Protein–RNA interactions for Protein: Q9BY43

CHMP4A, Charged multivesicular body protein 4a, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP4AQ9BY43 FEZ1-201ENST00000278919 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.63■■■□□ 2.81
CHMP4AQ9BY43 VEGFA-202ENST00000324450 954 ntTSL 1 (best) BASIC32.63■■■□□ 2.81
CHMP4AQ9BY43 VEGFA-203ENST00000372055 1286 ntTSL 1 (best) BASIC32.63■■■□□ 2.81
CHMP4AQ9BY43 VEGFA-213ENST00000482630 1146 ntTSL 1 (best) BASIC32.63■■■□□ 2.81
CHMP4AQ9BY43 C16orf74-204ENST00000602719 1002 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC32.63■■■□□ 2.81
CHMP4AQ9BY43 VEGFA-227ENST00000615393 984 ntTSL 1 (best) BASIC32.63■■■□□ 2.81
CHMP4AQ9BY43 VEGFA-228ENST00000617771 1116 ntTSL 1 (best) BASIC32.63■■■□□ 2.81
CHMP4AQ9BY43 VEGFA-229ENST00000621747 1116 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.63■■■□□ 2.81
CHMP4AQ9BY43 VEGFA-230ENST00000640482 1065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.63■■■□□ 2.81
CHMP4AQ9BY43 VEGFA-232ENST00000640653 1170 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.63■■■□□ 2.81
CHMP4AQ9BY43 BCAP31-201ENST00000345046 1589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.62■■■□□ 2.81
CHMP4AQ9BY43 LRRC10B-201ENST00000378075 2219 ntAPPRIS P1 BASIC32.62■■■□□ 2.81
CHMP4AQ9BY43 U2AF1-203ENST00000398137 1019 ntTSL 1 (best) BASIC32.62■■■□□ 2.81
CHMP4AQ9BY43 AC148477.6-201ENST00000623746 465 ntBASIC32.62■■■□□ 2.81
CHMP4AQ9BY43 U2AF1L5-212ENST00000639996 1019 ntTSL 1 (best) BASIC32.62■■■□□ 2.81
CHMP4AQ9BY43 HMCES-202ENST00000389735 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.6■■■□□ 2.81
CHMP4AQ9BY43 LAGE3-201ENST00000357360 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.59■■■□□ 2.81
CHMP4AQ9BY43 CRNDE-206ENST00000559432 587 ntTSL 3 BASIC32.59■■■□□ 2.81
CHMP4AQ9BY43 SIRT3-201ENST00000382743 2543 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC32.59■■■□□ 2.81
CHMP4AQ9BY43 NRBF2-202ENST00000435510 1816 ntTSL 2 BASIC32.58■■■□□ 2.81
CHMP4AQ9BY43 CAPNS1-201ENST00000246533 1918 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC32.58■■■□□ 2.81
CHMP4AQ9BY43 GPR25-201ENST00000304244 1224 ntAPPRIS P1 BASIC32.58■■■□□ 2.81
CHMP4AQ9BY43 NSMCE4A-201ENST00000369017 1224 ntTSL 1 (best) BASIC32.57■■■□□ 2.8
CHMP4AQ9BY43 LDLRAD4-218ENST00000592991 1640 ntTSL 1 (best) BASIC32.56■■■□□ 2.8
CHMP4AQ9BY43 NREP-216ENST00000508870 540 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC32.56■■■□□ 2.8
CHMP4AQ9BY43 CHST11-203ENST00000547956 936 ntTSL 2 BASIC32.56■■■□□ 2.8
CHMP4AQ9BY43 AC016595.1-201ENST00000559410 383 ntTSL 3 BASIC32.56■■■□□ 2.8
CHMP4AQ9BY43 AC009041.3-201ENST00000564390 879 ntTSL 5 BASIC32.56■■■□□ 2.8
CHMP4AQ9BY43 TNFSF12-201ENST00000293825 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.56■■■□□ 2.8
CHMP4AQ9BY43 FGFRL1-205ENST00000510644 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.56■■■□□ 2.8
CHMP4AQ9BY43 ABCB10P3-201ENST00000561950 2166 ntBASIC32.55■■■□□ 2.8
CHMP4AQ9BY43 DERA-201ENST00000428559 1705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.55■■■□□ 2.8
CHMP4AQ9BY43 PI4KAP2-202ENST00000450651 2294 ntTSL 5 BASIC32.55■■■□□ 2.8
CHMP4AQ9BY43 BAX-202ENST00000345358 793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.55■■■□□ 2.8
