Protein–RNA interactions for Protein: P02461

COL3A1, Collagen alpha-1(III) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 1,466 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL3A1P02461 RASL10A-202ENST00000401450 1720 ntTSL 2 BASIC34.53■■■■□ 3.12
COL3A1P02461 RANBP1-202ENST00000402752 1132 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC34.52■■■■□ 3.12
COL3A1P02461 C16orf95-205ENST00000567970 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC34.52■■■■□ 3.12
COL3A1P02461 EFNA3-201ENST00000368408 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.52■■■■□ 3.12
COL3A1P02461 ITPKA-201ENST00000260386 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.52■■■■□ 3.12
COL3A1P02461 FOXQ1-201ENST00000296839 2309 ntAPPRIS P1 BASIC34.51■■■■□ 3.12
COL3A1P02461 KRT18-201ENST00000388835 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.51■■■■□ 3.12
COL3A1P02461 FOXE3-201ENST00000335071 1981 ntAPPRIS P1 BASIC34.51■■■■□ 3.11
COL3A1P02461 EID2-201ENST00000390658 1629 ntAPPRIS P1 BASIC34.51■■■■□ 3.11
COL3A1P02461 CBX4-201ENST00000269397 2664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC34.5■■■■□ 3.11
COL3A1P02461 KCTD17-202ENST00000403888 1763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.49■■■■□ 3.11
COL3A1P02461 P2RX2-203ENST00000350048 1344 ntTSL 1 (best) BASIC34.48■■■■□ 3.11
COL3A1P02461 INPP4A-203ENST00000409463 1565 ntTSL 1 (best) BASIC34.48■■■■□ 3.11
COL3A1P02461 GIPC1-203ENST00000393033 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.47■■■■□ 3.11
COL3A1P02461 ZDHHC16-201ENST00000345745 1519 ntTSL 1 (best) BASIC34.47■■■■□ 3.11
COL3A1P02461 MIR639-201ENST00000384974 98 ntBASIC34.46■■■■□ 3.11
COL3A1P02461 NKX2-1-204ENST00000522719 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.46■■■■□ 3.11
COL3A1P02461 DTNBP1-212ENST00000622898 1305 ntTSL 1 (best) BASIC34.46■■■■□ 3.11
COL3A1P02461 PI4KAP2-202ENST00000450651 2294 ntTSL 5 BASIC34.46■■■■□ 3.11
COL3A1P02461 MAPK8IP1P1-201ENST00000574657 1439 ntBASIC34.46■■■■□ 3.11
COL3A1P02461 CUL4A-202ENST00000375440 2364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.45■■■■□ 3.1
COL3A1P02461 EMC10-202ENST00000376918 2014 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.45■■■■□ 3.1
COL3A1P02461 GRPEL2-204ENST00000513661 546 ntTSL 2 BASIC34.44■■■■□ 3.1
COL3A1P02461 TNFRSF25-204ENST00000356876 1625 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.43■■■■□ 3.1
COL3A1P02461 AMZ2-201ENST00000359783 1722 ntTSL 5 BASIC34.43■■■■□ 3.1
COL3A1P02461 MAZ-205ENST00000562337 1574 ntTSL 3 BASIC34.43■■■■□ 3.1
COL3A1P02461 MKRN1-202ENST00000443720 1601 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.42■■■■□ 3.1
COL3A1P02461 AP004833.2-201ENST00000532228 1454 ntBASIC34.41■■■■□ 3.1
COL3A1P02461 SIRT3-201ENST00000382743 2543 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC34.41■■■■□ 3.1
COL3A1P02461 PGM5P2-201ENST00000613141 1980 ntTSL 1 (best) BASIC34.4■■■■□ 3.1
COL3A1P02461 AL139393.2-201ENST00000608721 2025 ntBASIC34.4■■■■□ 3.1
COL3A1P02461 MIR4449-201ENST00000578365 66 ntBASIC34.39■■■■□ 3.1
COL3A1P02461 ANKRD16-201ENST00000191063 1567 ntTSL 3 BASIC34.39■■■■□ 3.1
