Protein–RNA interactions for Protein: Q15427

SF3B4, Splicing factor 3B subunit 4, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 424 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3B4Q15427 CHKA-205ENST00000530730 582 ntTSL 36.45□□□□□ -1.386e-14■■■■■ 46.9
SF3B4Q15427 CHKA-204ENST00000528235 570 ntTSL 55.05□□□□□ -1.66e-14■■■■■ 46.9
SF3B4Q15427 CHKA-208ENST00000533910 864 ntTSL 34.91□□□□□ -1.626e-14■■■■■ 46.9
SF3B4Q15427 DHX34-204ENST00000486327 2897 ntTSL 518.7■□□□□ 0.581e-6■■■■■ 46.9
SF3B4Q15427 SRRM2-206ENST00000571041 498 ntTSL 413.88□□□□□ -0.192e-18■■■■■ 46.9
SF3B4Q15427 SRRM2-204ENST00000570705 675 ntTSL 313.81□□□□□ -0.22e-18■■■■■ 46.9
SF3B4Q15427 NDRG2-217ENST00000553567 555 ntTSL 416.43■□□□□ 0.221e-8■■■■■ 46.9
SF3B4Q15427 NDRG2-277ENST00000557728 587 ntTSL 210.06□□□□□ -0.85e-9■■■■■ 46.9
SF3B4Q15427 NDRG2-269ENST00000557305 603 ntTSL 27.8□□□□□ -1.161e-8■■■■■ 46.9
SF3B4Q15427 NDRG2-205ENST00000366204 572 ntTSL 46.09□□□□□ -1.431e-8■■■■■ 46.9
SF3B4Q15427 SLC38A2-201ENST00000256689 4888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC8.94□□□□□ -0.985e-9■■■■■ 46.8
SF3B4Q15427 SLC38A2-208ENST00000549258 4384 ntTSL 24.31□□□□□ -1.725e-9■■■■■ 46.8
SF3B4Q15427 PNCK-227ENST00000475172 877 ntTSL 522.31■■□□□ 1.164e-7■■■■■ 46.8
SF3B4Q15427 PNCK-220ENST00000465303 868 ntTSL 417.08■□□□□ 0.324e-7■■■■■ 46.8
SF3B4Q15427 PNCK-219ENST00000463548 783 ntTSL 516.47■□□□□ 0.234e-7■■■■■ 46.8
SF3B4Q15427 PNCK-230ENST00000488168 976 ntTSL 315.74■□□□□ 0.114e-7■■■■■ 46.8
SF3B4Q15427 ORC2-202ENST00000410039 546 ntTSL 513.17□□□□□ -0.32e-7■■■■■ 46.8
SF3B4Q15427 ORC2-203ENST00000457595 486 ntTSL 27.67□□□□□ -1.182e-7■■■■■ 46.8
SF3B4Q15427 MLX-205ENST00000586393 851 ntTSL 511.59□□□□□ -0.553e-11■■■■■ 46.8
SF3B4Q15427 ATP5C1-202ENST00000356708 1163 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.88■□□□□ 0.775e-13■■■■■ 46.8
SF3B4Q15427 ATP5C1-210ENST00000493053 1096 ntTSL 514.6□□□□□ -0.075e-13■■■■■ 46.8
SF3B4Q15427 ATP5C1-206ENST00000465936 292 ntTSL 314.28□□□□□ -0.125e-13■■■■■ 46.8
SF3B4Q15427 ATP5C1-201ENST00000335698 1078 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.25□□□□□ -0.455e-13■■■■■ 46.8
SF3B4Q15427 ATP5C1-209ENST00000480528 460 ntTSL 23.36□□□□□ -1.875e-13■■■■■ 46.8
SF3B4Q15427 ATP5C1-208ENST00000473809 530 ntTSL 23.36□□□□□ -1.875e-13■■■■■ 46.8
SF3B4Q15427 KRT18-203ENST00000546656 521 ntTSL 212.72□□□□□ -0.379e-8■■■■■ 46.8
SF3B4Q15427 HNRNPM-204ENST00000594907 1078 ntTSL 517.5■□□□□ 0.395e-7■■■■■ 46.7
SF3B4Q15427 HNRNPM-213ENST00000600092 1086 ntTSL 216.88■□□□□ 0.295e-7■■■■■ 46.7
