Protein–RNA interactions for Protein: Q6ZMZ3

SYNE3, Nesprin-3, humanhuman

Predictions only

Length 975 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SYNE3Q6ZMZ3 FBLL1-201ENST00000338333 1519 ntAPPRIS P1 BASIC39.94■■■■□ 3.98
SYNE3Q6ZMZ3 TCF15-201ENST00000246080 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.55■■■■□ 3.92
SYNE3Q6ZMZ3 AL356512.1-201ENST00000607453 1739 ntBASIC38.97■■■■□ 3.83
SYNE3Q6ZMZ3 CSNK1E-204ENST00000403904 1580 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC38.91■■■■□ 3.82
SYNE3Q6ZMZ3 AES-202ENST00000327141 1608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.68■■■■□ 3.78
SYNE3Q6ZMZ3 PPP1CA-203ENST00000376745 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.6■■■■□ 3.77
SYNE3Q6ZMZ3 HES6-203ENST00000409160 1600 ntTSL 2 BASIC38.45■■■■□ 3.75
SYNE3Q6ZMZ3 SSSCA1-205ENST00000527920 806 ntTSL 3 BASIC38.2■■■■□ 3.71
SYNE3Q6ZMZ3 PRR5-217ENST00000617066 1726 ntTSL 5 BASIC38.08■■■■□ 3.69
SYNE3Q6ZMZ3 SEPT3-204ENST00000406029 1866 ntTSL 5 BASIC37.96■■■■□ 3.67
SYNE3Q6ZMZ3 PHF10-201ENST00000339209 1719 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC37.9■■■■□ 3.66
SYNE3Q6ZMZ3 PRR5-216ENST00000611394 1843 ntTSL 2 BASIC37.79■■■■□ 3.64
SYNE3Q6ZMZ3 HRAS-203ENST00000397596 1100 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC37.42■■■■□ 3.58
SYNE3Q6ZMZ3 ZFYVE21-201ENST00000216602 1521 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC37.39■■■■□ 3.58
SYNE3Q6ZMZ3 PTF1A-201ENST00000376504 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.29■■■■□ 3.56
SYNE3Q6ZMZ3 FBRSL1-201ENST00000434748 5568 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC37.18■■■■□ 3.54
SYNE3Q6ZMZ3 AC116565.1-201ENST00000610212 2421 ntAPPRIS P1 BASIC36.97■■■■□ 3.51
SYNE3Q6ZMZ3 OLFM1-208ENST00000392991 1057 ntTSL 2 BASIC36.94■■■■□ 3.5
SYNE3Q6ZMZ3 ANKRD60-201ENST00000457363 1038 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC36.79■■■■□ 3.48
SYNE3Q6ZMZ3 MPND-201ENST00000262966 1567 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC36.75■■■■□ 3.47
SYNE3Q6ZMZ3 TAF5L-202ENST00000366674 492 ntTSL 3 BASIC36.69■■■■□ 3.46
SYNE3Q6ZMZ3 NECTIN3-201ENST00000319792 1549 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC36.66■■■■□ 3.46
SYNE3Q6ZMZ3 GIPC1-205ENST00000586027 1386 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC36.59■■■■□ 3.45
SYNE3Q6ZMZ3 PPP2CB-204ENST00000518564 691 ntTSL 3 BASIC36.49■■■■□ 3.43
SYNE3Q6ZMZ3 FAM149A-205ENST00000502970 1990 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC36.44■■■■□ 3.42
SYNE3Q6ZMZ3 CAPNS1-206ENST00000588815 1471 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC36.39■■■■□ 3.42
SYNE3Q6ZMZ3 CYHR1-209ENST00000530374 1870 ntTSL 3 BASIC36.26■■■■□ 3.4
SYNE3Q6ZMZ3 SLC25A28-201ENST00000370495 1451 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.23■■■■□ 3.39
SYNE3Q6ZMZ3 NT5DC2-203ENST00000459839 1639 ntTSL 1 (best) BASIC36.19■■■■□ 3.38
SYNE3Q6ZMZ3 RAB12-201ENST00000329286 2137 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.14■■■■□ 3.38
SYNE3Q6ZMZ3 ZNF358-202ENST00000597229 1954 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC36.13■■■■□ 3.37
SYNE3Q6ZMZ3 MPND-207ENST00000599840 1611 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC35.84■■■■□ 3.33