COL3A1P02461 SH3BP2-221ENST00000511747 2351 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC34.39■■■■□ 3.1
COL3A1P02461 HES6-205ENST00000409356 528 ntTSL 2 BASIC34.38■■■■□ 3.09
COL3A1P02461 LRRC10B-201ENST00000378075 2219 ntAPPRIS P1 BASIC34.38■■■■□ 3.09
COL3A1P02461 SLC16A8-201ENST00000320521 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.37■■■■□ 3.09
COL3A1P02461 MPP6-203ENST00000409761 1703 ntTSL 5 BASIC34.37■■■■□ 3.09
COL3A1P02461 ATP8B2-201ENST00000368487 1523 ntTSL 1 (best) BASIC34.36■■■■□ 3.09
COL3A1P02461 ANKRD13D-211ENST00000511455 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.34■■■■□ 3.09
COL3A1P02461 OVOL2-201ENST00000278780 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.34■■■■□ 3.09
COL3A1P02461 EIF5A-202ENST00000336458 1511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.34■■■■□ 3.09
COL3A1P02461 SLC35D2-201ENST00000253270 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.34■■■■□ 3.09
COL3A1P02461 RPS2-201ENST00000343262 985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.33■■■■□ 3.09
COL3A1P02461 MEST-211ENST00000437945 1455 ntTSL 5 BASIC34.33■■■■□ 3.09
COL3A1P02461 FAAP20-202ENST00000378546 729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.33■■■■□ 3.09
COL3A1P02461 FHL2-202ENST00000344213 1769 ntTSL 1 (best) BASIC34.32■■■■□ 3.09
COL3A1P02461 EFNA1-202ENST00000368407 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.32■■■■□ 3.08
COL3A1P02461 U2AF1-201ENST00000291552 962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC34.32■■■■□ 3.08
COL3A1P02461 U2AF1L5-202ENST00000619610 813 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.32■■■■□ 3.08
COL3A1P02461 PHF20L1-207ENST00000395379 1998 ntTSL 5 BASIC34.31■■■■□ 3.08
COL3A1P02461 FOXA2-202ENST00000419308 2422 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.31■■■■□ 3.08
COL3A1P02461 AC027237.3-202ENST00000558617 1778 ntTSL 2 BASIC34.31■■■■□ 3.08
COL3A1P02461 FGFRL1-205ENST00000510644 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.31■■■■□ 3.08
COL3A1P02461 RUNDC3A-206ENST00000590941 1675 ntTSL 1 (best) BASIC34.31■■■■□ 3.08
COL3A1P02461 SP8-201ENST00000361443 1714 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC34.3■■■■□ 3.08
COL3A1P02461 PPP1CC-208ENST00000551676 1581 ntTSL 2 BASIC34.3■■■■□ 3.08
COL3A1P02461 PEX7-203ENST00000541292 945 ntTSL 5 BASIC34.3■■■■□ 3.08
COL3A1P02461 METRNL-202ENST00000570778 967 ntTSL 5 BASIC34.3■■■■□ 3.08
COL3A1P02461 LDLRAD4-218ENST00000592991 1640 ntTSL 1 (best) BASIC34.3■■■■□ 3.08
COL3A1P02461 CAPNS1-201ENST00000246533 1918 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC34.29■■■■□ 3.08
COL3A1P02461 ZNF470-206ENST00000601902 1640 ntTSL 1 (best) BASIC34.29■■■■□ 3.08
COL3A1P02461 FEZ1-201ENST00000278919 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.27■■■■□ 3.08
COL3A1P02461 ZFAND2B-208ENST00000409594 2021 ntTSL 2 BASIC34.27■■■■□ 3.08
COL3A1P02461 CTXN1-201ENST00000318978 1274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.27■■■■□ 3.08
COL3A1P02461 TMEM147-202ENST00000392204 935 ntTSL 2 BASIC34.27■■■■□ 3.08
COL3A1P02461 CHST11-202ENST00000546689 756 ntTSL 2 BASIC34.27■■■■□ 3.08
