Protein–RNA interactions for Protein: Q99250

SCN2A, Sodium channel protein type 2 subunit alpha, humanhuman

Predictions only

Length 2,005 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN2AQ99250 AKR1E2-201ENST00000298375 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.81
SCN2AQ99250 ARTN-204ENST00000438616 889 ntTSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.81
SCN2AQ99250 JUND-201ENST00000252818 1863 ntAPPRIS P1 BASIC26.34■■□□□ 1.81
SCN2AQ99250 UBALD2-203ENST00000589240 660 ntTSL 2 BASIC26.33■■□□□ 1.81
SCN2AQ99250 FEZF2-201ENST00000283268 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.33■■□□□ 1.81
SCN2AQ99250 TWIST1-201ENST00000242261 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.33■■□□□ 1.8
SCN2AQ99250 MAPK4-202ENST00000540640 1576 ntTSL 2 BASIC26.31■■□□□ 1.8
SCN2AQ99250 CHCHD4-201ENST00000295767 1603 ntTSL 2 BASIC26.29■■□□□ 1.8
SCN2AQ99250 AC025431.1-201ENST00000559684 874 ntTSL 3 BASIC26.28■■□□□ 1.8
SCN2AQ99250 CSPG5-205ENST00000610462 2073 ntTSL 5 BASIC26.27■■□□□ 1.8
SCN2AQ99250 GRK2-204ENST00000526285 1458 ntTSL 5 BASIC26.27■■□□□ 1.8
SCN2AQ99250 ANKS1B-202ENST00000333732 1675 ntTSL 2 BASIC26.24■■□□□ 1.79
SCN2AQ99250 AC068152.1-207ENST00000573341 647 ntTSL 2 BASIC26.22■■□□□ 1.79
SCN2AQ99250 CATIP-201ENST00000289388 1323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
SCN2AQ99250 LY6K-203ENST00000519387 963 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.21■■□□□ 1.79
SCN2AQ99250 SERINC2-201ENST00000373709 1997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.21■■□□□ 1.79
SCN2AQ99250 RNF215-203ENST00000382363 1992 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.21■■□□□ 1.79
SCN2AQ99250 AC009133.5-201ENST00000562594 473 ntTSL 4 BASIC26.17■■□□□ 1.78
SCN2AQ99250 FMR1-219ENST00000621453 1864 ntTSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
SCN2AQ99250 MARCH2-202ENST00000381035 1192 ntTSL 5 BASIC26.17■■□□□ 1.78
SCN2AQ99250 RSG1-201ENST00000375599 1545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
SCN2AQ99250 LFNG-203ENST00000359574 1377 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
SCN2AQ99250 NADK2-210ENST00000514504 1233 ntTSL 5 BASIC26.15■■□□□ 1.78
SCN2AQ99250 TRAPPC10-202ENST00000380221 1763 ntTSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.78
SCN2AQ99250 KCTD17-201ENST00000402077 1691 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.78
SCN2AQ99250 GIPC1-201ENST00000345425 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
SCN2AQ99250 SNTG2-201ENST00000308624 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
SCN2AQ99250 SETD8P1-201ENST00000623146 1180 ntBASIC26.12■■□□□ 1.77
SCN2AQ99250 AC136428.2-201ENST00000563187 214 ntBASIC26.11■■□□□ 1.77
SCN2AQ99250 KLF16-203ENST00000592313 508 ntTSL 3 BASIC26.11■■□□□ 1.77
SCN2AQ99250 TXN-202ENST00000374517 869 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
SCN2AQ99250 RASSF7-202ENST00000397583 1928 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
SCN2AQ99250 AC068152.1-210ENST00000574741 836 ntTSL 3 BASIC26.09■■□□□ 1.77
SCN2AQ99250 TP53I13-201ENST00000301057 1530 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
SCN2AQ99250 AC243773.2-204ENST00000621428 1462 ntTSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
SCN2AQ99250 OLFM2-201ENST00000264833 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
SCN2AQ99250 MZT2B-202ENST00000409255 769 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.06■■□□□ 1.76
SCN2AQ99250 AL133346.1-201ENST00000435287 495 ntTSL 2 BASIC26.06■■□□□ 1.76
SCN2AQ99250 VPS37D-201ENST00000324941 1624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
SCN2AQ99250 AC079305.1-201ENST00000428541 499 ntTSL 3 BASIC26.05■■□□□ 1.76
SCN2AQ99250 MPST-201ENST00000341116 1504 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.04■■□□□ 1.76
SCN2AQ99250 EMID1-201ENST00000334018 2173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
SCN2AQ99250 CDKN2D-202ENST00000393599 1422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
SCN2AQ99250 PDXP-201ENST00000215904 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
SCN2AQ99250 ZFAND2B-204ENST00000409217 886 ntTSL 2 BASIC26.01■■□□□ 1.75
SCN2AQ99250 CISD3-204ENST00000613478 2074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.01■■□□□ 1.75
SCN2AQ99250 RDX-206ENST00000528900 1814 ntTSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
SCN2AQ99250 GNPTAB-206ENST00000549940 1678 ntTSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
SCN2AQ99250 AC097358.2-201ENST00000607541 1159 ntBASIC26■■□□□ 1.75
