RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000492270.1

UPF3A-209, Transcript of UPF3A, regulator of nonsense mediated mRNA decay, humanhuman

TSL 2 BASIC

Gene UPF3A, Length 494 nt, Biotype protein coding.

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RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
UPF3A-209ENST00000492270 NISCHQ9Y2I1 1504 aa60.74■■■■■ 7.31
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UPF3A-209ENST00000492270 ABCC9O60706 1549 aa53.35■■■■■ 6.13
UPF3A-209ENST00000492270 RB1CC1Q8TDY2 1594 aa51.14■■■■■ 5.78
UPF3A-209ENST00000492270 NACADO15069 1562 aa50.97■■■■■ 5.75
UPF3A-209ENST00000492270 DCAF8L2P0C7V8 631 aa50.82■■■■■ 5.73
UPF3A-209ENST00000492270 ZCCHC6Q5VYS8 1495 aaKnown RBP50.54■■■■■ 5.68
UPF3A-209ENST00000492270 MYO15BQ96JP2 1530 aa50.5■■■■■ 5.67
UPF3A-209ENST00000492270 UNC13AQ9UPW8 1703 aa50.21■■■■■ 5.63
UPF3A-209ENST00000492270 DCAF1Q9Y4B6 1507 aa50.19■■■■■ 5.62
UPF3A-209ENST00000492270 PABPN1Q86U42 306 aaKnown RBP eCLIP49.74■■■■■ 5.55
UPF3A-209ENST00000492270 BICRAQ9NZM4 1560 aa49.69■■■■■ 5.54
UPF3A-209ENST00000492270 SCRIBQ14160 1630 aa49.49■■■■■ 5.51
UPF3A-209ENST00000492270 DNAJC5BQ9UF47 199 aa49.24■■■■■ 5.47
UPF3A-209ENST00000492270 SHROOM4Q9ULL8 1493 aa48.97■■■■■ 5.43
UPF3A-209ENST00000492270 EIF4G1Q04637 1599 aaKnown RBP48.36■■■■■ 5.33
UPF3A-209ENST00000492270 CC2D2AQ9P2K1 1620 aa48.28■■■■■ 5.32
UPF3A-209ENST00000492270 CECR2Q9BXF3 1484 aa47.92■■■■■ 5.26
UPF3A-209ENST00000492270 SMARCA4P51532 1647 aa47.27■■■■■ 5.16
UPF3A-209ENST00000492270 BAZ1AQ9NRL2 1556 aaPredicted RBP47.1■■■■■ 5.13
UPF3A-209ENST00000492270 ATAD2BQ9ULI0 1458 aa47.02■■■■■ 5.12
UPF3A-209ENST00000492270 NCAPD3P42695 1498 aa46.99■■■■■ 5.11
UPF3A-209ENST00000492270 SMARCA2P51531 1590 aa46.94■■■■■ 5.1
UPF3A-209ENST00000492270 MROH2BQ7Z745 1585 aa46.86■■■■■ 5.09
UPF3A-209ENST00000492270 HMGXB3Q12766 1538 aa46.8■■■■■ 5.08
UPF3A-209ENST00000492270 PEG3Q9GZU2 1588 aa46.77■■■■■ 5.08
UPF3A-209ENST00000492270 BAZ1BQ9UIG0 1483 aaKnown RBP46.63■■■■■ 5.05
UPF3A-209ENST00000492270 WIZO95785 1651 aa46.41■■■■■ 5.02
UPF3A-209ENST00000492270 RSF1Q96T23 1441 aaPredicted RBP46.13■■■■■ 4.98
UPF3A-209ENST00000492270 NESP48681 1621 aa46.1■■■■■ 4.97
