Protein–RNA interactions for Protein: Q13107

USP4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, humanhuman

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Length 963 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP4Q13107 FBLL1-201ENST00000338333 1519 ntAPPRIS P1 BASIC35.82■■■■□ 3.32
USP4Q13107 SSSCA1-205ENST00000527920 806 ntTSL 3 BASIC35.08■■■■□ 3.21
USP4Q13107 PPP1CA-203ENST00000376745 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.83■■■■□ 3.17
USP4Q13107 TCF15-201ENST00000246080 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.7■■■■□ 3.14
USP4Q13107 AES-202ENST00000327141 1608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.66■■■■□ 3.14
USP4Q13107 CSNK1E-204ENST00000403904 1580 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC34.57■■■■□ 3.13
USP4Q13107 HRAS-203ENST00000397596 1100 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC34.49■■■■□ 3.11
USP4Q13107 AL356512.1-201ENST00000607453 1739 ntBASIC34.41■■■■□ 3.1
USP4Q13107 ANKRD60-201ENST00000457363 1038 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC33.62■■■□□ 2.97
USP4Q13107 PHF10-201ENST00000339209 1719 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC33.57■■■□□ 2.96
USP4Q13107 OLFM1-208ENST00000392991 1057 ntTSL 2 BASIC33.52■■■□□ 2.96
USP4Q13107 HES6-203ENST00000409160 1600 ntTSL 2 BASIC33.48■■■□□ 2.95
USP4Q13107 TAF5L-202ENST00000366674 492 ntTSL 3 BASIC33.44■■■□□ 2.94
USP4Q13107 PPP2CB-204ENST00000518564 691 ntTSL 3 BASIC33.44■■■□□ 2.94
USP4Q13107 ZFYVE21-201ENST00000216602 1521 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC33.43■■■□□ 2.94
USP4Q13107 PRR5-217ENST00000617066 1726 ntTSL 5 BASIC33.19■■■□□ 2.9
USP4Q13107 MPND-201ENST00000262966 1567 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC33.17■■■□□ 2.9
USP4Q13107 CACNG8-202ENST00000638874 1278 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC33.03■■■□□ 2.88
USP4Q13107 PRR5-216ENST00000611394 1843 ntTSL 2 BASIC32.98■■■□□ 2.87
USP4Q13107 CDV3-203ENST00000431519 955 ntTSL 1 (best) BASIC32.97■■■□□ 2.87
USP4Q13107 PTF1A-201ENST00000376504 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.96■■■□□ 2.87
USP4Q13107 GIPC1-205ENST00000586027 1386 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC32.83■■■□□ 2.85
USP4Q13107 GALR3-201ENST00000249041 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.81■■■□□ 2.84
USP4Q13107 SEPT3-204ENST00000406029 1866 ntTSL 5 BASIC32.59■■■□□ 2.81
USP4Q13107 AC116565.1-201ENST00000610212 2421 ntAPPRIS P1 BASIC32.58■■■□□ 2.81
USP4Q13107 CMTM4-202ENST00000394106 1187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.54■■■□□ 2.8
USP4Q13107 CMTM4-204ENST00000563952 1023 ntTSL 1 (best) BASIC32.54■■■□□ 2.8
USP4Q13107 INO80B-201ENST00000233331 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.45■■■□□ 2.79
USP4Q13107 AL357033.3-201ENST00000620143 614 ntTSL 3 BASIC32.42■■■□□ 2.78
USP4Q13107 ALYREF-202ENST00000505490 1088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.41■■■□□ 2.78
USP4Q13107 SLC25A28-201ENST00000370495 1451 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.29■■■□□ 2.76
USP4Q13107 FAM89B-203ENST00000530349 1263 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC32.28■■■□□ 2.76
USP4Q13107 INO80B-203ENST00000409917 796 ntTSL 2 BASIC32.26■■■□□ 2.75
USP4Q13107 NECTIN3-201ENST00000319792 1549 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.99■■■□□ 2.71
USP4Q13107 NT5DC2-203ENST00000459839 1639 ntTSL 1 (best) BASIC31.97■■■□□ 2.71
USP4Q13107 CYBA-201ENST00000261623 797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.97■■■□□ 2.71
USP4Q13107 CSNK1E-206ENST00000413574 1631 ntTSL 5 BASIC31.91■■■□□ 2.7
USP4Q13107 AC008738.5-201ENST00000587312 482 ntTSL 3 BASIC31.83■■■□□ 2.69
USP4Q13107 AC015813.7-201ENST00000623294 581 ntBASIC31.83■■■□□ 2.69
USP4Q13107 CAPNS1-206ENST00000588815 1471 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC31.8■■■□□ 2.68
USP4Q13107 MAF-203ENST00000569649 1217 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC31.79■■■□□ 2.68
USP4Q13107 UBE2M-201ENST00000253023 1508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.76■■■□□ 2.68
USP4Q13107 AC006077.2-201ENST00000623591 457 ntBASIC31.75■■■□□ 2.67
USP4Q13107 SATB1-AS1-216ENST00000598149 1119 ntTSL 2 BASIC31.73■■■□□ 2.67
USP4Q13107 ZNRF2P1-201ENST00000441407 443 ntBASIC31.7■■■□□ 2.67
USP4Q13107 RAB12-201ENST00000329286 2137 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.66■■■□□ 2.66
USP4Q13107 C11orf68-202ENST00000449692 1559 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC31.65■■■□□ 2.66
USP4Q13107 NKAIN4-203ENST00000370316 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.57■■■□□ 2.64
USP4Q13107 PRELID2-202ENST00000394450 1102 ntTSL 1 (best) BASIC31.38■■■□□ 2.61
