Protein–RNA interactions for Protein: P0DPA3

SNHG28, Putative uncharacterized protein SNHG28, humanhuman

Predictions only

Length 235 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SNHG28P0DPA3 PLPP2-203ENST00000434325 1383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.76■■■■□ 3
SNHG28P0DPA3 NKX1-1-201ENST00000422806 1236 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC33.76■■■□□ 2.99
SNHG28P0DPA3 RAB43-207ENST00000476465 1627 ntTSL 3 BASIC33.75■■■□□ 2.99
SNHG28P0DPA3 LINC01578-203ENST00000554669 578 ntTSL 5 BASIC33.75■■■□□ 2.99
SNHG28P0DPA3 MBD2-202ENST00000398398 1237 ntTSL 2 BASIC33.69■■■□□ 2.98
SNHG28P0DPA3 MBD2-205ENST00000583046 1182 ntTSL 1 (best) BASIC33.69■■■□□ 2.98
SNHG28P0DPA3 NT5M-201ENST00000389022 1617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.68■■■□□ 2.98
SNHG28P0DPA3 AP001107.7-201ENST00000533287 272 ntTSL 2 BASIC33.68■■■□□ 2.98
SNHG28P0DPA3 B4GALT2-203ENST00000372324 2203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.67■■■□□ 2.98
SNHG28P0DPA3 SAP30-201ENST00000296504 1108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.64■■■□□ 2.98
SNHG28P0DPA3 AL355297.4-201ENST00000603191 1249 ntTSL 3 BASIC33.64■■■□□ 2.98
SNHG28P0DPA3 TPRG1L-201ENST00000344579 2189 ntTSL 1 (best) BASIC33.61■■■□□ 2.97
SNHG28P0DPA3 AC145285.7-201ENST00000614819 1539 ntBASIC33.6■■■□□ 2.97
SNHG28P0DPA3 MAPK3-201ENST00000263025 1861 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC33.59■■■□□ 2.97
SNHG28P0DPA3 AL031258.1-201ENST00000623562 325 ntBASIC33.59■■■□□ 2.97
SNHG28P0DPA3 SH3GL1-202ENST00000417295 1404 ntTSL 2 BASIC33.58■■■□□ 2.97
SNHG28P0DPA3 RNF126-201ENST00000292363 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.56■■■□□ 2.96
SNHG28P0DPA3 MAP6D1-202ENST00000431348 890 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC33.56■■■□□ 2.96
SNHG28P0DPA3 LY6K-202ENST00000518841 855 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC33.55■■■□□ 2.96
SNHG28P0DPA3 HAGHL-204ENST00000549114 1820 ntTSL 5 BASIC33.55■■■□□ 2.96
SNHG28P0DPA3 INO80B-WBP1-202ENST00000452361 2040 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC33.55■■■□□ 2.96
SNHG28P0DPA3 BRF1-213ENST00000548421 1452 ntTSL 1 (best) BASIC33.51■■■□□ 2.96
SNHG28P0DPA3 COPS6-201ENST00000303904 1432 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC33.51■■■□□ 2.95
SNHG28P0DPA3 MSANTD3-203ENST00000395067 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.5■■■□□ 2.95
SNHG28P0DPA3 CTDNEP1-208ENST00000573600 1724 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC33.5■■■□□ 2.95
SNHG28P0DPA3 CD151-202ENST00000397420 1648 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC33.49■■■□□ 2.95
SNHG28P0DPA3 HRH3-201ENST00000317393 1419 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.47■■■□□ 2.95
SNHG28P0DPA3 AGAP1-204ENST00000409457 2165 ntTSL 1 (best) BASIC33.47■■■□□ 2.95
SNHG28P0DPA3 CRIP2-201ENST00000329146 1857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.46■■■□□ 2.95
SNHG28P0DPA3 ARRDC1-201ENST00000371421 1586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.46■■■□□ 2.95
SNHG28P0DPA3 FBXO2-201ENST00000354287 1560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.45■■■□□ 2.95