UPF3A-209ENST00000492270 ERCC6Q03468 1493 aa45.95■■■■■ 4.95
UPF3A-209ENST00000492270 LAMC3Q9Y6N6 1575 aa45.88■■■■■ 4.93
UPF3A-209ENST00000492270 TOP2AP11388 1531 aaKnown RBP45.8■■■■■ 4.92
UPF3A-209ENST00000492270 KIF21AQ7Z4S6 1674 aa45.65■■■■■ 4.9
UPF3A-209ENST00000492270 CADPSQ9ULU8 1353 aa45.59■■■■■ 4.89
UPF3A-209ENST00000492270 CUX2O14529 1486 aa45.56■■■■■ 4.88
UPF3A-209ENST00000492270 THOC2Q8NI27 1593 aaKnown RBP45.51■■■■■ 4.88
UPF3A-209ENST00000492270 PDS5BQ9NTI5 1447 aa45.49■■■■■ 4.87
UPF3A-209ENST00000492270 CFTRP13569 1480 aa45.29■■■■■ 4.84
UPF3A-209ENST00000492270 CCDC88BA6NC98 1476 aa45.24■■■■■ 4.83
UPF3A-209ENST00000492270 FANCD2Q9BXW9 1451 aa45.14■■■■■ 4.82
UPF3A-209ENST00000492270 PRDM2Q13029 1718 aa45.14■■■■■ 4.82
UPF3A-209ENST00000492270 MRC2Q9UBG0 1479 aa45.12■■■■■ 4.81
UPF3A-209ENST00000492270 CEP164Q9UPV0 1460 aa45.11■■■■■ 4.81
UPF3A-209ENST00000492270 WDR62O43379 1518 aa45.01■■■■■ 4.8
UPF3A-209ENST00000492270 URB2Q14146 1524 aaKnown RBP44.75■■■■■ 4.76
UPF3A-209ENST00000492270 SUPT5HO00267 1087 aaKnown RBP44.7■■■■■ 4.75
UPF3A-209ENST00000492270 DNAJC5Q9H3Z4 198 aa44.51■■■■■ 4.72
UPF3A-209ENST00000492270 TOPBP1Q92547 1522 aa44.4■■■■■ 4.7
UPF3A-209ENST00000492270 DNMBPQ6XZF7 1577 aa44.34■■■■■ 4.69
UPF3A-209ENST00000492270 ABCC8Q09428 1581 aa44.27■■■■■ 4.68
UPF3A-209ENST00000492270 IFT140Q96RY7 1462 aa44.15■■■■■ 4.66
UPF3A-209ENST00000492270 ZNF608Q9ULD9 1512 aaPredicted RBP44.07■■■■■ 4.65
UPF3A-209ENST00000492270 TARBP1Q13395 1621 aaKnown RBP44■■■■■ 4.63
UPF3A-209ENST00000492270 POLA1P09884 1462 aaPredicted RBP44■■■■■ 4.63
UPF3A-209ENST00000492270 CUX1P39880 1505 aa43.98■■■■■ 4.63
UPF3A-209ENST00000492270 EIF4G3O43432 1585 aaKnown RBP43.93■■■■■ 4.62
UPF3A-209ENST00000492270 FGD5Q6ZNL6 1462 aa43.86■■■■■ 4.61
UPF3A-209ENST00000492270 RAD54L2Q9Y4B4 1467 aa43.83■■■■■ 4.61
UPF3A-209ENST00000492270 SOGA1O94964 1423 aa43.75■■■■■ 4.59
UPF3A-209ENST00000492270 AQRO60306 1485 aaKnown RBP eCLIP43.74■■■■■ 4.59
UPF3A-209ENST00000492270 WDR97A6NE52 1622 aa43.63■■■■■ 4.58
UPF3A-209ENST00000492270 TDRD9Q8NDG6 1382 aaKnown RBP43.57■■■■■ 4.57
UPF3A-209ENST00000492270 BIVM-ERCC5R4GMW8 1640 aa43.55■■■■■ 4.56
UPF3A-209ENST00000492270 OSCARQ8IYS5 282 aa43.54■■■■■ 4.56