SF3B4Q15427 METTL12-202ENST00000529868 2870 ntTSL 1 (best)14.04□□□□□ -0.162e-12■■■■■ 46.7
SF3B4Q15427 METTL12-203ENST00000532971 2037 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC12.04□□□□□ -0.482e-12■■■■■ 46.7
SF3B4Q15427 METTL12-201ENST00000398922 1368 ntTSL 411.56□□□□□ -0.562e-12■■■■■ 46.7
SF3B4Q15427 METTL12-204ENST00000594728 376 nt6.32□□□□□ -1.42e-12■■■■■ 46.7
SF3B4Q15427 DDX56-209ENST00000473924 385 ntTSL 511.23□□□□□ -0.614e-19■■■■■ 46.7
SF3B4Q15427 CEP250-207ENST00000425934 2156 ntTSL 513.54□□□□□ -0.241e-7■■■■■ 46.7
SF3B4Q15427 CEP250-209ENST00000461386 2295 ntTSL 213.27□□□□□ -0.291e-7■■■■■ 46.7
SF3B4Q15427 CEP250-202ENST00000397527 15703 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC7.61□□□□□ -1.193e-7■■■■■ 46.7
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SF3B4Q15427 SMCHD1-208ENST00000583344 738 ntTSL 24.25□□□□□ -1.732e-7■■■■■ 46.6
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SF3B4Q15427 SLC2A4RG-207ENST00000493772 1328 ntTSL 1 (best)18.13■□□□□ 0.491e-11■■■■■ 46.5
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SF3B4Q15427 SNHG1-209ENST00000538654 2768 ntTSL 29□□□□□ -0.974e-47■■■■■ 46.5
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SF3B4Q15427 SNHG1-205ENST00000537869 1038 ntTSL 3 BASIC5.6□□□□□ -1.514e-47■■■■■ 46.5
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SF3B4Q15427 SNHG1-217ENST00000541578 588 ntTSL 3 BASIC3.87□□□□□ -1.794e-47■■■■■ 46.5
SF3B4Q15427 SNHG1-208ENST00000538266 347 ntTSL 3 BASIC3.86□□□□□ -1.794e-47■■■■■ 46.5
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SF3B4Q15427 SNHG1-203ENST00000537024 532 ntTSL 53.6□□□□□ -1.834e-47■■■■■ 46.5
SF3B4Q15427 SNHG1-202ENST00000535689 550 ntTSL 23.16□□□□□ -1.94e-47■■■■■ 46.5
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SF3B4Q15427 NAPG-206ENST00000582978 887 ntTSL 23.54□□□□□ -1.842e-9■■■■■ 46.5
SF3B4Q15427 SYNJ2-203ENST00000367113 939 ntTSL 27.18□□□□□ -1.266e-14■■■■■ 46.5
SF3B4Q15427 PFKFB4-205ENST00000417753 1744 ntTSL 1 (best)20.72■□□□□ 0.912e-9■■■■■ 46.4
SF3B4Q15427 PFKFB4-207ENST00000445633 1733 ntTSL 1 (best)20.72■□□□□ 0.912e-9■■■■■ 46.4
SF3B4Q15427 PFKFB4-204ENST00000416568 1575 ntTSL 1 (best) BASIC20.7■□□□□ 0.92e-9■■■■■ 46.4
SF3B4Q15427 PFKFB4-202ENST00000383734 1491 ntTSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.842e-9■■■■■ 46.4
SF3B4Q15427 PFKFB4-213ENST00000490115 1757 ntTSL 1 (best)16.63■□□□□ 0.252e-9■■■■■ 46.4
SF3B4Q15427 PFKFB4-201ENST00000232375 3586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.6□□□□□ -0.232e-9■■■■■ 46.4
