Protein–RNA interactions for Protein: Q8N1M1

BEST3, Bestrophin-3, humanhuman

Predictions only

Length 668 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
BEST3Q8N1M1 FBLL1-201ENST00000338333 1519 ntAPPRIS P1 BASIC31.76■■■□□ 2.68
BEST3Q8N1M1 SSSCA1-205ENST00000527920 806 ntTSL 3 BASIC30.95■■■□□ 2.55
BEST3Q8N1M1 TCF15-201ENST00000246080 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.87■■■□□ 2.53
BEST3Q8N1M1 PPP1CA-203ENST00000376745 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.83■■■□□ 2.53
BEST3Q8N1M1 AES-202ENST00000327141 1608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.74■■■□□ 2.51
BEST3Q8N1M1 CSNK1E-204ENST00000403904 1580 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.72■■■□□ 2.51
BEST3Q8N1M1 AL356512.1-201ENST00000607453 1739 ntBASIC30.61■■■□□ 2.49
BEST3Q8N1M1 HRAS-203ENST00000397596 1100 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC30.43■■■□□ 2.46
BEST3Q8N1M1 PHF10-201ENST00000339209 1719 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC29.85■■■□□ 2.37
BEST3Q8N1M1 HES6-203ENST00000409160 1600 ntTSL 2 BASIC29.82■■■□□ 2.36
BEST3Q8N1M1 ANKRD60-201ENST00000457363 1038 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.73■■■□□ 2.35
BEST3Q8N1M1 ZFYVE21-201ENST00000216602 1521 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.67■■■□□ 2.34
BEST3Q8N1M1 OLFM1-208ENST00000392991 1057 ntTSL 2 BASIC29.65■■■□□ 2.34
BEST3Q8N1M1 PRR5-217ENST00000617066 1726 ntTSL 5 BASIC29.57■■■□□ 2.32
BEST3Q8N1M1 TAF5L-202ENST00000366674 492 ntTSL 3 BASIC29.57■■■□□ 2.32
BEST3Q8N1M1 PPP2CB-204ENST00000518564 691 ntTSL 3 BASIC29.56■■■□□ 2.32
BEST3Q8N1M1 PRR5-216ENST00000611394 1843 ntTSL 2 BASIC29.4■■■□□ 2.3
BEST3Q8N1M1 MPND-201ENST00000262966 1567 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.39■■■□□ 2.3
BEST3Q8N1M1 PTF1A-201ENST00000376504 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.27■■■□□ 2.28
BEST3Q8N1M1 FBRSL1-201ENST00000434748 5568 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.26■■■□□ 2.27
BEST3Q8N1M1 CACNG8-202ENST00000638874 1278 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.14■■■□□ 2.26
BEST3Q8N1M1 CDV3-203ENST00000431519 955 ntTSL 1 (best) BASIC29.12■■■□□ 2.25
BEST3Q8N1M1 GIPC1-205ENST00000586027 1386 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.11■■■□□ 2.25
BEST3Q8N1M1 GALR3-201ENST00000249041 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.96■■■□□ 2.23
BEST3Q8N1M1 SEPT3-204ENST00000406029 1866 ntTSL 5 BASIC28.91■■■□□ 2.22
BEST3Q8N1M1 CMTM4-202ENST00000394106 1187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.8■■■□□ 2.2
BEST3Q8N1M1 CMTM4-204ENST00000563952 1023 ntTSL 1 (best) BASIC28.8■■■□□ 2.2
BEST3Q8N1M1 INO80B-201ENST00000233331 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.7■■■□□ 2.18
BEST3Q8N1M1 AL357033.3-201ENST00000620143 614 ntTSL 3 BASIC28.7■■■□□ 2.18
BEST3Q8N1M1 SLC25A28-201ENST00000370495 1451 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.66■■■□□ 2.18
BEST3Q8N1M1 FAM89B-203ENST00000530349 1263 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.58■■■□□ 2.17
BEST3Q8N1M1 INO80B-203ENST00000409917 796 ntTSL 2 BASIC28.56■■■□□ 2.16
