Protein–RNA interactions for Protein: Q96M95

CCDC42, Coiled-coil domain-containing protein 42, humanhuman

Predictions only

Length 316 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC42Q96M95 NRXN1-228ENST00000628364 2444 ntTSL 5 BASIC29.97■■■□□ 2.39
CCDC42Q96M95 NFKBIA-209ENST00000557389 1537 ntTSL 2 BASIC29.96■■■□□ 2.39
CCDC42Q96M95 AGTRAP-204ENST00000376637 1067 ntTSL 2 BASIC29.95■■■□□ 2.39
CCDC42Q96M95 BCL7B-201ENST00000223368 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.95■■■□□ 2.38
CCDC42Q96M95 KHDRBS3-201ENST00000355849 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.95■■■□□ 2.38
CCDC42Q96M95 GATA6-202ENST00000581694 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.92■■■□□ 2.38
CCDC42Q96M95 MPST-201ENST00000341116 1504 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.91■■■□□ 2.38
CCDC42Q96M95 NIT1-201ENST00000368007 1749 ntTSL 2 BASIC29.91■■■□□ 2.38
CCDC42Q96M95 LRRC10B-201ENST00000378075 2219 ntAPPRIS P1 BASIC29.91■■■□□ 2.38
CCDC42Q96M95 CCM2-218ENST00000541586 1719 ntTSL 3 BASIC29.9■■■□□ 2.38
CCDC42Q96M95 HAGHL-204ENST00000549114 1820 ntTSL 5 BASIC29.89■■■□□ 2.38
CCDC42Q96M95 PHF23-201ENST00000320316 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.88■■■□□ 2.37
CCDC42Q96M95 AGAP3-211ENST00000473312 2039 ntTSL 1 (best) BASIC29.88■■■□□ 2.37
CCDC42Q96M95 FTCD-203ENST00000397746 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.88■■■□□ 2.37
CCDC42Q96M95 MSRB2-201ENST00000376510 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.87■■■□□ 2.37
CCDC42Q96M95 JUND-201ENST00000252818 1863 ntAPPRIS P1 BASIC29.86■■■□□ 2.37
CCDC42Q96M95 BMP7-202ENST00000395864 1746 ntTSL 5 BASIC29.85■■■□□ 2.37
CCDC42Q96M95 MBOAT7-202ENST00000338624 2076 ntTSL 2 BASIC29.83■■■□□ 2.37
CCDC42Q96M95 GNPTAB-206ENST00000549940 1678 ntTSL 1 (best) BASIC29.82■■■□□ 2.36
CCDC42Q96M95 GIPC1-202ENST00000393028 1483 ntTSL 3 BASIC29.82■■■□□ 2.36
CCDC42Q96M95 ARL8A-204ENST00000614750 1727 ntTSL 3 BASIC29.81■■■□□ 2.36
CCDC42Q96M95 ELK4-201ENST00000289703 2118 ntTSL 1 (best) BASIC29.79■■■□□ 2.36
CCDC42Q96M95 ACTG1-210ENST00000575842 2256 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.78■■■□□ 2.36
CCDC42Q96M95 AC105285.1-201ENST00000500914 2036 ntTSL 1 (best) BASIC29.76■■■□□ 2.36
CCDC42Q96M95 MAF-201ENST00000326043 2646 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.76■■■□□ 2.35
CCDC42Q96M95 MAPK1-202ENST00000398822 1487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.75■■■□□ 2.35
CCDC42Q96M95 GGA1-204ENST00000381756 2107 ntTSL 1 (best) BASIC29.75■■■□□ 2.35
CCDC42Q96M95 AC120057.4-201ENST00000624722 1615 ntBASIC29.74■■■□□ 2.35
CCDC42Q96M95 PCSK6-201ENST00000331826 2309 ntTSL 5 BASIC29.72■■■□□ 2.35
CCDC42Q96M95 CMAS-201ENST00000229329 1787 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.72■■■□□ 2.35
CCDC42Q96M95 AC006077.2-201ENST00000623591 457 ntBASIC29.71■■■□□ 2.35
CCDC42Q96M95 SYNGR1-202ENST00000318801 1361 ntTSL 1 (best) BASIC29.71■■■□□ 2.35
CCDC42Q96M95 HOXB3-207ENST00000472863 1909 ntTSL 2 BASIC29.68■■■□□ 2.34
CCDC42Q96M95 PI4KAP2-202ENST00000450651 2294 ntTSL 5 BASIC29.68■■■□□ 2.34
CCDC42Q96M95 KCTD17-209ENST00000610767 1502 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC29.66■■■□□ 2.34
