Protein–RNA interactions for Protein: Q96PV0

SYNGAP1, Ras/Rap GTPase-activating protein SynGAP, humanhuman

Predictions only

Length 1,343 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SYNGAP1Q96PV0 FBLL1-201ENST00000338333 1519 ntAPPRIS P1 BASIC39.36■■■■□ 3.89
SYNGAP1Q96PV0 SSSCA1-205ENST00000527920 806 ntTSL 3 BASIC38.83■■■■□ 3.81
SYNGAP1Q96PV0 PPP1CA-203ENST00000376745 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.35■■■■□ 3.73
SYNGAP1Q96PV0 HRAS-203ENST00000397596 1100 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC38.22■■■■□ 3.71
SYNGAP1Q96PV0 AES-202ENST00000327141 1608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.05■■■■□ 3.68
SYNGAP1Q96PV0 CSNK1E-204ENST00000403904 1580 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC37.89■■■■□ 3.66
SYNGAP1Q96PV0 TCF15-201ENST00000246080 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.87■■■■□ 3.65
SYNGAP1Q96PV0 AL356512.1-201ENST00000607453 1739 ntBASIC37.64■■■■□ 3.62
SYNGAP1Q96PV0 ANKRD60-201ENST00000457363 1038 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC37.18■■■■□ 3.54
SYNGAP1Q96PV0 PPP2CB-204ENST00000518564 691 ntTSL 3 BASIC36.99■■■■□ 3.51
SYNGAP1Q96PV0 OLFM1-208ENST00000392991 1057 ntTSL 2 BASIC36.92■■■■□ 3.5
SYNGAP1Q96PV0 TAF5L-202ENST00000366674 492 ntTSL 3 BASIC36.87■■■■□ 3.49
SYNGAP1Q96PV0 PHF10-201ENST00000339209 1719 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC36.74■■■■□ 3.47
SYNGAP1Q96PV0 ZFYVE21-201ENST00000216602 1521 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC36.71■■■■□ 3.47
SYNGAP1Q96PV0 CACNG8-202ENST00000638874 1278 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC36.69■■■■□ 3.46
SYNGAP1Q96PV0 CDV3-203ENST00000431519 955 ntTSL 1 (best) BASIC36.59■■■■□ 3.45
SYNGAP1Q96PV0 MPND-201ENST00000262966 1567 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC36.5■■■■□ 3.43
SYNGAP1Q96PV0 HES6-203ENST00000409160 1600 ntTSL 2 BASIC36.46■■■■□ 3.43
SYNGAP1Q96PV0 GALR3-201ENST00000249041 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.37■■■■□ 3.41
SYNGAP1Q96PV0 PRR5-217ENST00000617066 1726 ntTSL 5 BASIC36.18■■■■□ 3.38
SYNGAP1Q96PV0 ALYREF-202ENST00000505490 1088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.1■■■■□ 3.37
SYNGAP1Q96PV0 GIPC1-205ENST00000586027 1386 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC36.04■■■■□ 3.36
SYNGAP1Q96PV0 PTF1A-201ENST00000376504 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.01■■■■□ 3.36
SYNGAP1Q96PV0 CMTM4-202ENST00000394106 1187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.97■■■■□ 3.35
SYNGAP1Q96PV0 CMTM4-204ENST00000563952 1023 ntTSL 1 (best) BASIC35.97■■■■□ 3.35
SYNGAP1Q96PV0 PRR5-216ENST00000611394 1843 ntTSL 2 BASIC35.94■■■■□ 3.34
SYNGAP1Q96PV0 AL357033.3-201ENST00000620143 614 ntTSL 3 BASIC35.88■■■■□ 3.33
SYNGAP1Q96PV0 INO80B-201ENST00000233331 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.83■■■■□ 3.33
SYNGAP1Q96PV0 FAM89B-203ENST00000530349 1263 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC35.82■■■■□ 3.32
SYNGAP1Q96PV0 INO80B-203ENST00000409917 796 ntTSL 2 BASIC35.66■■■■□ 3.3
SYNGAP1Q96PV0 CYBA-201ENST00000261623 797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.51■■■■□ 3.27
SYNGAP1Q96PV0 SEPT3-204ENST00000406029 1866 ntTSL 5 BASIC35.43■■■■□ 3.26