SYNE3Q6ZMZ3 FAM149A-215ENST00000514153 2070 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC35.78■■■■□ 3.32
SYNE3Q6ZMZ3 UBE2M-201ENST00000253023 1508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.73■■■■□ 3.31
SYNE3Q6ZMZ3 METRNL-201ENST00000320095 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.72■■■■□ 3.31
SYNE3Q6ZMZ3 CSNK1E-206ENST00000413574 1631 ntTSL 5 BASIC35.68■■■■□ 3.3
SYNE3Q6ZMZ3 CCM2-219ENST00000544363 1620 ntTSL 3 BASIC35.66■■■■□ 3.3
SYNE3Q6ZMZ3 GALR3-201ENST00000249041 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.65■■■■□ 3.3
SYNE3Q6ZMZ3 PPP2CB-201ENST00000221138 2006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.62■■■■□ 3.29
SYNE3Q6ZMZ3 CMTM4-202ENST00000394106 1187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.61■■■■□ 3.29
SYNE3Q6ZMZ3 CMTM4-204ENST00000563952 1023 ntTSL 1 (best) BASIC35.61■■■■□ 3.29
SYNE3Q6ZMZ3 TRIP10-202ENST00000313285 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.61■■■■□ 3.29
SYNE3Q6ZMZ3 CDV3-203ENST00000431519 955 ntTSL 1 (best) BASIC35.55■■■■□ 3.28
SYNE3Q6ZMZ3 INO80B-201ENST00000233331 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.53■■■■□ 3.28
SYNE3Q6ZMZ3 CACNG8-202ENST00000638874 1278 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC35.52■■■■□ 3.28
SYNE3Q6ZMZ3 NKAIN4-203ENST00000370316 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.46■■■■□ 3.27
SYNE3Q6ZMZ3 AL357033.3-201ENST00000620143 614 ntTSL 3 BASIC35.43■■■■□ 3.26
SYNE3Q6ZMZ3 FOXD1-202ENST00000615637 2272 ntAPPRIS P1 BASIC35.39■■■■□ 3.26
SYNE3Q6ZMZ3 ACOT7-209ENST00000545482 1804 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC35.35■■■■□ 3.25
SYNE3Q6ZMZ3 INO80B-203ENST00000409917 796 ntTSL 2 BASIC35.3■■■■□ 3.24
SYNE3Q6ZMZ3 FAM89B-203ENST00000530349 1263 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC35.26■■■■□ 3.24
SYNE3Q6ZMZ3 C11orf68-202ENST00000449692 1559 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC35.25■■■■□ 3.23
SYNE3Q6ZMZ3 NT5DC2-202ENST00000422318 1795 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC35.22■■■■□ 3.23
SYNE3Q6ZMZ3 TGIF1-202ENST00000343820 2076 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.21■■■■□ 3.23
SYNE3Q6ZMZ3 PWWP2B-202ENST00000631148 2013 ntTSL 5 BASIC35.13■■■■□ 3.21
SYNE3Q6ZMZ3 NT5M-207ENST00000616989 1635 ntTSL 1 (best) BASIC34.97■■■■□ 3.19
SYNE3Q6ZMZ3 AC015813.7-201ENST00000623294 581 ntBASIC34.96■■■■□ 3.19
SYNE3Q6ZMZ3 ILK-212ENST00000532063 1617 ntTSL 2 BASIC34.94■■■■□ 3.18
SYNE3Q6ZMZ3 KHSRP-213ENST00000619396 2226 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC34.84■■■■□ 3.17
SYNE3Q6ZMZ3 C11orf63-202ENST00000307257 1964 ntTSL 2 BASIC34.81■■■■□ 3.16
SYNE3Q6ZMZ3 RAN-202ENST00000392369 1530 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.76■■■■□ 3.15
SYNE3Q6ZMZ3 HAPLN2-201ENST00000255039 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.73■■■■□ 3.15
SYNE3Q6ZMZ3 HAGHL-201ENST00000341413 1701 ntTSL 2 BASIC34.67■■■■□ 3.14
SYNE3Q6ZMZ3 SATB1-AS1-216ENST00000598149 1119 ntTSL 2 BASIC34.66■■■■□ 3.14
SYNE3Q6ZMZ3 PABPN1-201ENST00000216727 2001 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC34.64■■■■□ 3.14
SYNE3Q6ZMZ3 LIMCH1-211ENST00000509638 1570 ntTSL 1 (best) BASIC34.57■■■■□ 3.12
