Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y5I3

PCDHA1, Protocadherin alpha-1, humanhuman

Predictions only

Length 950 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PCDHA1Q9Y5I3 FBLL1-201ENST00000338333 1519 ntAPPRIS P1 BASIC39.65■■■■□ 3.94
PCDHA1Q9Y5I3 TCF15-201ENST00000246080 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.79■■■■□ 3.8
PCDHA1Q9Y5I3 PPP1CA-203ENST00000376745 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.45■■■■□ 3.75
PCDHA1Q9Y5I3 CSNK1E-204ENST00000403904 1580 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC38.44■■■■□ 3.74
PCDHA1Q9Y5I3 AL356512.1-201ENST00000607453 1739 ntBASIC38.38■■■■□ 3.74
PCDHA1Q9Y5I3 AES-202ENST00000327141 1608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.37■■■■□ 3.73
PCDHA1Q9Y5I3 SSSCA1-205ENST00000527920 806 ntTSL 3 BASIC38.36■■■■□ 3.73
PCDHA1Q9Y5I3 HRAS-203ENST00000397596 1100 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC37.67■■■■□ 3.62
PCDHA1Q9Y5I3 HES6-203ENST00000409160 1600 ntTSL 2 BASIC37.55■■■■□ 3.6
PCDHA1Q9Y5I3 PHF10-201ENST00000339209 1719 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC37.37■■■■□ 3.57
PCDHA1Q9Y5I3 PRR5-217ENST00000617066 1726 ntTSL 5 BASIC37.25■■■■□ 3.55
PCDHA1Q9Y5I3 ZFYVE21-201ENST00000216602 1521 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC37.02■■■■□ 3.52
PCDHA1Q9Y5I3 PRR5-216ENST00000611394 1843 ntTSL 2 BASIC36.97■■■■□ 3.51
PCDHA1Q9Y5I3 OLFM1-208ENST00000392991 1057 ntTSL 2 BASIC36.88■■■■□ 3.49
PCDHA1Q9Y5I3 ANKRD60-201ENST00000457363 1038 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC36.88■■■■□ 3.49
PCDHA1Q9Y5I3 PTF1A-201ENST00000376504 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.72■■■■□ 3.47
PCDHA1Q9Y5I3 TAF5L-202ENST00000366674 492 ntTSL 3 BASIC36.71■■■■□ 3.47
PCDHA1Q9Y5I3 SEPT3-204ENST00000406029 1866 ntTSL 5 BASIC36.67■■■■□ 3.46
PCDHA1Q9Y5I3 MPND-201ENST00000262966 1567 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC36.61■■■■□ 3.45
PCDHA1Q9Y5I3 PPP2CB-204ENST00000518564 691 ntTSL 3 BASIC36.6■■■■□ 3.45
PCDHA1Q9Y5I3 GIPC1-205ENST00000586027 1386 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC36.33■■■■□ 3.41
PCDHA1Q9Y5I3 CDV3-203ENST00000431519 955 ntTSL 1 (best) BASIC35.94■■■■□ 3.34
PCDHA1Q9Y5I3 CACNG8-202ENST00000638874 1278 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC35.94■■■■□ 3.34
PCDHA1Q9Y5I3 GALR3-201ENST00000249041 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.89■■■■□ 3.34
PCDHA1Q9Y5I3 NECTIN3-201ENST00000319792 1549 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC35.85■■■■□ 3.33
PCDHA1Q9Y5I3 SLC25A28-201ENST00000370495 1451 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.82■■■■□ 3.32
PCDHA1Q9Y5I3 CMTM4-202ENST00000394106 1187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.7■■■■□ 3.31
PCDHA1Q9Y5I3 CMTM4-204ENST00000563952 1023 ntTSL 1 (best) BASIC35.7■■■■□ 3.31
PCDHA1Q9Y5I3 NT5DC2-203ENST00000459839 1639 ntTSL 1 (best) BASIC35.66■■■■□ 3.3
PCDHA1Q9Y5I3 INO80B-201ENST00000233331 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.59■■■■□ 3.29
PCDHA1Q9Y5I3 CAPNS1-206ENST00000588815 1471 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC35.58■■■■□ 3.29
PCDHA1Q9Y5I3 AL357033.3-201ENST00000620143 614 ntTSL 3 BASIC35.55■■■■□ 3.28
