Protein–RNA interactions for Protein: Q15427

SF3B4, Splicing factor 3B subunit 4, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 424 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3B4Q15427 SRSF5-211ENST00000555547 2057 ntTSL 59.94□□□□□ -0.824e-13■■■■■ 65.3
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SF3B4Q15427 SRSF5-207ENST00000554465 3044 ntTSL 1 (best)8.2□□□□□ -1.14e-13■■■■■ 65.3
SF3B4Q15427 SRSF5-219ENST00000557460 939 ntTSL 57.75□□□□□ -1.174e-24■■■■■ 65.3
SF3B4Q15427 DENND4B-209ENST00000483561 499 ntTSL 420.9■□□□□ 0.945e-27■■■■■ 65.2
SF3B4Q15427 PPP4C-211ENST00000567642 658 ntTSL 219.13■□□□□ 0.651e-11■■■■■ 65.1
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SF3B4Q15427 DYNC1H1-210ENST00000556499 554 ntTSL 36.93□□□□□ -1.32e-12■■■■■ 64.9
SF3B4Q15427 JMJD4-202ENST00000438896 2502 ntTSL 2 BASIC18.85■□□□□ 0.615e-14■■■■■ 64.8
SF3B4Q15427 JMJD4-201ENST00000366758 2595 ntTSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.25e-14■■■■■ 64.8
SF3B4Q15427 JMJD4-207ENST00000620518 2432 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.195e-14■■■■■ 64.8
SF3B4Q15427 JMJD4-206ENST00000615711 2591 ntTSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.085e-14■■■■■ 64.8
SF3B4Q15427 JMJD4-205ENST00000485807 3749 ntTSL 211.44□□□□□ -0.585e-14■■■■■ 64.8
SF3B4Q15427 SNHG1-221ENST00000544983 870 ntTSL 210.66□□□□□ -0.77e-51■■■■■ 64.8
SF3B4Q15427 SNHG1-215ENST00000540904 594 ntTSL 58.35□□□□□ -1.077e-51■■■■■ 64.8
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SF3B4Q15427 DAGLB-204ENST00000436575 2385 ntTSL 2 BASIC17.07■□□□□ 0.326e-8■■■■■ 64.5
SF3B4Q15427 KDELR2-201ENST00000258739 2884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.2□□□□□ -0.147e-8■■■■■ 64.5
SF3B4Q15427 KDELR2-203ENST00000454368 2478 ntTSL 29.96□□□□□ -0.827e-8■■■■■ 64.5
SF3B4Q15427 KDELR2-205ENST00000463747 376 ntTSL 59.65□□□□□ -0.867e-8■■■■■ 64.5
SF3B4Q15427 KDELR2-206ENST00000490996 655 ntTSL 1 (best) BASIC6.17□□□□□ -1.427e-8■■■■■ 64.5
SF3B4Q15427 RPS3-220ENST00000534555 387 ntTSL 314.48□□□□□ -0.098e-22■■■■■ 64.1
SF3B4Q15427 RPS3-214ENST00000530164 1878 ntTSL 1 (best) BASIC8.94□□□□□ -0.988e-22■■■■■ 64.1
SF3B4Q15427 SNORD15A-201ENST00000384214 148 ntBASIC6.97□□□□□ -1.298e-22■■■■■ 64.1
SF3B4Q15427 ANK1-207ENST00000518061 892 ntTSL 313.7□□□□□ -0.221e-6■■■■■ 64
SF3B4Q15427 ARFRP1-206ENST00000610774 5178 ntTSL 214.19□□□□□ -0.144e-10■■■■■ 64
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SF3B4Q15427 NPLOC4-209ENST00000572760 946 ntTSL 1 (best) BASIC13.1□□□□□ -0.311e-12■■■■■ 63.9
SF3B4Q15427 NPLOC4-214ENST00000573876 560 ntTSL 4 BASIC11.66□□□□□ -0.541e-12■■■■■ 63.9
SF3B4Q15427 RAD23A-206ENST00000590881 999 ntTSL 512.31□□□□□ -0.441e-8■■■■■ 63.8
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SF3B4Q15427 ADGRL1-203ENST00000588677 604 ntTSL 312.49□□□□□ -0.419e-14■■■■■ 63.6
SF3B4Q15427 ATN1-204ENST00000541029 855 ntTSL 218.2■□□□□ 0.58e-25■■■■■ 63.5
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SF3B4Q15427 ATN1-202ENST00000396684 4290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.7□□□□□ -0.78e-25■■■■■ 63.5
SF3B4Q15427 GID8-201ENST00000266069 4397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC9.36□□□□□ -0.917e-13■■■■■ 63.5
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SF3B4Q15427 FAM20A-207ENST00000619787 2798 ntTSL 5 BASIC6.69□□□□□ -1.342e-18■■■■■ 63.4
