Protein–RNA interactions for Protein: Q9BRG1

VPS25, Vacuolar protein-sorting-associated protein 25, humanhuman

Predictions only

Length 176 aa.

Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS25Q9BRG1 FBRSL1-201ENST00000434748 5568 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.45■■□□□ 1.99
VPS25Q9BRG1 TNK2-201ENST00000333602 5270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
VPS25Q9BRG1 AC116565.1-201ENST00000610212 2421 ntAPPRIS P1 BASIC24.36■■□□□ 1.49
VPS25Q9BRG1 FOXD1-202ENST00000615637 2272 ntAPPRIS P1 BASIC23.96■■□□□ 1.43
VPS25Q9BRG1 PLPPR3-204ENST00000520876 2328 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
VPS25Q9BRG1 LZTS2-201ENST00000370220 5741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
VPS25Q9BRG1 RAB12-201ENST00000329286 2137 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
VPS25Q9BRG1 PPP2CB-201ENST00000221138 2006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
VPS25Q9BRG1 C11orf63-202ENST00000307257 1964 ntTSL 2 BASIC22.97■■□□□ 1.27
VPS25Q9BRG1 IFNGR2-201ENST00000290219 2221 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
VPS25Q9BRG1 PIP4K2B-204ENST00000619039 5734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
VPS25Q9BRG1 KHSRP-213ENST00000619396 2226 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.6■■□□□ 1.21
VPS25Q9BRG1 GPI-201ENST00000356487 2210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
VPS25Q9BRG1 TPRG1L-202ENST00000378344 2414 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.58■■□□□ 1.21
VPS25Q9BRG1 ABL1-201ENST00000318560 5766 ntTSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
VPS25Q9BRG1 MBD2-201ENST00000256429 5188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
VPS25Q9BRG1 AGAP1-202ENST00000336665 5427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
VPS25Q9BRG1 CIC-201ENST00000160740 6111 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.42■■□□□ 1.18
VPS25Q9BRG1 ACOT7-209ENST00000545482 1804 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
VPS25Q9BRG1 JAG2-201ENST00000331782 5835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
VPS25Q9BRG1 PAPD7-201ENST00000230859 5459 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
VPS25Q9BRG1 SLC12A2-202ENST00000343225 5509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
VPS25Q9BRG1 SHC2-201ENST00000264554 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
VPS25Q9BRG1 TPRG1L-201ENST00000344579 2189 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
VPS25Q9BRG1 ADRA1D-201ENST00000379453 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
VPS25Q9BRG1 TGIF1-202ENST00000343820 2076 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
VPS25Q9BRG1 HECA-201ENST00000367658 5614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
VPS25Q9BRG1 GGA1-204ENST00000381756 2107 ntTSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
VPS25Q9BRG1 MAGI2-211ENST00000535697 6146 ntTSL 5 BASIC21.96■■□□□ 1.11
VPS25Q9BRG1 SEPT3-204ENST00000406029 1866 ntTSL 5 BASIC21.94■■□□□ 1.1
VPS25Q9BRG1 ACTG1-210ENST00000575842 2256 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
VPS25Q9BRG1 MAFA-201ENST00000333480 2347 ntAPPRIS P1 BASIC21.9■■□□□ 1.1
VPS25Q9BRG1 GNPTAB-201ENST00000299314 5701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
VPS25Q9BRG1 ARHGEF7-206ENST00000375741 5525 ntTSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
VPS25Q9BRG1 FEZF2-201ENST00000283268 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
VPS25Q9BRG1 MAGI2-215ENST00000628980 6212 ntTSL 5 BASIC21.77■■□□□ 1.08
VPS25Q9BRG1 FEZF2-202ENST00000475839 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
VPS25Q9BRG1 ZBTB10-204ENST00000455036 5458 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.74■■□□□ 1.07
VPS25Q9BRG1 ST7-208ENST00000393451 2110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
VPS25Q9BRG1 FOXG1-201ENST00000313071 4890 ntAPPRIS P1 BASIC21.7■■□□□ 1.06
VPS25Q9BRG1 CBX4-201ENST00000269397 2664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
VPS25Q9BRG1 ARHGEF7-205ENST00000375739 5375 ntTSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
VPS25Q9BRG1 AL161658.1-201ENST00000623641 1967 ntBASIC21.63■■□□□ 1.05
VPS25Q9BRG1 POU3F1-201ENST00000373012 2184 ntAPPRIS P1 BASIC21.6■■□□□ 1.05
VPS25Q9BRG1 RAPGEF1-203ENST00000372195 6256 ntTSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
VPS25Q9BRG1 SMARCD3-201ENST00000262188 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
VPS25Q9BRG1 ZFPM1-201ENST00000319555 5380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
VPS25Q9BRG1 SEPT3-203ENST00000396426 2586 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
VPS25Q9BRG1 LMTK3-201ENST00000270238 4972 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
VPS25Q9BRG1 ADGRB2-204ENST00000398542 5176 ntTSL 5 BASIC21.42■■□□□ 1.02
