Protein–RNA interactions for Protein: Q02388

COL7A1, Collagen alpha-1(VII) chain, humanhuman

Predictions only

Length 2,944 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL7A1Q02388 SSSCA1-205ENST00000527920 806 ntTSL 3 BASIC25.28■■□□□ 1.64
COL7A1Q02388 FBLL1-201ENST00000338333 1519 ntAPPRIS P1 BASIC25.09■■□□□ 1.61
COL7A1Q02388 HRAS-203ENST00000397596 1100 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.08■■□□□ 1.61
COL7A1Q02388 PPP1CA-203ENST00000376745 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
COL7A1Q02388 AES-202ENST00000327141 1608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
COL7A1Q02388 CACNG8-202ENST00000638874 1278 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
COL7A1Q02388 CDV3-203ENST00000431519 955 ntTSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
COL7A1Q02388 ALYREF-202ENST00000505490 1088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
COL7A1Q02388 CSNK1E-204ENST00000403904 1580 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.19■■□□□ 1.46
COL7A1Q02388 ANKRD60-201ENST00000457363 1038 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.13■■□□□ 1.45
COL7A1Q02388 PPP2CB-204ENST00000518564 691 ntTSL 3 BASIC24.11■■□□□ 1.45
COL7A1Q02388 GALR3-201ENST00000249041 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
COL7A1Q02388 TAF5L-202ENST00000366674 492 ntTSL 3 BASIC24.01■■□□□ 1.43
COL7A1Q02388 OLFM1-208ENST00000392991 1057 ntTSL 2 BASIC23.92■■□□□ 1.42
COL7A1Q02388 MAF-203ENST00000569649 1217 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.86■■□□□ 1.41
COL7A1Q02388 AL356512.1-201ENST00000607453 1739 ntBASIC23.84■■□□□ 1.41
COL7A1Q02388 TCF15-201ENST00000246080 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
COL7A1Q02388 CYBA-201ENST00000261623 797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
COL7A1Q02388 MPND-201ENST00000262966 1567 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
COL7A1Q02388 ZFYVE21-201ENST00000216602 1521 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.5■■□□□ 1.35
COL7A1Q02388 AC006077.2-201ENST00000623591 457 ntBASIC23.44■■□□□ 1.34
COL7A1Q02388 CMTM4-202ENST00000394106 1187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
COL7A1Q02388 CMTM4-204ENST00000563952 1023 ntTSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
COL7A1Q02388 FAM89B-203ENST00000530349 1263 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.34■■□□□ 1.33
COL7A1Q02388 PHF10-201ENST00000339209 1719 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
COL7A1Q02388 AL357033.3-201ENST00000620143 614 ntTSL 3 BASIC23.31■■□□□ 1.32
COL7A1Q02388 INO80B-203ENST00000409917 796 ntTSL 2 BASIC23.3■■□□□ 1.32
COL7A1Q02388 INO80B-201ENST00000233331 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
COL7A1Q02388 ZNRF2P1-201ENST00000441407 443 ntBASIC23.19■■□□□ 1.3
COL7A1Q02388 AC008738.5-201ENST00000587312 482 ntTSL 3 BASIC23.08■■□□□ 1.29
COL7A1Q02388 ARTN-201ENST00000372354 1003 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
COL7A1Q02388 GIPC1-205ENST00000586027 1386 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.05■■□□□ 1.28
COL7A1Q02388 SATB1-AS1-216ENST00000598149 1119 ntTSL 2 BASIC22.95■■□□□ 1.26
COL7A1Q02388 AC015813.7-201ENST00000623294 581 ntBASIC22.83■■□□□ 1.24
COL7A1Q02388 PRELID2-202ENST00000394450 1102 ntTSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
COL7A1Q02388 HMGB1-205ENST00000399494 1282 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
COL7A1Q02388 AP002365.1-201ENST00000603448 772 ntBASIC22.7■■□□□ 1.22
COL7A1Q02388 HES6-203ENST00000409160 1600 ntTSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
COL7A1Q02388 PTF1A-201ENST00000376504 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
COL7A1Q02388 FAM58A-202ENST00000440428 1164 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.63■■□□□ 1.21
COL7A1Q02388 ARTN-211ENST00000498139 1303 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
COL7A1Q02388 PRR5-217ENST00000617066 1726 ntTSL 5 BASIC22.59■■□□□ 1.21
COL7A1Q02388 H2AFV-202ENST00000308153 752 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
COL7A1Q02388 CSNK1E-206ENST00000413574 1631 ntTSL 5 BASIC22.53■■□□□ 1.2
COL7A1Q02388 MBD2-202ENST00000398398 1237 ntTSL 2 BASIC22.53■■□□□ 1.2
COL7A1Q02388 MBD2-205ENST00000583046 1182 ntTSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
COL7A1Q02388 FAM89B-202ENST00000449319 1337 ntTSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
COL7A1Q02388 PRR5-216ENST00000611394 1843 ntTSL 2 BASIC22.46■■□□□ 1.19
COL7A1Q02388 AL355297.4-201ENST00000603191 1249 ntTSL 3 BASIC22.43■■□□□ 1.18
