Protein–RNA interactions for Protein: P12109

COL6A1, Collagen alpha-1(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,028 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A1P12109 SSSCA1-205ENST00000527920 806 ntTSL 3 BASIC38.86■■■■□ 3.81
COL6A1P12109 FBLL1-201ENST00000338333 1519 ntAPPRIS P1 BASIC38.79■■■■□ 3.8
COL6A1P12109 HRAS-203ENST00000397596 1100 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC38.37■■■■□ 3.73
COL6A1P12109 PPP1CA-203ENST00000376745 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.95■■■■□ 3.67
COL6A1P12109 AES-202ENST00000327141 1608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.47■■■■□ 3.59
COL6A1P12109 ANKRD60-201ENST00000457363 1038 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC37.13■■■■□ 3.53
COL6A1P12109 CSNK1E-204ENST00000403904 1580 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC37.11■■■■□ 3.53
COL6A1P12109 CACNG8-202ENST00000638874 1278 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC37.05■■■■□ 3.52
COL6A1P12109 PPP2CB-204ENST00000518564 691 ntTSL 3 BASIC36.98■■■■□ 3.51
COL6A1P12109 CDV3-203ENST00000431519 955 ntTSL 1 (best) BASIC36.91■■■■□ 3.5
COL6A1P12109 TCF15-201ENST00000246080 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.74■■■■□ 3.47
COL6A1P12109 ALYREF-202ENST00000505490 1088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.71■■■■□ 3.47
COL6A1P12109 AL356512.1-201ENST00000607453 1739 ntBASIC36.71■■■■□ 3.47
COL6A1P12109 TAF5L-202ENST00000366674 492 ntTSL 3 BASIC36.7■■■■□ 3.47
COL6A1P12109 OLFM1-208ENST00000392991 1057 ntTSL 2 BASIC36.67■■■■□ 3.46
COL6A1P12109 GALR3-201ENST00000249041 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.51■■■■□ 3.44
COL6A1P12109 MPND-201ENST00000262966 1567 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC36.14■■■■□ 3.38
COL6A1P12109 ZFYVE21-201ENST00000216602 1521 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC36.09■■■■□ 3.37
COL6A1P12109 MAF-203ENST00000569649 1217 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC36.03■■■■□ 3.36
COL6A1P12109 CMTM4-202ENST00000394106 1187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.92■■■■□ 3.34
COL6A1P12109 CMTM4-204ENST00000563952 1023 ntTSL 1 (best) BASIC35.92■■■■□ 3.34
COL6A1P12109 CYBA-201ENST00000261623 797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.91■■■■□ 3.34
COL6A1P12109 AL357033.3-201ENST00000620143 614 ntTSL 3 BASIC35.88■■■■□ 3.33
COL6A1P12109 PHF10-201ENST00000339209 1719 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC35.87■■■■□ 3.33
COL6A1P12109 FAM89B-203ENST00000530349 1263 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC35.85■■■■□ 3.33
COL6A1P12109 INO80B-201ENST00000233331 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.74■■■■□ 3.31
COL6A1P12109 INO80B-203ENST00000409917 796 ntTSL 2 BASIC35.68■■■■□ 3.3
COL6A1P12109 ZNRF2P1-201ENST00000441407 443 ntBASIC35.55■■■■□ 3.28
COL6A1P12109 GIPC1-205ENST00000586027 1386 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC35.52■■■■□ 3.28
COL6A1P12109 AC006077.2-201ENST00000623591 457 ntBASIC35.51■■■■□ 3.28
COL6A1P12109 AC008738.5-201ENST00000587312 482 ntTSL 3 BASIC35.35■■■■□ 3.25
