD-204ENST00000397748 1955 ntTSL 1 (best) BASIC31.96■■■□□ 2.71
SYNE4Q8N205 CIB2-201ENST00000258930 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.96■■■□□ 2.71
SYNE4Q8N205 C14orf80-203ENST00000354560 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.96■■■□□ 2.71
SYNE4Q8N205 TPRG1L-202ENST00000378344 2414 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC31.96■■■□□ 2.71
SYNE4Q8N205 SHOX2-204ENST00000483851 1866 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC31.95■■■□□ 2.71
SYNE4Q8N205 TSPAN33-201ENST00000486685 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.95■■■□□ 2.71
SYNE4Q8N205 AQP1-203ENST00000409899 1009 ntTSL 1 (best) BASIC31.94■■■□□ 2.7
SYNE4Q8N205 TXNL4A-208ENST00000588162 752 ntTSL 2 BASIC31.94■■■□□ 2.7
SYNE4Q8N205 SPATA33-209ENST00000579310 1490 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC31.94■■■□□ 2.7
SYNE4Q8N205 CRELD2-203ENST00000404488 1577 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.94■■■□□ 2.7
SYNE4Q8N205 ATF4-201ENST00000337304 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.93■■■□□ 2.7
SYNE4Q8N205 NEUROG2-201ENST00000313341 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.93■■■□□ 2.7
SYNE4Q8N205 LDLRAD4-218ENST00000592991 1640 ntTSL 1 (best) BASIC31.93■■■□□ 2.7
SYNE4Q8N205 PMS1-220ENST00000618056 1468 ntTSL 5 BASIC31.93■■■□□ 2.7
SYNE4Q8N205 HOXB3-212ENST00000498678 2196 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC31.93■■■□□ 2.7
SYNE4Q8N205 AC100797.4-201ENST00000631653 1827 ntBASIC31.93■■■□□ 2.7
SYNE4Q8N205 SNX5-219ENST00000606602 885 ntTSL 1 (best) BASIC31.92■■■□□ 2.7
SYNE4Q8N205 IFNGR2-201ENST00000290219 2221 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC31.9■■■□□ 2.7
SYNE4Q8N205 MANF-204ENST00000528157 1153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.9■■■□□ 2.7
SYNE4Q8N205 AMZ2-201ENST00000359783 1722 ntTSL 5 BASIC31.89■■■□□ 2.7
SYNE4Q8N205 FGF18-201ENST00000274625 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.89■■■□□ 2.7
SYNE4Q8N205 ENHO-201ENST00000399775 1082 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC31.89■■■□□ 2.7
SYNE4Q8N205 AL033527.3-201ENST00000566366 1196 ntBASIC31.89■■■□□ 2.7
SYNE4Q8N205 MED25-210ENST00000612854 801 ntTSL 5 BASIC31.89■■■□□ 2.7
SYNE4Q8N205 MED25-213ENST00000620467 1293 ntTSL 1 (best) BASIC31.89■■■□□ 2.7
SYNE4Q8N205 MED25-214ENST00000622402 642 ntTSL 5 BASIC31.89■■■□□ 2.7
SYNE4Q8N205 ACOT1-202ENST00000557556 1271 ntTSL 1 (best) BASIC31.88■■■□□ 2.69
SYNE4Q8N205 SP8-201ENST00000361443 1714 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC31.87■■■□□ 2.69
SYNE4Q8N205 GAL3ST3-203ENST00000527878 1599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.87■■■□□ 2.69
SYNE4Q8N205 KCTD15-206ENST00000588881 1211 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC31.87■■■□□ 2.69
SYNE4Q8N205 SOD3-201ENST00000382120 1526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.86■■■□□ 2.69
SYNE4Q8N205 METTL24-201ENST00000338882 1119 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC31.86■■■□□ 2.69
SYNE4Q8N205 ZSCAN1-202ENST00000391700 952 ntTSL 1 (best) BASIC31.86■■■□□ 2.69
SYNE4Q8N205 CMPK2-203ENST00000458098 1224 ntTSL 1 (best) BASIC31.85■■■□□ 2.69
SYNE4Q8N205 UPF3A-209ENST00000492270 494 ntTSL 2 BASIC31.85■■■□□ 2.69
SYNE4Q8N205 SEPT3-203ENST00000396426 2586 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC31.85■■■□□ 2.69
SYNE4Q8N205 MRPL23-202ENST00000381519 643 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC31.84■■■□□ 2.69
SYNE4Q8N205 MRPL23-205ENST00000397298 736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.84■■■□□ 2.69
SYNE4Q8N205 TBX2-AS1-202ENST00000589814 539 ntTSL 3 BASIC31.84■■■□□ 2.69
SYNE4Q8N205 PHF20L1-207ENST00000395379 1998 ntTSL 5 BASIC31.83■■■□□ 2.69
SYNE4Q8N205 AL590677.1-201ENST00000438431 380 ntTSL 5 BASIC31.83■■■□□ 2.69
SYNE4Q8N205 U85056.1-201ENST00000616429 682 ntBASIC31.83■■■□□ 2.69
SYNE4Q8N205 C11orf96-203ENST00000617612 1294 ntAPPRIS P1 BASIC31.83■■■□□ 2.69
SYNE4Q8N205 SNX15-202ENST00000377244 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.83■■■□□ 2.69
SYNE4Q8N205 TNFRSF4-201ENST00000379236 1068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.82■■■□□ 2.68
SYNE4Q8N205 MAP4K3-211ENST00000484274 407 ntTSL 2 BASIC31.82■■■□□ 2.68
SYNE4Q8N205 TRIM52-AS1-202ENST00000507434 672 ntTSL 1 (best) BASIC31.82■■■□□ 2.68
SYNE4Q8N205 PXMP2-205ENST00000543589 632 ntTSL 3 BASIC31.82■■■□□ 2.68
SYNE4Q8N205 RDX-210ENST00000530301 1549 ntTSL 1 (best) BASIC31.81■■■□□ 2.68
SYNE4Q8N205 CCDC88C-205ENST00000553403 1651 ntTSL 1 (best) BASIC31.81■■■□□ 2.68
SYNE4Q8N205 FOXO6-202ENST00000641094 1476 ntAPPRIS P1 BASIC31.81■■■□□ 2.68
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 64.2 ms