Protein–RNA interactions for Protein: Q6P087

RPUSD3, Mitochondrial mRNA pseudouridine synthase RPUSD3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 351 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RPUSD3Q6P087 RCC1L-205ENST00000618035 1409 ntTSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
RPUSD3Q6P087 MIR7108-201ENST00000614319 87 ntBASIC24.93■■□□□ 1.58
RPUSD3Q6P087 KCTD17-201ENST00000402077 1691 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
RPUSD3Q6P087 SSU72-201ENST00000291386 1290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
RPUSD3Q6P087 AC104109.3-201ENST00000519718 483 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.92■■□□□ 1.58
RPUSD3Q6P087 MPST-206ENST00000429360 1331 ntTSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
RPUSD3Q6P087 SMIM12-205ENST00000456842 918 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.91■■□□□ 1.58
RPUSD3Q6P087 SULT4A1-201ENST00000330884 2468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
RPUSD3Q6P087 TRAPPC10-202ENST00000380221 1763 ntTSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.57
RPUSD3Q6P087 TNK2-201ENST00000333602 5270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
RPUSD3Q6P087 CDKN2A-201ENST00000304494 1218 ntTSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
RPUSD3Q6P087 NAA50-207ENST00000493900 962 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC24.86■■□□□ 1.57
RPUSD3Q6P087 UBALD1-202ENST00000587615 799 ntTSL 2 BASIC24.86■■□□□ 1.57
RPUSD3Q6P087 SRSF9-201ENST00000229390 1201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
RPUSD3Q6P087 BOD1-201ENST00000285908 1286 ntTSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
RPUSD3Q6P087 GSTP1-202ENST00000398606 965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
RPUSD3Q6P087 TRAM2-AS1-201ENST00000453216 664 ntTSL 3 BASIC24.83■■□□□ 1.57
RPUSD3Q6P087 BOD1-206ENST00000480951 814 ntTSL 2 BASIC24.83■■□□□ 1.57
RPUSD3Q6P087 LANCL3-203ENST00000614025 1469 ntTSL 2 BASIC24.83■■□□□ 1.56
RPUSD3Q6P087 TWIST1-201ENST00000242261 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
RPUSD3Q6P087 CACNG6-201ENST00000252729 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
RPUSD3Q6P087 ZNF706-207ENST00000519882 959 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.81■■□□□ 1.56
RPUSD3Q6P087 ZNF706-213ENST00000521272 732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.81■■□□□ 1.56
RPUSD3Q6P087 JUND-201ENST00000252818 1863 ntAPPRIS P1 BASIC24.8■■□□□ 1.56
RPUSD3Q6P087 PABPC1L2B-AS1-201ENST00000416989 1167 ntTSL 3 BASIC24.77■■□□□ 1.56
RPUSD3Q6P087 AL662864.1-201ENST00000454388 1167 ntTSL 3 BASIC24.77■■□□□ 1.56
RPUSD3Q6P087 TSEN34-203ENST00000396388 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
RPUSD3Q6P087 CTDNEP1-210ENST00000574322 1708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
RPUSD3Q6P087 CHMP4B-201ENST00000217402 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
RPUSD3Q6P087 ARHGDIG-201ENST00000219409 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
RPUSD3Q6P087 RPS2-209ENST00000529806 993 ntTSL 3 BASIC24.76■■□□□ 1.55
RPUSD3Q6P087 VEGFA-231ENST00000640499 1188 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
RPUSD3Q6P087 TCEA2-202ENST00000343484 1235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
RPUSD3Q6P087 AC004540.2-201ENST00000451368 611 ntTSL 2 BASIC24.75■■□□□ 1.55
RPUSD3Q6P087 PDCD2-209ENST00000542896 1082 ntTSL 2 BASIC24.75■■□□□ 1.55
RPUSD3Q6P087 PVT1-219ENST00000523427 938 ntTSL 3 BASIC24.74■■□□□ 1.55
RPUSD3Q6P087 CTDNEP1-201ENST00000318988 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
RPUSD3Q6P087 PPP1R14B-201ENST00000309318 982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
RPUSD3Q6P087 NMB-202ENST00000394588 1017 ntTSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
RPUSD3Q6P087 U2AF2-206ENST00000590551 1104 ntTSL 3 BASIC24.73■■□□□ 1.55
RPUSD3Q6P087 PLPPR3-204ENST00000520876 2328 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
RPUSD3Q6P087 CRIP1-201ENST00000330233 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
RPUSD3Q6P087 GNPTAB-206ENST00000549940 1678 ntTSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
RPUSD3Q6P087 ATRAID-201ENST00000380171 1240 ntTSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
RPUSD3Q6P087 ZNRF2P2-203ENST00000454624 420 ntBASIC24.7■■□□□ 1.54
RPUSD3Q6P087 HSD11B1L-209ENST00000577917 1553 ntTSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
RPUSD3Q6P087 IL1R1-201ENST00000409288 1735 ntTSL 5 BASIC24.69■■□□□ 1.54
RPUSD3Q6P087 SMARCD3-201ENST00000262188 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
RPUSD3Q6P087 RNF150-204ENST00000507500 1530 ntTSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
