RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000468211.6

PTCH1-210, Transcript of patched 1, humanhuman

TSL 1 (best) BASIC

Gene PTCH1, Length 1,254 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

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RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PTCH1-210ENST00000468211 NISCHQ9Y2I1 1504 aa61.28■■■■■ 7.4
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PTCH1-210ENST00000468211 ABCC9O60706 1549 aa54.71■■■■■ 6.35
PTCH1-210ENST00000468211 RB1CC1Q8TDY2 1594 aa52.12■■■■■ 5.93
PTCH1-210ENST00000468211 NACADO15069 1562 aa51.81■■■■■ 5.88
PTCH1-210ENST00000468211 DCAF8L2P0C7V8 631 aa51.6■■■■■ 5.85
PTCH1-210ENST00000468211 DNAJC5BQ9UF47 199 aa51.2■■■■■ 5.79
PTCH1-210ENST00000468211 MYO15BQ96JP2 1530 aa51.14■■■■■ 5.78
PTCH1-210ENST00000468211 UNC13AQ9UPW8 1703 aa51.12■■■■■ 5.77
PTCH1-210ENST00000468211 PABPN1Q86U42 306 aaKnown RBP eCLIP50.98■■■■■ 5.75
PTCH1-210ENST00000468211 ZCCHC6Q5VYS8 1495 aaKnown RBP50.83■■■■■ 5.73
PTCH1-210ENST00000468211 BICRAQ9NZM4 1560 aa50.7■■■■■ 5.71
PTCH1-210ENST00000468211 DCAF1Q9Y4B6 1507 aa50.58■■■■■ 5.69
PTCH1-210ENST00000468211 SCRIBQ14160 1630 aa50.08■■■■■ 5.61
PTCH1-210ENST00000468211 SHROOM4Q9ULL8 1493 aa49.87■■■■■ 5.57
PTCH1-210ENST00000468211 CC2D2AQ9P2K1 1620 aa49.45■■■■■ 5.51
PTCH1-210ENST00000468211 EIF4G1Q04637 1599 aaKnown RBP49.38■■■■■ 5.5
PTCH1-210ENST00000468211 CECR2Q9BXF3 1484 aa49.23■■■■■ 5.47
PTCH1-210ENST00000468211 NCAPD3P42695 1498 aa47.84■■■■■ 5.25
PTCH1-210ENST00000468211 SMARCA4P51532 1647 aa47.78■■■■■ 5.24
PTCH1-210ENST00000468211 ATAD2BQ9ULI0 1458 aa47.74■■■■■ 5.23
PTCH1-210ENST00000468211 SMARCA2P51531 1590 aa47.58■■■■■ 5.21
PTCH1-210ENST00000468211 BAZ1AQ9NRL2 1556 aaPredicted RBP47.52■■■■■ 5.2
PTCH1-210ENST00000468211 HMGXB3Q12766 1538 aa47.51■■■■■ 5.2
PTCH1-210ENST00000468211 PEG3Q9GZU2 1588 aa47.28■■■■■ 5.16
PTCH1-210ENST00000468211 MROH2BQ7Z745 1585 aa47.27■■■■■ 5.16
PTCH1-210ENST00000468211 BAZ1BQ9UIG0 1483 aaKnown RBP47.27■■■■■ 5.16
PTCH1-210ENST00000468211 ERCC6Q03468 1493 aa47.15■■■■■ 5.14
PTCH1-210ENST00000468211 NESP48681 1621 aa47.11■■■■■ 5.13
PTCH1-210ENST00000468211 CUX2O14529 1486 aa46.99■■■■■ 5.11
