Protein–RNA interactions for Protein: P31274

HOXC9, Homeobox protein Hox-C9, humanhuman

Predictions only

Length 260 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXC9P31274 FBLL1-201ENST00000338333 1519 ntAPPRIS P1 BASIC46.62■■■■■ 5.05
HOXC9P31274 SSSCA1-205ENST00000527920 806 ntTSL 3 BASIC45.77■■■■■ 4.92
HOXC9P31274 PPP1CA-203ENST00000376745 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC45.36■■■■■ 4.85
HOXC9P31274 HRAS-203ENST00000397596 1100 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC45.07■■■■■ 4.81
HOXC9P31274 AES-202ENST00000327141 1608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC45.07■■■■■ 4.81
HOXC9P31274 TCF15-201ENST00000246080 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC44.95■■■■■ 4.79
HOXC9P31274 CSNK1E-204ENST00000403904 1580 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC44.93■■■■■ 4.78
HOXC9P31274 AL356512.1-201ENST00000607453 1739 ntBASIC44.67■■■■■ 4.74
HOXC9P31274 ANKRD60-201ENST00000457363 1038 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC43.88■■■■■ 4.62
HOXC9P31274 OLFM1-208ENST00000392991 1057 ntTSL 2 BASIC43.69■■■■■ 4.58
HOXC9P31274 PPP2CB-204ENST00000518564 691 ntTSL 3 BASIC43.62■■■■■ 4.57
HOXC9P31274 TAF5L-202ENST00000366674 492 ntTSL 3 BASIC43.59■■■■■ 4.57
HOXC9P31274 PHF10-201ENST00000339209 1719 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC43.57■■■■■ 4.57
HOXC9P31274 ZFYVE21-201ENST00000216602 1521 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC43.44■■■■■ 4.54
HOXC9P31274 HES6-203ENST00000409160 1600 ntTSL 2 BASIC43.29■■■■■ 4.52
HOXC9P31274 CACNG8-202ENST00000638874 1278 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC43.24■■■■■ 4.51
HOXC9P31274 MPND-201ENST00000262966 1567 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC43.21■■■■■ 4.51
HOXC9P31274 CDV3-203ENST00000431519 955 ntTSL 1 (best) BASIC43.17■■■■■ 4.5
HOXC9P31274 PRR5-217ENST00000617066 1726 ntTSL 5 BASIC43■■■■■ 4.47
HOXC9P31274 GALR3-201ENST00000249041 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.91■■■■■ 4.46
HOXC9P31274 PTF1A-201ENST00000376504 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.76■■■■■ 4.44
HOXC9P31274 GIPC1-205ENST00000586027 1386 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC42.73■■■■■ 4.43
HOXC9P31274 PRR5-216ENST00000611394 1843 ntTSL 2 BASIC42.69■■■■■ 4.43
HOXC9P31274 ALYREF-202ENST00000505490 1088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.53■■■■■ 4.4
HOXC9P31274 CMTM4-202ENST00000394106 1187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.47■■■■■ 4.39
HOXC9P31274 CMTM4-204ENST00000563952 1023 ntTSL 1 (best) BASIC42.47■■■■■ 4.39
HOXC9P31274 AL357033.3-201ENST00000620143 614 ntTSL 3 BASIC42.33■■■■■ 4.37
HOXC9P31274 INO80B-201ENST00000233331 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.32■■■■■ 4.37
HOXC9P31274 INO80B-203ENST00000409917 796 ntTSL 2 BASIC42.2■■■■■ 4.35
HOXC9P31274 FAM89B-203ENST00000530349 1263 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC42.12■■■■■ 4.33
HOXC9P31274 SLC25A28-201ENST00000370495 1451 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.92■■■■■ 4.3
HOXC9P31274 CYBA-201ENST00000261623 797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.89■■■■■ 4.3