SNHG28P0DPA3 FOXD1-202ENST00000615637 2272 ntAPPRIS P1 BASIC33.44■■■□□ 2.94
SNHG28P0DPA3 HMGB1-205ENST00000399494 1282 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC33.43■■■□□ 2.94
SNHG28P0DPA3 PPP1CC-202ENST00000340766 1472 ntTSL 2 BASIC33.42■■■□□ 2.94
SNHG28P0DPA3 KHSRP-213ENST00000619396 2226 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC33.41■■■□□ 2.94
SNHG28P0DPA3 ANAPC11-203ENST00000392376 687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.39■■■□□ 2.94
SNHG28P0DPA3 PPP1R1A-201ENST00000257905 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.29■■■□□ 2.92
SNHG28P0DPA3 AL360182.2-201ENST00000451656 470 ntTSL 3 BASIC33.27■■■□□ 2.92
SNHG28P0DPA3 PCYT2-205ENST00000570391 1857 ntTSL 2 BASIC33.27■■■□□ 2.92
SNHG28P0DPA3 KIAA2013-203ENST00000616327 2170 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC33.26■■■□□ 2.91
SNHG28P0DPA3 EBPL-203ENST00000378270 579 ntTSL 2 BASIC33.23■■■□□ 2.91
SNHG28P0DPA3 CBX4-202ENST00000448310 718 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC33.23■■■□□ 2.91
SNHG28P0DPA3 LINC01578-204ENST00000554894 556 ntTSL 3 BASIC33.21■■■□□ 2.91
SNHG28P0DPA3 LINC01578-207ENST00000556895 802 ntTSL 2 BASIC33.21■■■□□ 2.91
SNHG28P0DPA3 SLC25A10-203ENST00000545862 1911 ntTSL 1 (best) BASIC33.13■■■□□ 2.89
SNHG28P0DPA3 NRGN-202ENST00000412681 1106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.13■■■□□ 2.89
SNHG28P0DPA3 LINC01089-207ENST00000538335 630 ntTSL 3 BASIC33.13■■■□□ 2.89
SNHG28P0DPA3 SFRP5-201ENST00000266066 1836 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.13■■■□□ 2.89
SNHG28P0DPA3 ADRA2C-201ENST00000330055 2129 ntAPPRIS P1 BASIC33.12■■■□□ 2.89
SNHG28P0DPA3 C11orf63-202ENST00000307257 1964 ntTSL 2 BASIC33.12■■■□□ 2.89
SNHG28P0DPA3 ARTN-202ENST00000372359 1921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.12■■■□□ 2.89
SNHG28P0DPA3 CSNK1E-205ENST00000405675 2127 ntTSL 5 BASIC33.1■■■□□ 2.89
SNHG28P0DPA3 HNRNPAB-207ENST00000514633 1571 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC33.09■■■□□ 2.89
SNHG28P0DPA3 NRTN-201ENST00000303212 1109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.07■■■□□ 2.88
SNHG28P0DPA3 B4GALT7-201ENST00000029410 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.07■■■□□ 2.88
SNHG28P0DPA3 GRASP-206ENST00000552049 1688 ntTSL 1 (best) BASIC33.05■■■□□ 2.88
SNHG28P0DPA3 LTB4R2-204ENST00000533293 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.03■■■□□ 2.88
SNHG28P0DPA3 SSBP4-206ENST00000599699 793 ntTSL 2 BASIC33.02■■■□□ 2.88
SNHG28P0DPA3 MVK-208ENST00000539696 608 ntTSL 5 BASIC33.01■■■□□ 2.87
SNHG28P0DPA3 FAM89A-201ENST00000366654 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33■■■□□ 2.87
SNHG28P0DPA3 CDK2AP1-203ENST00000535979 1281 ntTSL 3 BASIC32.99■■■□□ 2.87
SNHG28P0DPA3 MAPK1-202ENST00000398822 1487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.99■■■□□ 2.87
SNHG28P0DPA3 ADNP-AS1-201ENST00000558899 927 ntTSL 3 BASIC32.93■■■□□ 2.86
SNHG28P0DPA3 ECI1-201ENST00000301729 1541 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC32.92■■■□□ 2.86
SNHG28P0DPA3 RASSF7-201ENST00000397582 1731 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC32.92■■■□□ 2.86
SNHG28P0DPA3 GIPC1-202ENST00000393028 1483 ntTSL 3 BASIC32.92■■■□□ 2.86
