Protein–RNA interactions for Protein: Q14050

COL9A3, Collagen alpha-3(IX) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 684 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL9A3Q14050 SH3BP2-221ENST00000511747 2351 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC32.32■■■□□ 2.76
COL9A3Q14050 TRIOBP-205ENST00000407319 2125 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC32.31■■■□□ 2.76
COL9A3Q14050 FAM149A-201ENST00000227065 2708 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC32.31■■■□□ 2.76
COL9A3Q14050 SLC2A4RG-201ENST00000266077 1731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.29■■■□□ 2.76
COL9A3Q14050 ZBTB12-201ENST00000375527 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.29■■■□□ 2.76
COL9A3Q14050 AL133380.1-201ENST00000506013 324 ntBASIC32.28■■■□□ 2.76
COL9A3Q14050 AC025431.1-201ENST00000559684 874 ntTSL 3 BASIC32.27■■■□□ 2.76
COL9A3Q14050 MAPK12-201ENST00000215659 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.27■■■□□ 2.76
COL9A3Q14050 MBOAT7-202ENST00000338624 2076 ntTSL 2 BASIC32.27■■■□□ 2.76
COL9A3Q14050 CGREF1-202ENST00000312734 1610 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC32.26■■■□□ 2.76
COL9A3Q14050 PHF23-201ENST00000320316 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.26■■■□□ 2.75
COL9A3Q14050 FEZF2-202ENST00000475839 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.26■■■□□ 2.75
COL9A3Q14050 IL13RA1-201ENST00000371642 1096 ntTSL 1 (best) BASIC32.25■■■□□ 2.75
COL9A3Q14050 RARRES2P7-201ENST00000567349 469 ntBASIC32.21■■■□□ 2.75
COL9A3Q14050 CHMP4B-201ENST00000217402 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.21■■■□□ 2.75
COL9A3Q14050 AGAP3-211ENST00000473312 2039 ntTSL 1 (best) BASIC32.21■■■□□ 2.75
COL9A3Q14050 AC009133.5-201ENST00000562594 473 ntTSL 4 BASIC32.19■■■□□ 2.74
COL9A3Q14050 ARTN-204ENST00000438616 889 ntTSL 1 (best) BASIC32.18■■■□□ 2.74
COL9A3Q14050 TXN-202ENST00000374517 869 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.17■■■□□ 2.74
COL9A3Q14050 HDAC3-201ENST00000305264 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.16■■■□□ 2.74
COL9A3Q14050 SETD8P1-201ENST00000623146 1180 ntBASIC32.15■■■□□ 2.74
COL9A3Q14050 TP53I13-201ENST00000301057 1530 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC32.15■■■□□ 2.74
COL9A3Q14050 FADS3-201ENST00000278829 1779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.14■■■□□ 2.74
COL9A3Q14050 KCNF1-201ENST00000295082 2289 ntAPPRIS P1 BASIC32.14■■■□□ 2.73
COL9A3Q14050 INAFM1-201ENST00000552360 1255 ntAPPRIS P1 BASIC32.12■■■□□ 2.73
COL9A3Q14050 AC136428.2-201ENST00000563187 214 ntBASIC32.11■■■□□ 2.73
COL9A3Q14050 SSBP4-202ENST00000348495 1721 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC32.11■■■□□ 2.73
COL9A3Q14050 ACTR3B-202ENST00000377776 1566 ntTSL 1 (best) BASIC32.11■■■□□ 2.73
COL9A3Q14050 LRRC75B-201ENST00000318753 1238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.1■■■□□ 2.73
COL9A3Q14050 UBALD2-203ENST00000589240 660 ntTSL 2 BASIC32.08■■■□□ 2.73
COL9A3Q14050 ATPAF1-201ENST00000329231 1241 ntTSL 2 BASIC32.07■■■□□ 2.72
