Protein–RNA interactions for Protein: Q96CF2

CHMP4C, Charged multivesicular body protein 4c, humanhuman

Predictions only

Length 233 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP4CQ96CF2 KCTD17-202ENST00000403888 1763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.22■■■□□ 2.59
CHMP4CQ96CF2 GLRX5-201ENST00000331334 1564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.22■■■□□ 2.59
CHMP4CQ96CF2 TCEA2-204ENST00000395053 1733 ntTSL 1 (best) BASIC31.21■■■□□ 2.59
CHMP4CQ96CF2 CIB1-201ENST00000328649 1247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.21■■■□□ 2.59
CHMP4CQ96CF2 CIB1-202ENST00000612800 1096 ntTSL 1 (best) BASIC31.21■■■□□ 2.59
CHMP4CQ96CF2 MAD2L2-205ENST00000376669 864 ntTSL 3 BASIC31.2■■■□□ 2.59
CHMP4CQ96CF2 ARL8A-201ENST00000272217 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.2■■■□□ 2.58
CHMP4CQ96CF2 DCBLD1-201ENST00000296955 1979 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC31.19■■■□□ 2.58
CHMP4CQ96CF2 RCE1-201ENST00000309657 1485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.18■■■□□ 2.58
CHMP4CQ96CF2 MXD3-203ENST00000439742 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.18■■■□□ 2.58
CHMP4CQ96CF2 FOXA2-202ENST00000419308 2422 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.17■■■□□ 2.58
CHMP4CQ96CF2 LDB1-202ENST00000425280 2089 ntTSL 5 BASIC31.17■■■□□ 2.58
CHMP4CQ96CF2 ST7-AS1-201ENST00000456775 1889 ntBASIC31.17■■■□□ 2.58
CHMP4CQ96CF2 ESRRA-201ENST00000000442 2215 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC31.17■■■□□ 2.58
CHMP4CQ96CF2 AGPAT2-202ENST00000371696 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.16■■■□□ 2.58
CHMP4CQ96CF2 MPST-206ENST00000429360 1331 ntTSL 1 (best) BASIC31.16■■■□□ 2.58
CHMP4CQ96CF2 CGREF1-203ENST00000402394 1906 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC31.16■■■□□ 2.58
CHMP4CQ96CF2 CDKN2A-201ENST00000304494 1218 ntTSL 1 (best) BASIC31.15■■■□□ 2.58
CHMP4CQ96CF2 AMN-201ENST00000299155 1907 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC31.14■■■□□ 2.58
CHMP4CQ96CF2 HDAC11-206ENST00000405025 576 ntTSL 4 BASIC31.14■■■□□ 2.58
CHMP4CQ96CF2 AL135925.1-201ENST00000605920 1701 ntBASIC31.14■■■□□ 2.58
CHMP4CQ96CF2 CCDC88C-205ENST00000553403 1651 ntTSL 1 (best) BASIC31.13■■■□□ 2.57
CHMP4CQ96CF2 COPRS-202ENST00000378634 1041 ntTSL 2 BASIC31.13■■■□□ 2.57
CHMP4CQ96CF2 NPTXR-202ENST00000640136 1503 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC31.13■■■□□ 2.57
CHMP4CQ96CF2 BOD1-201ENST00000285908 1286 ntTSL 1 (best) BASIC31.12■■■□□ 2.57
CHMP4CQ96CF2 BOD1-206ENST00000480951 814 ntTSL 2 BASIC31.12■■■□□ 2.57
CHMP4CQ96CF2 CUEDC1-201ENST00000360238 2193 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC31.11■■■□□ 2.57
CHMP4CQ96CF2 ABHD17AP4-201ENST00000411545 909 ntBASIC31.11■■■□□ 2.57
CHMP4CQ96CF2 GUSB-202ENST00000421103 1742 ntTSL 2 BASIC31.11■■■□□ 2.57
CHMP4CQ96CF2 HSPB11-201ENST00000194214 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.1■■■□□ 2.57
CHMP4CQ96CF2 ZNF706-207ENST00000519882 959 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC31.1■■■□□ 2.57
CHMP4CQ96CF2 ZNF706-213ENST00000521272 732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC31.1■■■□□ 2.57
