Protein–RNA interactions for Protein: Q9UBP4

DKK3, Dickkopf-related protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 350 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
DKK3Q9UBP4 LINC01896-206ENST00000575722 1256 ntTSL 2 BASIC25.6■■□□□ 1.69
DKK3Q9UBP4 NGB-201ENST00000298352 1884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
DKK3Q9UBP4 DCDC2C-201ENST00000399143 1476 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.6■■□□□ 1.69
DKK3Q9UBP4 ZFAND2B-208ENST00000409594 2021 ntTSL 2 BASIC25.59■■□□□ 1.69
DKK3Q9UBP4 U2AF1-203ENST00000398137 1019 ntTSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
DKK3Q9UBP4 UBA52-204ENST00000595158 743 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.59■■□□□ 1.69
DKK3Q9UBP4 U2AF1L5-212ENST00000639996 1019 ntTSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
DKK3Q9UBP4 TAZ-201ENST00000369776 1596 ntTSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
DKK3Q9UBP4 KCNF1-201ENST00000295082 2289 ntAPPRIS P1 BASIC25.58■■□□□ 1.69
DKK3Q9UBP4 TNFRSF25-205ENST00000377782 1632 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
DKK3Q9UBP4 ABCB10P3-201ENST00000561950 2166 ntBASIC25.57■■□□□ 1.68
DKK3Q9UBP4 NREP-216ENST00000508870 540 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC25.57■■□□□ 1.68
DKK3Q9UBP4 GRPEL2-204ENST00000513661 546 ntTSL 2 BASIC25.57■■□□□ 1.68
DKK3Q9UBP4 AC009041.3-201ENST00000564390 879 ntTSL 5 BASIC25.57■■□□□ 1.68
DKK3Q9UBP4 RPS20-211ENST00000524349 752 ntTSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
DKK3Q9UBP4 R3HDM4-208ENST00000626716 138 ntTSL 5 BASIC25.56■■□□□ 1.68
DKK3Q9UBP4 AC073111.5-206ENST00000642087 859 ntAPPRIS P1 BASIC25.56■■□□□ 1.68
DKK3Q9UBP4 CUEDC1-201ENST00000360238 2193 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.56■■□□□ 1.68
DKK3Q9UBP4 RNF130-205ENST00000521389 2263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
DKK3Q9UBP4 SSBP3-202ENST00000357475 1533 ntTSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
DKK3Q9UBP4 U2AF1-201ENST00000291552 962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
DKK3Q9UBP4 VEGFA-202ENST00000324450 954 ntTSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
DKK3Q9UBP4 VEGFA-203ENST00000372055 1286 ntTSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
DKK3Q9UBP4 VEGFA-213ENST00000482630 1146 ntTSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
DKK3Q9UBP4 VEGFA-227ENST00000615393 984 ntTSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
DKK3Q9UBP4 VEGFA-228ENST00000617771 1116 ntTSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
DKK3Q9UBP4 U2AF1L5-202ENST00000619610 813 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
DKK3Q9UBP4 VEGFA-229ENST00000621747 1116 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
DKK3Q9UBP4 VEGFA-230ENST00000640482 1065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
DKK3Q9UBP4 VEGFA-232ENST00000640653 1170 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
DKK3Q9UBP4 BCL3-201ENST00000164227 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
DKK3Q9UBP4 MTCH1-202ENST00000373627 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
DKK3Q9UBP4 WDSUB1-205ENST00000409990 1920 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.53■■□□□ 1.68
DKK3Q9UBP4 GSR-206ENST00000546342 1482 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
DKK3Q9UBP4 CHST14-202ENST00000559991 1968 ntTSL 5 BASIC25.53■■□□□ 1.68
DKK3Q9UBP4 SLC35A1-203ENST00000369557 1653 ntTSL 2 BASIC25.52■■□□□ 1.68
DKK3Q9UBP4 HMCES-202ENST00000389735 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
DKK3Q9UBP4 RCC1L-202ENST00000614461 2419 ntTSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
DKK3Q9UBP4 NRBF2-202ENST00000435510 1816 ntTSL 2 BASIC25.52■■□□□ 1.68
DKK3Q9UBP4 SPATA5L1-208ENST00000638607 1863 ntTSL 2 BASIC25.52■■□□□ 1.68
DKK3Q9UBP4 FAM149A-201ENST00000227065 2708 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
DKK3Q9UBP4 LAGE3-201ENST00000357360 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
DKK3Q9UBP4 AC016595.1-201ENST00000559410 383 ntTSL 3 BASIC25.51■■□□□ 1.67
DKK3Q9UBP4 C16orf74-204ENST00000602719 1002 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC25.51■■□□□ 1.67
DKK3Q9UBP4 AC148477.6-201ENST00000623746 465 ntBASIC25.51■■□□□ 1.67
DKK3Q9UBP4 SLC30A10-202ENST00000366926 1915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
DKK3Q9UBP4 CRNDE-206ENST00000559432 587 ntTSL 3 BASIC25.5■■□□□ 1.67
DKK3Q9UBP4 AC139426.1-201ENST00000568218 2529 ntBASIC25.5■■□□□ 1.67
DKK3Q9UBP4 CHST11-203ENST00000547956 936 ntTSL 2 BASIC25.49■■□□□ 1.67
DKK3Q9UBP4 DERA-201ENST00000428559 1705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
