Protein–RNA interactions for Protein: Q12874

SF3A3, Splicing factor 3A subunit 3, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 501 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3A3Q12874 TBC1D14-207ENST00000448507 4887 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC11.23□□□□□ -0.613e-8■■■■■ 54.4
SF3A3Q12874 GSDMB-209ENST00000479136 2209 ntTSL 1 (best)11.14□□□□□ -0.633e-8■■■■■ 54.4
SF3A3Q12874 WNK2-211ENST00000464625 557 ntTSL 411.11□□□□□ -0.633e-8■■■■■ 54.4
SF3A3Q12874 GSDMB-205ENST00000418519 1597 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC11.07□□□□□ -0.643e-8■■■■■ 54.4
SF3A3Q12874 RECQL5-213ENST00000581825 793 ntTSL 311.05□□□□□ -0.643e-8■■■■■ 54.4
SF3A3Q12874 AC005726.2-202ENST00000531839 1033 ntAPPRIS P5 TSL 210.96□□□□□ -0.653e-8■■■■■ 54.4
SF3A3Q12874 CLPTM1L-210ENST00000508765 631 ntTSL 310.95□□□□□ -0.663e-8■■■■■ 54.4
SF3A3Q12874 IRF2-202ENST00000502750 339 ntTSL 310.88□□□□□ -0.673e-8■■■■■ 54.4
SF3A3Q12874 CLTCL1-202ENST00000427926 5513 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC10.66□□□□□ -0.73e-8■■■■■ 54.4
SF3A3Q12874 REC8-203ENST00000558381 405 ntTSL 210.55□□□□□ -0.723e-8■■■■■ 54.4
SF3A3Q12874 TPT1-203ENST00000379056 1101 ntTSL 1 (best) BASIC10.49□□□□□ -0.733e-8■■■■■ 54.4
SF3A3Q12874 GSDMB-208ENST00000477054 4655 ntTSL 510.48□□□□□ -0.733e-8■■■■■ 54.4
SF3A3Q12874 CLTCL1-211ENST00000621271 5313 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC10.46□□□□□ -0.733e-8■■■■■ 54.4
SF3A3Q12874 DHPS-209ENST00000595844 909 ntTSL 210.41□□□□□ -0.743e-8■■■■■ 54.4
SF3A3Q12874 CLPTM1L-206ENST00000505914 519 ntTSL 310.34□□□□□ -0.753e-8■■■■■ 54.4
SF3A3Q12874 TPT1-201ENST00000309246 1008 ntTSL 1 (best) BASIC10.28□□□□□ -0.763e-8■■■■■ 54.4
SF3A3Q12874 SLC28A1-202ENST00000338602 1360 ntTSL 1 (best) BASIC10.19□□□□□ -0.783e-8■■■■■ 54.4
SF3A3Q12874 RUVBL2-212ENST00000627972 1065 ntTSL 5 BASIC10.14□□□□□ -0.791e-10■■■■■ 54.4
SF3A3Q12874 IRF2-201ENST00000393593 2303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC9.93□□□□□ -0.823e-8■■■■■ 54.4
SF3A3Q12874 CLTCL1-208ENST00000615606 4994 ntTSL 1 (best)9.9□□□□□ -0.823e-8■■■■■ 54.4
SF3A3Q12874 GALNS-210ENST00000567779 546 ntTSL 39.9□□□□□ -0.823e-8■■■■■ 54.4
SF3A3Q12874 KDM2B-206ENST00000538046 2301 ntTSL 1 (best) BASIC9.9□□□□□ -0.823e-8■■■■■ 54.4