CHMP4CQ96CF2 GGA1-204ENST00000381756 2107 ntTSL 1 (best) BASIC31.1■■■□□ 2.57
CHMP4CQ96CF2 NOG-201ENST00000332822 1892 ntAPPRIS P1 BASIC31.1■■■□□ 2.57
CHMP4CQ96CF2 SNX24-201ENST00000261369 2158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.09■■■□□ 2.57
CHMP4CQ96CF2 GIPC1-203ENST00000393033 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.09■■■□□ 2.57
CHMP4CQ96CF2 VAX2-201ENST00000234392 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.09■■■□□ 2.57
CHMP4CQ96CF2 HOXD13-201ENST00000392539 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.09■■■□□ 2.57
CHMP4CQ96CF2 MIR6090-201ENST00000622481 60 ntBASIC31.08■■■□□ 2.57
CHMP4CQ96CF2 ACTG1-210ENST00000575842 2256 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.08■■■□□ 2.57
CHMP4CQ96CF2 NME2-202ENST00000393190 866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.07■■■□□ 2.56
CHMP4CQ96CF2 TXNL4A-210ENST00000591711 669 ntTSL 2 BASIC31.07■■■□□ 2.56
CHMP4CQ96CF2 GLRB-203ENST00000509282 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.07■■■□□ 2.56
CHMP4CQ96CF2 SLC52A2-201ENST00000329994 1896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.06■■■□□ 2.56
CHMP4CQ96CF2 MATK-201ENST00000310132 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.06■■■□□ 2.56
CHMP4CQ96CF2 ADGRB2-204ENST00000398542 5176 ntTSL 5 BASIC31.06■■■□□ 2.56
CHMP4CQ96CF2 HAUS7-201ENST00000370210 1593 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC31.05■■■□□ 2.56
CHMP4CQ96CF2 GAL3ST1-205ENST00000406361 1819 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC31.05■■■□□ 2.56
CHMP4CQ96CF2 ARHGEF7-206ENST00000375741 5525 ntTSL 1 (best) BASIC31.04■■■□□ 2.56
CHMP4CQ96CF2 ZNF513-201ENST00000323703 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.04■■■□□ 2.56
CHMP4CQ96CF2 MAPK13-201ENST00000211287 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.04■■■□□ 2.56
CHMP4CQ96CF2 ATP6V1E2-204ENST00000522587 1559 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC31.03■■■□□ 2.56
CHMP4CQ96CF2 SHOX2-204ENST00000483851 1866 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC31.03■■■□□ 2.56
CHMP4CQ96CF2 NOXA1-201ENST00000341349 1678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.03■■■□□ 2.56
CHMP4CQ96CF2 TRAM2-AS1-201ENST00000453216 664 ntTSL 3 BASIC31.02■■■□□ 2.56
CHMP4CQ96CF2 AP000547.3-202ENST00000592107 1019 ntTSL 1 (best) BASIC31.02■■■□□ 2.56
CHMP4CQ96CF2 HNRNPAB-202ENST00000358344 1796 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC31.02■■■□□ 2.56
CHMP4CQ96CF2 ECI1-207ENST00000570258 1512 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC31.01■■■□□ 2.55
CHMP4CQ96CF2 XKR6-201ENST00000297303 1550 ntTSL 1 (best) BASIC31■■■□□ 2.55
CHMP4CQ96CF2 PABPC1L2B-AS1-201ENST00000416989 1167 ntTSL 3 BASIC31■■■□□ 2.55
CHMP4CQ96CF2 AL662864.1-201ENST00000454388 1167 ntTSL 3 BASIC31■■■□□ 2.55
CHMP4CQ96CF2 ATPAF1-202ENST00000371937 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31■■■□□ 2.55
CHMP4CQ96CF2 RTN2-201ENST00000245923 2293 ntTSL 1 (best) BASIC30.99■■■□□ 2.55
CHMP4CQ96CF2 EMC10-202ENST00000376918 2014 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.99■■■□□ 2.55
CHMP4CQ96CF2 AC004540.2-201ENST00000451368 611 ntTSL 2 BASIC30.99■■■□□ 2.55