COL7A1Q02388 SLC25A28-201ENST00000370495 1451 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
COL7A1Q02388 AC005524.1-203ENST00000586528 451 ntTSL 3 BASIC22.4■■□□□ 1.18
COL7A1Q02388 INAFM1-201ENST00000552360 1255 ntAPPRIS P1 BASIC22.39■■□□□ 1.18
COL7A1Q02388 CBX4-202ENST00000448310 718 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.38■■□□□ 1.17
COL7A1Q02388 CLEC3B-201ENST00000296130 936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
COL7A1Q02388 C11orf68-202ENST00000449692 1559 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
COL7A1Q02388 AC079848.1-201ENST00000511301 327 ntTSL 3 BASIC22.31■■□□□ 1.16
COL7A1Q02388 HAGHL-201ENST00000341413 1701 ntTSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
COL7A1Q02388 ARTN-204ENST00000438616 889 ntTSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
COL7A1Q02388 NRGN-201ENST00000284292 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
COL7A1Q02388 MAP6D1-202ENST00000431348 890 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
COL7A1Q02388 SYNGR1-202ENST00000318801 1361 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
COL7A1Q02388 NKX1-1-201ENST00000422806 1236 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
COL7A1Q02388 LINC01578-201ENST00000553829 732 ntTSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
COL7A1Q02388 FGF2-203ENST00000614010 867 ntTSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
COL7A1Q02388 MSANTD3-203ENST00000395067 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
COL7A1Q02388 PQLC1-211ENST00000590381 1247 ntTSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
COL7A1Q02388 HRH3-201ENST00000317393 1419 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
COL7A1Q02388 UBE2M-201ENST00000253023 1508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
COL7A1Q02388 UBALD2-203ENST00000589240 660 ntTSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
COL7A1Q02388 MARCH2-202ENST00000381035 1192 ntTSL 5 BASIC22.01■■□□□ 1.11
COL7A1Q02388 GSTZ1-201ENST00000216465 1338 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
COL7A1Q02388 NT5DC2-203ENST00000459839 1639 ntTSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
COL7A1Q02388 ANAPC11-203ENST00000392376 687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
COL7A1Q02388 METRNL-201ENST00000320095 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
COL7A1Q02388 HOXB3-211ENST00000490677 1109 ntTSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
COL7A1Q02388 MACROD1-201ENST00000255681 1205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
COL7A1Q02388 AP001107.7-201ENST00000533287 272 ntTSL 2 BASIC21.94■■□□□ 1.1
COL7A1Q02388 CDK2AP1-203ENST00000535979 1281 ntTSL 3 BASIC21.94■■□□□ 1.1
COL7A1Q02388 MZT2B-202ENST00000409255 769 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.94■■□□□ 1.1
COL7A1Q02388 PARD6A-202ENST00000458121 1260 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
COL7A1Q02388 ADNP-AS1-201ENST00000558899 927 ntTSL 3 BASIC21.93■■□□□ 1.1
COL7A1Q02388 CAPNS1-217ENST00000629983 799 ntTSL 5 BASIC21.92■■□□□ 1.1
COL7A1Q02388 DYNLL1-207ENST00000549989 719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
COL7A1Q02388 DYNLL1-208ENST00000550178 581 ntBASIC21.92■■□□□ 1.1
COL7A1Q02388 LINC01578-203ENST00000554669 578 ntTSL 5 BASIC21.9■■□□□ 1.1
COL7A1Q02388 SAP30-201ENST00000296504 1108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
COL7A1Q02388 NRGN-202ENST00000412681 1106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
COL7A1Q02388 LINC01089-207ENST00000538335 630 ntTSL 3 BASIC21.83■■□□□ 1.09
COL7A1Q02388 AL133346.1-201ENST00000435287 495 ntTSL 2 BASIC21.8■■□□□ 1.08
COL7A1Q02388 RARRES2P7-201ENST00000567349 469 ntBASIC21.8■■□□□ 1.08
COL7A1Q02388 LIMCH1-211ENST00000509638 1570 ntTSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
COL7A1Q02388 CACNG6-202ENST00000346968 645 ntTSL 5 BASIC21.78■■□□□ 1.08
COL7A1Q02388 PDCD2-215ENST00000614056 1287 ntTSL 2 BASIC21.78■■□□□ 1.08
COL7A1Q02388 HOXB3-208ENST00000476342 1420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
COL7A1Q02388 LY6K-203ENST00000519387 963 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.77■■□□□ 1.08
COL7A1Q02388 LFNG-203ENST00000359574 1377 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
COL7A1Q02388 RAN-202ENST00000392369 1530 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
COL7A1Q02388 NKAIN4-203ENST00000370316 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
COL7A1Q02388 LINC01578-204ENST00000554894 556 ntTSL 3 BASIC21.71■■□□□ 1.07
COL7A1Q02388 LINC01578-207ENST00000556895 802 ntTSL 2 BASIC21.71■■□□□ 1.07
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.6 ms