Protein–RNA interactions for Protein: A6NCS4

NKX2-6, Homeobox protein Nkx-2.6, humanhuman

Predictions only

Length 301 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NKX2-6A6NCS4 RCC1L-205ENST00000618035 1409 ntTSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
NKX2-6A6NCS4 SRSF9-201ENST00000229390 1201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
NKX2-6A6NCS4 MPST-201ENST00000341116 1504 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.2■■□□□ 1.46
NKX2-6A6NCS4 SERINC2-201ENST00000373709 1997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
NKX2-6A6NCS4 ZNF706-207ENST00000519882 959 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.17■■□□□ 1.46
NKX2-6A6NCS4 ZNF706-213ENST00000521272 732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.17■■□□□ 1.46
NKX2-6A6NCS4 TUBB6-201ENST00000317702 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
NKX2-6A6NCS4 DENR-202ENST00000455982 1052 ntTSL 5 BASIC24.16■■□□□ 1.46
NKX2-6A6NCS4 TRAM2-AS1-201ENST00000453216 664 ntTSL 3 BASIC24.15■■□□□ 1.46
NKX2-6A6NCS4 MISP3-201ENST00000269720 1424 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.15■■□□□ 1.46
NKX2-6A6NCS4 PDCD2-209ENST00000542896 1082 ntTSL 2 BASIC24.14■■□□□ 1.45
NKX2-6A6NCS4 POU3F1-201ENST00000373012 2184 ntAPPRIS P1 BASIC24.13■■□□□ 1.45
NKX2-6A6NCS4 TNK2-201ENST00000333602 5270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
NKX2-6A6NCS4 HLA-V-202ENST00000446817 847 ntBASIC24.11■■□□□ 1.45
NKX2-6A6NCS4 WASH5P-204ENST00000632292 975 ntBASIC24.11■■□□□ 1.45
NKX2-6A6NCS4 BOD1-201ENST00000285908 1286 ntTSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
NKX2-6A6NCS4 BOD1-206ENST00000480951 814 ntTSL 2 BASIC24.1■■□□□ 1.45
NKX2-6A6NCS4 MBP-237ENST00000579129 1052 ntTSL 5 BASIC24.1■■□□□ 1.45
NKX2-6A6NCS4 GRASP-206ENST00000552049 1688 ntTSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
NKX2-6A6NCS4 PABPC1L2B-AS1-201ENST00000416989 1167 ntTSL 3 BASIC24.09■■□□□ 1.45
NKX2-6A6NCS4 AL662864.1-201ENST00000454388 1167 ntTSL 3 BASIC24.09■■□□□ 1.45
NKX2-6A6NCS4 CDKN2A-201ENST00000304494 1218 ntTSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
NKX2-6A6NCS4 AC004540.2-201ENST00000451368 611 ntTSL 2 BASIC24.08■■□□□ 1.45
NKX2-6A6NCS4 SDCCAG3-204ENST00000371725 2129 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.08■■□□□ 1.45
NKX2-6A6NCS4 TRAPPC10-202ENST00000380221 1763 ntTSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.44
NKX2-6A6NCS4 KCTD17-201ENST00000402077 1691 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.44
NKX2-6A6NCS4 UBP1-201ENST00000283628 2074 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.07■■□□□ 1.44
NKX2-6A6NCS4 DBP-205ENST00000601104 1489 ntTSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
NKX2-6A6NCS4 ST7-208ENST00000393451 2110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
NKX2-6A6NCS4 UBALD1-202ENST00000587615 799 ntTSL 2 BASIC24.06■■□□□ 1.44
NKX2-6A6NCS4 ZNRF2P2-203ENST00000454624 420 ntBASIC24.04■■□□□ 1.44
NKX2-6A6NCS4 LANCL3-203ENST00000614025 1469 ntTSL 2 BASIC24.04■■□□□ 1.44
NKX2-6A6NCS4 JUND-201ENST00000252818 1863 ntAPPRIS P1 BASIC24.03■■□□□ 1.44
NKX2-6A6NCS4 TCEA2-202ENST00000343484 1235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
NKX2-6A6NCS4 NAA50-207ENST00000493900 962 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC24.03■■□□□ 1.44
NKX2-6A6NCS4 SMARCD3-201ENST00000262188 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.43
NKX2-6A6NCS4 SSU72-201ENST00000291386 1290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
NKX2-6A6NCS4 VEGFA-207ENST00000413642 1197 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
NKX2-6A6NCS4 RPS2-209ENST00000529806 993 ntTSL 3 BASIC24.01■■□□□ 1.43
NKX2-6A6NCS4 SDCCAG3-202ENST00000357365 2304 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC24■■□□□ 1.43
NKX2-6A6NCS4 VEGFA-231ENST00000640499 1188 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
NKX2-6A6NCS4 CACNG6-201ENST00000252729 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
NKX2-6A6NCS4 CHMP4B-201ENST00000217402 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
NKX2-6A6NCS4 NME2-202ENST00000393190 866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
NKX2-6A6NCS4 TSEN34-203ENST00000396388 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
NKX2-6A6NCS4 STK25-202ENST00000401869 2251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
NKX2-6A6NCS4 PPP1R14B-201ENST00000309318 982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
NKX2-6A6NCS4 GSTP1-202ENST00000398606 965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
NKX2-6A6NCS4 U2AF2-206ENST00000590551 1104 ntTSL 3 BASIC23.98■■□□□ 1.43
