Protein–RNA interactions for Protein: Q8IX90

SKA3, Spindle and kinetochore-associated protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 412 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SKA3Q8IX90 CSNK1E-205ENST00000405675 2127 ntTSL 5 BASIC25.35■■□□□ 1.65
SKA3Q8IX90 AGTRAP-204ENST00000376637 1067 ntTSL 2 BASIC25.33■■□□□ 1.65
SKA3Q8IX90 MAF-203ENST00000569649 1217 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.33■■□□□ 1.65
SKA3Q8IX90 SYNGR1-202ENST00000318801 1361 ntTSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
SKA3Q8IX90 AC079848.1-201ENST00000511301 327 ntTSL 3 BASIC25.29■■□□□ 1.64
SKA3Q8IX90 FGF2-203ENST00000614010 867 ntTSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
SKA3Q8IX90 GRASP-206ENST00000552049 1688 ntTSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
SKA3Q8IX90 BRF1-213ENST00000548421 1452 ntTSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
SKA3Q8IX90 ADRA2C-201ENST00000330055 2129 ntAPPRIS P1 BASIC25.21■■□□□ 1.63
SKA3Q8IX90 C11orf68-201ENST00000438576 1619 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.2■■□□□ 1.62
SKA3Q8IX90 SSBP3-204ENST00000371320 2077 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
SKA3Q8IX90 LINC01578-201ENST00000553829 732 ntTSL 2 BASIC25.17■■□□□ 1.62
SKA3Q8IX90 ARTN-201ENST00000372354 1003 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
SKA3Q8IX90 SFRP5-201ENST00000266066 1836 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
SKA3Q8IX90 NRGN-201ENST00000284292 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
SKA3Q8IX90 AC005524.1-203ENST00000586528 451 ntTSL 3 BASIC25.12■■□□□ 1.61
SKA3Q8IX90 PPP1R1A-201ENST00000257905 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
SKA3Q8IX90 ARRDC1-201ENST00000371421 1586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
SKA3Q8IX90 LY6K-202ENST00000518841 855 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.08■■□□□ 1.61
SKA3Q8IX90 CD151-202ENST00000397420 1648 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.6
SKA3Q8IX90 ARTN-202ENST00000372359 1921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
SKA3Q8IX90 PPP1CC-202ENST00000340766 1472 ntTSL 2 BASIC25.07■■□□□ 1.6
SKA3Q8IX90 PLPP2-203ENST00000434325 1383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
SKA3Q8IX90 PCYT2-205ENST00000570391 1857 ntTSL 2 BASIC25.03■■□□□ 1.6
SKA3Q8IX90 TNK2-201ENST00000333602 5270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
SKA3Q8IX90 HAGHL-204ENST00000549114 1820 ntTSL 5 BASIC25.02■■□□□ 1.6
SKA3Q8IX90 LINC01578-203ENST00000554669 578 ntTSL 5 BASIC25.02■■□□□ 1.6
SKA3Q8IX90 B4GALT7-201ENST00000029410 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
SKA3Q8IX90 FEZF2-201ENST00000283268 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
SKA3Q8IX90 RNF126-201ENST00000292363 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
SKA3Q8IX90 NADK2-202ENST00000381937 2243 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.98■■□□□ 1.59
SKA3Q8IX90 GSTZ1-201ENST00000216465 1338 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
SKA3Q8IX90 SDCCAG3-202ENST00000357365 2304 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC24.98■■□□□ 1.59
SKA3Q8IX90 AP002365.1-201ENST00000603448 772 ntBASIC24.97■■□□□ 1.59
SKA3Q8IX90 CLEC3B-201ENST00000296130 936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
SKA3Q8IX90 NKX1-1-201ENST00000422806 1236 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.95■■□□□ 1.58
SKA3Q8IX90 DYNLL1-207ENST00000549989 719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
SKA3Q8IX90 DYNLL1-208ENST00000550178 581 ntBASIC24.95■■□□□ 1.58
SKA3Q8IX90 PQLC1-211ENST00000590381 1247 ntTSL 2 BASIC24.92■■□□□ 1.58
SKA3Q8IX90 COPS6-201ENST00000303904 1432 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
SKA3Q8IX90 STK25-202ENST00000401869 2251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
SKA3Q8IX90 FAM58A-202ENST00000440428 1164 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.91■■□□□ 1.58
SKA3Q8IX90 DPP6-204ENST00000406326 2012 ntTSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
SKA3Q8IX90 H2AFV-202ENST00000308153 752 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
SKA3Q8IX90 ANXA5-201ENST00000296511 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.57
SKA3Q8IX90 CTDNEP1-210ENST00000574322 1708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.57
SKA3Q8IX90 SH3GL1-202ENST00000417295 1404 ntTSL 2 BASIC24.88■■□□□ 1.57
SKA3Q8IX90 SULT4A1-201ENST00000330884 2468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
SKA3Q8IX90 SAMD1-202ENST00000533683 2164 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