SCN2AQ99250 PDCD2-215ENST00000614056 1287 ntTSL 2 BASIC26■■□□□ 1.75
SCN2AQ99250 CCM2-218ENST00000541586 1719 ntTSL 3 BASIC26■■□□□ 1.75
SCN2AQ99250 BRF1-221ENST00000619151 1530 ntTSL 5 BASIC25.99■■□□□ 1.75
SCN2AQ99250 SMARCD3-201ENST00000262188 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
SCN2AQ99250 LRRC75B-201ENST00000318753 1238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
SCN2AQ99250 HOXB3-207ENST00000472863 1909 ntTSL 2 BASIC25.98■■□□□ 1.75
SCN2AQ99250 CACNG6-201ENST00000252729 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
SCN2AQ99250 IL13RA1-201ENST00000371642 1096 ntTSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
SCN2AQ99250 AC105285.1-201ENST00000500914 2036 ntTSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
SCN2AQ99250 ANGPTL6-204ENST00000592641 1781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
SCN2AQ99250 ADRA2C-202ENST00000509482 1600 ntTSL 3 BASIC25.94■■□□□ 1.74
SCN2AQ99250 NMB-201ENST00000360476 1007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.94■■□□□ 1.74
SCN2AQ99250 AL133380.1-201ENST00000506013 324 ntBASIC25.93■■□□□ 1.74
SCN2AQ99250 CCM2-201ENST00000258781 1894 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
SCN2AQ99250 CPNE1-203ENST00000397442 1695 ntTSL 5 BASIC25.92■■□□□ 1.74
SCN2AQ99250 BMP7-202ENST00000395864 1746 ntTSL 5 BASIC25.91■■□□□ 1.74
SCN2AQ99250 GRASP-201ENST00000293662 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.91■■□□□ 1.74
SCN2AQ99250 ATPAF1-201ENST00000329231 1241 ntTSL 2 BASIC25.9■■□□□ 1.74
SCN2AQ99250 CERS2-201ENST00000271688 2544 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.89■■□□□ 1.73
SCN2AQ99250 SLC15A4-201ENST00000266771 2779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
SCN2AQ99250 CERS1-201ENST00000429504 2094 ntTSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
SCN2AQ99250 TMEM229A-201ENST00000455783 2108 ntAPPRIS P1 BASIC25.87■■□□□ 1.73
SCN2AQ99250 DBP-205ENST00000601104 1489 ntTSL 1 (best) BASIC25.87■■□□□ 1.73
SCN2AQ99250 AC092755.2-201ENST00000560199 402 ntTSL 3 BASIC25.87■■□□□ 1.73
SCN2AQ99250 SLC22A23-201ENST00000380298 1574 ntTSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
SCN2AQ99250 SUZ12P1-203ENST00000578195 985 ntBASIC25.86■■□□□ 1.73
SCN2AQ99250 FBRSL1-201ENST00000434748 5568 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
SCN2AQ99250 TFEB-204ENST00000373033 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
SCN2AQ99250 RNF130-201ENST00000261947 1766 ntTSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
SCN2AQ99250 PCBD2-201ENST00000254908 1223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
SCN2AQ99250 AL109917.1-201ENST00000412228 906 ntTSL 2 BASIC25.81■■□□□ 1.72
SCN2AQ99250 TMEM80-202ENST00000397512 1572 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
SCN2AQ99250 AUTS2-202ENST00000403018 957 ntTSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
SCN2AQ99250 GATA6-202ENST00000581694 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
SCN2AQ99250 FGF3-201ENST00000334134 892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
SCN2AQ99250 LMO1-202ENST00000428101 1038 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
SCN2AQ99250 UBP1-201ENST00000283628 2074 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.79■■□□□ 1.72
SCN2AQ99250 CACNG6-202ENST00000346968 645 ntTSL 5 BASIC25.79■■□□□ 1.72
SCN2AQ99250 AC008105.3-203ENST00000591365 2238 ntTSL 2 BASIC25.77■■□□□ 1.72
SCN2AQ99250 POU3F1-201ENST00000373012 2184 ntAPPRIS P1 BASIC25.77■■□□□ 1.72
SCN2AQ99250 TRNP1-201ENST00000522111 1958 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
SCN2AQ99250 AC120057.4-201ENST00000624722 1615 ntBASIC25.76■■□□□ 1.71
SCN2AQ99250 HOPX-206ENST00000503639 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
SCN2AQ99250 AC006486.1-201ENST00000594664 634 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.74■■□□□ 1.71
SCN2AQ99250 MSRB2-201ENST00000376510 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
SCN2AQ99250 ARL8A-204ENST00000614750 1727 ntTSL 3 BASIC25.72■■□□□ 1.71
SCN2AQ99250 E2F4-201ENST00000379378 2096 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
SCN2AQ99250 DEXI-201ENST00000331808 1561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.71
SCN2AQ99250 LGALS3-201ENST00000254301 1146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
SCN2AQ99250 EMX1-201ENST00000258106 2188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
SCN2AQ99250 IFNGR2-201ENST00000290219 2221 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 11.9 ms