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SF3B4Q15427 GABRE-209ENST00000486255 6176 ntTSL 1 (best)8.21□□□□□ -1.091e-17■■■■■ 63.1
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SF3B4Q15427 PGD-210ENST00000498356 790 ntTSL 36.14□□□□□ -1.433e-9■■■■■ 62.5
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SF3B4Q15427 KDM4B-205ENST00000588337 504 ntTSL 524.44■■□□□ 1.52e-9■■■■■ 62.3
SF3B4Q15427 SBF1-203ENST00000399627 811 ntTSL 516.36■□□□□ 0.211e-7■■■■■ 62.2
SF3B4Q15427 BCL2L2-205ENST00000557236 631 ntTSL 518.08■□□□□ 0.482e-12■■■■■ 62.2
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SF3B4Q15427 BCL2L2-201ENST00000250405 3605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.84□□□□□ -0.352e-12■■■■■ 62.2
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SF3B4Q15427 BCL2L2-PABPN1-202ENST00000556100 655 ntTSL 312.21□□□□□ -0.452e-12■■■■■ 62.2
SF3B4Q15427 BCL2L2-202ENST00000553824 548 ntTSL 411.3□□□□□ -0.62e-12■■■■■ 62.2
SF3B4Q15427 RPL3-215ENST00000481985 557 ntTSL 212.42□□□□□ -0.421e-12■■■■■ 62.1
SF3B4Q15427 RPL3-213ENST00000471290 481 ntTSL 29.97□□□□□ -0.811e-12■■■■■ 62.1
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SF3B4Q15427 RABGGTA-218ENST00000560777 1197 ntTSL 5 BASIC10.76□□□□□ -0.693e-9■■■■■ 61.8
SF3B4Q15427 MLXIPL-210ENST00000476404 1921 ntTSL 213.91□□□□□ -0.182e-10■■■■■ 61.8
SF3B4Q15427 PTPRT-210ENST00000617474 4521 ntTSL 514.65□□□□□ -0.066e-14■■■■■ 61.7
SF3B4Q15427 ZDHHC18-204ENST00000488397 1275 ntTSL 212.01□□□□□ -0.496e-14■■■■■ 61.7
SF3B4Q15427 PTPRT-207ENST00000373201 12660 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC8.76□□□□□ -1.016e-14■■■■■ 61.7
SF3B4Q15427 PTPRT-205ENST00000373193 12681 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC8.69□□□□□ -1.026e-14■■■■■ 61.7
SF3B4Q15427 PTPRT-206ENST00000373198 12746 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC8.61□□□□□ -1.036e-14■■■■■ 61.7
SF3B4Q15427 PTPRT-204ENST00000373190 12559 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC8.26□□□□□ -1.096e-14■■■■■ 61.7
SF3B4Q15427 PTPRT-202ENST00000373184 12483 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC5.84□□□□□ -1.476e-14■■■■■ 61.7
SF3B4Q15427 PTPRT-201ENST00000356100 12480 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC5.84□□□□□ -1.476e-14■■■■■ 61.7
SF3B4Q15427 PTPRT-203ENST00000373187 12453 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC5.84□□□□□ -1.476e-14■■■■■ 61.7
SF3B4Q15427 FASTK-206ENST00000465272 457 ntTSL 217.62■□□□□ 0.417e-15■■■■■ 61.6
SF3B4Q15427 NCOR1-201ENST00000268712 10720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC6.34□□□□□ -1.391e-18■■■■■ 61.5
SF3B4Q15427 COPB1-207ENST00000529866 729 ntTSL 29.64□□□□□ -0.873e-7■■■■■ 61.5
SF3B4Q15427 COPB1-212ENST00000534771 576 ntTSL 41.09□□□□□ -2.233e-7■■■■■ 61.5
SF3B4Q15427 PROC-209ENST00000464089 563 ntTSL 416.12■□□□□ 0.173e-10■■■■■ 61.4
SF3B4Q15427 IVD-208ENST00000497252 565 ntTSL 415.47■□□□□ 0.071e-6■■■■■ 61.3
SF3B4Q15427 IVD-209ENST00000497816 1543 ntTSL 1 (best)13.26□□□□□ -0.291e-6■■■■■ 61.3
SF3B4Q15427 IVD-207ENST00000491554 1148 ntTSL 312.81□□□□□ -0.361e-6■■■■■ 61.3
SF3B4Q15427 IVD-202ENST00000473112 920 ntTSL 512.6□□□□□ -0.391e-6■■■■■ 61.3
Retrieved 100 of 47,349 protein–RNA pairs in 3417.9 ms