UPF3A-209ENST00000492270 SYNJ1O43426 1573 aa43.54■■■■■ 4.56
UPF3A-209ENST00000492270 TOP2BQ02880 1626 aa43.51■■■■■ 4.56
UPF3A-209ENST00000492270 CHD1O14646 1710 aa43.51■■■■■ 4.56
UPF3A-209ENST00000492270 WRNQ14191 1432 aaPredicted RBP eCLIP43.49■■■■■ 4.55
UPF3A-209ENST00000492270 ABCA10Q8WWZ4 1543 aa43.38■■■■■ 4.54
UPF3A-209ENST00000492270 PBRM1Q86U86 1689 aa43.37■■■■■ 4.53
UPF3A-209ENST00000492270 SNAPC4Q5SXM2 1469 aa43.34■■■■■ 4.53
UPF3A-209ENST00000492270 ABCA5Q8WWZ7 1642 aa43.33■■■■■ 4.53
UPF3A-209ENST00000492270 GRIN2BQ13224 1484 aa43.3■■■■■ 4.52
UPF3A-209ENST00000492270 GAPVD1Q14C86 1478 aa43.27■■■■■ 4.52
UPF3A-209ENST00000492270 MAGI1Q96QZ7 1491 aaPredicted RBP43.22■■■■■ 4.51
UPF3A-209ENST00000492270 FBLN2P98095 1184 aa43.22■■■■■ 4.51
UPF3A-209ENST00000492270 RIMBP3CA6NJZ7 1639 aa43.09■■■■■ 4.49
UPF3A-209ENST00000492270 RIMBP3BA6NNM3 1639 aa43.09■■■■■ 4.49
UPF3A-209ENST00000492270 RIMBP3Q9UFD9 1639 aa43.09■■■■■ 4.49
UPF3A-209ENST00000492270 SYNJ2O15056 1496 aa43.06■■■■■ 4.48
UPF3A-209ENST00000492270 CHMP7Q8WUX9 453 aaPredicted RBP43.01■■■■■ 4.48
UPF3A-209ENST00000492270 ARHGEF11O15085 1522 aa42.98■■■■■ 4.47
UPF3A-209ENST00000492270 TRIM41Q8WV44 630 aa42.97■■■■■ 4.47
UPF3A-209ENST00000492270 ADAMTS12P58397 1594 aa42.93■■■■■ 4.46
UPF3A-209ENST00000492270 CLASP1Q7Z460 1538 aa42.92■■■■■ 4.46
UPF3A-209ENST00000492270 ERICH3Q5RHP9 1530 aa42.86■■■■■ 4.45
UPF3A-209ENST00000492270 GRIN2AQ12879 1464 aa42.77■■■■■ 4.44
UPF3A-209ENST00000492270 FHAD1B1AJZ9 1412 aa42.72■■■■■ 4.43
UPF3A-209ENST00000492270 CEP170Q5SW79 1584 aa42.65■■■■■ 4.42
UPF3A-209ENST00000492270 ARAP1Q96P48 1450 aa42.62■■■■■ 4.41
UPF3A-209ENST00000492270 NUP160Q12769 1436 aa42.57■■■■■ 4.41
UPF3A-209ENST00000492270 KIF27Q86VH2 1401 aa42.57■■■■■ 4.41
UPF3A-209ENST00000492270 CYB5RLQ6IPT4 315 aa42.51■■■■■ 4.4
UPF3A-209ENST00000492270 CUL7Q14999 1698 aa42.47■■■■■ 4.39
UPF3A-209ENST00000492270 IGF1RP08069 1367 aa42.44■■■■■ 4.38
UPF3A-209ENST00000492270 SHROOM2Q13796 1616 aa42.38■■■■■ 4.38
UPF3A-209ENST00000492270 ERCC6L2Q5T890 1561 aa42.37■■■■■ 4.37
UPF3A-209ENST00000492270 RUSC2Q8N2Y8 1516 aa42.32■■■■■ 4.37
UPF3A-209ENST00000492270 CARMIL1Q5VZK9 1371 aa42.18■■■■■ 4.34
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