PCDHA1Q9Y5I3 INO80B-203ENST00000409917 796 ntTSL 2 BASIC35.44■■■■□ 3.26
PCDHA1Q9Y5I3 CSNK1E-206ENST00000413574 1631 ntTSL 5 BASIC35.39■■■■□ 3.26
PCDHA1Q9Y5I3 FAM89B-203ENST00000530349 1263 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC35.36■■■■□ 3.25
PCDHA1Q9Y5I3 FAM149A-205ENST00000502970 1990 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC35.3■■■■□ 3.24
PCDHA1Q9Y5I3 UBE2M-201ENST00000253023 1508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.3■■■■□ 3.24
PCDHA1Q9Y5I3 CYHR1-209ENST00000530374 1870 ntTSL 3 BASIC35.25■■■■□ 3.23
PCDHA1Q9Y5I3 ALYREF-202ENST00000505490 1088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.1■■■■□ 3.21
PCDHA1Q9Y5I3 NKAIN4-203ENST00000370316 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.05■■■■□ 3.2
PCDHA1Q9Y5I3 METRNL-201ENST00000320095 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.03■■■■□ 3.2
PCDHA1Q9Y5I3 C11orf68-202ENST00000449692 1559 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC35.02■■■■□ 3.2
PCDHA1Q9Y5I3 FAM149A-215ENST00000514153 2070 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC35.02■■■■□ 3.2
PCDHA1Q9Y5I3 AC015813.7-201ENST00000623294 581 ntBASIC35■■■■□ 3.19
PCDHA1Q9Y5I3 ZNF358-202ENST00000597229 1954 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC35■■■■□ 3.19
PCDHA1Q9Y5I3 MPND-207ENST00000599840 1611 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC34.91■■■■□ 3.18
PCDHA1Q9Y5I3 AC116565.1-201ENST00000610212 2421 ntAPPRIS P1 BASIC34.9■■■■□ 3.18
PCDHA1Q9Y5I3 CCM2-219ENST00000544363 1620 ntTSL 3 BASIC34.86■■■■□ 3.17
PCDHA1Q9Y5I3 CYBA-201ENST00000261623 797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.8■■■■□ 3.16
PCDHA1Q9Y5I3 AC008738.5-201ENST00000587312 482 ntTSL 3 BASIC34.75■■■■□ 3.15
PCDHA1Q9Y5I3 SATB1-AS1-216ENST00000598149 1119 ntTSL 2 BASIC34.74■■■■□ 3.15
PCDHA1Q9Y5I3 AC006077.2-201ENST00000623591 457 ntBASIC34.64■■■■□ 3.14
PCDHA1Q9Y5I3 NT5DC2-202ENST00000422318 1795 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC34.61■■■■□ 3.13
PCDHA1Q9Y5I3 NT5M-207ENST00000616989 1635 ntTSL 1 (best) BASIC34.58■■■■□ 3.13
PCDHA1Q9Y5I3 HAGHL-201ENST00000341413 1701 ntTSL 2 BASIC34.55■■■■□ 3.12
PCDHA1Q9Y5I3 PWWP2B-202ENST00000631148 2013 ntTSL 5 BASIC34.54■■■■□ 3.12
PCDHA1Q9Y5I3 ZNRF2P1-201ENST00000441407 443 ntBASIC34.5■■■■□ 3.11
PCDHA1Q9Y5I3 TRIP10-202ENST00000313285 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.48■■■■□ 3.11
PCDHA1Q9Y5I3 FAM89B-202ENST00000449319 1337 ntTSL 1 (best) BASIC34.43■■■■□ 3.1
PCDHA1Q9Y5I3 MAF-203ENST00000569649 1217 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC34.39■■■■□ 3.1
PCDHA1Q9Y5I3 RAB12-201ENST00000329286 2137 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.38■■■■□ 3.09
PCDHA1Q9Y5I3 RAN-202ENST00000392369 1530 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.38■■■■□ 3.09
PCDHA1Q9Y5I3 PRELID2-202ENST00000394450 1102 ntTSL 1 (best) BASIC34.28■■■■□ 3.08
PCDHA1Q9Y5I3 LIMCH1-211ENST00000509638 1570 ntTSL 1 (best) BASIC34.23■■■■□ 3.07
PCDHA1Q9Y5I3 HOXB3-208ENST00000476342 1420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.21■■■■□ 3.07
PCDHA1Q9Y5I3 AL136373.1-201ENST00000634804 1449 ntAPPRIS P1 BASIC34.18■■■■□ 3.06
PCDHA1Q9Y5I3 ECHS1-201ENST00000368547 1617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.11■■■■□ 3.05
