Protein–RNA interactions for Protein: Q13485

SMAD4, Mothers against decapentaplegic homolog 4, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 552 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMAD4Q13485 SSSCA1-205ENST00000527920 806 ntTSL 3 BASIC36.48■■■■□ 3.43
SMAD4Q13485 FBLL1-201ENST00000338333 1519 ntAPPRIS P1 BASIC36.38■■■■□ 3.41
SMAD4Q13485 HRAS-203ENST00000397596 1100 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC36.01■■■■□ 3.36
SMAD4Q13485 PPP1CA-203ENST00000376745 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.56■■■■□ 3.28
SMAD4Q13485 AES-202ENST00000327141 1608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.16■■■■□ 3.22
SMAD4Q13485 ANKRD60-201ENST00000457363 1038 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC34.87■■■■□ 3.17
SMAD4Q13485 CACNG8-202ENST00000638874 1278 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC34.82■■■■□ 3.16
SMAD4Q13485 CSNK1E-204ENST00000403904 1580 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC34.81■■■■□ 3.16
SMAD4Q13485 PPP2CB-204ENST00000518564 691 ntTSL 3 BASIC34.78■■■■□ 3.16
SMAD4Q13485 CDV3-203ENST00000431519 955 ntTSL 1 (best) BASIC34.67■■■■□ 3.14
SMAD4Q13485 TCF15-201ENST00000246080 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.46■■■■□ 3.11
SMAD4Q13485 TAF5L-202ENST00000366674 492 ntTSL 3 BASIC34.44■■■■□ 3.1
SMAD4Q13485 AL356512.1-201ENST00000607453 1739 ntBASIC34.43■■■■□ 3.1
SMAD4Q13485 OLFM1-208ENST00000392991 1057 ntTSL 2 BASIC34.39■■■■□ 3.1
SMAD4Q13485 ALYREF-202ENST00000505490 1088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.39■■■■□ 3.1
SMAD4Q13485 GALR3-201ENST00000249041 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.23■■■■□ 3.07
SMAD4Q13485 ZFYVE21-201ENST00000216602 1521 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC33.9■■■■□ 3.02
SMAD4Q13485 MPND-201ENST00000262966 1567 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC33.89■■■■□ 3.02
SMAD4Q13485 FAM89B-203ENST00000530349 1263 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC33.77■■■■□ 3
SMAD4Q13485 MAF-203ENST00000569649 1217 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC33.77■■■■□ 3
SMAD4Q13485 CMTM4-202ENST00000394106 1187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.75■■■□□ 2.99
SMAD4Q13485 CMTM4-204ENST00000563952 1023 ntTSL 1 (best) BASIC33.75■■■□□ 2.99
SMAD4Q13485 AL357033.3-201ENST00000620143 614 ntTSL 3 BASIC33.72■■■□□ 2.99
SMAD4Q13485 CYBA-201ENST00000261623 797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.69■■■□□ 2.98
SMAD4Q13485 PHF10-201ENST00000339209 1719 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC33.67■■■□□ 2.98
SMAD4Q13485 INO80B-201ENST00000233331 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.59■■■□□ 2.97
SMAD4Q13485 INO80B-203ENST00000409917 796 ntTSL 2 BASIC33.44■■■□□ 2.94
SMAD4Q13485 ZNRF2P1-201ENST00000441407 443 ntBASIC33.37■■■□□ 2.93
SMAD4Q13485 AC006077.2-201ENST00000623591 457 ntBASIC33.32■■■□□ 2.92
SMAD4Q13485 GIPC1-205ENST00000586027 1386 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC33.29■■■□□ 2.92
SMAD4Q13485 AC008738.5-201ENST00000587312 482 ntTSL 3 BASIC33.21■■■□□ 2.91