SF3B4Q15427 E4F1-203ENST00000563643 793 ntTSL 316.52■□□□□ 0.242e-10■■■■■ 46.4
SF3B4Q15427 NARF-212ENST00000579083 561 ntTSL 46.03□□□□□ -1.441e-10■■■■■ 46.4
SF3B4Q15427 UBE2V1-224ENST00000625172 2297 ntTSL 4 BASIC12.17□□□□□ -0.462e-18■■■■■ 46.4
SF3B4Q15427 UBE2V1-222ENST00000557021 2258 ntTSL 5 BASIC11.99□□□□□ -0.492e-18■■■■■ 46.4
SF3B4Q15427 UBE2V1-203ENST00000371674 2133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.01□□□□□ -0.652e-18■■■■■ 46.4
SF3B4Q15427 UBE2V1-207ENST00000420027 1956 ntTSL 5 BASIC10.99□□□□□ -0.652e-18■■■■■ 46.4
SF3B4Q15427 TBC1D4-203ENST00000413735 847 ntTSL 510.37□□□□□ -0.757e-14■■■■■ 46.4
SF3B4Q15427 UBE2V1-206ENST00000415862 2387 ntTSL 1 (best) BASIC9.91□□□□□ -0.822e-18■■■■■ 46.4
SF3B4Q15427 UBE2V1-217ENST00000486653 563 ntTSL 49.15□□□□□ -0.942e-18■■■■■ 46.4
SF3B4Q15427 UBE2V1-223ENST00000617119 2432 ntTSL 4 BASIC8.75□□□□□ -1.012e-18■■■■■ 46.4
SF3B4Q15427 UBE2V1-205ENST00000396059 1983 ntTSL 1 (best)8.41□□□□□ -1.062e-18■■■■■ 46.4
SF3B4Q15427 UBE2V1-204ENST00000371677 2459 ntTSL 2 BASIC8.35□□□□□ -1.072e-18■■■■■ 46.4
SF3B4Q15427 TRIM28-208ENST00000597172 577 ntTSL 28.33□□□□□ -1.087e-14■■■■■ 46.4
SF3B4Q15427 UBE2V1-201ENST00000340309 2536 ntTSL 1 (best) BASIC7.57□□□□□ -1.22e-18■■■■■ 46.4
SF3B4Q15427 UBE2V1-202ENST00000371657 1973 ntTSL 4 BASIC7.14□□□□□ -1.272e-18■■■■■ 46.4
SF3B4Q15427 UBE2V1-216ENST00000483534 1155 ntTSL 1 (best)6.09□□□□□ -1.432e-18■■■■■ 46.4
SF3B4Q15427 PRPF8-210ENST00000574217 310 ntTSL 25.99□□□□□ -1.457e-14■■■■■ 46.4
SF3B4Q15427 UBE2V1-219ENST00000490555 549 ntTSL 44.29□□□□□ -1.722e-18■■■■■ 46.4
SF3B4Q15427 UBE2V1-220ENST00000492371 535 ntTSL 33.97□□□□□ -1.772e-18■■■■■ 46.4
SF3B4Q15427 HDLBP-242ENST00000488013 651 ntTSL 29.99□□□□□ -0.818e-14■■■■■ 46.3
SF3B4Q15427 DYNC1H1-204ENST00000555062 1351 ntTSL 216.41■□□□□ 0.223e-8■■■■■ 46.3
SF3B4Q15427 CD46-215ENST00000488596 872 ntTSL 33.2□□□□□ -1.94e-12■■■■■ 46.3
SF3B4Q15427 CD46-219ENST00000636114 2098 ntTSL 52.25□□□□□ -2.054e-12■■■■■ 46.3
SF3B4Q15427 MYO15B-203ENST00000577613 564 ntTSL 417.22■□□□□ 0.352e-6■■■■■ 46.3
SF3B4Q15427 MYO15B-201ENST00000577296 494 ntTSL 414.63□□□□□ -0.072e-6■■■■■ 46.3
SF3B4Q15427 MYO15B-215ENST00000580096 567 ntTSL 412.75□□□□□ -0.372e-6■■■■■ 46.3
SF3B4Q15427 LIG1-204ENST00000542460 1527 ntTSL 215.4■□□□□ 0.062e-7■■■■■ 46.3
SF3B4Q15427 FN1-222ENST00000485567 584 ntTSL 1 (best)3.86□□□□□ -1.794e-8■■■■■ 46.3
SF3B4Q15427 FN1-215ENST00000461974 571 ntTSL 23.83□□□□□ -1.84e-8■■■■■ 46.3
SF3B4Q15427 ACSM3-203ENST00000501740 839 ntTSL 512.74□□□□□ -0.373e-10■■■■■ 46.3
Retrieved 100 of 47,349 protein–RNA pairs in 3957.1 ms