VPS25Q9BRG1 FAM149A-201ENST00000227065 2708 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
VPS25Q9BRG1 AC139426.1-201ENST00000568218 2529 ntBASIC21.37■■□□□ 1.01
VPS25Q9BRG1 MAF-201ENST00000326043 2646 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
VPS25Q9BRG1 SDCCAG3-204ENST00000371725 2129 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.33■■□□□ 1.01
VPS25Q9BRG1 SLC15A4-201ENST00000266771 2779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
VPS25Q9BRG1 ST7-202ENST00000323984 2142 ntTSL 5 BASIC21.32■■□□□ 1
VPS25Q9BRG1 ST7-207ENST00000393449 2127 ntTSL 5 BASIC21.32■■□□□ 1
VPS25Q9BRG1 KCNF1-201ENST00000295082 2289 ntAPPRIS P1 BASIC21.32■■□□□ 1
VPS25Q9BRG1 ST7-205ENST00000393446 2114 ntTSL 5 BASIC21.31■■□□□ 1
VPS25Q9BRG1 KIAA2013-202ENST00000376576 2539 ntTSL 2 BASIC21.3■■□□□ 1
VPS25Q9BRG1 ZSWIM6-201ENST00000252744 5501 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
VPS25Q9BRG1 SPIRE1-202ENST00000409402 5665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
VPS25Q9BRG1 C11orf84-201ENST00000294244 2024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
VPS25Q9BRG1 CYHR1-209ENST00000530374 1870 ntTSL 3 BASIC21.24■□□□□ 0.99
VPS25Q9BRG1 CCND3-203ENST00000372991 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
VPS25Q9BRG1 UBP1-201ENST00000283628 2074 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.19■□□□□ 0.98
VPS25Q9BRG1 PCSK6-201ENST00000331826 2309 ntTSL 5 BASIC21.17■□□□□ 0.98
VPS25Q9BRG1 CACNA1H-201ENST00000348261 8208 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
VPS25Q9BRG1 SNX24-201ENST00000261369 2158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
VPS25Q9BRG1 QKI-207ENST00000453779 5685 ntTSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
VPS25Q9BRG1 ACOT7-201ENST00000361521 2429 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
VPS25Q9BRG1 IFFO2-203ENST00000455833 6188 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.1■□□□□ 0.97
VPS25Q9BRG1 EXOC3-209ENST00000512944 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
VPS25Q9BRG1 SERINC2-201ENST00000373709 1997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
VPS25Q9BRG1 FBXO45-201ENST00000311630 5899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
VPS25Q9BRG1 DPY19L1-209ENST00000638088 5075 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.04■□□□□ 0.96
VPS25Q9BRG1 CRIM1-201ENST00000280527 5912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
VPS25Q9BRG1 KCNMA1-283ENST00000640523 5425 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.98■□□□□ 0.95
VPS25Q9BRG1 SULT4A1-201ENST00000330884 2468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
VPS25Q9BRG1 LMTK3-202ENST00000600059 5113 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.93■□□□□ 0.94
VPS25Q9BRG1 MXI1-201ENST00000239007 2424 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.93■□□□□ 0.94
VPS25Q9BRG1 CADPS-203ENST00000383710 5471 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.91■□□□□ 0.94
VPS25Q9BRG1 TGFBRAP1-202ENST00000393359 5979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.87■□□□□ 0.93
VPS25Q9BRG1 SSBP3-204ENST00000371320 2077 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.87■□□□□ 0.93
VPS25Q9BRG1 RAP2A-201ENST00000245304 5487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.86■□□□□ 0.93
VPS25Q9BRG1 PCYT2-203ENST00000538936 5147 ntTSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
VPS25Q9BRG1 SPIRE1-203ENST00000410092 5533 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
VPS25Q9BRG1 DSG2-201ENST00000261590 5831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.92
VPS25Q9BRG1 INO80B-WBP1-202ENST00000452361 2040 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC20.81■□□□□ 0.92
VPS25Q9BRG1 TFEB-204ENST00000373033 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
VPS25Q9BRG1 PXDC1-202ENST00000380283 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
VPS25Q9BRG1 HOMER1-202ENST00000334082 5881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
VPS25Q9BRG1 RCC1L-201ENST00000610322 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
VPS25Q9BRG1 CHSY1-201ENST00000254190 4550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
VPS25Q9BRG1 TXNRD2-204ENST00000400521 2115 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
VPS25Q9BRG1 ZCCHC2-201ENST00000269499 5959 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.73■□□□□ 0.91
VPS25Q9BRG1 PLPPR3-201ENST00000359894 2387 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
VPS25Q9BRG1 TMEM266-201ENST00000388942 2520 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.72■□□□□ 0.91
VPS25Q9BRG1 PURG-201ENST00000339382 2693 ntTSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
VPS25Q9BRG1 SH3BP2-221ENST00000511747 2351 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 11.8 ms