SF3A3Q12874 KDM2B-212ENST00000541318 600 ntTSL 49.89□□□□□ -0.833e-8■■■■■ 54.4
SF3A3Q12874 FOXRED1-211ENST00000531257 800 ntTSL 39.78□□□□□ -0.843e-8■■■■■ 54.4
SF3A3Q12874 SPAG5-207ENST00000580083 978 ntTSL 39.4□□□□□ -0.93e-8■■■■■ 54.4
SF3A3Q12874 GSDMB-203ENST00000394175 1626 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC9.29□□□□□ -0.923e-8■■■■■ 54.4
SF3A3Q12874 HDAC10-220ENST00000497952 976 ntTSL 59.25□□□□□ -0.933e-8■■■■■ 54.4
SF3A3Q12874 POGZ-201ENST00000271715 6626 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC9.19□□□□□ -0.943e-8■■■■■ 54.4
SF3A3Q12874 CLPTM1L-205ENST00000505605 386 ntTSL 29.16□□□□□ -0.943e-8■■■■■ 54.4
SF3A3Q12874 LENG8-207ENST00000462541 456 ntTSL 29.09□□□□□ -0.953e-8■■■■■ 54.4
SF3A3Q12874 LENG8-204ENST00000436479 320 ntTSL 58.99□□□□□ -0.973e-8■■■■■ 54.4
SF3A3Q12874 DHPS-217ENST00000600451 498 ntTSL 38.95□□□□□ -0.983e-8■■■■■ 54.4
SF3A3Q12874 IRF2-204ENST00000505067 586 ntTSL 38.9□□□□□ -0.983e-8■■■■■ 54.4
SF3A3Q12874 FHL3-204ENST00000483132 607 ntTSL 28.79□□□□□ -13e-8■■■■■ 54.4
SF3A3Q12874 POGZ-203ENST00000368863 6054 ntTSL 1 (best) BASIC8.77□□□□□ -1.013e-8■■■■■ 54.4
SF3A3Q12874 TBC1D14-204ENST00000439515 602 ntTSL 58.76□□□□□ -1.013e-8■■■■■ 54.4
SF3A3Q12874 CLPTM1L-208ENST00000507195 628 ntTSL 58.74□□□□□ -1.013e-8■■■■■ 54.4
SF3A3Q12874 POGZ-205ENST00000409503 4813 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC8.73□□□□□ -1.013e-8■■■■■ 54.4
SF3A3Q12874 FOXRED1-216ENST00000533839 559 ntTSL 48.41□□□□□ -1.063e-8■■■■■ 54.4
SF3A3Q12874 DHPS-215ENST00000598850 677 ntTSL 58.35□□□□□ -1.073e-8■■■■■ 54.4
SF3A3Q12874 KDM2B-208ENST00000538379 574 ntTSL 48.09□□□□□ -1.113e-8■■■■■ 54.4
SF3A3Q12874 GSDMB-204ENST00000394179 1427 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC7.86□□□□□ -1.153e-8■■■■■ 54.4
SF3A3Q12874 CLPTM1L-204ENST00000503534 742 ntTSL 27.73□□□□□ -1.173e-8■■■■■ 54.4
SF3A3Q12874 TPT1-207ENST00000490277 1851 ntTSL 27.69□□□□□ -1.183e-8■■■■■ 54.4
SF3A3Q12874 GSDMB-202ENST00000360317 1468 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC7.66□□□□□ -1.183e-8■■■■■ 54.4
SF3A3Q12874 POGZ-204ENST00000392723 6152 ntTSL 1 (best) BASIC7.44□□□□□ -1.223e-8■■■■■ 54.4
SF3A3Q12874 DHPS-211ENST00000596162 595 ntTSL 37.29□□□□□ -1.243e-8■■■■■ 54.4