BEST3Q8N1M1 AC116565.1-201ENST00000610212 2421 ntAPPRIS P1 BASIC28.52■■■□□ 2.16
BEST3Q8N1M1 ALYREF-202ENST00000505490 1088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.48■■■□□ 2.15
BEST3Q8N1M1 NECTIN3-201ENST00000319792 1549 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.47■■■□□ 2.15
BEST3Q8N1M1 NT5DC2-203ENST00000459839 1639 ntTSL 1 (best) BASIC28.43■■■□□ 2.14
BEST3Q8N1M1 CSNK1E-206ENST00000413574 1631 ntTSL 5 BASIC28.33■■■□□ 2.13
BEST3Q8N1M1 CAPNS1-206ENST00000588815 1471 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
BEST3Q8N1M1 UBE2M-201ENST00000253023 1508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
BEST3Q8N1M1 CYBA-201ENST00000261623 797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.1
BEST3Q8N1M1 AC015813.7-201ENST00000623294 581 ntBASIC28.17■■■□□ 2.1
BEST3Q8N1M1 AC008738.5-201ENST00000587312 482 ntTSL 3 BASIC28.1■■■□□ 2.09
BEST3Q8N1M1 SATB1-AS1-216ENST00000598149 1119 ntTSL 2 BASIC28.06■■■□□ 2.08
BEST3Q8N1M1 C11orf68-202ENST00000449692 1559 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
BEST3Q8N1M1 NKAIN4-203ENST00000370316 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.05■■■□□ 2.08
BEST3Q8N1M1 AC006077.2-201ENST00000623591 457 ntBASIC28■■■□□ 2.07
BEST3Q8N1M1 MAF-203ENST00000569649 1217 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.95■■■□□ 2.06
BEST3Q8N1M1 ZNRF2P1-201ENST00000441407 443 ntBASIC27.94■■■□□ 2.06
BEST3Q8N1M1 FAM149A-205ENST00000502970 1990 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC27.9■■■□□ 2.06
BEST3Q8N1M1 CYHR1-209ENST00000530374 1870 ntTSL 3 BASIC27.89■■■□□ 2.06
BEST3Q8N1M1 METRNL-201ENST00000320095 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.88■■■□□ 2.05
BEST3Q8N1M1 FAM149A-215ENST00000514153 2070 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC27.82■■■□□ 2.04
BEST3Q8N1M1 HAGHL-201ENST00000341413 1701 ntTSL 2 BASIC27.77■■■□□ 2.04
BEST3Q8N1M1 PRELID2-202ENST00000394450 1102 ntTSL 1 (best) BASIC27.75■■■□□ 2.03
BEST3Q8N1M1 FAM89B-202ENST00000449319 1337 ntTSL 1 (best) BASIC27.73■■■□□ 2.03
BEST3Q8N1M1 CCM2-219ENST00000544363 1620 ntTSL 3 BASIC27.69■■■□□ 2.02
BEST3Q8N1M1 NT5M-207ENST00000616989 1635 ntTSL 1 (best) BASIC27.66■■■□□ 2.02
BEST3Q8N1M1 MPND-207ENST00000599840 1611 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.65■■■□□ 2.02
BEST3Q8N1M1 ZNF358-202ENST00000597229 1954 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.62■■■□□ 2.01
BEST3Q8N1M1 ARTN-201ENST00000372354 1003 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.61■■■□□ 2.01
BEST3Q8N1M1 FOXD1-202ENST00000615637 2272 ntAPPRIS P1 BASIC27.6■■■□□ 2.01
BEST3Q8N1M1 RAB12-201ENST00000329286 2137 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.57■■■□□ 2
BEST3Q8N1M1 NT5DC2-202ENST00000422318 1795 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.56■■■□□ 2
BEST3Q8N1M1 RAN-202ENST00000392369 1530 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
BEST3Q8N1M1 PWWP2B-202ENST00000631148 2013 ntTSL 5 BASIC27.47■■□□□ 1.99
BEST3Q8N1M1 HOXB3-208ENST00000476342 1420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.45■■□□□ 1.98
