Protein–RNA interactions for Protein: P12109

COL6A1, Collagen alpha-1(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,028 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A1P12109 SLC22A23-201ENST00000380298 1574 ntTSL 1 (best) BASIC30.89■■■□□ 2.54
COL6A1P12109 SLC35D2-202ENST00000375257 889 ntTSL 2 BASIC30.89■■■□□ 2.54
COL6A1P12109 MAPK3-202ENST00000322266 1743 ntTSL 5 BASIC30.88■■■□□ 2.53
COL6A1P12109 GIPC1-201ENST00000345425 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.86■■■□□ 2.53
COL6A1P12109 GNB5-202ENST00000358784 1735 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC30.85■■■□□ 2.53
COL6A1P12109 TSEN34-203ENST00000396388 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.85■■■□□ 2.53
COL6A1P12109 REPIN1-204ENST00000466559 1022 ntTSL 1 (best) BASIC30.85■■■□□ 2.53
COL6A1P12109 LANCL3-203ENST00000614025 1469 ntTSL 2 BASIC30.84■■■□□ 2.53
COL6A1P12109 AL451007.3-201ENST00000640271 588 ntAPPRIS P1 BASIC30.84■■■□□ 2.53
COL6A1P12109 TCEA2-202ENST00000343484 1235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.83■■■□□ 2.53
COL6A1P12109 HDAC11-206ENST00000405025 576 ntTSL 4 BASIC30.83■■■□□ 2.53
COL6A1P12109 VEGFA-231ENST00000640499 1188 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.81■■■□□ 2.52
COL6A1P12109 NFKBIA-209ENST00000557389 1537 ntTSL 2 BASIC30.81■■■□□ 2.52
COL6A1P12109 PPP2CB-201ENST00000221138 2006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.8■■■□□ 2.52
COL6A1P12109 LAPTM4B-203ENST00000521545 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.79■■■□□ 2.52
COL6A1P12109 VAX2-201ENST00000234392 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.78■■■□□ 2.52
COL6A1P12109 MIR639-201ENST00000384974 98 ntBASIC30.78■■■□□ 2.52
COL6A1P12109 PPP1R14B-201ENST00000309318 982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.76■■■□□ 2.51
COL6A1P12109 DUX4L29-201ENST00000425409 679 ntBASIC30.75■■■□□ 2.51
COL6A1P12109 CYP26C1-201ENST00000285949 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.75■■■□□ 2.51
COL6A1P12109 SSU72-201ENST00000291386 1290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.74■■■□□ 2.51
COL6A1P12109 MACF1-219ENST00000484793 834 ntTSL 2 BASIC30.73■■■□□ 2.51
COL6A1P12109 AKR1E2-201ENST00000298375 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.73■■■□□ 2.51
COL6A1P12109 CRIP2-201ENST00000329146 1857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.72■■■□□ 2.51
COL6A1P12109 GSC-201ENST00000238558 1264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.72■■■□□ 2.51
COL6A1P12109 MAPK4-202ENST00000540640 1576 ntTSL 2 BASIC30.71■■■□□ 2.51
COL6A1P12109 WASH5P-204ENST00000632292 975 ntBASIC30.7■■■□□ 2.51
COL6A1P12109 RPS2-209ENST00000529806 993 ntTSL 3 BASIC30.68■■■□□ 2.5
COL6A1P12109 PABPN1-201ENST00000216727 2001 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.66■■■□□ 2.5
COL6A1P12109 AL118558.1-203ENST00000553701 447 ntTSL 3 BASIC30.66■■■□□ 2.5
COL6A1P12109 CCM2-218ENST00000541586 1719 ntTSL 3 BASIC30.66■■■□□ 2.5