DKK3Q9UBP4 KIAA2013-202ENST00000376576 2539 ntTSL 2 BASIC25.48■■□□□ 1.67
DKK3Q9UBP4 BCAP31-201ENST00000345046 1589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
DKK3Q9UBP4 ANKS1B-203ENST00000341752 2115 ntTSL 2 BASIC25.48■■□□□ 1.67
DKK3Q9UBP4 SNX15-202ENST00000377244 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
DKK3Q9UBP4 BOK-AS1-201ENST00000434306 643 ntTSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
DKK3Q9UBP4 SRP68-213ENST00000629930 165 ntTSL 5 BASIC25.48■■□□□ 1.67
DKK3Q9UBP4 RTN2-201ENST00000245923 2293 ntTSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
DKK3Q9UBP4 SNX24-201ENST00000261369 2158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
DKK3Q9UBP4 C9orf50-201ENST00000372478 1620 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC25.47■■□□□ 1.67
DKK3Q9UBP4 TNFSF12-201ENST00000293825 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
DKK3Q9UBP4 RUNX2-211ENST00000625924 1458 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
DKK3Q9UBP4 RALY-201ENST00000246194 1789 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
DKK3Q9UBP4 COL13A1-214ENST00000522165 2061 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.46■■□□□ 1.67
DKK3Q9UBP4 CCND3-203ENST00000372991 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
DKK3Q9UBP4 PLEKHF2-202ENST00000519516 1144 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.45■■□□□ 1.66
DKK3Q9UBP4 COPZ2-210ENST00000621465 895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
DKK3Q9UBP4 LACTBL1-202ENST00000618559 1500 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.45■■□□□ 1.66
DKK3Q9UBP4 AP002414.2-202ENST00000590929 1450 ntBASIC25.45■■□□□ 1.66
DKK3Q9UBP4 CCNYL1-203ENST00000392209 1952 ntTSL 2 BASIC25.44■■□□□ 1.66
DKK3Q9UBP4 GPR25-201ENST00000304244 1224 ntAPPRIS P1 BASIC25.44■■□□□ 1.66
DKK3Q9UBP4 MATK-201ENST00000310132 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
DKK3Q9UBP4 BAX-202ENST00000345358 793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
DKK3Q9UBP4 FAM168B-201ENST00000389915 944 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.44■■□□□ 1.66
DKK3Q9UBP4 CCZ1B-215ENST00000626257 2211 ntTSL 2 BASIC25.44■■□□□ 1.66
DKK3Q9UBP4 HDGF-210ENST00000537739 2073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
DKK3Q9UBP4 PDF-201ENST00000288022 1158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
DKK3Q9UBP4 DCUN1D5-201ENST00000260247 1337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
DKK3Q9UBP4 BCL7B-202ENST00000411832 1458 ntTSL 2 BASIC25.42■■□□□ 1.66
DKK3Q9UBP4 TPRA1-209ENST00000489960 1903 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.42■■□□□ 1.66
DKK3Q9UBP4 LSM7-201ENST00000252622 529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
DKK3Q9UBP4 RTN4R-201ENST00000043402 2157 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
DKK3Q9UBP4 AC078883.1-202ENST00000450443 1397 ntTSL 3 BASIC25.42■■□□□ 1.66
DKK3Q9UBP4 LSM6-202ENST00000502781 1352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
DKK3Q9UBP4 G6PC3-201ENST00000269097 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
DKK3Q9UBP4 MRPL51-201ENST00000229238 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
DKK3Q9UBP4 ESRRA-201ENST00000000442 2215 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
DKK3Q9UBP4 MIR219A2-201ENST00000608502 1504 ntBASIC25.41■■□□□ 1.66
DKK3Q9UBP4 LINC01918-201ENST00000436841 797 ntTSL 2 BASIC25.4■■□□□ 1.66
DKK3Q9UBP4 EIF5A-208ENST00000573542 1089 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.4■■□□□ 1.66
DKK3Q9UBP4 SPATA33-209ENST00000579310 1490 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.4■■□□□ 1.66
DKK3Q9UBP4 LZTS2-201ENST00000370220 5741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
DKK3Q9UBP4 IL17D-201ENST00000304920 1861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
DKK3Q9UBP4 GNAS-207ENST00000354359 1975 ntTSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
DKK3Q9UBP4 GNAS-210ENST00000371085 1972 ntTSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
DKK3Q9UBP4 TBCC-201ENST00000372876 1616 ntAPPRIS P1 BASIC25.39■■□□□ 1.66
DKK3Q9UBP4 NSMCE4A-201ENST00000369017 1224 ntTSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
DKK3Q9UBP4 TPT1-202ENST00000379055 948 ntTSL 2 BASIC25.39■■□□□ 1.66
DKK3Q9UBP4 MAF-201ENST00000326043 2646 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.65
DKK3Q9UBP4 CLK2-201ENST00000355560 2120 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.39■■□□□ 1.65
DKK3Q9UBP4 GSX1-201ENST00000302945 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.65
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 108.5 ms