SMAD4Q13485 ARTN-201ENST00000372354 1003 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.05■■■□□ 2.88
SMAD4Q13485 SATB1-AS1-216ENST00000598149 1119 ntTSL 2 BASIC33.02■■■□□ 2.88
SMAD4Q13485 HES6-203ENST00000409160 1600 ntTSL 2 BASIC32.95■■■□□ 2.86
SMAD4Q13485 PRELID2-202ENST00000394450 1102 ntTSL 1 (best) BASIC32.93■■■□□ 2.86
SMAD4Q13485 PTF1A-201ENST00000376504 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.9■■■□□ 2.86
SMAD4Q13485 AC015813.7-201ENST00000623294 581 ntBASIC32.89■■■□□ 2.86
SMAD4Q13485 PRR5-217ENST00000617066 1726 ntTSL 5 BASIC32.67■■■□□ 2.82
SMAD4Q13485 PRR5-216ENST00000611394 1843 ntTSL 2 BASIC32.59■■■□□ 2.81
SMAD4Q13485 SLC25A28-201ENST00000370495 1451 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.58■■■□□ 2.81
SMAD4Q13485 AP002365.1-201ENST00000603448 772 ntBASIC32.52■■■□□ 2.8
SMAD4Q13485 FAM89B-202ENST00000449319 1337 ntTSL 1 (best) BASIC32.36■■■□□ 2.77
SMAD4Q13485 HMGB1-205ENST00000399494 1282 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC32.35■■■□□ 2.77
SMAD4Q13485 CSNK1E-206ENST00000413574 1631 ntTSL 5 BASIC32.32■■■□□ 2.76
SMAD4Q13485 CLEC3B-201ENST00000296130 936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.29■■■□□ 2.76
SMAD4Q13485 MBD2-202ENST00000398398 1237 ntTSL 2 BASIC32.26■■■□□ 2.75
SMAD4Q13485 MBD2-205ENST00000583046 1182 ntTSL 1 (best) BASIC32.26■■■□□ 2.75
SMAD4Q13485 H2AFV-202ENST00000308153 752 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC32.23■■■□□ 2.75
SMAD4Q13485 FAM58A-202ENST00000440428 1164 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC32.22■■■□□ 2.75
SMAD4Q13485 C11orf68-202ENST00000449692 1559 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC32.18■■■□□ 2.74
SMAD4Q13485 HAGHL-201ENST00000341413 1701 ntTSL 2 BASIC32.09■■■□□ 2.73
SMAD4Q13485 ARTN-211ENST00000498139 1303 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC32.07■■■□□ 2.72
SMAD4Q13485 AC079848.1-201ENST00000511301 327 ntTSL 3 BASIC32.06■■■□□ 2.72
SMAD4Q13485 PQLC1-211ENST00000590381 1247 ntTSL 2 BASIC32.06■■■□□ 2.72
SMAD4Q13485 AL355297.4-201ENST00000603191 1249 ntTSL 3 BASIC32.06■■■□□ 2.72
SMAD4Q13485 UBE2M-201ENST00000253023 1508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.04■■■□□ 2.72
SMAD4Q13485 FGF2-203ENST00000614010 867 ntTSL 1 (best) BASIC32.01■■■□□ 2.71
SMAD4Q13485 NKAIN4-203ENST00000370316 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32■■■□□ 2.71
SMAD4Q13485 SYNGR1-202ENST00000318801 1361 ntTSL 1 (best) BASIC31.95■■■□□ 2.71
SMAD4Q13485 AC005524.1-203ENST00000586528 451 ntTSL 3 BASIC31.94■■■□□ 2.7
SMAD4Q13485 CBX4-202ENST00000448310 718 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC31.91■■■□□ 2.7
SMAD4Q13485 NT5DC2-203ENST00000459839 1639 ntTSL 1 (best) BASIC31.9■■■□□ 2.7
SMAD4Q13485 NKX1-1-201ENST00000422806 1236 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC31.9■■■□□ 2.7
SMAD4Q13485 MAP6D1-202ENST00000431348 890 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC31.86■■■□□ 2.69
SMAD4Q13485 LINC01578-201ENST00000553829 732 ntTSL 2 BASIC31.74■■■□□ 2.67
SMAD4Q13485 NRGN-201ENST00000284292 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.72■■■□□ 2.67