SF3A3Q12874 POGZ-218ENST00000531094 4415 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC7.17□□□□□ -1.263e-8■■■■■ 54.4
SF3A3Q12874 ANKMY1-223ENST00000489677 292 ntTSL 56.97□□□□□ -1.293e-8■■■■■ 54.4
SF3A3Q12874 GSDMB-214ENST00000523371 1127 ntTSL 26.95□□□□□ -1.33e-8■■■■■ 54.4
SF3A3Q12874 GSDMB-215ENST00000524039 1100 ntTSL 26.95□□□□□ -1.33e-8■■■■■ 54.4
SF3A3Q12874 GSDMB-213ENST00000522564 958 ntTSL 26.95□□□□□ -1.33e-8■■■■■ 54.4
SF3A3Q12874 KDM2B-218ENST00000545022 544 ntTSL 46.68□□□□□ -1.343e-8■■■■■ 54.4
SF3A3Q12874 POGZ-202ENST00000358476 6459 ntTSL 26.68□□□□□ -1.343e-8■■■■■ 54.4
SF3A3Q12874 POGZ-213ENST00000491586 4130 ntTSL 5 BASIC6.53□□□□□ -1.363e-8■■■■■ 54.4
SF3A3Q12874 SLC7A9-206ENST00000592232 1030 ntTSL 1 (best)6.29□□□□□ -1.43e-8■■■■■ 54.4
SF3A3Q12874 SPAG5-216ENST00000584206 715 ntTSL 46.24□□□□□ -1.413e-8■■■■■ 54.4
SF3A3Q12874 GSDMB-211ENST00000519429 616 ntTSL 56.07□□□□□ -1.443e-8■■■■■ 54.4
SF3A3Q12874 TPT1-204ENST00000379060 764 ntTSL 5 BASIC5.78□□□□□ -1.483e-8■■■■■ 54.4
SF3A3Q12874 POGZ-214ENST00000492528 508 ntTSL 25.54□□□□□ -1.523e-8■■■■■ 54.4
SF3A3Q12874 POGZ-217ENST00000529669 949 ntTSL 55.39□□□□□ -1.553e-8■■■■■ 54.4
SF3A3Q12874 PGK1-202ENST00000474281 307 ntTSL 1 (best)4.69□□□□□ -1.661e-22■■■■■ 54.4
SF3A3Q12874 GSDMB-207ENST00000468820 369 ntTSL 54.16□□□□□ -1.743e-8■■■■■ 54.4
SF3A3Q12874 BRWD1-206ENST00000424441 1356 ntTSL 1 (best)3.93□□□□□ -1.783e-8■■■■■ 54.4
SF3A3Q12874 BRWD1-210ENST00000446924 4990 ntTSL 23.23□□□□□ -1.893e-8■■■■■ 54.4
SF3A3Q12874 KDM3A-207ENST00000462197 448 ntTSL 31.75□□□□□ -2.133e-8■■■■■ 54.4
SF3A3Q12874 RAP1GAP-204ENST00000374761 3318 ntTSL 5 BASIC20.6■□□□□ 0.892e-6■■■■■ 54.2
SF3A3Q12874 CPT1B-211ENST00000476790 563 ntTSL 314.73□□□□□ -0.055e-7■■■■■ 54.2
SF3A3Q12874 RAP1GAP-205ENST00000374763 3334 ntTSL 1 (best) BASIC13.1□□□□□ -0.312e-6■■■■■ 54.2
SF3A3Q12874 CLK3-206ENST00000562078 2455 ntTSL 214.58□□□□□ -0.072e-6■■■■■ 54.1
SF3A3Q12874 CLK3-213ENST00000563842 860 ntTSL 511.92□□□□□ -0.52e-6■■■■■ 54.1
SF3A3Q12874 MAU2-207ENST00000587638 1111 ntTSL 210.81□□□□□ -0.687e-8■■■■■ 54
SF3A3Q12874 MCF2L-221ENST00000469415 3027 ntTSL 1 (best)19.39■□□□□ 0.698e-9■■■■■ 53.8
SF3A3Q12874 MCF2L-212ENST00000420013 566 ntTSL 417.54■□□□□ 0.48e-9■■■■■ 53.8
