Protein–RNA interactions for Protein: Q9NY59

SMPD3, Sphingomyelin phosphodiesterase 3, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 655 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMPD3Q9NY59 TMEM266-201ENST00000388942 2520 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.78■■□□□ 1.56
SMPD3Q9NY59 FAM89B-203ENST00000530349 1263 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.78■■□□□ 1.56
SMPD3Q9NY59 MAPK4-202ENST00000540640 1576 ntTSL 2 BASIC24.78■■□□□ 1.56
SMPD3Q9NY59 NPDC1-201ENST00000371600 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
SMPD3Q9NY59 COL13A1-214ENST00000522165 2061 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.77■■□□□ 1.56
SMPD3Q9NY59 ARHGEF7-205ENST00000375739 5375 ntTSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
SMPD3Q9NY59 PGM5-201ENST00000396392 1782 ntTSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
SMPD3Q9NY59 WSB2-201ENST00000315436 2646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
SMPD3Q9NY59 HDGF-210ENST00000537739 2073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
SMPD3Q9NY59 RNF130-201ENST00000261947 1766 ntTSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
SMPD3Q9NY59 SHARPIN-202ENST00000398712 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
SMPD3Q9NY59 CNIH2-203ENST00000528852 1524 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
SMPD3Q9NY59 GKAP1-203ENST00000376371 1778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
SMPD3Q9NY59 MBD2-201ENST00000256429 5188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
SMPD3Q9NY59 GIPC1-201ENST00000345425 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
SMPD3Q9NY59 EFEMP2-201ENST00000307998 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
SMPD3Q9NY59 FAM89B-202ENST00000449319 1337 ntTSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
SMPD3Q9NY59 RAB26-201ENST00000210187 1675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
SMPD3Q9NY59 JAG2-201ENST00000331782 5835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
SMPD3Q9NY59 SHOX2-204ENST00000483851 1866 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.68■■□□□ 1.54
SMPD3Q9NY59 AGTRAP-204ENST00000376637 1067 ntTSL 2 BASIC24.68■■□□□ 1.54
SMPD3Q9NY59 CIC-201ENST00000160740 6111 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.68■■□□□ 1.54
SMPD3Q9NY59 IRX1-201ENST00000302006 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
SMPD3Q9NY59 FAM220A-201ENST00000313324 2214 ntTSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
SMPD3Q9NY59 HNRNPAB-207ENST00000514633 1571 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.67■■□□□ 1.54
SMPD3Q9NY59 MSX1-201ENST00000382723 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
SMPD3Q9NY59 LRRC61-202ENST00000359623 1877 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.67■■□□□ 1.54
SMPD3Q9NY59 MVK-208ENST00000539696 608 ntTSL 5 BASIC24.67■■□□□ 1.54
SMPD3Q9NY59 YAP1-204ENST00000526343 2393 ntTSL 5 BASIC24.67■■□□□ 1.54
SMPD3Q9NY59 KIAA1456-206ENST00000528753 2392 ntTSL 2 BASIC24.67■■□□□ 1.54
SMPD3Q9NY59 LACTB-201ENST00000261893 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
SMPD3Q9NY59 ARMC10-205ENST00000428183 2445 ntTSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
SMPD3Q9NY59 HNRNPAB-202ENST00000358344 1796 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
SMPD3Q9NY59 SNTB1-202ENST00000517992 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
SMPD3Q9NY59 ROM1-201ENST00000278833 1878 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
SMPD3Q9NY59 SPATA5L1-208ENST00000638607 1863 ntTSL 2 BASIC24.65■■□□□ 1.54
SMPD3Q9NY59 FOXG1-201ENST00000313071 4890 ntAPPRIS P1 BASIC24.65■■□□□ 1.54
SMPD3Q9NY59 RASSF8-202ENST00000381352 2320 ntTSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.54
SMPD3Q9NY59 PKDCC-201ENST00000294964 2502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.54
SMPD3Q9NY59 RCOR3-202ENST00000367006 2525 ntTSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.54
SMPD3Q9NY59 KCNJ4-201ENST00000303592 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
SMPD3Q9NY59 MTCH1-202ENST00000373627 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
SMPD3Q9NY59 FBXO2-201ENST00000354287 1560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
SMPD3Q9NY59 SMARCD3-201ENST00000262188 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
SMPD3Q9NY59 ADGRB2-204ENST00000398542 5176 ntTSL 5 BASIC24.62■■□□□ 1.53
SMPD3Q9NY59 FLJ37453-201ENST00000317122 2473 ntTSL 2 BASIC24.61■■□□□ 1.53
SMPD3Q9NY59 AL135925.1-201ENST00000605920 1701 ntBASIC24.61■■□□□ 1.53
SMPD3Q9NY59 NAPA-201ENST00000263354 1839 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
SMPD3Q9NY59 CDV3-203ENST00000431519 955 ntTSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
