Protein–RNA interactions for Protein: Q53F19

NCBP3, Nuclear cap-binding protein subunit 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 620 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NCBP3Q53F19 GIPC1-201ENST00000345425 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.55■■■■□ 3.44
NCBP3Q53F19 MSX2-202ENST00000507785 1188 ntTSL 2 BASIC36.54■■■■□ 3.44
NCBP3Q53F19 FMR1-219ENST00000621453 1864 ntTSL 1 (best) BASIC36.54■■■■□ 3.44
NCBP3Q53F19 RASSF7-202ENST00000397583 1928 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC36.53■■■■□ 3.44
NCBP3Q53F19 RSG1-201ENST00000375599 1545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.52■■■■□ 3.44
NCBP3Q53F19 JUND-201ENST00000252818 1863 ntAPPRIS P1 BASIC36.51■■■■□ 3.44
NCBP3Q53F19 NRGN-202ENST00000412681 1106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.5■■■■□ 3.43
NCBP3Q53F19 BMP7-202ENST00000395864 1746 ntTSL 5 BASIC36.49■■■■□ 3.43
NCBP3Q53F19 ECI1-201ENST00000301729 1541 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC36.49■■■■□ 3.43
NCBP3Q53F19 MTCP1-202ENST00000369476 2274 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC36.48■■■■□ 3.43
NCBP3Q53F19 MAPK4-202ENST00000540640 1576 ntTSL 2 BASIC36.46■■■■□ 3.43
NCBP3Q53F19 HMGB1-205ENST00000399494 1282 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC36.45■■■■□ 3.43
NCBP3Q53F19 LINC01089-207ENST00000538335 630 ntTSL 3 BASIC36.44■■■■□ 3.42
NCBP3Q53F19 ANGPTL6-204ENST00000592641 1781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.44■■■■□ 3.42
NCBP3Q53F19 CHCHD4-201ENST00000295767 1603 ntTSL 2 BASIC36.44■■■■□ 3.42
NCBP3Q53F19 RNF215-203ENST00000382363 1992 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC36.44■■■■□ 3.42
NCBP3Q53F19 GNPTAB-206ENST00000549940 1678 ntTSL 1 (best) BASIC36.43■■■■□ 3.42
NCBP3Q53F19 NRTN-201ENST00000303212 1109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.43■■■■□ 3.42
NCBP3Q53F19 TRAPPC10-202ENST00000380221 1763 ntTSL 1 (best) BASIC36.42■■■■□ 3.42
NCBP3Q53F19 CCM2-218ENST00000541586 1719 ntTSL 3 BASIC36.41■■■■□ 3.42
NCBP3Q53F19 SDCCAG3-204ENST00000371725 2129 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC36.41■■■■□ 3.42
NCBP3Q53F19 OLFM2-201ENST00000264833 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.39■■■■□ 3.42
NCBP3Q53F19 CCM2-201ENST00000258781 1894 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC36.38■■■■□ 3.41
NCBP3Q53F19 CDK2AP1-203ENST00000535979 1281 ntTSL 3 BASIC36.37■■■■□ 3.41
NCBP3Q53F19 AC068152.1-207ENST00000573341 647 ntTSL 2 BASIC36.37■■■■□ 3.41
NCBP3Q53F19 TMEM80-202ENST00000397512 1572 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC36.34■■■■□ 3.41
NCBP3Q53F19 AC243773.2-204ENST00000621428 1462 ntTSL 1 (best) BASIC36.33■■■■□ 3.41
NCBP3Q53F19 RASGEF1C-207ENST00000615330 2268 ntTSL 5 BASIC36.32■■■■□ 3.4
NCBP3Q53F19 DBP-205ENST00000601104 1489 ntTSL 1 (best) BASIC36.3■■■■□ 3.4
NCBP3Q53F19 CPNE1-203ENST00000397442 1695 ntTSL 5 BASIC36.27■■■■□ 3.4
NCBP3Q53F19 ANKS1B-202ENST00000333732 1675 ntTSL 2 BASIC36.26■■■■□ 3.39
NCBP3Q53F19 SLC22A23-201ENST00000380298 1574 ntTSL 1 (best) BASIC36.23■■■■□ 3.39