COL6A1P12109 RP9-201ENST00000297157 1121 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.65■■■□□ 2.5
COL6A1P12109 PSMG4-202ENST00000380305 489 ntTSL 5 BASIC30.64■■■□□ 2.5
COL6A1P12109 NMB-202ENST00000394588 1017 ntTSL 1 (best) BASIC30.64■■■□□ 2.5
COL6A1P12109 AC116407.1-201ENST00000398832 1599 ntTSL 2 BASIC30.63■■■□□ 2.49
COL6A1P12109 AC021231.2-201ENST00000594613 730 ntBASIC30.63■■■□□ 2.49
COL6A1P12109 CTDNEP1-208ENST00000573600 1724 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.63■■■□□ 2.49
COL6A1P12109 GSTP1-202ENST00000398606 965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.62■■■□□ 2.49
COL6A1P12109 ARTN-202ENST00000372359 1921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.62■■■□□ 2.49
COL6A1P12109 MFAP2-202ENST00000375535 1260 ntTSL 1 (best) BASIC30.61■■■□□ 2.49
COL6A1P12109 MAD2L2-205ENST00000376669 864 ntTSL 3 BASIC30.6■■■□□ 2.49
COL6A1P12109 CENPV-201ENST00000299736 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.59■■■□□ 2.49
COL6A1P12109 DDN-AS1-203ENST00000552284 934 ntTSL 3 BASIC30.59■■■□□ 2.49
COL6A1P12109 HSD17B1P1-201ENST00000590052 955 ntBASIC30.59■■■□□ 2.49
COL6A1P12109 CCDC149-203ENST00000502801 1079 ntTSL 1 (best) BASIC30.58■■■□□ 2.49
COL6A1P12109 RP9P-201ENST00000381639 1303 ntTSL 1 (best) BASIC30.57■■■□□ 2.48
COL6A1P12109 RBPMS-209ENST00000520161 842 ntTSL 2 BASIC30.57■■■□□ 2.48
COL6A1P12109 B4GALT7-201ENST00000029410 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.56■■■□□ 2.48
COL6A1P12109 TERF2-207ENST00000567296 1129 ntTSL 1 (best) BASIC30.56■■■□□ 2.48
COL6A1P12109 ACOT7-209ENST00000545482 1804 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.56■■■□□ 2.48
COL6A1P12109 AGAP1-204ENST00000409457 2165 ntTSL 1 (best) BASIC30.55■■■□□ 2.48
COL6A1P12109 MIR3648-2-201ENST00000581792 180 ntBASIC30.55■■■□□ 2.48
COL6A1P12109 CALM3-209ENST00000597743 577 ntTSL 4 BASIC30.55■■■□□ 2.48
COL6A1P12109 MIR3648-1-201ENST00000615959 180 ntBASIC30.55■■■□□ 2.48
COL6A1P12109 GRPEL2-204ENST00000513661 546 ntTSL 2 BASIC30.54■■■□□ 2.48
COL6A1P12109 DBP-205ENST00000601104 1489 ntTSL 1 (best) BASIC30.52■■■□□ 2.48
COL6A1P12109 AC016575.1-201ENST00000607026 382 ntBASIC30.52■■■□□ 2.48
COL6A1P12109 GTF3C4-202ENST00000483873 1417 ntTSL 3 BASIC30.52■■■□□ 2.48
COL6A1P12109 HINT2-201ENST00000259667 628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.51■■■□□ 2.47
COL6A1P12109 RNF166-209ENST00000567844 633 ntTSL 5 BASIC30.51■■■□□ 2.47
COL6A1P12109 MPST-201ENST00000341116 1504 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.51■■■□□ 2.47
COL6A1P12109 KCTD17-201ENST00000402077 1691 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.5■■■□□ 2.47
COL6A1P12109 GDI1-215ENST00000630693 786 ntTSL 4 BASIC30.5■■■□□ 2.47
COL6A1P12109 KRT18-201ENST00000388835 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.49■■■□□ 2.47
COL6A1P12109 HSD11B1L-209ENST00000577917 1553 ntTSL 1 (best) BASIC30.49■■■□□ 2.47
COL6A1P12109 ATRAID-201ENST00000380171 1240 ntTSL 1 (best) BASIC30.48■■■□□ 2.47
COL6A1P12109 CLDND1-226ENST00000513287 999 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.48■■■□□ 2.47