CCDC42Q96M95 RASSF7-201ENST00000397582 1731 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.66■■■□□ 2.34
CCDC42Q96M95 TRAPPC10-202ENST00000380221 1763 ntTSL 1 (best) BASIC29.65■■■□□ 2.34
CCDC42Q96M95 FBXO2-201ENST00000354287 1560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.64■■■□□ 2.34
CCDC42Q96M95 FSD1L-204ENST00000469022 1836 ntTSL 1 (best) BASIC29.64■■■□□ 2.34
CCDC42Q96M95 ZBTB12-201ENST00000375527 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.64■■■□□ 2.34
CCDC42Q96M95 KLHL35-204ENST00000539798 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.63■■■□□ 2.33
CCDC42Q96M95 MAFA-201ENST00000333480 2347 ntAPPRIS P1 BASIC29.62■■■□□ 2.33
CCDC42Q96M95 GLTP-201ENST00000318348 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.62■■■□□ 2.33
CCDC42Q96M95 PANK2-207ENST00000610179 1807 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.61■■■□□ 2.33
CCDC42Q96M95 HNRNPAB-207ENST00000514633 1571 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.61■■■□□ 2.33
CCDC42Q96M95 SNX24-201ENST00000261369 2158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.61■■■□□ 2.33
CCDC42Q96M95 BCL3-201ENST00000164227 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.61■■■□□ 2.33
CCDC42Q96M95 TMEM80-202ENST00000397512 1572 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.6■■■□□ 2.33
CCDC42Q96M95 FTCD-204ENST00000397748 1955 ntTSL 1 (best) BASIC29.59■■■□□ 2.33
CCDC42Q96M95 MVK-208ENST00000539696 608 ntTSL 5 BASIC29.58■■■□□ 2.33
CCDC42Q96M95 CYBA-201ENST00000261623 797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.57■■■□□ 2.32
CCDC42Q96M95 LINC01578-203ENST00000554669 578 ntTSL 5 BASIC29.57■■■□□ 2.32
CCDC42Q96M95 DEXI-201ENST00000331808 1561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.56■■■□□ 2.32
CCDC42Q96M95 PLPP2-203ENST00000434325 1383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.56■■■□□ 2.32
CCDC42Q96M95 COPS6-201ENST00000303904 1432 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.54■■■□□ 2.32
CCDC42Q96M95 AC079848.1-201ENST00000511301 327 ntTSL 3 BASIC29.54■■■□□ 2.32
CCDC42Q96M95 FGF2-203ENST00000614010 867 ntTSL 1 (best) BASIC29.54■■■□□ 2.32
CCDC42Q96M95 ESRRA-201ENST00000000442 2215 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.53■■■□□ 2.32
CCDC42Q96M95 SLC2A4RG-201ENST00000266077 1731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.52■■■□□ 2.32
CCDC42Q96M95 COL13A1-212ENST00000520133 1833 ntTSL 5 BASIC29.52■■■□□ 2.32
CCDC42Q96M95 FADS3-201ENST00000278829 1779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.51■■■□□ 2.31
CCDC42Q96M95 MAPK12-201ENST00000215659 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.51■■■□□ 2.31
CCDC42Q96M95 ABCB10P1-201ENST00000614297 2181 ntBASIC29.5■■■□□ 2.31
CCDC42Q96M95 ANGPTL6-201ENST00000253109 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.5■■■□□ 2.31
CCDC42Q96M95 TPRA1-201ENST00000296210 1725 ntTSL 1 (best) BASIC29.5■■■□□ 2.31
CCDC42Q96M95 MSANTD3-203ENST00000395067 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.5■■■□□ 2.31
CCDC42Q96M95 CPNE1-203ENST00000397442 1695 ntTSL 5 BASIC29.5■■■□□ 2.31