COL9A3Q14050 UCK1-201ENST00000372208 2063 ntTSL 1 (best) BASIC32.06■■■□□ 2.72
COL9A3Q14050 AL161658.1-201ENST00000623641 1967 ntBASIC32.06■■■□□ 2.72
COL9A3Q14050 FSD1L-204ENST00000469022 1836 ntTSL 1 (best) BASIC32.05■■■□□ 2.72
COL9A3Q14050 MZT2B-202ENST00000409255 769 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC32.04■■■□□ 2.72
COL9A3Q14050 GLTP-201ENST00000318348 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.03■■■□□ 2.72
COL9A3Q14050 COL13A1-212ENST00000520133 1833 ntTSL 5 BASIC32.03■■■□□ 2.72
COL9A3Q14050 AC068152.1-210ENST00000574741 836 ntTSL 3 BASIC32.02■■■□□ 2.72
COL9A3Q14050 NRXN1-228ENST00000628364 2444 ntTSL 5 BASIC32.02■■■□□ 2.72
COL9A3Q14050 FAAP20-204ENST00000400919 1413 ntTSL 3 BASIC32.01■■■□□ 2.72
COL9A3Q14050 MAF-201ENST00000326043 2646 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC32.01■■■□□ 2.72
COL9A3Q14050 TPRA1-201ENST00000296210 1725 ntTSL 1 (best) BASIC32.01■■■□□ 2.72
COL9A3Q14050 ABHD12-201ENST00000339157 2117 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC32.01■■■□□ 2.71
COL9A3Q14050 NADK2-210ENST00000514504 1233 ntTSL 5 BASIC32.01■■■□□ 2.71
COL9A3Q14050 PI4KAP2-202ENST00000450651 2294 ntTSL 5 BASIC32.01■■■□□ 2.71
COL9A3Q14050 FTCD-204ENST00000397748 1955 ntTSL 1 (best) BASIC32■■■□□ 2.71
COL9A3Q14050 LGALS3-201ENST00000254301 1146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32■■■□□ 2.71
COL9A3Q14050 AL109917.1-201ENST00000412228 906 ntTSL 2 BASIC32■■■□□ 2.71
COL9A3Q14050 WASH5P-204ENST00000632292 975 ntBASIC32■■■□□ 2.71
COL9A3Q14050 ANGPTL6-201ENST00000253109 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.99■■■□□ 2.71
COL9A3Q14050 CAHM-201ENST00000604200 896 ntBASIC31.98■■■□□ 2.71
COL9A3Q14050 HOXD8-201ENST00000313173 1917 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC31.97■■■□□ 2.71
COL9A3Q14050 PI4KAP1-202ENST00000611748 1906 ntTSL 1 (best) BASIC31.96■■■□□ 2.71
COL9A3Q14050 ABHD17A-201ENST00000250974 1630 ntTSL 1 (best) BASIC31.96■■■□□ 2.71
COL9A3Q14050 ABCB10P1-201ENST00000614297 2181 ntBASIC31.95■■■□□ 2.7
COL9A3Q14050 LRRC10B-201ENST00000378075 2219 ntAPPRIS P1 BASIC31.94■■■□□ 2.7
COL9A3Q14050 MARCH2-202ENST00000381035 1192 ntTSL 5 BASIC31.94■■■□□ 2.7
COL9A3Q14050 ZFAND2B-204ENST00000409217 886 ntTSL 2 BASIC31.94■■■□□ 2.7
COL9A3Q14050 TCEA2-204ENST00000395053 1733 ntTSL 1 (best) BASIC31.94■■■□□ 2.7
COL9A3Q14050 RNF150-204ENST00000507500 1530 ntTSL 1 (best) BASIC31.94■■■□□ 2.7
COL9A3Q14050 MSX1-201ENST00000382723 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.92■■■□□ 2.7
COL9A3Q14050 HNRNPAB-206ENST00000506339 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC31.92■■■□□ 2.7
COL9A3Q14050 AC097358.2-201ENST00000607541 1159 ntBASIC31.91■■■□□ 2.7
COL9A3Q14050 MLST8-203ENST00000397124 1691 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC31.91■■■□□ 2.7
COL9A3Q14050 TPM2-203ENST00000378292 2147 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC31.91■■■□□ 2.7
COL9A3Q14050 PCSK6-201ENST00000331826 2309 ntTSL 5 BASIC31.89■■■□□ 2.7
COL9A3Q14050 AUTS2-202ENST00000403018 957 ntTSL 1 (best) BASIC31.87■■■□□ 2.69
COL9A3Q14050 C1orf122-204ENST00000468084 1234 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC31.87■■■□□ 2.69