COL6A1P12109 R3HDM4-208ENST00000626716 138 ntTSL 5 BASIC30.48■■■□□ 2.47
COL6A1P12109 BRD4-212ENST00000630599 726 ntTSL 2 BASIC30.46■■■□□ 2.47
COL6A1P12109 MNX1-207ENST00000543409 1620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.45■■■□□ 2.47
COL6A1P12109 CIB2-204ENST00000557846 934 ntTSL 3 BASIC30.44■■■□□ 2.46
COL6A1P12109 DUSP14-206ENST00000617516 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.42■■■□□ 2.46
COL6A1P12109 CLEC3B-202ENST00000428034 752 ntTSL 2 BASIC30.42■■■□□ 2.46
COL6A1P12109 FBRSL1-201ENST00000434748 5568 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.41■■■□□ 2.46
COL6A1P12109 DNLZ-201ENST00000371738 724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.41■■■□□ 2.46
COL6A1P12109 TXNL4A-210ENST00000591711 669 ntTSL 2 BASIC30.39■■■□□ 2.46
COL6A1P12109 ANXA5-201ENST00000296511 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.38■■■□□ 2.45
COL6A1P12109 CR559946.2-201ENST00000623684 991 ntBASIC30.38■■■□□ 2.45
COL6A1P12109 SFRP5-201ENST00000266066 1836 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.37■■■□□ 2.45
COL6A1P12109 CRIP1-201ENST00000330233 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.37■■■□□ 2.45
COL6A1P12109 TGIF1-202ENST00000343820 2076 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.37■■■□□ 2.45
COL6A1P12109 HSD17B1-201ENST00000225929 1265 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC30.36■■■□□ 2.45
COL6A1P12109 MAPK3-201ENST00000263025 1861 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.35■■■□□ 2.45
COL6A1P12109 ECI1-207ENST00000570258 1512 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC30.34■■■□□ 2.45
COL6A1P12109 AGPS-202ENST00000409888 815 ntTSL 4 BASIC30.34■■■□□ 2.45
COL6A1P12109 TRIM52-AS1-203ENST00000509252 529 ntTSL 3 BASIC30.34■■■□□ 2.45
COL6A1P12109 DUX4L11-201ENST00000611504 1267 ntBASIC30.34■■■□□ 2.45
COL6A1P12109 DUX4L12-201ENST00000614593 1267 ntBASIC30.34■■■□□ 2.45
COL6A1P12109 DUX4L14-201ENST00000621227 1267 ntBASIC30.34■■■□□ 2.45
COL6A1P12109 MIR6090-201ENST00000622481 60 ntBASIC30.33■■■□□ 2.45
COL6A1P12109 CACNG6-201ENST00000252729 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.33■■■□□ 2.45
COL6A1P12109 RCE1-201ENST00000309657 1485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.32■■■□□ 2.44
COL6A1P12109 CHMP4B-201ENST00000217402 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.32■■■□□ 2.44
COL6A1P12109 LINC01971-201ENST00000617888 1048 ntBASIC30.31■■■□□ 2.44
COL6A1P12109 AC108673.1-201ENST00000510422 1159 ntBASIC30.3■■■□□ 2.44
COL6A1P12109 UBE2A-207ENST00000628549 934 ntTSL 2 BASIC30.3■■■□□ 2.44
COL6A1P12109 DEXI-201ENST00000331808 1561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.29■■■□□ 2.44
COL6A1P12109 ABHD17AP3-201ENST00000503096 1137 ntBASIC30.29■■■□□ 2.44
COL6A1P12109 MRPL9-201ENST00000368829 882 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC30.28■■■□□ 2.44
COL6A1P12109 AL589765.4-201ENST00000512280 382 ntTSL 3 BASIC30.28■■■□□ 2.44
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 13.7 ms