Protein–RNA interactions for Protein: Q9UMD9

COL17A1, Collagen alpha-1(XVII) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 1,497 aa.

Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL17A1Q9UMD9 SSSCA1-205ENST00000527920 806 ntTSL 3 BASIC54.03■■■■■ 6.24
COL17A1Q9UMD9 HRAS-203ENST00000397596 1100 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC53.5■■■■■ 6.15
COL17A1Q9UMD9 FBLL1-201ENST00000338333 1519 ntAPPRIS P1 BASIC53.4■■■■■ 6.14
COL17A1Q9UMD9 PPP1CA-203ENST00000376745 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC52.36■■■■■ 5.97
COL17A1Q9UMD9 CACNG8-202ENST00000638874 1278 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC51.92■■■■■ 5.9
COL17A1Q9UMD9 ALYREF-202ENST00000505490 1088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC51.72■■■■■ 5.87
COL17A1Q9UMD9 CDV3-203ENST00000431519 955 ntTSL 1 (best) BASIC51.69■■■■■ 5.87
COL17A1Q9UMD9 AES-202ENST00000327141 1608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC51.55■■■■■ 5.84
COL17A1Q9UMD9 ANKRD60-201ENST00000457363 1038 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC51.54■■■■■ 5.84
COL17A1Q9UMD9 PPP2CB-204ENST00000518564 691 ntTSL 3 BASIC51.41■■■■■ 5.82
COL17A1Q9UMD9 TAF5L-202ENST00000366674 492 ntTSL 3 BASIC50.96■■■■■ 5.75
COL17A1Q9UMD9 GALR3-201ENST00000249041 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC50.89■■■■■ 5.74
COL17A1Q9UMD9 MAF-203ENST00000569649 1217 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC50.88■■■■■ 5.74
COL17A1Q9UMD9 CSNK1E-204ENST00000403904 1580 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC50.84■■■■■ 5.73
COL17A1Q9UMD9 OLFM1-208ENST00000392991 1057 ntTSL 2 BASIC50.81■■■■■ 5.72
COL17A1Q9UMD9 TCF15-201ENST00000246080 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC50.66■■■■■ 5.7
COL17A1Q9UMD9 CYBA-201ENST00000261623 797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC50.36■■■■■ 5.65
COL17A1Q9UMD9 AL356512.1-201ENST00000607453 1739 ntBASIC50.23■■■■■ 5.63
COL17A1Q9UMD9 MPND-201ENST00000262966 1567 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC49.93■■■■■ 5.58
COL17A1Q9UMD9 CMTM4-202ENST00000394106 1187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC49.92■■■■■ 5.58
COL17A1Q9UMD9 CMTM4-204ENST00000563952 1023 ntTSL 1 (best) BASIC49.92■■■■■ 5.58
COL17A1Q9UMD9 AL357033.3-201ENST00000620143 614 ntTSL 3 BASIC49.84■■■■■ 5.57
COL17A1Q9UMD9 ZNRF2P1-201ENST00000441407 443 ntBASIC49.71■■■■■ 5.55
COL17A1Q9UMD9 FAM89B-203ENST00000530349 1263 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC49.68■■■■■ 5.54
COL17A1Q9UMD9 INO80B-201ENST00000233331 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC49.64■■■■■ 5.54
COL17A1Q9UMD9 INO80B-203ENST00000409917 796 ntTSL 2 BASIC49.62■■■■■ 5.53
COL17A1Q9UMD9 ZFYVE21-201ENST00000216602 1521 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC49.59■■■■■ 5.53
COL17A1Q9UMD9 AC006077.2-201ENST00000623591 457 ntBASIC49.55■■■■■ 5.52
COL17A1Q9UMD9 ARTN-201ENST00000372354 1003 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC49.48■■■■■ 5.51
COL17A1Q9UMD9 AC008738.5-201ENST00000587312 482 ntTSL 3 BASIC49.34■■■■■ 5.49
COL17A1Q9UMD9 PHF10-201ENST00000339209 1719 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC49.09■■■■■ 5.45