SYNE3Q6ZMZ3 ECHS1-201ENST00000368547 1617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.54■■■■□ 3.12
SYNE3Q6ZMZ3 AL136373.1-201ENST00000634804 1449 ntAPPRIS P1 BASIC34.53■■■■□ 3.12
SYNE3Q6ZMZ3 AC008738.5-201ENST00000587312 482 ntTSL 3 BASIC34.52■■■■□ 3.12
SYNE3Q6ZMZ3 LMO2-202ENST00000395833 1687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.51■■■■□ 3.12
SYNE3Q6ZMZ3 B4GALT2-203ENST00000372324 2203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.5■■■■□ 3.11
SYNE3Q6ZMZ3 C11orf84-201ENST00000294244 2024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.5■■■■□ 3.11
SYNE3Q6ZMZ3 HOXB3-208ENST00000476342 1420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.49■■■■□ 3.11
SYNE3Q6ZMZ3 INO80B-WBP1-202ENST00000452361 2040 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC34.48■■■■□ 3.11
SYNE3Q6ZMZ3 FEZF2-203ENST00000486811 2001 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC34.48■■■■□ 3.11
SYNE3Q6ZMZ3 MAPK3-201ENST00000263025 1861 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC34.48■■■■□ 3.11
SYNE3Q6ZMZ3 ALYREF-202ENST00000505490 1088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.47■■■■□ 3.11
SYNE3Q6ZMZ3 MAPK3-202ENST00000322266 1743 ntTSL 5 BASIC34.46■■■■□ 3.11
SYNE3Q6ZMZ3 FAM89B-202ENST00000449319 1337 ntTSL 1 (best) BASIC34.37■■■■□ 3.09
SYNE3Q6ZMZ3 CYBA-201ENST00000261623 797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.35■■■■□ 3.09
SYNE3Q6ZMZ3 AC006077.2-201ENST00000623591 457 ntBASIC34.34■■■■□ 3.09
SYNE3Q6ZMZ3 CRIP2-201ENST00000329146 1857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.33■■■■□ 3.09
SYNE3Q6ZMZ3 CHCHD4-202ENST00000396914 1405 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.3■■■■□ 3.08
SYNE3Q6ZMZ3 Z97634.1-201ENST00000412293 1715 ntTSL 1 (best) BASIC34.27■■■■□ 3.08
SYNE3Q6ZMZ3 ZNRF2P1-201ENST00000441407 443 ntBASIC34.14■■■■□ 3.06
SYNE3Q6ZMZ3 DRD4-201ENST00000176183 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.11■■■■□ 3.05
SYNE3Q6ZMZ3 CTDNEP1-208ENST00000573600 1724 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC34.1■■■■□ 3.05
SYNE3Q6ZMZ3 FAM19A5-203ENST00000402357 1508 ntTSL 1 (best) BASIC34.1■■■■□ 3.05
SYNE3Q6ZMZ3 PRELID2-202ENST00000394450 1102 ntTSL 1 (best) BASIC34.05■■■■□ 3.04
SYNE3Q6ZMZ3 SLC25A10-203ENST00000545862 1911 ntTSL 1 (best) BASIC34.04■■■■□ 3.04
SYNE3Q6ZMZ3 AC145285.7-201ENST00000614819 1539 ntBASIC34.02■■■■□ 3.04
SYNE3Q6ZMZ3 KIAA2013-203ENST00000616327 2170 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC34.01■■■■□ 3.03
SYNE3Q6ZMZ3 AGAP1-204ENST00000409457 2165 ntTSL 1 (best) BASIC33.99■■■■□ 3.03
SYNE3Q6ZMZ3 TPRG1L-201ENST00000344579 2189 ntTSL 1 (best) BASIC33.98■■■■□ 3.03
SYNE3Q6ZMZ3 ANKRD65-203ENST00000454272 1506 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC33.98■■■■□ 3.03
SYNE3Q6ZMZ3 NT5M-201ENST00000389022 1617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.93■■■■□ 3.02
SYNE3Q6ZMZ3 RAB43-207ENST00000476465 1627 ntTSL 3 BASIC33.9■■■■□ 3.02
SYNE3Q6ZMZ3 SYNGR1-202ENST00000318801 1361 ntTSL 1 (best) BASIC33.88■■■■□ 3.01
SYNE3Q6ZMZ3 AGTRAP-204ENST00000376637 1067 ntTSL 2 BASIC33.82■■■■□ 3
SYNE3Q6ZMZ3 CSNK1E-205ENST00000405675 2127 ntTSL 5 BASIC33.77■■■■□ 3
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20.2 ms