SMPD3Q9NY59 SATB1-AS1-216ENST00000598149 1119 ntTSL 2 BASIC24.59■■□□□ 1.53
SMPD3Q9NY59 SCCPDH-201ENST00000366510 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
SMPD3Q9NY59 GRK2-204ENST00000526285 1458 ntTSL 5 BASIC24.58■■□□□ 1.53
SMPD3Q9NY59 FGF18-201ENST00000274625 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
SMPD3Q9NY59 PEA15-201ENST00000360472 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
SMPD3Q9NY59 VEGFC-202ENST00000618562 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
SMPD3Q9NY59 SOX1-201ENST00000330949 2842 ntAPPRIS P1 BASIC24.57■■□□□ 1.52
SMPD3Q9NY59 AL121749.1-202ENST00000609313 2153 ntBASIC24.57■■□□□ 1.52
SMPD3Q9NY59 LMO2-201ENST00000257818 2294 ntTSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
SMPD3Q9NY59 CHCHD4-201ENST00000295767 1603 ntTSL 2 BASIC24.56■■□□□ 1.52
SMPD3Q9NY59 WTAP-206ENST00000621533 2109 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.56■■□□□ 1.52
SMPD3Q9NY59 HES7-202ENST00000541682 1674 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
SMPD3Q9NY59 MSANTD3-203ENST00000395067 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
SMPD3Q9NY59 AHSA2-201ENST00000357022 2437 ntTSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
SMPD3Q9NY59 MAPKAPK2-201ENST00000294981 2171 ntTSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
SMPD3Q9NY59 MRAP2-201ENST00000257776 2153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
SMPD3Q9NY59 THAP4-204ENST00000407315 2367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
SMPD3Q9NY59 NFYB-205ENST00000551727 1727 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.53■■□□□ 1.52
SMPD3Q9NY59 CREM-210ENST00000374721 2020 ntTSL 5 BASIC24.52■■□□□ 1.52
SMPD3Q9NY59 TCF24-201ENST00000563496 2450 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.52■■□□□ 1.52
SMPD3Q9NY59 RUNDC3A-201ENST00000225441 1821 ntTSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
SMPD3Q9NY59 DBP-205ENST00000601104 1489 ntTSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
SMPD3Q9NY59 HNRNPAB-206ENST00000506339 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.5■■□□□ 1.51
SMPD3Q9NY59 THRA-204ENST00000546243 1909 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.5■■□□□ 1.51
SMPD3Q9NY59 CARM1-202ENST00000344150 2722 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.5■■□□□ 1.51
SMPD3Q9NY59 SPIRE1-202ENST00000409402 5665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
SMPD3Q9NY59 TNIP2-201ENST00000315423 1974 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
SMPD3Q9NY59 DRD5P2-201ENST00000421395 2012 ntBASIC24.49■■□□□ 1.51
SMPD3Q9NY59 OTUD5-208ENST00000610466 2487 ntTSL 5 BASIC24.49■■□□□ 1.51
SMPD3Q9NY59 PLEKHF1-201ENST00000436066 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
SMPD3Q9NY59 HDGF-201ENST00000357325 2380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
SMPD3Q9NY59 ATPAF1-202ENST00000371937 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
SMPD3Q9NY59 TCEA2-204ENST00000395053 1733 ntTSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
SMPD3Q9NY59 AL139393.2-201ENST00000608721 2025 ntBASIC24.45■■□□□ 1.5
SMPD3Q9NY59 CAPNS1-204ENST00000587718 1558 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
SMPD3Q9NY59 CCKBR-201ENST00000334619 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
SMPD3Q9NY59 CACNG8-202ENST00000638874 1278 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
SMPD3Q9NY59 CACNG6-201ENST00000252729 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
SMPD3Q9NY59 RHOQ-201ENST00000238738 2975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
SMPD3Q9NY59 TMEM187-201ENST00000369982 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
SMPD3Q9NY59 SHF-207ENST00000560540 2062 ntTSL 5 BASIC24.42■■□□□ 1.5
SMPD3Q9NY59 TMEM185A-207ENST00000600449 2840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
SMPD3Q9NY59 AC243773.2-204ENST00000621428 1462 ntTSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
SMPD3Q9NY59 RCAN1-201ENST00000313806 2490 ntTSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
SMPD3Q9NY59 TNFSF12-201ENST00000293825 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
SMPD3Q9NY59 FAM107B-205ENST00000378467 2374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
SMPD3Q9NY59 IHH-201ENST00000295731 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
SMPD3Q9NY59 AC135731.1-201ENST00000569415 2548 ntBASIC24.4■■□□□ 1.5
SMPD3Q9NY59 HOXB3-212ENST00000498678 2196 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.4■■□□□ 1.5
SMPD3Q9NY59 COMMD7-201ENST00000278980 1900 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
SMPD3Q9NY59 HAUS7-201ENST00000370210 1593 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.4■■□□□ 1.5
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 16 ms