NCBP3Q53F19 CBX4-202ENST00000448310 718 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC36.22■■■■□ 3.39
NCBP3Q53F19 DEXI-201ENST00000331808 1561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.2■■■■□ 3.39
NCBP3Q53F19 AC025431.1-201ENST00000559684 874 ntTSL 3 BASIC36.2■■■■□ 3.39
NCBP3Q53F19 KLF16-203ENST00000592313 508 ntTSL 3 BASIC36.2■■■■□ 3.39
NCBP3Q53F19 EMID1-201ENST00000334018 2173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.2■■■■□ 3.39
NCBP3Q53F19 UBP1-201ENST00000283628 2074 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC36.2■■■■□ 3.39
NCBP3Q53F19 AC092647.5-201ENST00000426595 1732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC36.2■■■■□ 3.38
NCBP3Q53F19 ATRNL1-209ENST00000609571 1818 ntTSL 1 (best) BASIC36.18■■■■□ 3.38
NCBP3Q53F19 BCL7B-201ENST00000223368 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.15■■■■□ 3.38
NCBP3Q53F19 IFNGR2-201ENST00000290219 2221 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC36.14■■■■□ 3.38
NCBP3Q53F19 ADNP-AS1-201ENST00000558899 927 ntTSL 3 BASIC36.14■■■■□ 3.38
NCBP3Q53F19 AC120057.4-201ENST00000624722 1615 ntBASIC36.12■■■■□ 3.37
NCBP3Q53F19 AC079305.1-201ENST00000428541 499 ntTSL 3 BASIC36.12■■■■□ 3.37
NCBP3Q53F19 HOXB3-207ENST00000472863 1909 ntTSL 2 BASIC36.12■■■■□ 3.37
NCBP3Q53F19 ARL8A-204ENST00000614750 1727 ntTSL 3 BASIC36.11■■■■□ 3.37
NCBP3Q53F19 AC008105.3-203ENST00000591365 2238 ntTSL 2 BASIC36.11■■■■□ 3.37
NCBP3Q53F19 AC105285.1-201ENST00000500914 2036 ntTSL 1 (best) BASIC36.1■■■■□ 3.37
NCBP3Q53F19 NIT1-201ENST00000368007 1749 ntTSL 2 BASIC36.1■■■■□ 3.37
NCBP3Q53F19 EMX1-201ENST00000258106 2188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.09■■■■□ 3.37
NCBP3Q53F19 CERS1-201ENST00000429504 2094 ntTSL 1 (best) BASIC36.07■■■■□ 3.36
NCBP3Q53F19 CTDNEP1-201ENST00000318988 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.06■■■■□ 3.36
NCBP3Q53F19 CDKN2D-202ENST00000393599 1422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.06■■■■□ 3.36
NCBP3Q53F19 LMNTD2-201ENST00000329451 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.06■■■■□ 3.36
NCBP3Q53F19 SLC2A4RG-201ENST00000266077 1731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.01■■■■□ 3.36
NCBP3Q53F19 RNF130-201ENST00000261947 1766 ntTSL 1 (best) BASIC35.99■■■■□ 3.35
NCBP3Q53F19 GATA6-202ENST00000581694 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.99■■■■□ 3.35
NCBP3Q53F19 CACNG6-201ENST00000252729 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.99■■■■□ 3.35
NCBP3Q53F19 HOXB3-211ENST00000490677 1109 ntTSL 1 (best) BASIC35.98■■■■□ 3.35
NCBP3Q53F19 MSRB2-201ENST00000376510 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.98■■■■□ 3.35
NCBP3Q53F19 ADRA1D-201ENST00000379453 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.98■■■■□ 3.35
NCBP3Q53F19 NRG3-203ENST00000404547 2163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC35.98■■■■□ 3.35
NCBP3Q53F19 AC009133.5-201ENST00000562594 473 ntTSL 4 BASIC35.97■■■■□ 3.35
NCBP3Q53F19 AL133380.1-201ENST00000506013 324 ntBASIC35.96■■■■□ 3.35
NCBP3Q53F19 CISD3-204ENST00000613478 2074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC35.95■■■■□ 3.34
NCBP3Q53F19 TMEM229A-201ENST00000455783 2108 ntAPPRIS P1 BASIC35.93■■■■□ 3.34