SNHG28P0DPA3 GNB5-202ENST00000358784 1735 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC32.9■■■□□ 2.86
SNHG28P0DPA3 CYP26C1-201ENST00000285949 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.88■■■□□ 2.85
SNHG28P0DPA3 ANXA5-201ENST00000296511 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.86■■■□□ 2.85
SNHG28P0DPA3 MSX2-202ENST00000507785 1188 ntTSL 2 BASIC32.85■■■□□ 2.85
SNHG28P0DPA3 LFNG-203ENST00000359574 1377 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC32.81■■■□□ 2.84
SNHG28P0DPA3 INAFM1-201ENST00000552360 1255 ntAPPRIS P1 BASIC32.8■■■□□ 2.84
SNHG28P0DPA3 AC068152.1-207ENST00000573341 647 ntTSL 2 BASIC32.8■■■□□ 2.84
SNHG28P0DPA3 HOXB3-211ENST00000490677 1109 ntTSL 1 (best) BASIC32.78■■■□□ 2.84
SNHG28P0DPA3 AKR1E2-201ENST00000298375 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.74■■■□□ 2.83
SNHG28P0DPA3 ARTN-204ENST00000438616 889 ntTSL 1 (best) BASIC32.73■■■□□ 2.83
SNHG28P0DPA3 AC025431.1-201ENST00000559684 874 ntTSL 3 BASIC32.73■■■□□ 2.83
SNHG28P0DPA3 RARRES2P7-201ENST00000567349 469 ntBASIC32.71■■■□□ 2.83
SNHG28P0DPA3 KLF16-203ENST00000592313 508 ntTSL 3 BASIC32.71■■■□□ 2.83
SNHG28P0DPA3 NFKBIA-209ENST00000557389 1537 ntTSL 2 BASIC32.7■■■□□ 2.83
SNHG28P0DPA3 CTDNEP1-210ENST00000574322 1708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.69■■■□□ 2.82
SNHG28P0DPA3 KCTD17-209ENST00000610767 1502 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC32.69■■■□□ 2.82
SNHG28P0DPA3 AC009133.5-201ENST00000562594 473 ntTSL 4 BASIC32.65■■■□□ 2.82
SNHG28P0DPA3 CATIP-201ENST00000289388 1323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.65■■■□□ 2.82
SNHG28P0DPA3 RSG1-201ENST00000375599 1545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.65■■■□□ 2.82
SNHG28P0DPA3 CMAS-201ENST00000229329 1787 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.65■■■□□ 2.82
SNHG28P0DPA3 AC079305.1-201ENST00000428541 499 ntTSL 3 BASIC32.64■■■□□ 2.82
SNHG28P0DPA3 DPP6-204ENST00000406326 2012 ntTSL 1 (best) BASIC32.63■■■□□ 2.81
SNHG28P0DPA3 UBALD2-203ENST00000589240 660 ntTSL 2 BASIC32.61■■■□□ 2.81
SNHG28P0DPA3 NADK2-202ENST00000381937 2243 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC32.61■■■□□ 2.81
SNHG28P0DPA3 GRK2-204ENST00000526285 1458 ntTSL 5 BASIC32.59■■■□□ 2.81
SNHG28P0DPA3 IL1R1-201ENST00000409288 1735 ntTSL 5 BASIC32.56■■■□□ 2.8
SNHG28P0DPA3 MPST-201ENST00000341116 1504 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC32.56■■■□□ 2.8
SNHG28P0DPA3 KCNK1-202ENST00000366621 2161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.54■■■□□ 2.8
SNHG28P0DPA3 SETD8P1-201ENST00000623146 1180 ntBASIC32.54■■■□□ 2.8
SNHG28P0DPA3 SDCCAG3-202ENST00000357365 2304 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC32.53■■■□□ 2.8
SNHG28P0DPA3 MZT2B-202ENST00000409255 769 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC32.53■■■□□ 2.8
SNHG28P0DPA3 SSBP3-204ENST00000371320 2077 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC32.53■■■□□ 2.8
SNHG28P0DPA3 IL13RA1-201ENST00000371642 1096 ntTSL 1 (best) BASIC32.5■■■□□ 2.79
SNHG28P0DPA3 TXN-202ENST00000374517 869 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.5■■■□□ 2.79
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 14.2 ms