SMAD4Q13485 INAFM1-201ENST00000552360 1255 ntAPPRIS P1 BASIC31.69■■■□□ 2.66
SMAD4Q13485 HRH3-201ENST00000317393 1419 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.68■■■□□ 2.66
SMAD4Q13485 AP001107.7-201ENST00000533287 272 ntTSL 2 BASIC31.68■■■□□ 2.66
SMAD4Q13485 MSANTD3-203ENST00000395067 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.65■■■□□ 2.66
SMAD4Q13485 GSTZ1-201ENST00000216465 1338 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC31.59■■■□□ 2.65
SMAD4Q13485 ARTN-204ENST00000438616 889 ntTSL 1 (best) BASIC31.56■■■□□ 2.64
SMAD4Q13485 DYNLL1-207ENST00000549989 719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.56■■■□□ 2.64
SMAD4Q13485 DYNLL1-208ENST00000550178 581 ntBASIC31.56■■■□□ 2.64
SMAD4Q13485 HOXB3-208ENST00000476342 1420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.55■■■□□ 2.64
SMAD4Q13485 LINC01089-207ENST00000538335 630 ntTSL 3 BASIC31.54■■■□□ 2.64
SMAD4Q13485 CAPNS1-217ENST00000629983 799 ntTSL 5 BASIC31.52■■■□□ 2.64
SMAD4Q13485 NT5M-207ENST00000616989 1635 ntTSL 1 (best) BASIC31.5■■■□□ 2.63
SMAD4Q13485 NECTIN3-201ENST00000319792 1549 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.48■■■□□ 2.63
SMAD4Q13485 CAPNS1-206ENST00000588815 1471 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC31.46■■■□□ 2.63
SMAD4Q13485 ANAPC11-203ENST00000392376 687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.45■■■□□ 2.63
SMAD4Q13485 METRNL-201ENST00000320095 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.45■■■□□ 2.62
SMAD4Q13485 SAP30-201ENST00000296504 1108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.44■■■□□ 2.62
SMAD4Q13485 CHCHD4-202ENST00000396914 1405 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.43■■■□□ 2.62
SMAD4Q13485 AGTRAP-204ENST00000376637 1067 ntTSL 2 BASIC31.43■■■□□ 2.62
SMAD4Q13485 LINC01578-203ENST00000554669 578 ntTSL 5 BASIC31.43■■■□□ 2.62
SMAD4Q13485 AL136373.1-201ENST00000634804 1449 ntAPPRIS P1 BASIC31.36■■■□□ 2.61
SMAD4Q13485 MZT2B-202ENST00000409255 769 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC31.32■■■□□ 2.6
SMAD4Q13485 AL031258.1-201ENST00000623562 325 ntBASIC31.31■■■□□ 2.6
SMAD4Q13485 NRTN-201ENST00000303212 1109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.3■■■□□ 2.6
SMAD4Q13485 ADNP-AS1-201ENST00000558899 927 ntTSL 3 BASIC31.29■■■□□ 2.6
SMAD4Q13485 UBALD2-203ENST00000589240 660 ntTSL 2 BASIC31.27■■■□□ 2.6
SMAD4Q13485 LINC01578-204ENST00000554894 556 ntTSL 3 BASIC31.25■■■□□ 2.59
SMAD4Q13485 LINC01578-207ENST00000556895 802 ntTSL 2 BASIC31.25■■■□□ 2.59
SMAD4Q13485 MARCH2-202ENST00000381035 1192 ntTSL 5 BASIC31.24■■■□□ 2.59
SMAD4Q13485 NRGN-202ENST00000412681 1106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.24■■■□□ 2.59
SMAD4Q13485 AL133346.1-201ENST00000435287 495 ntTSL 2 BASIC31.24■■■□□ 2.59
SMAD4Q13485 LY6K-203ENST00000519387 963 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC31.24■■■□□ 2.59
SMAD4Q13485 LIMCH1-211ENST00000509638 1570 ntTSL 1 (best) BASIC31.23■■■□□ 2.59
SMAD4Q13485 LFNG-203ENST00000359574 1377 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC31.23■■■□□ 2.59
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