COL17A1Q9UMD9 GIPC1-205ENST00000586027 1386 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC48.94■■■■■ 5.43
COL17A1Q9UMD9 PRELID2-202ENST00000394450 1102 ntTSL 1 (best) BASIC48.75■■■■■ 5.4
COL17A1Q9UMD9 SATB1-AS1-216ENST00000598149 1119 ntTSL 2 BASIC48.73■■■■■ 5.39
COL17A1Q9UMD9 AC015813.7-201ENST00000623294 581 ntBASIC48.67■■■■■ 5.38
COL17A1Q9UMD9 HMGB1-205ENST00000399494 1282 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC48.52■■■■■ 5.36
COL17A1Q9UMD9 AP002365.1-201ENST00000603448 772 ntBASIC48.48■■■■■ 5.35
COL17A1Q9UMD9 H2AFV-202ENST00000308153 752 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC48.13■■■■■ 5.3
COL17A1Q9UMD9 FAM58A-202ENST00000440428 1164 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC48.13■■■■■ 5.3
COL17A1Q9UMD9 MBD2-202ENST00000398398 1237 ntTSL 2 BASIC48.01■■■■■ 5.28
COL17A1Q9UMD9 MBD2-205ENST00000583046 1182 ntTSL 1 (best) BASIC48.01■■■■■ 5.28
COL17A1Q9UMD9 PTF1A-201ENST00000376504 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC47.98■■■■■ 5.27
COL17A1Q9UMD9 ARTN-211ENST00000498139 1303 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC47.91■■■■■ 5.26
COL17A1Q9UMD9 FAM89B-202ENST00000449319 1337 ntTSL 1 (best) BASIC47.89■■■■■ 5.26
COL17A1Q9UMD9 CLEC3B-201ENST00000296130 936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC47.81■■■■■ 5.24
COL17A1Q9UMD9 AL355297.4-201ENST00000603191 1249 ntTSL 3 BASIC47.76■■■■■ 5.24
COL17A1Q9UMD9 CBX4-202ENST00000448310 718 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC47.75■■■■■ 5.23
COL17A1Q9UMD9 PQLC1-211ENST00000590381 1247 ntTSL 2 BASIC47.72■■■■■ 5.23
COL17A1Q9UMD9 NKX1-1-201ENST00000422806 1236 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC47.64■■■■■ 5.22
COL17A1Q9UMD9 AC079848.1-201ENST00000511301 327 ntTSL 3 BASIC47.62■■■■■ 5.21
COL17A1Q9UMD9 SLC25A28-201ENST00000370495 1451 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC47.58■■■■■ 5.21
COL17A1Q9UMD9 AC005524.1-203ENST00000586528 451 ntTSL 3 BASIC47.58■■■■■ 5.21
COL17A1Q9UMD9 ARTN-204ENST00000438616 889 ntTSL 1 (best) BASIC47.57■■■■■ 5.21
COL17A1Q9UMD9 INAFM1-201ENST00000552360 1255 ntAPPRIS P1 BASIC47.57■■■■■ 5.21
COL17A1Q9UMD9 HES6-203ENST00000409160 1600 ntTSL 2 BASIC47.55■■■■■ 5.2
COL17A1Q9UMD9 FGF2-203ENST00000614010 867 ntTSL 1 (best) BASIC47.47■■■■■ 5.19
COL17A1Q9UMD9 CSNK1E-206ENST00000413574 1631 ntTSL 5 BASIC47.44■■■■■ 5.18
COL17A1Q9UMD9 MAP6D1-202ENST00000431348 890 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC47.42■■■■■ 5.18
COL17A1Q9UMD9 PRR5-217ENST00000617066 1726 ntTSL 5 BASIC47.31■■■■■ 5.16
COL17A1Q9UMD9 MSANTD3-203ENST00000395067 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC47.28■■■■■ 5.16
COL17A1Q9UMD9 HAGHL-201ENST00000341413 1701 ntTSL 2 BASIC47.27■■■■■ 5.16
COL17A1Q9UMD9 C11orf68-202ENST00000449692 1559 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC47.26■■■■■ 5.16
COL17A1Q9UMD9 CAPNS1-217ENST00000629983 799 ntTSL 5 BASIC47.23■■■■■ 5.15
COL17A1Q9UMD9 HRH3-201ENST00000317393 1419 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC47.12■■■■■ 5.13
COL17A1Q9UMD9 PRR5-216ENST00000611394 1843 ntTSL 2 BASIC47.1■■■■■ 5.13
COL17A1Q9UMD9 NRGN-201ENST00000284292 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC47.05■■■■■ 5.12