SKA3Q8IX90 FBXO2-201ENST00000354287 1560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
SKA3Q8IX90 AP001107.7-201ENST00000533287 272 ntTSL 2 BASIC24.86■■□□□ 1.57
SKA3Q8IX90 LTB4R2-204ENST00000533293 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
SKA3Q8IX90 SAP30-201ENST00000296504 1108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
SKA3Q8IX90 TPRG1L-202ENST00000378344 2414 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.85■■□□□ 1.57
SKA3Q8IX90 CYP26C1-201ENST00000285949 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
SKA3Q8IX90 GNB5-202ENST00000358784 1735 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
SKA3Q8IX90 SH3GLB2-201ENST00000372554 1985 ntTSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
SKA3Q8IX90 ADRA1D-201ENST00000379453 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
SKA3Q8IX90 CHST12-204ENST00000618655 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
SKA3Q8IX90 KCNK1-202ENST00000366621 2161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
SKA3Q8IX90 ARTN-211ENST00000498139 1303 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
SKA3Q8IX90 AL031258.1-201ENST00000623562 325 ntBASIC24.78■■□□□ 1.56
SKA3Q8IX90 IL1R1-201ENST00000409288 1735 ntTSL 5 BASIC24.77■■□□□ 1.56
SKA3Q8IX90 C7orf50-202ENST00000397098 2131 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
SKA3Q8IX90 TUBB6-201ENST00000317702 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
SKA3Q8IX90 MBD2-202ENST00000398398 1237 ntTSL 2 BASIC24.74■■□□□ 1.55
SKA3Q8IX90 AL360182.2-201ENST00000451656 470 ntTSL 3 BASIC24.74■■□□□ 1.55
SKA3Q8IX90 MBD2-205ENST00000583046 1182 ntTSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
SKA3Q8IX90 HNRNPAB-207ENST00000514633 1571 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.74■■□□□ 1.55
SKA3Q8IX90 MAPK1-202ENST00000398822 1487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.55
SKA3Q8IX90 PRKAR1B-201ENST00000360274 2007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
SKA3Q8IX90 GIPC1-202ENST00000393028 1483 ntTSL 3 BASIC24.7■■□□□ 1.54
SKA3Q8IX90 ST7-208ENST00000393451 2110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
SKA3Q8IX90 AL355297.4-201ENST00000603191 1249 ntTSL 3 BASIC24.69■■□□□ 1.54
SKA3Q8IX90 TWIST1-201ENST00000242261 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
SKA3Q8IX90 MAP6D1-202ENST00000431348 890 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.67■■□□□ 1.54
SKA3Q8IX90 MVK-208ENST00000539696 608 ntTSL 5 BASIC24.67■■□□□ 1.54
SKA3Q8IX90 AKR1E2-201ENST00000298375 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
SKA3Q8IX90 MSANTD3-203ENST00000395067 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
SKA3Q8IX90 RASSF7-201ENST00000397582 1731 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.66■■□□□ 1.54
SKA3Q8IX90 NFKBIA-209ENST00000557389 1537 ntTSL 2 BASIC24.66■■□□□ 1.54
SKA3Q8IX90 SERINC2-201ENST00000373709 1997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.54
SKA3Q8IX90 HRH3-201ENST00000317393 1419 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.54
SKA3Q8IX90 FEZF2-202ENST00000475839 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
SKA3Q8IX90 EBPL-203ENST00000378270 579 ntTSL 2 BASIC24.61■■□□□ 1.53
SKA3Q8IX90 ANAPC11-203ENST00000392376 687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
SKA3Q8IX90 SIAH1-203ENST00000394725 2147 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
SKA3Q8IX90 SCARA3-202ENST00000337221 1910 ntTSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
SKA3Q8IX90 FAM89A-201ENST00000366654 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
SKA3Q8IX90 CMAS-201ENST00000229329 1787 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
SKA3Q8IX90 KCTD17-209ENST00000610767 1502 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC24.52■■□□□ 1.52
SKA3Q8IX90 POU3F1-201ENST00000373012 2184 ntAPPRIS P1 BASIC24.52■■□□□ 1.52
SKA3Q8IX90 GGA1-204ENST00000381756 2107 ntTSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
SKA3Q8IX90 MPST-201ENST00000341116 1504 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.51■■□□□ 1.51
SKA3Q8IX90 SSBP4-206ENST00000599699 793 ntTSL 2 BASIC24.51■■□□□ 1.51
SKA3Q8IX90 CCZ1-201ENST00000325974 1802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
SKA3Q8IX90 CSPG5-205ENST00000610462 2073 ntTSL 5 BASIC24.49■■□□□ 1.51
SKA3Q8IX90 MTCP1-202ENST00000369476 2274 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.49■■□□□ 1.51
SKA3Q8IX90 VPS37D-201ENST00000324941 1624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
SKA3Q8IX90 LINC01578-204ENST00000554894 556 ntTSL 3 BASIC24.47■■□□□ 1.51
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30.7 ms