COL6A1P12109 ARTN-201ENST00000372354 1003 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC35.21■■■■□ 3.23
COL6A1P12109 HES6-203ENST00000409160 1600 ntTSL 2 BASIC35.12■■■■□ 3.21
COL6A1P12109 AC015813.7-201ENST00000623294 581 ntBASIC35.1■■■■□ 3.21
COL6A1P12109 SATB1-AS1-216ENST00000598149 1119 ntTSL 2 BASIC35.09■■■■□ 3.21
COL6A1P12109 PTF1A-201ENST00000376504 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.09■■■■□ 3.21
COL6A1P12109 PRELID2-202ENST00000394450 1102 ntTSL 1 (best) BASIC35■■■■□ 3.19
COL6A1P12109 PRR5-217ENST00000617066 1726 ntTSL 5 BASIC34.86■■■■□ 3.17
COL6A1P12109 PRR5-216ENST00000611394 1843 ntTSL 2 BASIC34.72■■■■□ 3.15
COL6A1P12109 SLC25A28-201ENST00000370495 1451 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.7■■■■□ 3.15
COL6A1P12109 AP002365.1-201ENST00000603448 772 ntBASIC34.62■■■■□ 3.13
COL6A1P12109 HMGB1-205ENST00000399494 1282 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC34.51■■■■□ 3.12
COL6A1P12109 FAM89B-202ENST00000449319 1337 ntTSL 1 (best) BASIC34.48■■■■□ 3.11
COL6A1P12109 CSNK1E-206ENST00000413574 1631 ntTSL 5 BASIC34.47■■■■□ 3.11
COL6A1P12109 H2AFV-202ENST00000308153 752 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC34.38■■■■□ 3.09
COL6A1P12109 FAM58A-202ENST00000440428 1164 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC34.37■■■■□ 3.09
COL6A1P12109 CLEC3B-201ENST00000296130 936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.36■■■■□ 3.09
COL6A1P12109 MBD2-202ENST00000398398 1237 ntTSL 2 BASIC34.34■■■■□ 3.09
COL6A1P12109 MBD2-205ENST00000583046 1182 ntTSL 1 (best) BASIC34.34■■■■□ 3.09
COL6A1P12109 C11orf68-202ENST00000449692 1559 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC34.32■■■■□ 3.08
COL6A1P12109 AC079848.1-201ENST00000511301 327 ntTSL 3 BASIC34.2■■■■□ 3.07
COL6A1P12109 ARTN-211ENST00000498139 1303 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC34.2■■■■□ 3.07
COL6A1P12109 HAGHL-201ENST00000341413 1701 ntTSL 2 BASIC34.18■■■■□ 3.06
COL6A1P12109 PQLC1-211ENST00000590381 1247 ntTSL 2 BASIC34.16■■■■□ 3.06
COL6A1P12109 UBE2M-201ENST00000253023 1508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.14■■■■□ 3.06
COL6A1P12109 AL355297.4-201ENST00000603191 1249 ntTSL 3 BASIC34.13■■■■□ 3.05
COL6A1P12109 FGF2-203ENST00000614010 867 ntTSL 1 (best) BASIC34.13■■■■□ 3.05
COL6A1P12109 AC005524.1-203ENST00000586528 451 ntTSL 3 BASIC34.09■■■■□ 3.05
COL6A1P12109 NT5DC2-203ENST00000459839 1639 ntTSL 1 (best) BASIC34.05■■■■□ 3.04
COL6A1P12109 NKAIN4-203ENST00000370316 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.04■■■■□ 3.04
COL6A1P12109 CBX4-202ENST00000448310 718 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC33.99■■■■□ 3.03
COL6A1P12109 SYNGR1-202ENST00000318801 1361 ntTSL 1 (best) BASIC33.96■■■■□ 3.03
COL6A1P12109 NKX1-1-201ENST00000422806 1236 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC33.94■■■■□ 3.02
COL6A1P12109 MAP6D1-202ENST00000431348 890 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC33.92■■■■□ 3.02
COL6A1P12109 LINC01578-201ENST00000553829 732 ntTSL 2 BASIC33.84■■■■□ 3.01
COL6A1P12109 NRGN-201ENST00000284292 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.81■■■■□ 3