PTCH1-210ENST00000468211 DNAJC5Q9H3Z4 198 aa46.75■■■■■ 5.07
PTCH1-210ENST00000468211 WIZO95785 1651 aa46.74■■■■■ 5.07
PTCH1-210ENST00000468211 LAMC3Q9Y6N6 1575 aa46.73■■■■■ 5.07
PTCH1-210ENST00000468211 THOC2Q8NI27 1593 aaKnown RBP46.57■■■■■ 5.05
PTCH1-210ENST00000468211 KIF21AQ7Z4S6 1674 aa46.53■■■■■ 5.04
PTCH1-210ENST00000468211 PDS5BQ9NTI5 1447 aa46.39■■■■■ 5.02
PTCH1-210ENST00000468211 CADPSQ9ULU8 1353 aa46.38■■■■■ 5.02
PTCH1-210ENST00000468211 RSF1Q96T23 1441 aaPredicted RBP46.33■■■■■ 5.01
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PTCH1-210ENST00000468211 MRC2Q9UBG0 1479 aa46.04■■■■■ 4.96
PTCH1-210ENST00000468211 WDR62O43379 1518 aa45.94■■■■■ 4.95
PTCH1-210ENST00000468211 CFTRP13569 1480 aa45.92■■■■■ 4.94
PTCH1-210ENST00000468211 CEP164Q9UPV0 1460 aa45.89■■■■■ 4.94
PTCH1-210ENST00000468211 FANCD2Q9BXW9 1451 aa45.87■■■■■ 4.93
PTCH1-210ENST00000468211 CCDC88BA6NC98 1476 aa45.59■■■■■ 4.89
PTCH1-210ENST00000468211 PRDM2Q13029 1718 aa45.56■■■■■ 4.88
PTCH1-210ENST00000468211 URB2Q14146 1524 aaKnown RBP45.53■■■■■ 4.88
PTCH1-210ENST00000468211 TOPBP1Q92547 1522 aa45.06■■■■■ 4.8
PTCH1-210ENST00000468211 IFT140Q96RY7 1462 aa44.95■■■■■ 4.79
PTCH1-210ENST00000468211 ZNF608Q9ULD9 1512 aaPredicted RBP44.95■■■■■ 4.79
PTCH1-210ENST00000468211 DNMBPQ6XZF7 1577 aa44.9■■■■■ 4.78
PTCH1-210ENST00000468211 ABCC8Q09428 1581 aa44.88■■■■■ 4.78
PTCH1-210ENST00000468211 OSCARQ8IYS5 282 aa44.87■■■■■ 4.77
PTCH1-210ENST00000468211 TRIM41Q8WV44 630 aa44.8■■■■■ 4.76
PTCH1-210ENST00000468211 EIF4G3O43432 1585 aaKnown RBP44.7■■■■■ 4.75
PTCH1-210ENST00000468211 TARBP1Q13395 1621 aaKnown RBP44.68■■■■■ 4.74
PTCH1-210ENST00000468211 POLA1P09884 1462 aaPredicted RBP44.61■■■■■ 4.73
PTCH1-210ENST00000468211 AQRO60306 1485 aaKnown RBP eCLIP44.55■■■■■ 4.72
PTCH1-210ENST00000468211 RAD54L2Q9Y4B4 1467 aa44.47■■■■■ 4.71
PTCH1-210ENST00000468211 SUPT5HO00267 1087 aaKnown RBP44.43■■■■■ 4.7
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PTCH1-210ENST00000468211 CHD1O14646 1710 aa44.38■■■■■ 4.7
PTCH1-210ENST00000468211 SOGA1O94964 1423 aa44.38■■■■■ 4.69
PTCH1-210ENST00000468211 RIMBP3CA6NJZ7 1639 aa44.38■■■■■ 4.69
PTCH1-210ENST00000468211 RIMBP3BA6NNM3 1639 aa44.38■■■■■ 4.69
PTCH1-210ENST00000468211 RIMBP3Q9UFD9 1639 aa44.38■■■■■ 4.69