BEST3Q8N1M1 LIMCH1-211ENST00000509638 1570 ntTSL 1 (best) BASIC27.42■■□□□ 1.98
BEST3Q8N1M1 AL136373.1-201ENST00000634804 1449 ntAPPRIS P1 BASIC27.39■■□□□ 1.97
BEST3Q8N1M1 CHCHD4-202ENST00000396914 1405 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.33■■□□□ 1.97
BEST3Q8N1M1 PPP2CB-201ENST00000221138 2006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.33■■□□□ 1.96
BEST3Q8N1M1 AC079848.1-201ENST00000511301 327 ntTSL 3 BASIC27.3■■□□□ 1.96
BEST3Q8N1M1 FGF2-203ENST00000614010 867 ntTSL 1 (best) BASIC27.29■■□□□ 1.96
BEST3Q8N1M1 SYNGR1-202ENST00000318801 1361 ntTSL 1 (best) BASIC27.28■■□□□ 1.96
BEST3Q8N1M1 AP002365.1-201ENST00000603448 772 ntBASIC27.28■■□□□ 1.96
BEST3Q8N1M1 ECHS1-201ENST00000368547 1617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.26■■□□□ 1.95
BEST3Q8N1M1 TRIP10-202ENST00000313285 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.19■■□□□ 1.94
BEST3Q8N1M1 CLEC3B-201ENST00000296130 936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
BEST3Q8N1M1 AC005524.1-203ENST00000586528 451 ntTSL 3 BASIC27.16■■□□□ 1.94
BEST3Q8N1M1 H2AFV-202ENST00000308153 752 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC27.13■■□□□ 1.93
BEST3Q8N1M1 FAM58A-202ENST00000440428 1164 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC27.13■■□□□ 1.93
BEST3Q8N1M1 AGTRAP-204ENST00000376637 1067 ntTSL 2 BASIC27.1■■□□□ 1.93
BEST3Q8N1M1 LINC01578-201ENST00000553829 732 ntTSL 2 BASIC27.1■■□□□ 1.93
BEST3Q8N1M1 PQLC1-211ENST00000590381 1247 ntTSL 2 BASIC27.1■■□□□ 1.93
BEST3Q8N1M1 NRGN-201ENST00000284292 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.1■■□□□ 1.93
BEST3Q8N1M1 MBD2-202ENST00000398398 1237 ntTSL 2 BASIC27.05■■□□□ 1.92
BEST3Q8N1M1 MBD2-205ENST00000583046 1182 ntTSL 1 (best) BASIC27.05■■□□□ 1.92
BEST3Q8N1M1 ILK-212ENST00000532063 1617 ntTSL 2 BASIC27.04■■□□□ 1.92
BEST3Q8N1M1 ANKRD65-203ENST00000454272 1506 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.01■■□□□ 1.91
BEST3Q8N1M1 ARTN-211ENST00000498139 1303 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC27.01■■□□□ 1.91
BEST3Q8N1M1 NKX1-1-201ENST00000422806 1236 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27■■□□□ 1.91
BEST3Q8N1M1 C11orf84-201ENST00000294244 2024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1.91
BEST3Q8N1M1 DRD4-201ENST00000176183 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.99■■□□□ 1.91
BEST3Q8N1M1 GSTZ1-201ENST00000216465 1338 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.95■■□□□ 1.91
BEST3Q8N1M1 AL355297.4-201ENST00000603191 1249 ntTSL 3 BASIC26.95■■□□□ 1.9
BEST3Q8N1M1 AP001107.7-201ENST00000533287 272 ntTSL 2 BASIC26.93■■□□□ 1.9
BEST3Q8N1M1 DYNLL1-207ENST00000549989 719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.93■■□□□ 1.9
BEST3Q8N1M1 DYNLL1-208ENST00000550178 581 ntBASIC26.93■■□□□ 1.9
BEST3Q8N1M1 ACOT7-209ENST00000545482 1804 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.91■■□□□ 1.9
BEST3Q8N1M1 FAM19A5-203ENST00000402357 1508 ntTSL 1 (best) BASIC26.9■■□□□ 1.9
BEST3Q8N1M1 C11orf63-202ENST00000307257 1964 ntTSL 2 BASIC26.89■■□□□ 1.9
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 25.5 ms