Protein–RNA interactions for Protein: P46779

RPL28, 60S ribosomal protein L28, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 137 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RPL28P46779 TMEM80-202ENST00000397512 1572 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
RPL28P46779 LMTK3-202ENST00000600059 5113 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.48■□□□□ 0.39
RPL28P46779 LDB1-202ENST00000425280 2089 ntTSL 5 BASIC17.48■□□□□ 0.39
RPL28P46779 FGF2-203ENST00000614010 867 ntTSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
RPL28P46779 EFNA3-201ENST00000368408 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
RPL28P46779 NFKBIA-209ENST00000557389 1537 ntTSL 2 BASIC17.46■□□□□ 0.39
RPL28P46779 COPS6-201ENST00000303904 1432 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
RPL28P46779 CREM-210ENST00000374721 2020 ntTSL 5 BASIC17.45■□□□□ 0.38
RPL28P46779 SLC30A10-202ENST00000366926 1915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
RPL28P46779 AC079848.1-201ENST00000511301 327 ntTSL 3 BASIC17.45■□□□□ 0.38
RPL28P46779 ACTR3B-201ENST00000256001 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
RPL28P46779 PCYT2-205ENST00000570391 1857 ntTSL 2 BASIC17.45■□□□□ 0.38
RPL28P46779 SNTB1-202ENST00000517992 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
RPL28P46779 KCNJ4-201ENST00000303592 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
RPL28P46779 TRNP1-201ENST00000522111 1958 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
RPL28P46779 FAM220A-206ENST00000616824 2211 ntTSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
RPL28P46779 ROM1-201ENST00000278833 1878 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
RPL28P46779 RTN2-202ENST00000344680 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
RPL28P46779 NAPA-201ENST00000263354 1839 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
RPL28P46779 SPIRE1-203ENST00000410092 5533 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
RPL28P46779 LINC01578-201ENST00000553829 732 ntTSL 2 BASIC17.43■□□□□ 0.38
RPL28P46779 IRX1-201ENST00000302006 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
RPL28P46779 FOXQ1-201ENST00000296839 2309 ntAPPRIS P1 BASIC17.43■□□□□ 0.38
RPL28P46779 HECA-201ENST00000367658 5614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
RPL28P46779 ADAP1-201ENST00000265846 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.42■□□□□ 0.38
RPL28P46779 THAP11-201ENST00000303596 2114 ntAPPRIS P1 BASIC17.42■□□□□ 0.38
RPL28P46779 GPR75-ASB3-201ENST00000406625 2113 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.42■□□□□ 0.38
RPL28P46779 FOXE3-201ENST00000335071 1981 ntAPPRIS P1 BASIC17.42■□□□□ 0.38
RPL28P46779 RUNDC3A-201ENST00000225441 1821 ntTSL 1 (best) BASIC17.41■□□□□ 0.38
RPL28P46779 FTCD-202ENST00000397743 1834 ntTSL 1 (best) BASIC17.41■□□□□ 0.38
RPL28P46779 THAP4-204ENST00000407315 2367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.41■□□□□ 0.38
RPL28P46779 AC135731.1-201ENST00000569415 2548 ntBASIC17.41■□□□□ 0.38
RPL28P46779 SMARCD3-203ENST00000392811 2018 ntTSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
RPL28P46779 RCOR3-202ENST00000367006 2525 ntTSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
RPL28P46779 LMO2-201ENST00000257818 2294 ntTSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
RPL28P46779 NRGN-201ENST00000284292 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
RPL28P46779 PLPP2-203ENST00000434325 1383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
RPL28P46779 PGM5P2-201ENST00000613141 1980 ntTSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
RPL28P46779 FLJ37453-201ENST00000317122 2473 ntTSL 2 BASIC17.37■□□□□ 0.37
RPL28P46779 PEA15-201ENST00000360472 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
RPL28P46779 GSTZ1-201ENST00000216465 1338 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
RPL28P46779 HAND2-201ENST00000359562 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
RPL28P46779 CPNE1-203ENST00000397442 1695 ntTSL 5 BASIC17.36■□□□□ 0.37
RPL28P46779 SHARPIN-202ENST00000398712 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
RPL28P46779 HAGHL-204ENST00000549114 1820 ntTSL 5 BASIC17.35■□□□□ 0.37
RPL28P46779 SHOX2-204ENST00000483851 1866 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.35■□□□□ 0.37
RPL28P46779 GAL3ST1-205ENST00000406361 1819 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.35■□□□□ 0.37
RPL28P46779 COL13A1-214ENST00000522165 2061 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.35■□□□□ 0.37
RPL28P46779 TLE6-201ENST00000246112 2100 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
