Protein–RNA interactions for Protein: O43542

XRCC3, DNA repair protein XRCC3, humanhuman

Predictions only

Length 346 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
XRCC3O43542 MTCH1-201ENST00000373616 2006 ntTSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
XRCC3O43542 EMID1-203ENST00000404820 2118 ntTSL 5 BASIC22.88■■□□□ 1.25
XRCC3O43542 WHRN-203ENST00000374057 1718 ntTSL 2 BASIC22.88■■□□□ 1.25
XRCC3O43542 LINC01578-203ENST00000554669 578 ntTSL 5 BASIC22.88■■□□□ 1.25
XRCC3O43542 PLSCR3-214ENST00000619711 2066 ntTSL 5 BASIC22.88■■□□□ 1.25
XRCC3O43542 PLPP2-203ENST00000434325 1383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
XRCC3O43542 ADAP1-201ENST00000265846 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
XRCC3O43542 THAP11-201ENST00000303596 2114 ntAPPRIS P1 BASIC22.87■■□□□ 1.25
XRCC3O43542 ZNF775-201ENST00000329630 2257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
XRCC3O43542 ACTR3B-201ENST00000256001 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
XRCC3O43542 JAG2-201ENST00000331782 5835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
XRCC3O43542 HOXB3-201ENST00000311626 2642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
XRCC3O43542 SYNGR1-202ENST00000318801 1361 ntTSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
XRCC3O43542 GKAP1-203ENST00000376371 1778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
XRCC3O43542 COL13A1-214ENST00000522165 2061 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.85■■□□□ 1.25
XRCC3O43542 HNRNPAB-202ENST00000358344 1796 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
XRCC3O43542 PAPD7-201ENST00000230859 5459 ntTSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
XRCC3O43542 AL135925.1-201ENST00000605920 1701 ntBASIC22.83■■□□□ 1.25
XRCC3O43542 AL360182.2-201ENST00000451656 470 ntTSL 3 BASIC22.83■■□□□ 1.25
XRCC3O43542 DHRS13-202ENST00000394901 2037 ntTSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
XRCC3O43542 HDGF-210ENST00000537739 2073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
XRCC3O43542 HNRNPAB-206ENST00000506339 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.82■■□□□ 1.24
XRCC3O43542 SHOX2-204ENST00000483851 1866 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.81■■□□□ 1.24
XRCC3O43542 GPR75-ASB3-201ENST00000406625 2113 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.81■■□□□ 1.24
XRCC3O43542 AC243773.2-204ENST00000621428 1462 ntTSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
XRCC3O43542 CDH24-206ENST00000610348 2037 ntTSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
XRCC3O43542 SHARPIN-202ENST00000398712 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
XRCC3O43542 HES7-202ENST00000541682 1674 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
XRCC3O43542 SMARCD3-203ENST00000392811 2018 ntTSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
XRCC3O43542 CACNG6-201ENST00000252729 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
XRCC3O43542 NPB-202ENST00000573081 2154 ntAPPRIS ALT2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
XRCC3O43542 RASSF8-202ENST00000381352 2320 ntTSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
XRCC3O43542 CIC-201ENST00000160740 6111 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.78■■□□□ 1.24
XRCC3O43542 SLC12A2-202ENST00000343225 5509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
XRCC3O43542 YAP1-204ENST00000526343 2393 ntTSL 5 BASIC22.78■■□□□ 1.24
XRCC3O43542 FAM89A-201ENST00000366654 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
XRCC3O43542 C11orf80-204ENST00000525908 2135 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.78■■□□□ 1.24
XRCC3O43542 WSB2-201ENST00000315436 2646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
XRCC3O43542 MFSD12-201ENST00000355415 2124 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
XRCC3O43542 SPATA5L1-208ENST00000638607 1863 ntTSL 2 BASIC22.75■■□□□ 1.23
XRCC3O43542 FGF18-201ENST00000274625 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
XRCC3O43542 MTCH1-202ENST00000373627 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
XRCC3O43542 LACTB-201ENST00000261893 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
XRCC3O43542 NPDC1-201ENST00000371600 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
XRCC3O43542 CGREF1-202ENST00000312734 1610 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.72■■□□□ 1.23
XRCC3O43542 SSBP4-202ENST00000348495 1721 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
XRCC3O43542 TCEA2-204ENST00000395053 1733 ntTSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
XRCC3O43542 EFEMP2-201ENST00000307998 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.23
XRCC3O43542 MNX1-201ENST00000252971 2174 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.23