PTCH1-210ENST00000468211 FGD5Q6ZNL6 1462 aa44.36■■■■■ 4.69
PTCH1-210ENST00000468211 TDRD9Q8NDG6 1382 aaKnown RBP44.3■■■■■ 4.68
PTCH1-210ENST00000468211 ARHGEF11O15085 1522 aa44.22■■■■■ 4.67
PTCH1-210ENST00000468211 FBLN2P98095 1184 aa44.16■■■■■ 4.66
PTCH1-210ENST00000468211 WDR97A6NE52 1622 aa44.13■■■■■ 4.66
PTCH1-210ENST00000468211 SNAPC4Q5SXM2 1469 aa44.08■■■■■ 4.65
PTCH1-210ENST00000468211 GRIN2BQ13224 1484 aa43.96■■■■■ 4.63
PTCH1-210ENST00000468211 MAGI1Q96QZ7 1491 aaPredicted RBP43.93■■■■■ 4.62
PTCH1-210ENST00000468211 PBRM1Q86U86 1689 aa43.9■■■■■ 4.62
PTCH1-210ENST00000468211 CYB5RLQ6IPT4 315 aa43.86■■■■■ 4.61
PTCH1-210ENST00000468211 ABCA10Q8WWZ4 1543 aa43.85■■■■■ 4.61
PTCH1-210ENST00000468211 GAPVD1Q14C86 1478 aa43.84■■■■■ 4.61
PTCH1-210ENST00000468211 CHMP7Q8WUX9 453 aaPredicted RBP43.84■■■■■ 4.61
PTCH1-210ENST00000468211 CLASP1Q7Z460 1538 aa43.82■■■■■ 4.61
PTCH1-210ENST00000468211 ARAP1Q96P48 1450 aa43.82■■■■■ 4.6
PTCH1-210ENST00000468211 ABCA5Q8WWZ7 1642 aa43.81■■■■■ 4.6
PTCH1-210ENST00000468211 SYNJ2O15056 1496 aa43.79■■■■■ 4.6
PTCH1-210ENST00000468211 SYNJ1O43426 1573 aa43.75■■■■■ 4.59
PTCH1-210ENST00000468211 BIVM-ERCC5R4GMW8 1640 aa43.73■■■■■ 4.59
PTCH1-210ENST00000468211 TOP2BQ02880 1626 aa43.71■■■■■ 4.59
PTCH1-210ENST00000468211 WRNQ14191 1432 aaPredicted RBP eCLIP43.67■■■■■ 4.58
PTCH1-210ENST00000468211 ADAMTS12P58397 1594 aa43.46■■■■■ 4.55
PTCH1-210ENST00000468211 GRIN2AQ12879 1464 aa43.42■■■■■ 4.54
PTCH1-210ENST00000468211 CEP170Q5SW79 1584 aa43.31■■■■■ 4.52
PTCH1-210ENST00000468211 ERICH3Q5RHP9 1530 aa43.28■■■■■ 4.52
PTCH1-210ENST00000468211 FHAD1B1AJZ9 1412 aa43.28■■■■■ 4.52
PTCH1-210ENST00000468211 NUP160Q12769 1436 aa43.26■■■■■ 4.52
PTCH1-210ENST00000468211 TRHP20396 242 aaPredicted RBP43.26■■■■■ 4.52
PTCH1-210ENST00000468211 ERCC6L2Q5T890 1561 aa43.22■■■■■ 4.51
PTCH1-210ENST00000468211 SHROOM2Q13796 1616 aa43.1■■■■■ 4.49
PTCH1-210ENST00000468211 RUSC2Q8N2Y8 1516 aa42.85■■■■■ 4.45
PTCH1-210ENST00000468211 PRG4Q92954 1404 aaPredicted RBP42.82■■■■■ 4.45
PTCH1-210ENST00000468211 IGF1RP08069 1367 aa42.8■■■■■ 4.44
PTCH1-210ENST00000468211 JPH4Q96JJ6 628 aa42.8■■■■■ 4.44
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