RPL28P46779 MRAP2-201ENST00000257776 2153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
RPL28P46779 EFEMP2-201ENST00000307998 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
RPL28P46779 MLST8-203ENST00000397124 1691 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.34■□□□□ 0.37
RPL28P46779 MAF-203ENST00000569649 1217 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.34■□□□□ 0.37
RPL28P46779 VEGFC-202ENST00000618562 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
RPL28P46779 LACTB-201ENST00000261893 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.37
RPL28P46779 AL121749.1-202ENST00000609313 2153 ntBASIC17.33■□□□□ 0.36
RPL28P46779 SHF-207ENST00000560540 2062 ntTSL 5 BASIC17.33■□□□□ 0.36
RPL28P46779 CLEC3B-201ENST00000296130 936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
RPL28P46779 NKX1-1-201ENST00000422806 1236 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.32■□□□□ 0.36
RPL28P46779 AC005524.1-203ENST00000586528 451 ntTSL 3 BASIC17.32■□□□□ 0.36
RPL28P46779 MAPKAPK2-201ENST00000294981 2171 ntTSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
RPL28P46779 ZFPM1-201ENST00000319555 5380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
RPL28P46779 FBXO45-201ENST00000311630 5899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
RPL28P46779 GALK1-205ENST00000588479 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
RPL28P46779 SLC52A2-201ENST00000329994 1896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
RPL28P46779 GKAP1-203ENST00000376371 1778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
RPL28P46779 TMEM185A-207ENST00000600449 2840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
RPL28P46779 DPY19L1-209ENST00000638088 5075 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.3■□□□□ 0.36
RPL28P46779 CHPT1-205ENST00000549872 2001 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.3■□□□□ 0.36
RPL28P46779 THRA-204ENST00000546243 1909 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.29■□□□□ 0.36
RPL28P46779 MAGI2-215ENST00000628980 6212 ntTSL 5 BASIC17.29■□□□□ 0.36
RPL28P46779 RHOQ-201ENST00000238738 2975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
RPL28P46779 AHSA2-201ENST00000357022 2437 ntTSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
RPL28P46779 TAZ-205ENST00000475699 1862 ntTSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
RPL28P46779 NREP-202ENST00000379671 2581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
RPL28P46779 HDGF-210ENST00000537739 2073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
RPL28P46779 WSB2-201ENST00000315436 2646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
RPL28P46779 CAPNS1-204ENST00000587718 1558 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
RPL28P46779 WTAP-206ENST00000621533 2109 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.27■□□□□ 0.35
RPL28P46779 HOXB3-210ENST00000489475 1845 ntTSL 2 BASIC17.26■□□□□ 0.35
RPL28P46779 TNIP2-201ENST00000315423 1974 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
RPL28P46779 ARTN-201ENST00000372354 1003 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
RPL28P46779 MVK-208ENST00000539696 608 ntTSL 5 BASIC17.26■□□□□ 0.35
RPL28P46779 OTUD5-208ENST00000610466 2487 ntTSL 5 BASIC17.26■□□□□ 0.35
RPL28P46779 CPNE1-202ENST00000352393 2147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
RPL28P46779 PHF23-205ENST00000571362 1768 ntTSL 2 BASIC17.25■□□□□ 0.35
RPL28P46779 BTBD7-201ENST00000298896 2621 ntTSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
RPL28P46779 NOG-201ENST00000332822 1892 ntAPPRIS P1 BASIC17.25■□□□□ 0.35
RPL28P46779 FBXO2-201ENST00000354287 1560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
RPL28P46779 AP002365.1-201ENST00000603448 772 ntBASIC17.25■□□□□ 0.35
RPL28P46779 TM6SF1-202ENST00000322019 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
RPL28P46779 PCSK6-216ENST00000615296 2921 ntTSL 5 BASIC17.24■□□□□ 0.35
RPL28P46779 DEAF1-201ENST00000382409 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
RPL28P46779 REXO4-202ENST00000371942 2360 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
RPL28P46779 MSANTD3-203ENST00000395067 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
RPL28P46779 CCKBR-201ENST00000334619 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
RPL28P46779 TMEM187-201ENST00000369982 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
RPL28P46779 SPATA5L1-208ENST00000638607 1863 ntTSL 2 BASIC17.23■□□□□ 0.35
RPL28P46779 AL360182.2-201ENST00000451656 470 ntTSL 3 BASIC17.23■□□□□ 0.35
RPL28P46779 NFYB-205ENST00000551727 1727 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.23■□□□□ 0.35
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 78.3 ms