Protein–RNA interactions for Protein: P31249

HOXD3, Homeobox protein Hox-D3, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 432 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD3P31249 FBLL1-201ENST00000338333 1519 ntAPPRIS P1 BASIC26.32■■□□□ 1.8
HOXD3P31249 TCF15-201ENST00000246080 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
HOXD3P31249 SSSCA1-205ENST00000527920 806 ntTSL 3 BASIC25.68■■□□□ 1.7
HOXD3P31249 CSNK1E-204ENST00000403904 1580 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.56■■□□□ 1.68
HOXD3P31249 AL356512.1-201ENST00000607453 1739 ntBASIC25.54■■□□□ 1.68
HOXD3P31249 PPP1CA-203ENST00000376745 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
HOXD3P31249 AES-202ENST00000327141 1608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
HOXD3P31249 HRAS-203ENST00000397596 1100 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.32■■□□□ 1.64
HOXD3P31249 HES6-203ENST00000409160 1600 ntTSL 2 BASIC25.06■■□□□ 1.6
HOXD3P31249 PHF10-201ENST00000339209 1719 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
HOXD3P31249 PRR5-217ENST00000617066 1726 ntTSL 5 BASIC24.82■■□□□ 1.56
HOXD3P31249 ANKRD60-201ENST00000457363 1038 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.67■■□□□ 1.54
HOXD3P31249 PRR5-216ENST00000611394 1843 ntTSL 2 BASIC24.67■■□□□ 1.54
HOXD3P31249 ZFYVE21-201ENST00000216602 1521 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.63■■□□□ 1.53
HOXD3P31249 PPP2CB-204ENST00000518564 691 ntTSL 3 BASIC24.58■■□□□ 1.53
HOXD3P31249 SEPT3-204ENST00000406029 1866 ntTSL 5 BASIC24.53■■□□□ 1.52
HOXD3P31249 TAF5L-202ENST00000366674 492 ntTSL 3 BASIC24.45■■□□□ 1.5
HOXD3P31249 OLFM1-208ENST00000392991 1057 ntTSL 2 BASIC24.45■■□□□ 1.5
HOXD3P31249 CACNG8-202ENST00000638874 1278 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
HOXD3P31249 PTF1A-201ENST00000376504 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
HOXD3P31249 CDV3-203ENST00000431519 955 ntTSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
HOXD3P31249 MPND-201ENST00000262966 1567 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
HOXD3P31249 GIPC1-205ENST00000586027 1386 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.11■■□□□ 1.45
HOXD3P31249 GALR3-201ENST00000249041 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
HOXD3P31249 CMTM4-202ENST00000394106 1187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
HOXD3P31249 CMTM4-204ENST00000563952 1023 ntTSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
HOXD3P31249 ALYREF-202ENST00000505490 1088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
HOXD3P31249 NECTIN3-201ENST00000319792 1549 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
HOXD3P31249 AL357033.3-201ENST00000620143 614 ntTSL 3 BASIC23.87■■□□□ 1.41
HOXD3P31249 SLC25A28-201ENST00000370495 1451 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
HOXD3P31249 FAM89B-203ENST00000530349 1263 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.82■■□□□ 1.4
HOXD3P31249 INO80B-201ENST00000233331 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
HOXD3P31249 FBRSL1-201ENST00000434748 5568 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
HOXD3P31249 CAPNS1-206ENST00000588815 1471 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
HOXD3P31249 NT5DC2-203ENST00000459839 1639 ntTSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
HOXD3P31249 INO80B-203ENST00000409917 796 ntTSL 2 BASIC23.71■■□□□ 1.39
HOXD3P31249 CYBA-201ENST00000261623 797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
HOXD3P31249 FAM149A-205ENST00000502970 1990 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.6■■□□□ 1.37
HOXD3P31249 MAF-203ENST00000569649 1217 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.53■■□□□ 1.36
HOXD3P31249 CYHR1-209ENST00000530374 1870 ntTSL 3 BASIC23.53■■□□□ 1.36
HOXD3P31249 CSNK1E-206ENST00000413574 1631 ntTSL 5 BASIC23.5■■□□□ 1.35
HOXD3P31249 UBE2M-201ENST00000253023 1508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
HOXD3P31249 AC008738.5-201ENST00000587312 482 ntTSL 3 BASIC23.41■■□□□ 1.34
HOXD3P31249 AC116565.1-201ENST00000610212 2421 ntAPPRIS P1 BASIC23.4■■□□□ 1.34
HOXD3P31249 ZNF358-202ENST00000597229 1954 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.39■■□□□ 1.33
HOXD3P31249 ZNRF2P1-201ENST00000441407 443 ntBASIC23.35■■□□□ 1.33
HOXD3P31249 AC006077.2-201ENST00000623591 457 ntBASIC23.35■■□□□ 1.33
HOXD3P31249 FAM149A-215ENST00000514153 2070 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.34■■□□□ 1.33
HOXD3P31249 METRNL-201ENST00000320095 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
HOXD3P31249 SATB1-AS1-216ENST00000598149 1119 ntTSL 2 BASIC23.33■■□□□ 1.33