XRCC3O43542 ACTR3B-202ENST00000377776 1566 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
XRCC3O43542 ATPAF1-202ENST00000371937 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
XRCC3O43542 LINC01578-201ENST00000553829 732 ntTSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
XRCC3O43542 FGF2-203ENST00000614010 867 ntTSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
XRCC3O43542 TSPAN11-203ENST00000545802 1649 ntTSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
XRCC3O43542 AC079848.1-201ENST00000511301 327 ntTSL 3 BASIC22.68■■□□□ 1.22
XRCC3O43542 HAND2-201ENST00000359562 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
XRCC3O43542 AVEN-201ENST00000306730 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
XRCC3O43542 SH3GL1-202ENST00000417295 1404 ntTSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
XRCC3O43542 IRX1-201ENST00000302006 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
XRCC3O43542 RRNAD1-201ENST00000368216 2254 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
XRCC3O43542 ABHD17A-201ENST00000250974 1630 ntTSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
XRCC3O43542 MBD2-201ENST00000256429 5188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
XRCC3O43542 CYBA-201ENST00000261623 797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
XRCC3O43542 AC006077.2-201ENST00000623591 457 ntBASIC22.66■■□□□ 1.22
XRCC3O43542 NRGN-201ENST00000284292 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
XRCC3O43542 HAUS7-201ENST00000370210 1593 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.65■■□□□ 1.22
XRCC3O43542 SLC22A23-201ENST00000380298 1574 ntTSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
XRCC3O43542 ARHGEF7-206ENST00000375741 5525 ntTSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
XRCC3O43542 ZNF276-202ENST00000443381 2267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.22
XRCC3O43542 RDX-210ENST00000530301 1549 ntTSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
XRCC3O43542 ROM1-201ENST00000278833 1878 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
XRCC3O43542 NFYB-205ENST00000551727 1727 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.62■■□□□ 1.21
XRCC3O43542 AL139393.2-201ENST00000608721 2025 ntBASIC22.62■■□□□ 1.21
XRCC3O43542 RSG1-201ENST00000375599 1545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
XRCC3O43542 MXI1-201ENST00000239007 2424 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
XRCC3O43542 KCNQ5-204ENST00000370392 1469 ntTSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
XRCC3O43542 HOXB3-212ENST00000498678 2196 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.59■■□□□ 1.21
XRCC3O43542 SNTB1-202ENST00000517992 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
XRCC3O43542 DRD5P2-201ENST00000421395 2012 ntBASIC22.59■■□□□ 1.21
XRCC3O43542 KCNJ4-201ENST00000303592 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
XRCC3O43542 NAPA-201ENST00000263354 1839 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
XRCC3O43542 GLRX5-201ENST00000331334 1564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.2
XRCC3O43542 ARHGEF7-205ENST00000375739 5375 ntTSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
XRCC3O43542 VEGFC-202ENST00000618562 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
XRCC3O43542 TNFSF12-201ENST00000293825 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
XRCC3O43542 SCCPDH-201ENST00000366510 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
XRCC3O43542 AL121749.1-202ENST00000609313 2153 ntBASIC22.55■■□□□ 1.2
XRCC3O43542 RCOR3-202ENST00000367006 2525 ntTSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
XRCC3O43542 EBPL-203ENST00000378270 579 ntTSL 2 BASIC22.55■■□□□ 1.2
XRCC3O43542 CHMP4B-201ENST00000217402 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
XRCC3O43542 TCF24-201ENST00000563496 2450 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.55■■□□□ 1.2
XRCC3O43542 GSTZ1-201ENST00000216465 1338 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
XRCC3O43542 CAPNS1-204ENST00000587718 1558 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
XRCC3O43542 FLJ37453-201ENST00000317122 2473 ntTSL 2 BASIC22.53■■□□□ 1.2
XRCC3O43542 GUSB-202ENST00000421103 1742 ntTSL 2 BASIC22.53■■□□□ 1.2
XRCC3O43542 ATF4-201ENST00000337304 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
XRCC3O43542 PLEKHF1-201ENST00000436066 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
XRCC3O43542 COMMD7-201ENST00000278980 1900 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
XRCC3O43542 TNIP2-201ENST00000315423 1974 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
XRCC3O43542 BCL7C-201ENST00000215115 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 26.5 ms