COL9A3Q14050 INPP5A-202ENST00000368593 1432 ntTSL 1 (best) BASIC31.86■■■□□ 2.69
COL9A3Q14050 RHOC-208ENST00000369642 1355 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.86■■■□□ 2.69
COL9A3Q14050 GNPTAB-202ENST00000392919 760 ntTSL 1 (best) BASIC31.86■■■□□ 2.69
COL9A3Q14050 PCBD2-201ENST00000254908 1223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.85■■■□□ 2.69
COL9A3Q14050 LY6K-203ENST00000519387 963 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC31.85■■■□□ 2.69
COL9A3Q14050 RASSF8-202ENST00000381352 2320 ntTSL 1 (best) BASIC31.84■■■□□ 2.69
COL9A3Q14050 PQLC1-202ENST00000357575 2475 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC31.84■■■□□ 2.69
COL9A3Q14050 MBOAT7-203ENST00000391754 1797 ntTSL 1 (best) BASIC31.84■■■□□ 2.69
COL9A3Q14050 CHPT1-205ENST00000549872 2001 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC31.83■■■□□ 2.69
COL9A3Q14050 KCNQ5-204ENST00000370392 1469 ntTSL 1 (best) BASIC31.82■■■□□ 2.68
COL9A3Q14050 HMX1-201ENST00000400677 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.82■■■□□ 2.68
COL9A3Q14050 RRAGC-201ENST00000373001 2732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.82■■■□□ 2.68
COL9A3Q14050 HOXB3-210ENST00000489475 1845 ntTSL 2 BASIC31.82■■■□□ 2.68
COL9A3Q14050 AL391121.1-201ENST00000607967 1349 ntBASIC31.81■■■□□ 2.68
COL9A3Q14050 GXYLT1-201ENST00000280876 1937 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.81■■■□□ 2.68
COL9A3Q14050 HES7-202ENST00000541682 1674 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC31.81■■■□□ 2.68
COL9A3Q14050 HOXD-AS2-202ENST00000440016 999 ntTSL 5 BASIC31.78■■■□□ 2.68
COL9A3Q14050 FOXA2-202ENST00000419308 2422 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.78■■■□□ 2.68
COL9A3Q14050 RCC1L-202ENST00000614461 2419 ntTSL 1 (best) BASIC31.78■■■□□ 2.68
COL9A3Q14050 MEX3D-201ENST00000402693 2850 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC31.78■■■□□ 2.68
COL9A3Q14050 ATRNL1-207ENST00000527407 1583 ntTSL 5 BASIC31.77■■■□□ 2.68
COL9A3Q14050 PCYT2-206ENST00000571105 1628 ntTSL 5 BASIC31.77■■■□□ 2.68
COL9A3Q14050 TSPAN11-203ENST00000545802 1649 ntTSL 1 (best) BASIC31.75■■■□□ 2.67
COL9A3Q14050 SLC9A3R2-202ENST00000432365 1564 ntTSL 1 (best) BASIC31.74■■■□□ 2.67
COL9A3Q14050 SH3GL3-202ENST00000427482 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.74■■■□□ 2.67
COL9A3Q14050 TPGS1-201ENST00000359315 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.73■■■□□ 2.67
COL9A3Q14050 CNIH2-203ENST00000528852 1524 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC31.72■■■□□ 2.67
COL9A3Q14050 SIGMAR1-205ENST00000477726 840 ntTSL 1 (best) BASIC31.72■■■□□ 2.67
COL9A3Q14050 SUZ12P1-203ENST00000578195 985 ntBASIC31.72■■■□□ 2.67
COL9A3Q14050 GALK1-205ENST00000588479 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.72■■■□□ 2.67
COL9A3Q14050 TM6SF1-202ENST00000322019 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.71■■■□□ 2.67
COL9A3Q14050 MXD3-203ENST00000439742 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.71■■■□□ 2.67
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