PCDHA1Q9Y5I3 ILK-212ENST00000532063 1617 ntTSL 2 BASIC34.05■■■■□ 3.04
PCDHA1Q9Y5I3 CHCHD4-202ENST00000396914 1405 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.04■■■■□ 3.04
PCDHA1Q9Y5I3 ARTN-201ENST00000372354 1003 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.03■■■■□ 3.04
PCDHA1Q9Y5I3 C11orf84-201ENST00000294244 2024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.9■■■■□ 3.02
PCDHA1Q9Y5I3 AC079848.1-201ENST00000511301 327 ntTSL 3 BASIC33.87■■■■□ 3.01
PCDHA1Q9Y5I3 SYNGR1-202ENST00000318801 1361 ntTSL 1 (best) BASIC33.85■■■■□ 3.01
PCDHA1Q9Y5I3 FGF2-203ENST00000614010 867 ntTSL 1 (best) BASIC33.85■■■■□ 3.01
PCDHA1Q9Y5I3 HAPLN2-201ENST00000255039 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.85■■■■□ 3.01
PCDHA1Q9Y5I3 FEZF2-203ENST00000486811 2001 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC33.83■■■■□ 3.01
PCDHA1Q9Y5I3 PPP2CB-201ENST00000221138 2006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.74■■■□□ 2.99
PCDHA1Q9Y5I3 ANKRD65-203ENST00000454272 1506 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC33.74■■■□□ 2.99
PCDHA1Q9Y5I3 DRD4-201ENST00000176183 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.73■■■□□ 2.99
PCDHA1Q9Y5I3 AGTRAP-204ENST00000376637 1067 ntTSL 2 BASIC33.72■■■□□ 2.99
PCDHA1Q9Y5I3 AC005524.1-203ENST00000586528 451 ntTSL 3 BASIC33.68■■■□□ 2.98
PCDHA1Q9Y5I3 AP002365.1-201ENST00000603448 772 ntBASIC33.68■■■□□ 2.98
PCDHA1Q9Y5I3 FAM19A5-203ENST00000402357 1508 ntTSL 1 (best) BASIC33.68■■■□□ 2.98
PCDHA1Q9Y5I3 LINC01578-201ENST00000553829 732 ntTSL 2 BASIC33.65■■■□□ 2.98
PCDHA1Q9Y5I3 Z97634.1-201ENST00000412293 1715 ntTSL 1 (best) BASIC33.64■■■□□ 2.98
PCDHA1Q9Y5I3 ACOT7-209ENST00000545482 1804 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.63■■■□□ 2.97
PCDHA1Q9Y5I3 LMO2-202ENST00000395833 1687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.61■■■□□ 2.97
PCDHA1Q9Y5I3 NRGN-201ENST00000284292 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.61■■■□□ 2.97
PCDHA1Q9Y5I3 TGIF1-202ENST00000343820 2076 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.61■■■□□ 2.97
PCDHA1Q9Y5I3 CLEC3B-201ENST00000296130 936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.61■■■□□ 2.97
PCDHA1Q9Y5I3 FAM58A-202ENST00000440428 1164 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC33.56■■■□□ 2.96
PCDHA1Q9Y5I3 H2AFV-202ENST00000308153 752 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC33.55■■■□□ 2.96
PCDHA1Q9Y5I3 PQLC1-211ENST00000590381 1247 ntTSL 2 BASIC33.52■■■□□ 2.96
PCDHA1Q9Y5I3 PABPN1-201ENST00000216727 2001 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC33.48■■■□□ 2.95
PCDHA1Q9Y5I3 C11orf68-201ENST00000438576 1619 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC33.46■■■□□ 2.95
PCDHA1Q9Y5I3 NKX1-1-201ENST00000422806 1236 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC33.45■■■□□ 2.95
PCDHA1Q9Y5I3 GSTZ1-201ENST00000216465 1338 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC33.44■■■□□ 2.94
PCDHA1Q9Y5I3 MAPK3-202ENST00000322266 1743 ntTSL 5 BASIC33.42■■■□□ 2.94
PCDHA1Q9Y5I3 DYNLL1-207ENST00000549989 719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.41■■■□□ 2.94
PCDHA1Q9Y5I3 DYNLL1-208ENST00000550178 581 ntBASIC33.41■■■□□ 2.94
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 33.5 ms