CHMP4AQ9BY43 FAM168B-201ENST00000389915 944 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC32.55■■■□□ 2.8
CHMP4AQ9BY43 MTCH1-202ENST00000373627 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.55■■■□□ 2.8
CHMP4AQ9BY43 RPS20-211ENST00000524349 752 ntTSL 1 (best) BASIC32.54■■■□□ 2.8
CHMP4AQ9BY43 FOXA2-202ENST00000419308 2422 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.53■■■□□ 2.8
CHMP4AQ9BY43 DCUN1D5-201ENST00000260247 1337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.53■■■□□ 2.8
CHMP4AQ9BY43 CBX4-201ENST00000269397 2664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC32.53■■■□□ 2.8
CHMP4AQ9BY43 COPZ2-210ENST00000621465 895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.53■■■□□ 2.8
CHMP4AQ9BY43 DNPEP-201ENST00000273075 2425 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC32.53■■■□□ 2.8
CHMP4AQ9BY43 SLC30A10-202ENST00000366926 1915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.52■■■□□ 2.8
CHMP4AQ9BY43 AP000911.3-201ENST00000526377 1130 ntTSL 3 BASIC32.52■■■□□ 2.8
CHMP4AQ9BY43 GRPEL2-204ENST00000513661 546 ntTSL 2 BASIC32.51■■■□□ 2.79
CHMP4AQ9BY43 ZFAND2B-208ENST00000409594 2021 ntTSL 2 BASIC32.51■■■□□ 2.79
CHMP4AQ9BY43 SSBP3-202ENST00000357475 1533 ntTSL 1 (best) BASIC32.51■■■□□ 2.79
CHMP4AQ9BY43 CUEDC1-201ENST00000360238 2193 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC32.51■■■□□ 2.79
CHMP4AQ9BY43 AP002414.2-202ENST00000590929 1450 ntBASIC32.5■■■□□ 2.79
CHMP4AQ9BY43 SRP68-213ENST00000629930 165 ntTSL 5 BASIC32.5■■■□□ 2.79
CHMP4AQ9BY43 CHST14-202ENST00000559991 1968 ntTSL 5 BASIC32.49■■■□□ 2.79
CHMP4AQ9BY43 U2AF1-201ENST00000291552 962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC32.49■■■□□ 2.79
CHMP4AQ9BY43 BOK-AS1-201ENST00000434306 643 ntTSL 1 (best) BASIC32.49■■■□□ 2.79
CHMP4AQ9BY43 U2AF1L5-202ENST00000619610 813 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.49■■■□□ 2.79
CHMP4AQ9BY43 BCL3-201ENST00000164227 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.48■■■□□ 2.79
CHMP4AQ9BY43 SPATA5L1-208ENST00000638607 1863 ntTSL 2 BASIC32.48■■■□□ 2.79
CHMP4AQ9BY43 PLEKHF2-202ENST00000519516 1144 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC32.47■■■□□ 2.79
CHMP4AQ9BY43 WDSUB1-205ENST00000409990 1920 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC32.47■■■□□ 2.79
CHMP4AQ9BY43 C9orf50-201ENST00000372478 1620 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC32.47■■■□□ 2.79
CHMP4AQ9BY43 TBCC-201ENST00000372876 1616 ntAPPRIS P1 BASIC32.47■■■□□ 2.79
CHMP4AQ9BY43 LACTBL1-202ENST00000618559 1500 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC32.46■■■□□ 2.79
CHMP4AQ9BY43 LSM7-201ENST00000252622 529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.46■■■□□ 2.79
CHMP4AQ9BY43 PDF-201ENST00000288022 1158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.46■■■□□ 2.79
CHMP4AQ9BY43 TPT1-202ENST00000379055 948 ntTSL 2 BASIC32.46■■■□□ 2.79
CHMP4AQ9BY43 AC078883.1-202ENST00000450443 1397 ntTSL 3 BASIC32.45■■■□□ 2.79
CHMP4AQ9BY43 LSM6-202ENST00000502781 1352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.45■■■□□ 2.79
CHMP4AQ9BY43 GSX1-201ENST00000302945 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.45■■■□□ 2.79