COL6A1P12109 INAFM1-201ENST00000552360 1255 ntAPPRIS P1 BASIC33.8■■■■□ 3
COL6A1P12109 MSANTD3-203ENST00000395067 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.75■■■□□ 2.99
COL6A1P12109 HRH3-201ENST00000317393 1419 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.74■■■□□ 2.99
COL6A1P12109 AP001107.7-201ENST00000533287 272 ntTSL 2 BASIC33.73■■■□□ 2.99
COL6A1P12109 ARTN-204ENST00000438616 889 ntTSL 1 (best) BASIC33.71■■■□□ 2.99
COL6A1P12109 DYNLL1-207ENST00000549989 719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.65■■■□□ 2.98
COL6A1P12109 DYNLL1-208ENST00000550178 581 ntBASIC33.65■■■□□ 2.98
COL6A1P12109 GSTZ1-201ENST00000216465 1338 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC33.63■■■□□ 2.97
COL6A1P12109 NECTIN3-201ENST00000319792 1549 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.59■■■□□ 2.97
COL6A1P12109 SEPT3-204ENST00000406029 1866 ntTSL 5 BASIC33.59■■■□□ 2.97
COL6A1P12109 HOXB3-208ENST00000476342 1420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.57■■■□□ 2.96
COL6A1P12109 NT5M-207ENST00000616989 1635 ntTSL 1 (best) BASIC33.57■■■□□ 2.96
COL6A1P12109 LINC01578-203ENST00000554669 578 ntTSL 5 BASIC33.56■■■□□ 2.96
COL6A1P12109 METRNL-201ENST00000320095 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.54■■■□□ 2.96
COL6A1P12109 LINC01089-207ENST00000538335 630 ntTSL 3 BASIC33.52■■■□□ 2.96
COL6A1P12109 CAPNS1-206ENST00000588815 1471 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC33.5■■■□□ 2.95
COL6A1P12109 CAPNS1-217ENST00000629983 799 ntTSL 5 BASIC33.5■■■□□ 2.95
COL6A1P12109 SAP30-201ENST00000296504 1108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.49■■■□□ 2.95
COL6A1P12109 AGTRAP-204ENST00000376637 1067 ntTSL 2 BASIC33.49■■■□□ 2.95
COL6A1P12109 ANAPC11-203ENST00000392376 687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.49■■■□□ 2.95
COL6A1P12109 AL031258.1-201ENST00000623562 325 ntBASIC33.42■■■□□ 2.94
COL6A1P12109 CHCHD4-202ENST00000396914 1405 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.42■■■□□ 2.94
COL6A1P12109 MZT2B-202ENST00000409255 769 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC33.39■■■□□ 2.94
COL6A1P12109 AL136373.1-201ENST00000634804 1449 ntAPPRIS P1 BASIC33.38■■■□□ 2.93
COL6A1P12109 UBALD2-203ENST00000589240 660 ntTSL 2 BASIC33.38■■■□□ 2.93
COL6A1P12109 MARCH2-202ENST00000381035 1192 ntTSL 5 BASIC33.3■■■□□ 2.92
COL6A1P12109 NRGN-202ENST00000412681 1106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.29■■■□□ 2.92
COL6A1P12109 ADNP-AS1-201ENST00000558899 927 ntTSL 3 BASIC33.29■■■□□ 2.92
COL6A1P12109 LFNG-203ENST00000359574 1377 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC33.27■■■□□ 2.92
COL6A1P12109 NRTN-201ENST00000303212 1109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.27■■■□□ 2.92
COL6A1P12109 AL133346.1-201ENST00000435287 495 ntTSL 2 BASIC33.27■■■□□ 2.92
COL6A1P12109 LINC01578-204ENST00000554894 556 ntTSL 3 BASIC33.27■■■□□ 2.92
COL6A1P12109 LINC01578-207ENST00000556895 802 ntTSL 2 BASIC33.27■■■□□ 2.92
COL6A1P12109 RAN-202ENST00000392369 1530 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.27■■■□□ 2.92
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 15.4 ms