SYNGAP1Q96PV0 SLC25A28-201ENST00000370495 1451 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.38■■■■□ 3.25
SYNGAP1Q96PV0 MAF-203ENST00000569649 1217 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC35.38■■■■□ 3.25
SYNGAP1Q96PV0 AC006077.2-201ENST00000623591 457 ntBASIC35.28■■■■□ 3.24
SYNGAP1Q96PV0 AC008738.5-201ENST00000587312 482 ntTSL 3 BASIC35.24■■■■□ 3.23
SYNGAP1Q96PV0 ZNRF2P1-201ENST00000441407 443 ntBASIC35.22■■■■□ 3.23
SYNGAP1Q96PV0 AC015813.7-201ENST00000623294 581 ntBASIC35.18■■■■□ 3.22
SYNGAP1Q96PV0 SATB1-AS1-216ENST00000598149 1119 ntTSL 2 BASIC35.11■■■■□ 3.21
SYNGAP1Q96PV0 CSNK1E-206ENST00000413574 1631 ntTSL 5 BASIC35.02■■■■□ 3.2
SYNGAP1Q96PV0 NT5DC2-203ENST00000459839 1639 ntTSL 1 (best) BASIC34.93■■■■□ 3.18
SYNGAP1Q96PV0 NECTIN3-201ENST00000319792 1549 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.84■■■■□ 3.17
SYNGAP1Q96PV0 UBE2M-201ENST00000253023 1508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.83■■■■□ 3.17
SYNGAP1Q96PV0 PRELID2-202ENST00000394450 1102 ntTSL 1 (best) BASIC34.82■■■■□ 3.17
SYNGAP1Q96PV0 C11orf68-202ENST00000449692 1559 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC34.79■■■■□ 3.16
SYNGAP1Q96PV0 ARTN-201ENST00000372354 1003 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.74■■■■□ 3.15
SYNGAP1Q96PV0 CAPNS1-206ENST00000588815 1471 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC34.69■■■■□ 3.14
SYNGAP1Q96PV0 NKAIN4-203ENST00000370316 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.68■■■■□ 3.14
SYNGAP1Q96PV0 FAM89B-202ENST00000449319 1337 ntTSL 1 (best) BASIC34.57■■■■□ 3.12
SYNGAP1Q96PV0 HAGHL-201ENST00000341413 1701 ntTSL 2 BASIC34.5■■■■□ 3.11
SYNGAP1Q96PV0 AP002365.1-201ENST00000603448 772 ntBASIC34.34■■■■□ 3.09
SYNGAP1Q96PV0 AC116565.1-201ENST00000610212 2421 ntAPPRIS P1 BASIC34.33■■■■□ 3.09
SYNGAP1Q96PV0 NT5M-207ENST00000616989 1635 ntTSL 1 (best) BASIC34.2■■■■□ 3.07
SYNGAP1Q96PV0 CLEC3B-201ENST00000296130 936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.18■■■■□ 3.06
SYNGAP1Q96PV0 AC079848.1-201ENST00000511301 327 ntTSL 3 BASIC34.18■■■■□ 3.06
SYNGAP1Q96PV0 METRNL-201ENST00000320095 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.16■■■■□ 3.06
SYNGAP1Q96PV0 CYHR1-209ENST00000530374 1870 ntTSL 3 BASIC34.15■■■■□ 3.06
SYNGAP1Q96PV0 FAM149A-205ENST00000502970 1990 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC34.15■■■■□ 3.06
SYNGAP1Q96PV0 FGF2-203ENST00000614010 867 ntTSL 1 (best) BASIC34.13■■■■□ 3.05
SYNGAP1Q96PV0 H2AFV-202ENST00000308153 752 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC34.12■■■■□ 3.05
SYNGAP1Q96PV0 FAM58A-202ENST00000440428 1164 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC34.11■■■■□ 3.05
SYNGAP1Q96PV0 SYNGR1-202ENST00000318801 1361 ntTSL 1 (best) BASIC34.09■■■■□ 3.05
SYNGAP1Q96PV0 HOXB3-208ENST00000476342 1420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.06■■■■□ 3.04
SYNGAP1Q96PV0 AC005524.1-203ENST00000586528 451 ntTSL 3 BASIC34.04■■■■□ 3.04
SYNGAP1Q96PV0 MBD2-202ENST00000398398 1237 ntTSL 2 BASIC34.01■■■■□ 3.03
SYNGAP1Q96PV0 MBD2-205ENST00000583046 1182 ntTSL 1 (best) BASIC34.01■■■■□ 3.03
SYNGAP1Q96PV0 FAM149A-215ENST00000514153 2070 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC33.97■■■■□ 3.03
SYNGAP1Q96PV0 PQLC1-211ENST00000590381 1247 ntTSL 2 BASIC33.97■■■■□ 3.03