HOXC9P31274 MAF-203ENST00000569649 1217 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC41.73■■■■■ 4.27
HOXC9P31274 SEPT3-204ENST00000406029 1866 ntTSL 5 BASIC41.62■■■■■ 4.25
HOXC9P31274 AC015813.7-201ENST00000623294 581 ntBASIC41.58■■■■■ 4.25
HOXC9P31274 AC008738.5-201ENST00000587312 482 ntTSL 3 BASIC41.57■■■■■ 4.25
HOXC9P31274 CSNK1E-206ENST00000413574 1631 ntTSL 5 BASIC41.54■■■■■ 4.24
HOXC9P31274 AC006077.2-201ENST00000623591 457 ntBASIC41.53■■■■■ 4.24
HOXC9P31274 NT5DC2-203ENST00000459839 1639 ntTSL 1 (best) BASIC41.52■■■■■ 4.24
HOXC9P31274 ZNRF2P1-201ENST00000441407 443 ntBASIC41.48■■■■■ 4.23
HOXC9P31274 SATB1-AS1-216ENST00000598149 1119 ntTSL 2 BASIC41.38■■■■■ 4.21
HOXC9P31274 NECTIN3-201ENST00000319792 1549 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC41.38■■■■■ 4.21
HOXC9P31274 UBE2M-201ENST00000253023 1508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.27■■■■■ 4.2
HOXC9P31274 C11orf68-202ENST00000449692 1559 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC41.2■■■■■ 4.19
HOXC9P31274 CAPNS1-206ENST00000588815 1471 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC41.12■■■■■ 4.17
HOXC9P31274 ARTN-201ENST00000372354 1003 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC41.03■■■■■ 4.16
HOXC9P31274 PRELID2-202ENST00000394450 1102 ntTSL 1 (best) BASIC41.01■■■■■ 4.16
HOXC9P31274 NKAIN4-203ENST00000370316 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41■■■■■ 4.15
HOXC9P31274 FAM89B-202ENST00000449319 1337 ntTSL 1 (best) BASIC40.9■■■■■ 4.14
HOXC9P31274 HAGHL-201ENST00000341413 1701 ntTSL 2 BASIC40.82■■■■■ 4.13
HOXC9P31274 METRNL-201ENST00000320095 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.56■■■■■ 4.08
HOXC9P31274 AP002365.1-201ENST00000603448 772 ntBASIC40.47■■■■■ 4.07
HOXC9P31274 NT5M-207ENST00000616989 1635 ntTSL 1 (best) BASIC40.46■■■■■ 4.07
HOXC9P31274 AC079848.1-201ENST00000511301 327 ntTSL 3 BASIC40.39■■■■■ 4.06
HOXC9P31274 FAM149A-215ENST00000514153 2070 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC40.36■■■■■ 4.05
HOXC9P31274 CYHR1-209ENST00000530374 1870 ntTSL 3 BASIC40.36■■■■■ 4.05
HOXC9P31274 FGF2-203ENST00000614010 867 ntTSL 1 (best) BASIC40.32■■■■■ 4.05
HOXC9P31274 FAM58A-202ENST00000440428 1164 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC40.29■■■■■ 4.04
HOXC9P31274 H2AFV-202ENST00000308153 752 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC40.28■■■■■ 4.04
HOXC9P31274 HOXB3-208ENST00000476342 1420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.25■■■■■ 4.03
HOXC9P31274 AC005524.1-203ENST00000586528 451 ntTSL 3 BASIC40.24■■■■■ 4.03
HOXC9P31274 RAN-202ENST00000392369 1530 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.23■■■■■ 4.03
HOXC9P31274 FAM149A-205ENST00000502970 1990 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC40.23■■■■■ 4.03
HOXC9P31274 CLEC3B-201ENST00000296130 936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.22■■■■■ 4.03
HOXC9P31274 CCM2-219ENST00000544363 1620 ntTSL 3 BASIC40.21■■■■■ 4.03
HOXC9P31274 NT5DC2-202ENST00000422318 1795 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC40.15■■■■■ 4.02
HOXC9P31274 SYNGR1-202ENST00000318801 1361 ntTSL 1 (best) BASIC40.14■■■■■ 4.02