SF3A3Q12874 TK1-206ENST00000592126 631 ntTSL 318.25■□□□□ 0.512e-26■■■■■ 53.6
SF3A3Q12874 TK1-204ENST00000590430 683 ntTSL 3 BASIC17.18■□□□□ 0.342e-26■■■■■ 53.6
SF3A3Q12874 TK1-205ENST00000590862 642 ntTSL 3 BASIC17.01■□□□□ 0.312e-26■■■■■ 53.6
SF3A3Q12874 TK1-202ENST00000586613 631 ntTSL 315.29■□□□□ 0.042e-26■■■■■ 53.6
SF3A3Q12874 TK1-203ENST00000588734 1681 ntTSL 2 BASIC14.96□□□□□ -0.012e-26■■■■■ 53.6
SF3A3Q12874 TK1-201ENST00000301634 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.41□□□□□ -0.12e-26■■■■■ 53.6
SF3A3Q12874 RNU2-22P-201ENST00000411266 212 ntBASIC5.65□□□□□ -1.55e-7■■■■■ 53.5
SF3A3Q12874 AC017104.5-201ENST00000637647 639 ntBASIC5.12□□□□□ -1.595e-7■■■■■ 53.5
SF3A3Q12874 PRMT5-225ENST00000557415 584 ntTSL 219.24■□□□□ 0.672e-11■■■■■ 53.4
SF3A3Q12874 PRMT5-216ENST00000554867 555 ntTSL 218.75■□□□□ 0.592e-11■■■■■ 53.4
SF3A3Q12874 PRMT5-211ENST00000553641 800 ntTSL 311.33□□□□□ -0.62e-11■■■■■ 53.4
SF3A3Q12874 PRMT5-217ENST00000554910 577 ntTSL 49.02□□□□□ -0.972e-11■■■■■ 53.4
SF3A3Q12874 PRMT5-223ENST00000556616 571 ntTSL 47.26□□□□□ -1.252e-11■■■■■ 53.4
SF3A3Q12874 CCNL1-207ENST00000465947 793 ntTSL 516.23■□□□□ 0.191e-11■■■■■ 53.2
SF3A3Q12874 CCNL1-222ENST00000479596 883 ntTSL 313.11□□□□□ -0.311e-11■■■■■ 53.2
SF3A3Q12874 CCNL1-209ENST00000467081 564 ntTSL 36.28□□□□□ -1.41e-11■■■■■ 53.2
SF3A3Q12874 CCNL1-220ENST00000478454 580 ntTSL 44.45□□□□□ -1.71e-11■■■■■ 53.2
SF3A3Q12874 CCNL1-205ENST00000464575 505 ntTSL 44.2□□□□□ -1.741e-11■■■■■ 53.2
SF3A3Q12874 ANKLE2-201ENST00000357997 4646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.342e-6■■■■■ 53.1
SF3A3Q12874 ANKLE2-207ENST00000539605 10890 ntTSL 1 (best)15.98■□□□□ 0.152e-6■■■■■ 53.1
SF3A3Q12874 MYRF-205ENST00000537318 1844 ntTSL 217.47■□□□□ 0.395e-10■■■■■ 53.1
SF3A3Q12874 MYRF-204ENST00000536352 1067 ntTSL 516.27■□□□□ 0.25e-10■■■■■ 53.1
SF3A3Q12874 LPCAT1-206ENST00000514484 756 ntTSL 316.82■□□□□ 0.284e-10■■■■■ 52.9
SF3A3Q12874 LPCAT1-205ENST00000513757 547 ntTSL 47.89□□□□□ -1.154e-10■■■■■ 52.9
SF3A3Q12874 FN1-221ENST00000480737 384 ntTSL 23.28□□□□□ -1.889e-32■■■■■ 52.8
SF3A3Q12874 HIP1R-204ENST00000535831 3078 ntTSL 217.16■□□□□ 0.342e-12■■■■■ 52.8
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