NKX2-6A6NCS4 ARHGDIG-201ENST00000219409 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
NKX2-6A6NCS4 MTMR1-214ENST00000542156 1227 ntTSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
NKX2-6A6NCS4 HGH1-207ENST00000628266 258 ntTSL 5 BASIC23.96■■□□□ 1.43
NKX2-6A6NCS4 NADK2-202ENST00000381937 2243 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.96■■□□□ 1.43
NKX2-6A6NCS4 SAMD1-202ENST00000533683 2164 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
NKX2-6A6NCS4 DUSP14-206ENST00000617516 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
NKX2-6A6NCS4 ATRAID-201ENST00000380171 1240 ntTSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
NKX2-6A6NCS4 HDAC11-206ENST00000405025 576 ntTSL 4 BASIC23.94■■□□□ 1.42
NKX2-6A6NCS4 TWIST1-201ENST00000242261 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
NKX2-6A6NCS4 LSM14B-204ENST00000370915 1079 ntTSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
NKX2-6A6NCS4 MFAP2-202ENST00000375535 1260 ntTSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
NKX2-6A6NCS4 NMB-202ENST00000394588 1017 ntTSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
NKX2-6A6NCS4 SH3GLB2-201ENST00000372554 1985 ntTSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
NKX2-6A6NCS4 WNT5A-AS1-201ENST00000469484 500 ntTSL 3 BASIC23.92■■□□□ 1.42
NKX2-6A6NCS4 SLC35D2-202ENST00000375257 889 ntTSL 2 BASIC23.91■■□□□ 1.42
NKX2-6A6NCS4 PSMG4-202ENST00000380305 489 ntTSL 5 BASIC23.91■■□□□ 1.42
NKX2-6A6NCS4 CAPNS1-211ENST00000590874 926 ntTSL 5 BASIC23.91■■□□□ 1.42
NKX2-6A6NCS4 HSD11B1L-209ENST00000577917 1553 ntTSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
NKX2-6A6NCS4 PLPPR3-204ENST00000520876 2328 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
NKX2-6A6NCS4 KCNK1-202ENST00000366621 2161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.42
NKX2-6A6NCS4 CHST12-204ENST00000618655 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.42
NKX2-6A6NCS4 CGREF1-202ENST00000312734 1610 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.89■■□□□ 1.42
NKX2-6A6NCS4 VAX2-201ENST00000234392 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.41
NKX2-6A6NCS4 HS3ST6-201ENST00000454677 1273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.41
NKX2-6A6NCS4 REPIN1-204ENST00000466559 1022 ntTSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.41
NKX2-6A6NCS4 DUX4L29-201ENST00000425409 679 ntBASIC23.88■■□□□ 1.41
NKX2-6A6NCS4 TERF2-207ENST00000567296 1129 ntTSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
NKX2-6A6NCS4 TFEB-204ENST00000373033 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
NKX2-6A6NCS4 MAD2L2-205ENST00000376669 864 ntTSL 3 BASIC23.87■■□□□ 1.41
NKX2-6A6NCS4 AC096888.1-201ENST00000487097 565 ntTSL 4 BASIC23.87■■□□□ 1.41
NKX2-6A6NCS4 AC187653.1-201ENST00000506382 702 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.87■■□□□ 1.41
NKX2-6A6NCS4 HDAC3-201ENST00000305264 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
NKX2-6A6NCS4 CTDNEP1-201ENST00000318988 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
NKX2-6A6NCS4 GTF3C4-202ENST00000483873 1417 ntTSL 3 BASIC23.84■■□□□ 1.41
NKX2-6A6NCS4 RNF150-204ENST00000507500 1530 ntTSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
NKX2-6A6NCS4 MNX1-207ENST00000543409 1620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
NKX2-6A6NCS4 BMP7-202ENST00000395864 1746 ntTSL 5 BASIC23.84■■□□□ 1.41
NKX2-6A6NCS4 CBX4-201ENST00000269397 2664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
NKX2-6A6NCS4 GNPTAB-206ENST00000549940 1678 ntTSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
NKX2-6A6NCS4 SLC15A4-201ENST00000266771 2779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
NKX2-6A6NCS4 TPRG1L-202ENST00000378344 2414 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.82■■□□□ 1.4
NKX2-6A6NCS4 CRIP1-201ENST00000330233 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
NKX2-6A6NCS4 SEPT3-203ENST00000396426 2586 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
NKX2-6A6NCS4 LAPTM4B-203ENST00000521545 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
NKX2-6A6NCS4 ST7-205ENST00000393446 2114 ntTSL 5 BASIC23.81■■□□□ 1.4
NKX2-6A6NCS4 IL1R1-201ENST00000409288 1735 ntTSL 5 BASIC23.81■■□□□ 1.4
NKX2-6A6NCS4 FEZF2-202ENST00000475839 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
NKX2-6A6NCS4 ACOT12-204ENST00000513751 612 ntTSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
NKX2-6A6NCS4 AC013394.1-201ENST00000629685 808 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.8■■□□□ 1.4
NKX2-6A6NCS4 AL451007.3-201ENST00000640271 588 ntAPPRIS P1 BASIC23.8■■□□□ 1.4
NKX2-6A6NCS4 GSC-201ENST00000238558 1264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.2 ms