HOXD3P31249 NKAIN4-203ENST00000370316 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
HOXD3P31249 MPND-207ENST00000599840 1611 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.3■■□□□ 1.32
HOXD3P31249 AC015813.7-201ENST00000623294 581 ntBASIC23.29■■□□□ 1.32
HOXD3P31249 C11orf68-202ENST00000449692 1559 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
HOXD3P31249 CCM2-219ENST00000544363 1620 ntTSL 3 BASIC23.24■■□□□ 1.31
HOXD3P31249 ARTN-201ENST00000372354 1003 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
HOXD3P31249 PRELID2-202ENST00000394450 1102 ntTSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
HOXD3P31249 NT5DC2-202ENST00000422318 1795 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.05■■□□□ 1.28
HOXD3P31249 TRIP10-202ENST00000313285 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
HOXD3P31249 RAB12-201ENST00000329286 2137 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
HOXD3P31249 FAM89B-202ENST00000449319 1337 ntTSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
HOXD3P31249 NT5M-207ENST00000616989 1635 ntTSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
HOXD3P31249 PWWP2B-202ENST00000631148 2013 ntTSL 5 BASIC22.96■■□□□ 1.27
HOXD3P31249 HAGHL-201ENST00000341413 1701 ntTSL 2 BASIC22.94■■□□□ 1.26
HOXD3P31249 RAN-202ENST00000392369 1530 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
HOXD3P31249 AP002365.1-201ENST00000603448 772 ntBASIC22.8■■□□□ 1.24
HOXD3P31249 LIMCH1-211ENST00000509638 1570 ntTSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
HOXD3P31249 ILK-212ENST00000532063 1617 ntTSL 2 BASIC22.75■■□□□ 1.23
HOXD3P31249 HOXB3-208ENST00000476342 1420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
HOXD3P31249 AL136373.1-201ENST00000634804 1449 ntAPPRIS P1 BASIC22.74■■□□□ 1.23
HOXD3P31249 ECHS1-201ENST00000368547 1617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
HOXD3P31249 MBD2-202ENST00000398398 1237 ntTSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
HOXD3P31249 MBD2-205ENST00000583046 1182 ntTSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
HOXD3P31249 CLEC3B-201ENST00000296130 936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
HOXD3P31249 FAM58A-202ENST00000440428 1164 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.65■■□□□ 1.22
HOXD3P31249 H2AFV-202ENST00000308153 752 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
HOXD3P31249 AC079848.1-201ENST00000511301 327 ntTSL 3 BASIC22.64■■□□□ 1.21
HOXD3P31249 FGF2-203ENST00000614010 867 ntTSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
HOXD3P31249 CHCHD4-202ENST00000396914 1405 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
HOXD3P31249 SYNGR1-202ENST00000318801 1361 ntTSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
HOXD3P31249 PPP2CB-201ENST00000221138 2006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
HOXD3P31249 PQLC1-211ENST00000590381 1247 ntTSL 2 BASIC22.62■■□□□ 1.21
HOXD3P31249 HAPLN2-201ENST00000255039 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
HOXD3P31249 C11orf84-201ENST00000294244 2024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
HOXD3P31249 HMGB1-205ENST00000399494 1282 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.57■■□□□ 1.2
HOXD3P31249 ARTN-211ENST00000498139 1303 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
HOXD3P31249 ACOT7-209ENST00000545482 1804 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
HOXD3P31249 AL355297.4-201ENST00000603191 1249 ntTSL 3 BASIC22.54■■□□□ 1.2
HOXD3P31249 TGIF1-202ENST00000343820 2076 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
HOXD3P31249 AC005524.1-203ENST00000586528 451 ntTSL 3 BASIC22.52■■□□□ 1.2
HOXD3P31249 FEZF2-203ENST00000486811 2001 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.51■■□□□ 1.19
HOXD3P31249 NKX1-1-201ENST00000422806 1236 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.48■■□□□ 1.19
HOXD3P31249 LMO2-202ENST00000395833 1687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
HOXD3P31249 LINC01578-201ENST00000553829 732 ntTSL 2 BASIC22.45■■□□□ 1.18
HOXD3P31249 NRGN-201ENST00000284292 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
HOXD3P31249 MAP6D1-202ENST00000431348 890 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.44■■□□□ 1.18
HOXD3P31249 DRD4-201ENST00000176183 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
HOXD3P31249 Z97634.1-201ENST00000412293 1715 ntTSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
HOXD3P31249 AP001107.7-201ENST00000533287 272 ntTSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
HOXD3P31249 CBX4-202ENST00000448310 718 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.4■■□□□ 1.18
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 13.4 ms