CHMP4CQ96CF2 PVT1-219ENST00000523427 938 ntTSL 3 BASIC30.99■■■□□ 2.55
CHMP4CQ96CF2 ABCB10P3-201ENST00000561950 2166 ntBASIC30.98■■■□□ 2.55
CHMP4CQ96CF2 AL139393.1-201ENST00000417479 573 ntTSL 5 BASIC30.98■■■□□ 2.55
CHMP4CQ96CF2 CIB2-204ENST00000557846 934 ntTSL 3 BASIC30.98■■■□□ 2.55
CHMP4CQ96CF2 MIR7108-201ENST00000614319 87 ntBASIC30.98■■■□□ 2.55
CHMP4CQ96CF2 RDX-210ENST00000530301 1549 ntTSL 1 (best) BASIC30.98■■■□□ 2.55
CHMP4CQ96CF2 PIK3R2-208ENST00000617642 1446 ntTSL 5 BASIC30.98■■■□□ 2.55
CHMP4CQ96CF2 RUNDC3A-206ENST00000590941 1675 ntTSL 1 (best) BASIC30.97■■■□□ 2.55
CHMP4CQ96CF2 TMEM268-201ENST00000288502 2314 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.97■■■□□ 2.55
CHMP4CQ96CF2 CHPT1-201ENST00000229266 1585 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.97■■■□□ 2.55
CHMP4CQ96CF2 MLEC-202ENST00000412616 841 ntTSL 3 BASIC30.97■■■□□ 2.55
CHMP4CQ96CF2 SPIRE1-202ENST00000409402 5665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.97■■■□□ 2.55
CHMP4CQ96CF2 RNF130-205ENST00000521389 2263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.96■■■□□ 2.55
CHMP4CQ96CF2 TPI1-201ENST00000229270 1763 ntTSL 1 (best) BASIC30.96■■■□□ 2.55
CHMP4CQ96CF2 GKAP1-203ENST00000376371 1778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.96■■■□□ 2.55
CHMP4CQ96CF2 MISP3-202ENST00000587086 1535 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.95■■■□□ 2.55
CHMP4CQ96CF2 FGFRL1-205ENST00000510644 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.95■■■□□ 2.55
CHMP4CQ96CF2 MYLIP-202ENST00000356840 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.95■■■□□ 2.55
CHMP4CQ96CF2 KLC2-205ENST00000394078 1557 ntTSL 5 BASIC30.95■■■□□ 2.54
CHMP4CQ96CF2 HGH1-207ENST00000628266 258 ntTSL 5 BASIC30.94■■■□□ 2.54
CHMP4CQ96CF2 CCZ1B-215ENST00000626257 2211 ntTSL 2 BASIC30.94■■■□□ 2.54
CHMP4CQ96CF2 DTNBP1-202ENST00000344537 1403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.93■■■□□ 2.54
CHMP4CQ96CF2 NXNL1-201ENST00000301944 946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.93■■■□□ 2.54
CHMP4CQ96CF2 SLC35D2-202ENST00000375257 889 ntTSL 2 BASIC30.93■■■□□ 2.54
CHMP4CQ96CF2 SCX-201ENST00000567180 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.93■■■□□ 2.54
CHMP4CQ96CF2 NOP53-201ENST00000246802 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.93■■■□□ 2.54
CHMP4CQ96CF2 ARHGEF7-205ENST00000375739 5375 ntTSL 1 (best) BASIC30.93■■■□□ 2.54
CHMP4CQ96CF2 LSM14B-204ENST00000370915 1079 ntTSL 1 (best) BASIC30.92■■■□□ 2.54
CHMP4CQ96CF2 TPRA1-209ENST00000489960 1903 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.92■■■□□ 2.54
CHMP4CQ96CF2 SP8-201ENST00000361443 1714 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.92■■■□□ 2.54
CHMP4CQ96CF2 CUL4A-202ENST00000375440 2364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.92■■■□□ 2.54
CHMP4CQ96CF2 DUX4L29-201ENST00000425409 679 ntBASIC30.91■■■□□ 2.54
CHMP4CQ96CF2 AC108673.1-201ENST00000510422 1159 ntBASIC30.91■■■□□ 2.54
CHMP4CQ96CF2 UBE2S-203ENST00000589978 496 ntTSL 5 BASIC30.91■■■□□ 2.54
CHMP4CQ96CF2 AC021231.2-201ENST00000594613 730 ntBASIC30.91■■■□□ 2.54
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 39.1 ms