COL17A1Q9UMD9 MZT2B-202ENST00000409255 769 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC47.01■■■■■ 5.12
COL17A1Q9UMD9 UBALD2-203ENST00000589240 660 ntTSL 2 BASIC47■■■■■ 5.11
COL17A1Q9UMD9 LINC01578-201ENST00000553829 732 ntTSL 2 BASIC46.95■■■■■ 5.11
COL17A1Q9UMD9 AP001107.7-201ENST00000533287 272 ntTSL 2 BASIC46.91■■■■■ 5.1
COL17A1Q9UMD9 SYNGR1-202ENST00000318801 1361 ntTSL 1 (best) BASIC46.91■■■■■ 5.1
COL17A1Q9UMD9 MACROD1-201ENST00000255681 1205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC46.84■■■■■ 5.09
COL17A1Q9UMD9 DYNLL1-207ENST00000549989 719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC46.82■■■■■ 5.09
COL17A1Q9UMD9 DYNLL1-208ENST00000550178 581 ntBASIC46.82■■■■■ 5.09
COL17A1Q9UMD9 MARCH2-202ENST00000381035 1192 ntTSL 5 BASIC46.8■■■■■ 5.08
COL17A1Q9UMD9 UBE2M-201ENST00000253023 1508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC46.79■■■■■ 5.08
COL17A1Q9UMD9 LINC01578-203ENST00000554669 578 ntTSL 5 BASIC46.75■■■■■ 5.07
COL17A1Q9UMD9 GSTZ1-201ENST00000216465 1338 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC46.71■■■■■ 5.07
COL17A1Q9UMD9 CACNG6-202ENST00000346968 645 ntTSL 5 BASIC46.7■■■■■ 5.07
COL17A1Q9UMD9 AL133346.1-201ENST00000435287 495 ntTSL 2 BASIC46.7■■■■■ 5.07
COL17A1Q9UMD9 ANAPC11-203ENST00000392376 687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC46.69■■■■■ 5.06
COL17A1Q9UMD9 LINC01089-207ENST00000538335 630 ntTSL 3 BASIC46.64■■■■■ 5.06
COL17A1Q9UMD9 LY6K-203ENST00000519387 963 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC46.63■■■■■ 5.06
COL17A1Q9UMD9 PARD6A-202ENST00000458121 1260 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC46.62■■■■■ 5.05
COL17A1Q9UMD9 HOXB3-211ENST00000490677 1109 ntTSL 1 (best) BASIC46.58■■■■■ 5.05
COL17A1Q9UMD9 NT5DC2-203ENST00000459839 1639 ntTSL 1 (best) BASIC46.58■■■■■ 5.05
COL17A1Q9UMD9 LFNG-203ENST00000359574 1377 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC46.57■■■■■ 5.05
COL17A1Q9UMD9 NKAIN4-203ENST00000370316 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC46.56■■■■■ 5.04
COL17A1Q9UMD9 SAP30-201ENST00000296504 1108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC46.56■■■■■ 5.04
COL17A1Q9UMD9 PDCD2-215ENST00000614056 1287 ntTSL 2 BASIC46.51■■■■■ 5.04
COL17A1Q9UMD9 ADNP-AS1-201ENST00000558899 927 ntTSL 3 BASIC46.5■■■■■ 5.03
COL17A1Q9UMD9 AL031258.1-201ENST00000623562 325 ntBASIC46.48■■■■■ 5.03
COL17A1Q9UMD9 METRNL-201ENST00000320095 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC46.48■■■■■ 5.03
COL17A1Q9UMD9 NRGN-202ENST00000412681 1106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC46.44■■■■■ 5.03
COL17A1Q9UMD9 LINC01578-204ENST00000554894 556 ntTSL 3 BASIC46.42■■■■■ 5.02
COL17A1Q9UMD9 LINC01578-207ENST00000556895 802 ntTSL 2 BASIC46.42■■■■■ 5.02
COL17A1Q9UMD9 AL360182.2-201ENST00000451656 470 ntTSL 3 BASIC46.32■■■■■ 5.01
COL17A1Q9UMD9 AGTRAP-204ENST00000376637 1067 ntTSL 2 BASIC46.29■■■■■ 5
COL17A1Q9UMD9 NRTN-201ENST00000303212 1109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC46.28■■■■■ 5
COL17A1Q9UMD9 CDK2AP1-203ENST00000535979 1281 ntTSL 3 BASIC46.22■■■■■ 4.99
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 13 ms