SYNGAP1Q96PV0 ARTN-211ENST00000498139 1303 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC33.94■■■■□ 3.02
SYNGAP1Q96PV0 HMGB1-205ENST00000399494 1282 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC33.93■■■■□ 3.02
SYNGAP1Q96PV0 RAN-202ENST00000392369 1530 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.92■■■■□ 3.02
SYNGAP1Q96PV0 LINC01578-201ENST00000553829 732 ntTSL 2 BASIC33.9■■■■□ 3.02
SYNGAP1Q96PV0 LIMCH1-211ENST00000509638 1570 ntTSL 1 (best) BASIC33.89■■■■□ 3.02
SYNGAP1Q96PV0 AL355297.4-201ENST00000603191 1249 ntTSL 3 BASIC33.88■■■■□ 3.01
SYNGAP1Q96PV0 NRGN-201ENST00000284292 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.87■■■■□ 3.01
SYNGAP1Q96PV0 CHCHD4-202ENST00000396914 1405 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.86■■■■□ 3.01
SYNGAP1Q96PV0 MPND-207ENST00000599840 1611 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC33.86■■■■□ 3.01
SYNGAP1Q96PV0 CCM2-219ENST00000544363 1620 ntTSL 3 BASIC33.85■■■■□ 3.01
SYNGAP1Q96PV0 AL136373.1-201ENST00000634804 1449 ntAPPRIS P1 BASIC33.83■■■■□ 3.01
SYNGAP1Q96PV0 ZNF358-202ENST00000597229 1954 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC33.82■■■■□ 3.01
SYNGAP1Q96PV0 NT5DC2-202ENST00000422318 1795 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC33.81■■■■□ 3
SYNGAP1Q96PV0 NKX1-1-201ENST00000422806 1236 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC33.78■■■■□ 3
SYNGAP1Q96PV0 AGTRAP-204ENST00000376637 1067 ntTSL 2 BASIC33.76■■■□□ 2.99
SYNGAP1Q96PV0 GSTZ1-201ENST00000216465 1338 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC33.72■■■□□ 2.99
SYNGAP1Q96PV0 MAP6D1-202ENST00000431348 890 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC33.72■■■□□ 2.99
SYNGAP1Q96PV0 AP001107.7-201ENST00000533287 272 ntTSL 2 BASIC33.68■■■□□ 2.98
SYNGAP1Q96PV0 DYNLL1-207ENST00000549989 719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.65■■■□□ 2.98
SYNGAP1Q96PV0 DYNLL1-208ENST00000550178 581 ntBASIC33.65■■■□□ 2.98
SYNGAP1Q96PV0 PWWP2B-202ENST00000631148 2013 ntTSL 5 BASIC33.62■■■□□ 2.97
SYNGAP1Q96PV0 ECHS1-201ENST00000368547 1617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.61■■■□□ 2.97
SYNGAP1Q96PV0 CBX4-202ENST00000448310 718 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC33.59■■■□□ 2.97
SYNGAP1Q96PV0 HRH3-201ENST00000317393 1419 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.58■■■□□ 2.97
SYNGAP1Q96PV0 MSANTD3-203ENST00000395067 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.57■■■□□ 2.96
SYNGAP1Q96PV0 LINC01578-203ENST00000554669 578 ntTSL 5 BASIC33.55■■■□□ 2.96
SYNGAP1Q96PV0 RAB12-201ENST00000329286 2137 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.54■■■□□ 2.96
SYNGAP1Q96PV0 SAP30-201ENST00000296504 1108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.53■■■□□ 2.96
SYNGAP1Q96PV0 ANKRD65-203ENST00000454272 1506 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC33.46■■■□□ 2.95
SYNGAP1Q96PV0 PLPP2-203ENST00000434325 1383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.43■■■□□ 2.94
SYNGAP1Q96PV0 ANAPC11-203ENST00000392376 687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.41■■■□□ 2.94
SYNGAP1Q96PV0 AL031258.1-201ENST00000623562 325 ntBASIC33.41■■■□□ 2.94
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 15.3 ms