USP4Q13107 FOXD1-202ENST00000615637 2272 ntAPPRIS P1 BASIC31.34■■■□□ 2.61
USP4Q13107 HAGHL-201ENST00000341413 1701 ntTSL 2 BASIC31.33■■■□□ 2.61
USP4Q13107 FAM89B-202ENST00000449319 1337 ntTSL 1 (best) BASIC31.32■■■□□ 2.6
USP4Q13107 METRNL-201ENST00000320095 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.3■■■□□ 2.6
USP4Q13107 ARTN-201ENST00000372354 1003 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.26■■■□□ 2.59
USP4Q13107 PPP2CB-201ENST00000221138 2006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.23■■■□□ 2.59
USP4Q13107 CYHR1-209ENST00000530374 1870 ntTSL 3 BASIC31.23■■■□□ 2.59
USP4Q13107 FAM149A-205ENST00000502970 1990 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC31.16■■■□□ 2.58
USP4Q13107 NT5M-207ENST00000616989 1635 ntTSL 1 (best) BASIC31.14■■■□□ 2.58
USP4Q13107 FAM149A-215ENST00000514153 2070 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC31.13■■■□□ 2.57
USP4Q13107 CCM2-219ENST00000544363 1620 ntTSL 3 BASIC31.06■■■□□ 2.56
USP4Q13107 MPND-207ENST00000599840 1611 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC31.02■■■□□ 2.56
USP4Q13107 FBRSL1-201ENST00000434748 5568 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC31■■■□□ 2.55
USP4Q13107 HOXB3-208ENST00000476342 1420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.97■■■□□ 2.55
USP4Q13107 NT5DC2-202ENST00000422318 1795 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC30.97■■■□□ 2.55
USP4Q13107 RAN-202ENST00000392369 1530 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.96■■■□□ 2.55
USP4Q13107 AP002365.1-201ENST00000603448 772 ntBASIC30.94■■■□□ 2.54
USP4Q13107 AC079848.1-201ENST00000511301 327 ntTSL 3 BASIC30.92■■■□□ 2.54
USP4Q13107 LIMCH1-211ENST00000509638 1570 ntTSL 1 (best) BASIC30.91■■■□□ 2.54
USP4Q13107 FGF2-203ENST00000614010 867 ntTSL 1 (best) BASIC30.87■■■□□ 2.53
USP4Q13107 ZNF358-202ENST00000597229 1954 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.86■■■□□ 2.53
USP4Q13107 AC005524.1-203ENST00000586528 451 ntTSL 3 BASIC30.81■■■□□ 2.52
USP4Q13107 AL136373.1-201ENST00000634804 1449 ntAPPRIS P1 BASIC30.81■■■□□ 2.52
USP4Q13107 ACOT7-209ENST00000545482 1804 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.8■■■□□ 2.52
USP4Q13107 PWWP2B-202ENST00000631148 2013 ntTSL 5 BASIC30.8■■■□□ 2.52
USP4Q13107 SYNGR1-202ENST00000318801 1361 ntTSL 1 (best) BASIC30.79■■■□□ 2.52
USP4Q13107 CHCHD4-202ENST00000396914 1405 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.78■■■□□ 2.52
USP4Q13107 H2AFV-202ENST00000308153 752 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC30.77■■■□□ 2.52
USP4Q13107 FAM58A-202ENST00000440428 1164 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC30.77■■■□□ 2.52
USP4Q13107 CLEC3B-201ENST00000296130 936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.76■■■□□ 2.51
USP4Q13107 TGIF1-202ENST00000343820 2076 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.73■■■□□ 2.51
USP4Q13107 ECHS1-201ENST00000368547 1617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.68■■■□□ 2.5
USP4Q13107 NRGN-201ENST00000284292 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.68■■■□□ 2.5
USP4Q13107 PQLC1-211ENST00000590381 1247 ntTSL 2 BASIC30.66■■■□□ 2.5
USP4Q13107 LINC01578-201ENST00000553829 732 ntTSL 2 BASIC30.65■■■□□ 2.5
USP4Q13107 KHSRP-213ENST00000619396 2226 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC30.63■■■□□ 2.49
USP4Q13107 AGTRAP-204ENST00000376637 1067 ntTSL 2 BASIC30.62■■■□□ 2.49
USP4Q13107 MBD2-202ENST00000398398 1237 ntTSL 2 BASIC30.61■■■□□ 2.49
USP4Q13107 MBD2-205ENST00000583046 1182 ntTSL 1 (best) BASIC30.61■■■□□ 2.49
USP4Q13107 ARTN-211ENST00000498139 1303 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC30.61■■■□□ 2.49
USP4Q13107 C11orf63-202ENST00000307257 1964 ntTSL 2 BASIC30.59■■■□□ 2.49
USP4Q13107 AL355297.4-201ENST00000603191 1249 ntTSL 3 BASIC30.54■■■□□ 2.48
USP4Q13107 GSTZ1-201ENST00000216465 1338 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.51■■■□□ 2.48
USP4Q13107 NKX1-1-201ENST00000422806 1236 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.5■■■□□ 2.47
USP4Q13107 TRIP10-202ENST00000313285 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.47■■■□□ 2.47
USP4Q13107 HMGB1-205ENST00000399494 1282 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.45■■■□□ 2.47
USP4Q13107 DYNLL1-207ENST00000549989 719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.45■■■□□ 2.47
USP4Q13107 DYNLL1-208ENST00000550178 581 ntBASIC30.45■■■□□ 2.47
USP4Q13107 ANKRD65-203ENST00000454272 1506 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.45■■■□□ 2.47
USP4Q13107 AP001107.7-201ENST00000533287 272 ntTSL 2 BASIC30.44■■■□□ 2.46
USP4Q13107 DRD4-201ENST00000176183 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.42■■■□□ 2.46
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