CCDC42Q96M95 LINC01578-201ENST00000553829 732 ntTSL 2 BASIC29.49■■■□□ 2.31
CCDC42Q96M95 PRELID2-202ENST00000394450 1102 ntTSL 1 (best) BASIC29.48■■■□□ 2.31
CCDC42Q96M95 FOXA2-202ENST00000419308 2422 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.47■■■□□ 2.31
CCDC42Q96M95 TMEM268-201ENST00000288502 2314 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.46■■■□□ 2.31
CCDC42Q96M95 NRGN-201ENST00000284292 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.44■■■□□ 2.3
CCDC42Q96M95 TRNP1-201ENST00000522111 1958 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.43■■■□□ 2.3
CCDC42Q96M95 ZNRF2P1-201ENST00000441407 443 ntBASIC29.43■■■□□ 2.3
CCDC42Q96M95 MAPK4-202ENST00000540640 1576 ntTSL 2 BASIC29.43■■■□□ 2.3
CCDC42Q96M95 ALYREF-202ENST00000505490 1088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.42■■■□□ 2.3
CCDC42Q96M95 TPM2-203ENST00000378292 2147 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC29.41■■■□□ 2.3
CCDC42Q96M95 AGAP3-216ENST00000479901 1881 ntTSL 5 BASIC29.4■■■□□ 2.3
CCDC42Q96M95 AL360182.2-201ENST00000451656 470 ntTSL 3 BASIC29.39■■■□□ 2.3
CCDC42Q96M95 MEX3D-201ENST00000402693 2850 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.39■■■□□ 2.3
CCDC42Q96M95 GIPC1-201ENST00000345425 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.39■■■□□ 2.29
CCDC42Q96M95 ATRNL1-207ENST00000527407 1583 ntTSL 5 BASIC29.39■■■□□ 2.29
CCDC42Q96M95 HOXD13-201ENST00000392539 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.37■■■□□ 2.29
CCDC42Q96M95 HOXD8-201ENST00000313173 1917 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC29.36■■■□□ 2.29
CCDC42Q96M95 MATK-201ENST00000310132 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.36■■■□□ 2.29
CCDC42Q96M95 SH3GL1-202ENST00000417295 1404 ntTSL 2 BASIC29.36■■■□□ 2.29
CCDC42Q96M95 ANKRD13D-211ENST00000511455 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.34■■■□□ 2.29
CCDC42Q96M95 GRK2-204ENST00000526285 1458 ntTSL 5 BASIC29.33■■■□□ 2.29
CCDC42Q96M95 CTDNEP1-201ENST00000318988 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.31■■■□□ 2.28
CCDC42Q96M95 AC005524.1-203ENST00000586528 451 ntTSL 3 BASIC29.31■■■□□ 2.28
CCDC42Q96M95 FTCD-202ENST00000397743 1834 ntTSL 1 (best) BASIC29.3■■■□□ 2.28
CCDC42Q96M95 ACOT7-201ENST00000361521 2429 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.3■■■□□ 2.28
CCDC42Q96M95 PXDC1-202ENST00000380283 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.29■■■□□ 2.28
CCDC42Q96M95 GSTZ1-201ENST00000216465 1338 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.29■■■□□ 2.28
CCDC42Q96M95 FAM89A-201ENST00000366654 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.27■■■□□ 2.28
CCDC42Q96M95 CHCHD4-201ENST00000295767 1603 ntTSL 2 BASIC29.26■■■□□ 2.27
CCDC42Q96M95 MAPK13-201ENST00000211287 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.25■■■□□ 2.27
CCDC42Q96M95 CUEDC1-201ENST00000360238 2193 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.25■■■□□ 2.27
CCDC42Q96M95 RRAGC-201ENST00000373001 2732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.24■■■□□ 2.27
CCDC42Q96M95 UCK1-201ENST00000372208 2063 ntTSL 1 (best) BASIC29.24■■■□□ 2.27
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 13.7 ms