RPUSD3Q6P087 SERINC2-201ENST00000373709 1997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
RPUSD3Q6P087 CGREF1-202ENST00000312734 1610 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.67■■□□□ 1.54
RPUSD3Q6P087 VPS37D-201ENST00000324941 1624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
RPUSD3Q6P087 VAX2-201ENST00000234392 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
RPUSD3Q6P087 PSMG4-202ENST00000380305 489 ntTSL 5 BASIC24.66■■□□□ 1.54
RPUSD3Q6P087 NME2-202ENST00000393190 866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
RPUSD3Q6P087 BMP7-202ENST00000395864 1746 ntTSL 5 BASIC24.66■■□□□ 1.54
RPUSD3Q6P087 TUBB6-201ENST00000317702 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
RPUSD3Q6P087 VEGFA-207ENST00000413642 1197 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
RPUSD3Q6P087 HGH1-207ENST00000628266 258 ntTSL 5 BASIC24.65■■□□□ 1.54
RPUSD3Q6P087 HLA-V-202ENST00000446817 847 ntBASIC24.64■■□□□ 1.54
RPUSD3Q6P087 HDAC3-201ENST00000305264 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
RPUSD3Q6P087 DUSP14-206ENST00000617516 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
RPUSD3Q6P087 KCNK1-202ENST00000366621 2161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
RPUSD3Q6P087 MBP-237ENST00000579129 1052 ntTSL 5 BASIC24.62■■□□□ 1.53
RPUSD3Q6P087 AC096888.1-201ENST00000487097 565 ntTSL 4 BASIC24.61■■□□□ 1.53
RPUSD3Q6P087 ACTR3B-202ENST00000377776 1566 ntTSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
RPUSD3Q6P087 TMEM80-202ENST00000397512 1572 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
RPUSD3Q6P087 LSM14B-204ENST00000370915 1079 ntTSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
RPUSD3Q6P087 SLC35D2-202ENST00000375257 889 ntTSL 2 BASIC24.6■■□□□ 1.53
RPUSD3Q6P087 MAD2L2-205ENST00000376669 864 ntTSL 3 BASIC24.6■■□□□ 1.53
RPUSD3Q6P087 DUX4L29-201ENST00000425409 679 ntBASIC24.6■■□□□ 1.53
RPUSD3Q6P087 DPP6-204ENST00000406326 2012 ntTSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
RPUSD3Q6P087 HDAC11-206ENST00000405025 576 ntTSL 4 BASIC24.59■■□□□ 1.53
RPUSD3Q6P087 HS3ST6-201ENST00000454677 1273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
RPUSD3Q6P087 REPIN1-204ENST00000466559 1022 ntTSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
RPUSD3Q6P087 TERF2-207ENST00000567296 1129 ntTSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
RPUSD3Q6P087 RNF130-201ENST00000261947 1766 ntTSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
RPUSD3Q6P087 SDCCAG3-202ENST00000357365 2304 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC24.58■■□□□ 1.53
RPUSD3Q6P087 NADK2-202ENST00000381937 2243 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.57■■□□□ 1.52
RPUSD3Q6P087 CPNE1-203ENST00000397442 1695 ntTSL 5 BASIC24.57■■□□□ 1.52
RPUSD3Q6P087 MNX1-207ENST00000543409 1620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
RPUSD3Q6P087 BRF1-221ENST00000619151 1530 ntTSL 5 BASIC24.56■■□□□ 1.52
RPUSD3Q6P087 GTF3C4-202ENST00000483873 1417 ntTSL 3 BASIC24.56■■□□□ 1.52
RPUSD3Q6P087 MFAP2-202ENST00000375535 1260 ntTSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
RPUSD3Q6P087 STK25-202ENST00000401869 2251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
RPUSD3Q6P087 SAMD1-202ENST00000533683 2164 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
RPUSD3Q6P087 WNT5A-AS1-201ENST00000469484 500 ntTSL 3 BASIC24.54■■□□□ 1.52
RPUSD3Q6P087 MTMR1-214ENST00000542156 1227 ntTSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
RPUSD3Q6P087 TXNL4A-210ENST00000591711 669 ntTSL 2 BASIC24.53■■□□□ 1.52
RPUSD3Q6P087 AC012615.2-201ENST00000586259 447 ntTSL 4 BASIC24.52■■□□□ 1.52
RPUSD3Q6P087 AC013394.1-201ENST00000629685 808 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.52■■□□□ 1.52
RPUSD3Q6P087 CGREF1-204ENST00000402550 1575 ntTSL 2 BASIC24.51■■□□□ 1.51
RPUSD3Q6P087 SH3GLB2-201ENST00000372554 1985 ntTSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
RPUSD3Q6P087 AC108673.1-201ENST00000510422 1159 ntBASIC24.51■■□□□ 1.51
RPUSD3Q6P087 LAPTM4B-203ENST00000521545 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
RPUSD3Q6P087 RP9P-201ENST00000381639 1303 ntTSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
RPUSD3Q6P087 GSC-201ENST00000238558 1264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
RPUSD3Q6P087 FAM78B-202ENST00000354422 1475 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.5■■□□□ 1.51
RPUSD3Q6P087 DEXI-201ENST00000331808 1561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
RPUSD3Q6P087 AC187653.1-201ENST00000506382 702 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.48■■□□□ 1.51
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 11.6 ms