COL3A1P02461 DNPEP-201ENST00000273075 2425 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC34.26■■■■□ 3.07
COL3A1P02461 AGFG1-205ENST00000409979 2089 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC34.26■■■■□ 3.07
COL3A1P02461 UBA52-204ENST00000595158 743 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC34.26■■■■□ 3.07
COL3A1P02461 CIB2-201ENST00000258930 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.25■■■■□ 3.07
COL3A1P02461 SSBP3-202ENST00000357475 1533 ntTSL 1 (best) BASIC34.25■■■■□ 3.07
COL3A1P02461 FKBP1A-205ENST00000439640 1583 ntTSL 3 BASIC34.25■■■■□ 3.07
COL3A1P02461 POLR3H-201ENST00000337566 1330 ntTSL 1 (best) BASIC34.24■■■■□ 3.07
COL3A1P02461 AC100797.4-201ENST00000631653 1827 ntBASIC34.24■■■■□ 3.07
COL3A1P02461 AC009041.3-201ENST00000564390 879 ntTSL 5 BASIC34.24■■■■□ 3.07
COL3A1P02461 RCC1L-202ENST00000614461 2419 ntTSL 1 (best) BASIC34.24■■■■□ 3.07
COL3A1P02461 MYCL-202ENST00000372816 1688 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC34.23■■■■□ 3.07
COL3A1P02461 CUEDC1-201ENST00000360238 2193 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC34.23■■■■□ 3.07
COL3A1P02461 AC110285.7-201ENST00000624417 1536 ntBASIC34.23■■■■□ 3.07
COL3A1P02461 RNF130-205ENST00000521389 2263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.23■■■■□ 3.07
COL3A1P02461 HOMER3-202ENST00000392351 1557 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC34.2■■■■□ 3.06
COL3A1P02461 PARD6A-201ENST00000219255 1248 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC34.2■■■■□ 3.06
COL3A1P02461 CENPV-201ENST00000299736 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.2■■■■□ 3.06
COL3A1P02461 TMEM55B-202ENST00000398020 1696 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC34.19■■■■□ 3.06
COL3A1P02461 U2AF1-203ENST00000398137 1019 ntTSL 1 (best) BASIC34.19■■■■□ 3.06
COL3A1P02461 U2AF1L5-212ENST00000639996 1019 ntTSL 1 (best) BASIC34.19■■■■□ 3.06
COL3A1P02461 RPUSD1-208ENST00000567114 1835 ntTSL 2 BASIC34.19■■■■□ 3.06
COL3A1P02461 AC016595.1-201ENST00000559410 383 ntTSL 3 BASIC34.18■■■■□ 3.06
COL3A1P02461 KCNF1-201ENST00000295082 2289 ntAPPRIS P1 BASIC34.17■■■■□ 3.06
COL3A1P02461 TMEM150A-202ENST00000334462 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.17■■■■□ 3.06
COL3A1P02461 C14orf80-203ENST00000354560 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.17■■■■□ 3.06
COL3A1P02461 AC092902.2-221ENST00000628476 965 ntTSL 5 BASIC34.16■■■■□ 3.06
COL3A1P02461 BCL3-201ENST00000164227 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.16■■■■□ 3.06
COL3A1P02461 DCDC2C-201ENST00000399143 1476 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC34.15■■■■□ 3.06
COL3A1P02461 SIGMAR1-203ENST00000378892 1743 ntTSL 2 BASIC34.15■■■■□ 3.06
COL3A1P02461 ABCB10P3-201ENST00000561950 2166 ntBASIC34.15■■■■□ 3.06
COL3A1P02461 CHST14-202ENST00000559991 1968 ntTSL 5 BASIC34.15■■■■□ 3.06
COL3A1P02461 TAZ-201ENST00000369776 1596 ntTSL 1 (best) BASIC34.14■■■■□ 3.06
COL3A1P02461 CLTA-207ENST00000470744 1102 ntTSL 2 BASIC34.14■■■■□ 3.06
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 67.5 ms