Protein–RNA interactions for Protein: Q38SD2

LRRK1, Leucine-rich repeat serine/threonine-protein kinase 1, humanhuman

Predictions only

Length 2,015 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LRRK1Q38SD2 MYCL-202ENST00000372816 1688 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.42■■□□□ 1.66
LRRK1Q38SD2 IGFBPL1-201ENST00000377694 1093 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.42■■□□□ 1.66
LRRK1Q38SD2 AC092902.2-221ENST00000628476 965 ntTSL 5 BASIC25.42■■□□□ 1.66
LRRK1Q38SD2 KCNF1-201ENST00000295082 2289 ntAPPRIS P1 BASIC25.42■■□□□ 1.66
LRRK1Q38SD2 ANKRD13D-211ENST00000511455 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
LRRK1Q38SD2 FEZ1-201ENST00000278919 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
LRRK1Q38SD2 ZBTB25-202ENST00000555220 1440 ntTSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
LRRK1Q38SD2 CERS2-205ENST00000368954 2505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
LRRK1Q38SD2 PQLC1-202ENST00000357575 2475 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.41■■□□□ 1.66
LRRK1Q38SD2 TSPAN3-203ENST00000424443 1530 ntTSL 2 BASIC25.41■■□□□ 1.66
LRRK1Q38SD2 PLEKHF2-202ENST00000519516 1144 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.41■■□□□ 1.66
LRRK1Q38SD2 SRP68-213ENST00000629930 165 ntTSL 5 BASIC25.41■■□□□ 1.66
LRRK1Q38SD2 TXNL4A-208ENST00000588162 752 ntTSL 2 BASIC25.4■■□□□ 1.66
LRRK1Q38SD2 C9orf50-201ENST00000372478 1620 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC25.4■■□□□ 1.66
LRRK1Q38SD2 TNFRSF25-205ENST00000377782 1632 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
LRRK1Q38SD2 RUNDC3A-206ENST00000590941 1675 ntTSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
LRRK1Q38SD2 AC110285.7-201ENST00000624417 1536 ntBASIC25.39■■□□□ 1.66
LRRK1Q38SD2 RPS2-210ENST00000530225 765 ntTSL 2 BASIC25.39■■□□□ 1.66
LRRK1Q38SD2 EIF5A-208ENST00000573542 1089 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.39■■□□□ 1.66
LRRK1Q38SD2 RTN2-201ENST00000245923 2293 ntTSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
LRRK1Q38SD2 TMEM150A-202ENST00000334462 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.65
LRRK1Q38SD2 PPP4R4-202ENST00000328839 876 ntTSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
LRRK1Q38SD2 SNX15-202ENST00000377244 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
LRRK1Q38SD2 SURF1-201ENST00000371974 1093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
LRRK1Q38SD2 U2AF1-203ENST00000398137 1019 ntTSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
LRRK1Q38SD2 SURF1-205ENST00000615505 991 ntTSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
LRRK1Q38SD2 U2AF1L5-212ENST00000639996 1019 ntTSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
LRRK1Q38SD2 CLTA-207ENST00000470744 1102 ntTSL 2 BASIC25.36■■□□□ 1.65
LRRK1Q38SD2 RTN4R-201ENST00000043402 2157 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
LRRK1Q38SD2 BCL3-201ENST00000164227 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
LRRK1Q38SD2 SPATA33-209ENST00000579310 1490 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.35■■□□□ 1.65
LRRK1Q38SD2 SECTM1-201ENST00000269389 2235 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
LRRK1Q38SD2 ARL6IP4-211ENST00000454885 1318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
LRRK1Q38SD2 PPP1CC-208ENST00000551676 1581 ntTSL 2 BASIC25.35■■□□□ 1.65
LRRK1Q38SD2 SPATA5L1-208ENST00000638607 1863 ntTSL 2 BASIC25.35■■□□□ 1.65
LRRK1Q38SD2 CHST14-202ENST00000559991 1968 ntTSL 5 BASIC25.34■■□□□ 1.65
LRRK1Q38SD2 C14orf80-203ENST00000354560 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
LRRK1Q38SD2 HMCES-202ENST00000389735 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
LRRK1Q38SD2 F8A3-201ENST00000622749 1759 ntAPPRIS P1 BASIC25.34■■□□□ 1.65
LRRK1Q38SD2 MATK-201ENST00000310132 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
LRRK1Q38SD2 HDGF-210ENST00000537739 2073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
LRRK1Q38SD2 VEGFA-208ENST00000417285 1081 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
LRRK1Q38SD2 S1PR4-201ENST00000246115 1565 ntAPPRIS P1 BASIC25.33■■□□□ 1.64
LRRK1Q38SD2 MTCH1-202ENST00000373627 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
LRRK1Q38SD2 RPS20-211ENST00000524349 752 ntTSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
LRRK1Q38SD2 BOK-AS1-201ENST00000434306 643 ntTSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
LRRK1Q38SD2 SYT12-205ENST00000527043 1661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
LRRK1Q38SD2 CCNYL1-203ENST00000392209 1952 ntTSL 2 BASIC25.31■■□□□ 1.64
LRRK1Q38SD2 NME2-205ENST00000512737 826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