HOXC9P31274 LIMCH1-211ENST00000509638 1570 ntTSL 1 (best) BASIC40.13■■■■■ 4.01
HOXC9P31274 PQLC1-211ENST00000590381 1247 ntTSL 2 BASIC40.12■■■■■ 4.01
HOXC9P31274 MBD2-202ENST00000398398 1237 ntTSL 2 BASIC40.09■■■■■ 4.01
HOXC9P31274 MBD2-205ENST00000583046 1182 ntTSL 1 (best) BASIC40.09■■■■■ 4.01
HOXC9P31274 ARTN-211ENST00000498139 1303 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC40.09■■■■■ 4.01
HOXC9P31274 MPND-207ENST00000599840 1611 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC40.08■■■■■ 4.01
HOXC9P31274 CHCHD4-202ENST00000396914 1405 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.05■■■■■ 4
HOXC9P31274 AL136373.1-201ENST00000634804 1449 ntAPPRIS P1 BASIC40.05■■■■■ 4
HOXC9P31274 PWWP2B-202ENST00000631148 2013 ntTSL 5 BASIC40.03■■■■■ 4
HOXC9P31274 NRGN-201ENST00000284292 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.02■■■■■ 4
HOXC9P31274 LINC01578-201ENST00000553829 732 ntTSL 2 BASIC40.02■■■■■ 4
HOXC9P31274 HMGB1-205ENST00000399494 1282 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC39.98■■■■□ 3.99
HOXC9P31274 AL355297.4-201ENST00000603191 1249 ntTSL 3 BASIC39.94■■■■□ 3.98
HOXC9P31274 AGTRAP-204ENST00000376637 1067 ntTSL 2 BASIC39.89■■■■□ 3.98
HOXC9P31274 ECHS1-201ENST00000368547 1617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.84■■■■□ 3.97
HOXC9P31274 NKX1-1-201ENST00000422806 1236 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC39.84■■■■□ 3.97
HOXC9P31274 ZNF358-202ENST00000597229 1954 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC39.83■■■■□ 3.97
HOXC9P31274 MAP6D1-202ENST00000431348 890 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC39.79■■■■□ 3.96
HOXC9P31274 GSTZ1-201ENST00000216465 1338 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC39.78■■■■□ 3.96
HOXC9P31274 DYNLL1-207ENST00000549989 719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.78■■■■□ 3.96
HOXC9P31274 DYNLL1-208ENST00000550178 581 ntBASIC39.78■■■■□ 3.96
HOXC9P31274 AP001107.7-201ENST00000533287 272 ntTSL 2 BASIC39.75■■■■□ 3.95
HOXC9P31274 LINC01578-203ENST00000554669 578 ntTSL 5 BASIC39.71■■■■□ 3.95
HOXC9P31274 MSANTD3-203ENST00000395067 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.68■■■■□ 3.94
HOXC9P31274 HRH3-201ENST00000317393 1419 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC39.65■■■■□ 3.94
HOXC9P31274 ANKRD65-203ENST00000454272 1506 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC39.64■■■■□ 3.94
HOXC9P31274 CBX4-202ENST00000448310 718 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC39.63■■■■□ 3.93
HOXC9P31274 SAP30-201ENST00000296504 1108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.59■■■■□ 3.93
HOXC9P31274 DRD4-201ENST00000176183 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.51■■■■□ 3.92
HOXC9P31274 AL031258.1-201ENST00000623562 325 ntBASIC39.51■■■■□ 3.92
HOXC9P31274 PLPP2-203ENST00000434325 1383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.5■■■■□ 3.91
HOXC9P31274 C11orf68-201ENST00000438576 1619 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC39.43■■■■□ 3.9
HOXC9P31274 ANAPC11-203ENST00000392376 687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.43■■■■□ 3.9
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 13.9 ms