NCBP3Q53F19 LFNG-203ENST00000359574 1377 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC35.92■■■■□ 3.34
NCBP3Q53F19 SMARCD3-201ENST00000262188 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.92■■■■□ 3.34
NCBP3Q53F19 E2F4-201ENST00000379378 2096 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.91■■■■□ 3.34
NCBP3Q53F19 RARRES2P7-201ENST00000567349 469 ntBASIC35.9■■■■□ 3.34
NCBP3Q53F19 TP53I13-201ENST00000301057 1530 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC35.89■■■■□ 3.34
NCBP3Q53F19 POU3F1-201ENST00000373012 2184 ntAPPRIS P1 BASIC35.89■■■■□ 3.34
NCBP3Q53F19 ST7-208ENST00000393451 2110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.89■■■■□ 3.34
NCBP3Q53F19 TUSC1-201ENST00000358022 2052 ntAPPRIS P1 BASIC35.88■■■■□ 3.34
NCBP3Q53F19 KHDRBS3-201ENST00000355849 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.88■■■■□ 3.33
NCBP3Q53F19 ATPAF1-201ENST00000329231 1241 ntTSL 2 BASIC35.87■■■■□ 3.33
NCBP3Q53F19 FAAP20-204ENST00000400919 1413 ntTSL 3 BASIC35.87■■■■□ 3.33
NCBP3Q53F19 ZBTB7A-202ENST00000601588 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.85■■■■□ 3.33
NCBP3Q53F19 FTCD-203ENST00000397746 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.85■■■■□ 3.33
NCBP3Q53F19 IL13RA1-201ENST00000371642 1096 ntTSL 1 (best) BASIC35.84■■■■□ 3.33
NCBP3Q53F19 KCNK3-202ENST00000620977 1956 ntTSL 1 (best) BASIC35.82■■■■□ 3.33
NCBP3Q53F19 WSB2-211ENST00000544233 2503 ntTSL 2 BASIC35.81■■■■□ 3.32
NCBP3Q53F19 GLT8D1-201ENST00000266014 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.8■■■■□ 3.32
NCBP3Q53F19 SETD8P1-201ENST00000623146 1180 ntBASIC35.8■■■■□ 3.32
NCBP3Q53F19 TAZ-215ENST00000612460 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.75■■■■□ 3.31
NCBP3Q53F19 FOXD3-201ENST00000371116 2086 ntAPPRIS P1 BASIC35.75■■■■□ 3.31
NCBP3Q53F19 ACTR3B-202ENST00000377776 1566 ntTSL 1 (best) BASIC35.75■■■■□ 3.31
NCBP3Q53F19 CGREF1-202ENST00000312734 1610 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC35.75■■■■□ 3.31
NCBP3Q53F19 SSBP4-202ENST00000348495 1721 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC35.74■■■■□ 3.31
NCBP3Q53F19 TFEB-204ENST00000373033 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.72■■■■□ 3.31
NCBP3Q53F19 LGALS3-201ENST00000254301 1146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.72■■■■□ 3.31
NCBP3Q53F19 TXN-202ENST00000374517 869 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.72■■■■□ 3.31
NCBP3Q53F19 CHMP4B-201ENST00000217402 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.72■■■■□ 3.31
NCBP3Q53F19 WASH5P-204ENST00000632292 975 ntBASIC35.71■■■■□ 3.31
NCBP3Q53F19 FTCD-202ENST00000397743 1834 ntTSL 1 (best) BASIC35.69■■■■□ 3.3
NCBP3Q53F19 PANK2-207ENST00000610179 1807 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC35.69■■■■□ 3.3
NCBP3Q53F19 AUTS2-202ENST00000403018 957 ntTSL 1 (best) BASIC35.68■■■■□ 3.3
NCBP3Q53F19 INAFM1-201ENST00000552360 1255 ntAPPRIS P1 BASIC35.68■■■■□ 3.3
NCBP3Q53F19 ZBTB12-201ENST00000375527 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.68■■■■□ 3.3
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 26.9 ms