LRRK1Q38SD2 AC008813.1-201ENST00000536597 885 ntBASIC25.3■■□□□ 1.64
LRRK1Q38SD2 ESRRA-201ENST00000000442 2215 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
LRRK1Q38SD2 HOXD13-201ENST00000392539 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
LRRK1Q38SD2 PKIG-207ENST00000372894 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
LRRK1Q38SD2 LINC01896-206ENST00000575722 1256 ntTSL 2 BASIC25.3■■□□□ 1.64
LRRK1Q38SD2 HSD17B1P1-201ENST00000590052 955 ntBASIC25.3■■□□□ 1.64
LRRK1Q38SD2 CCZ1B-215ENST00000626257 2211 ntTSL 2 BASIC25.3■■□□□ 1.64
LRRK1Q38SD2 ANKS1B-203ENST00000341752 2115 ntTSL 2 BASIC25.29■■□□□ 1.64
LRRK1Q38SD2 PTPMT1-203ENST00000426530 1014 ntTSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
LRRK1Q38SD2 COPZ2-210ENST00000621465 895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
LRRK1Q38SD2 AL121987.2-201ENST00000418602 1578 ntTSL 2 BASIC25.29■■□□□ 1.64
LRRK1Q38SD2 LACTBL1-202ENST00000618559 1500 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.29■■□□□ 1.64
LRRK1Q38SD2 VEGFA-202ENST00000324450 954 ntTSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
LRRK1Q38SD2 VEGFA-203ENST00000372055 1286 ntTSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
LRRK1Q38SD2 VEGFA-213ENST00000482630 1146 ntTSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
LRRK1Q38SD2 VEGFA-227ENST00000615393 984 ntTSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
LRRK1Q38SD2 VEGFA-228ENST00000617771 1116 ntTSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
LRRK1Q38SD2 VEGFA-229ENST00000621747 1116 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
LRRK1Q38SD2 VEGFA-230ENST00000640482 1065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
LRRK1Q38SD2 VEGFA-232ENST00000640653 1170 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
LRRK1Q38SD2 CHST11-203ENST00000547956 936 ntTSL 2 BASIC25.28■■□□□ 1.64
LRRK1Q38SD2 PDPK1-203ENST00000389224 2416 ntTSL 2 BASIC25.28■■□□□ 1.64
LRRK1Q38SD2 DERA-201ENST00000428559 1705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
LRRK1Q38SD2 NRBF2-202ENST00000435510 1816 ntTSL 2 BASIC25.27■■□□□ 1.64
LRRK1Q38SD2 AC139426.1-201ENST00000568218 2529 ntBASIC25.27■■□□□ 1.64
LRRK1Q38SD2 COL13A1-214ENST00000522165 2061 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.26■■□□□ 1.63
LRRK1Q38SD2 FAH-213ENST00000561421 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
LRRK1Q38SD2 AQP1-203ENST00000409899 1009 ntTSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
LRRK1Q38SD2 KIF13A-207ENST00000502704 1330 ntTSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
LRRK1Q38SD2 SLC30A10-202ENST00000366926 1915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
LRRK1Q38SD2 TPRA1-209ENST00000489960 1903 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.25■■□□□ 1.63
LRRK1Q38SD2 CLK2-201ENST00000355560 2120 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.25■■□□□ 1.63
LRRK1Q38SD2 BCAP31-201ENST00000345046 1589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
LRRK1Q38SD2 PIGX-201ENST00000296333 953 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.25■■□□□ 1.63
LRRK1Q38SD2 BANF1-208ENST00000533166 1135 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.25■■□□□ 1.63
LRRK1Q38SD2 CRNDE-206ENST00000559432 587 ntTSL 3 BASIC25.24■■□□□ 1.63
LRRK1Q38SD2 MIR219A2-201ENST00000608502 1504 ntBASIC25.24■■□□□ 1.63
LRRK1Q38SD2 PDF-201ENST00000288022 1158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
LRRK1Q38SD2 IGFBP2-201ENST00000233809 1439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
LRRK1Q38SD2 TAF10-201ENST00000299424 1215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
LRRK1Q38SD2 TPT1-202ENST00000379055 948 ntTSL 2 BASIC25.23■■□□□ 1.63
LRRK1Q38SD2 IL17D-201ENST00000304920 1861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
LRRK1Q38SD2 AP002414.2-202ENST00000590929 1450 ntBASIC25.22■■□□□ 1.63
LRRK1Q38SD2 RRAGC-201ENST00000373001 2732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
LRRK1Q38SD2 SDCCAG3-201ENST00000298537 2314 ntTSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
LRRK1Q38SD2 NGB-201ENST00000298352 1884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
LRRK1Q38SD2 TMEM187-201ENST00000369982 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
LRRK1Q38SD2 PMS1-220ENST00000618056 1468 ntTSL 5 BASIC25.21■■□□□ 1.63
LRRK1Q38SD2 ARHGAP22-202ENST00000374170 2107 ntTSL 5 BASIC25.21■■□□□ 1.63
LRRK1Q38SD2 WDSUB1-205ENST00000409990 1920 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.21■■□□□ 1.63
LRRK1Q38SD2 SIGMAR1-203ENST00000378892 1743 ntTSL 2 BASIC25.2■■□□□ 1.63
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 70.7 ms