CHMP4AQ9BY43 RPARP-AS1-205ENST00000596045 431 ntTSL 3 BASIC32.44■■■□□ 2.78
CHMP4AQ9BY43 RNF130-205ENST00000521389 2263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.43■■■□□ 2.78
CHMP4AQ9BY43 TAF10-201ENST00000299424 1215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.43■■■□□ 2.78
CHMP4AQ9BY43 SNX15-202ENST00000377244 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.43■■■□□ 2.78
CHMP4AQ9BY43 RUNX2-211ENST00000625924 1458 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.42■■■□□ 2.78
CHMP4AQ9BY43 MIR219A2-201ENST00000608502 1504 ntBASIC32.42■■■□□ 2.78
CHMP4AQ9BY43 KCNF1-201ENST00000295082 2289 ntAPPRIS P1 BASIC32.42■■■□□ 2.78
CHMP4AQ9BY43 BCL7B-202ENST00000411832 1458 ntTSL 2 BASIC32.42■■■□□ 2.78
CHMP4AQ9BY43 MRPL51-201ENST00000229238 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.41■■■□□ 2.78
CHMP4AQ9BY43 IL17D-201ENST00000304920 1861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.41■■■□□ 2.78
CHMP4AQ9BY43 COL13A1-214ENST00000522165 2061 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC32.4■■■□□ 2.78
CHMP4AQ9BY43 PIGX-201ENST00000296333 953 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC32.4■■■□□ 2.78
CHMP4AQ9BY43 EIF5A-208ENST00000573542 1089 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC32.4■■■□□ 2.78
CHMP4AQ9BY43 RALY-201ENST00000246194 1789 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC32.4■■■□□ 2.78
CHMP4AQ9BY43 TPRA1-209ENST00000489960 1903 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC32.39■■■□□ 2.78
CHMP4AQ9BY43 ABHD17AP3-201ENST00000503096 1137 ntBASIC32.39■■■□□ 2.78
CHMP4AQ9BY43 EPB41L4A-AS2-201ENST00000623705 1396 ntBASIC32.39■■■□□ 2.78
CHMP4AQ9BY43 BMP8A-201ENST00000331593 1692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.39■■■□□ 2.78
CHMP4AQ9BY43 ANKS1B-203ENST00000341752 2115 ntTSL 2 BASIC32.39■■■□□ 2.78
CHMP4AQ9BY43 PROC-203ENST00000409048 1586 ntTSL 5 BASIC32.38■■■□□ 2.77
CHMP4AQ9BY43 GAL3ST3-203ENST00000527878 1599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.38■■■□□ 2.77
CHMP4AQ9BY43 G6PC3-201ENST00000269097 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.38■■■□□ 2.77
CHMP4AQ9BY43 SPATA33-209ENST00000579310 1490 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC32.38■■■□□ 2.77
CHMP4AQ9BY43 GSR-205ENST00000541648 1410 ntTSL 1 (best) BASIC32.38■■■□□ 2.77
CHMP4AQ9BY43 HSD17B12-202ENST00000395700 994 ntTSL 1 (best) BASIC32.38■■■□□ 2.77
CHMP4AQ9BY43 KCTD15-206ENST00000588881 1211 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC32.38■■■□□ 2.77
CHMP4AQ9BY43 RTN2-201ENST00000245923 2293 ntTSL 1 (best) BASIC32.38■■■□□ 2.77
CHMP4AQ9BY43 CRELD2-203ENST00000404488 1577 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.36■■■□□ 2.77
CHMP4AQ9BY43 CDC34-201ENST00000215574 1471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.35■■■□□ 2.77
CHMP4AQ9BY43 AQP1-203ENST00000409899 1009 ntTSL 1 (best) BASIC32.35■■■□□ 2.77
CHMP4AQ9BY43 UBALD1-203ENST00000587649 707 ntTSL 3 BASIC32.35■■■□□ 2.77
CHMP4AQ9BY43 SYT12-205ENST00000527043 1661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.34■■■□□ 2.77
CHMP4AQ9BY43 CCNYL1-203ENST00000392209 1952 ntTSL 2 BASIC32.34■■■□□ 2.77
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 259.9 ms