Protein–RNA interactions for Protein: Q01955

COL4A3, Collagen alpha-3(IV) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,670 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A3Q01955 AC148477.6-201ENST00000623746 465 ntBASIC26.37■■□□□ 1.81
COL4A3Q01955 LACTBL1-202ENST00000618559 1500 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.37■■□□□ 1.81
COL4A3Q01955 OVOL2-201ENST00000278780 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.36■■□□□ 1.81
COL4A3Q01955 YBX2-201ENST00000007699 1590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.36■■□□□ 1.81
COL4A3Q01955 LINC01770-201ENST00000417917 634 ntTSL 2 BASIC26.35■■□□□ 1.81
COL4A3Q01955 ANGPTL6-201ENST00000253109 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.35■■□□□ 1.81
COL4A3Q01955 AL590677.1-201ENST00000438431 380 ntTSL 5 BASIC26.34■■□□□ 1.81
COL4A3Q01955 PEX7-203ENST00000541292 945 ntTSL 5 BASIC26.34■■□□□ 1.81
COL4A3Q01955 ZNF787-203ENST00000610935 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.81
COL4A3Q01955 MZT2B-201ENST00000281871 933 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.81
COL4A3Q01955 MZT2A-201ENST00000309451 624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.81
COL4A3Q01955 HES4-202ENST00000428771 1040 ntTSL 2 BASIC26.34■■□□□ 1.81
COL4A3Q01955 NKX2-1-204ENST00000522719 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.81
COL4A3Q01955 HOMER3-202ENST00000392351 1557 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.81
COL4A3Q01955 INPP4A-203ENST00000409463 1565 ntTSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.81
COL4A3Q01955 IRX1-201ENST00000302006 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.81
COL4A3Q01955 TSPAN3-203ENST00000424443 1530 ntTSL 2 BASIC26.33■■□□□ 1.81
COL4A3Q01955 GXYLT1-201ENST00000280876 1937 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.33■■□□□ 1.81
COL4A3Q01955 RASL10A-202ENST00000401450 1720 ntTSL 2 BASIC26.33■■□□□ 1.81
COL4A3Q01955 MARCH11-201ENST00000332432 1741 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.32■■□□□ 1.8
COL4A3Q01955 ENDOG-201ENST00000372642 1172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
COL4A3Q01955 C20orf24-203ENST00000373852 1059 ntTSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
COL4A3Q01955 TBX2-AS1-202ENST00000589814 539 ntTSL 3 BASIC26.31■■□□□ 1.8
COL4A3Q01955 HNRNPAB-202ENST00000358344 1796 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
COL4A3Q01955 CCDC37-AS1-202ENST00000506660 986 ntTSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
COL4A3Q01955 NPC2-207ENST00000555619 1035 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
COL4A3Q01955 POU3F1-201ENST00000373012 2184 ntAPPRIS P1 BASIC26.3■■□□□ 1.8
COL4A3Q01955 SOD3-201ENST00000382120 1526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
COL4A3Q01955 AC110285.7-201ENST00000624417 1536 ntBASIC26.3■■□□□ 1.8
COL4A3Q01955 GAL3ST1-205ENST00000406361 1819 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.3■■□□□ 1.8
COL4A3Q01955 RUNX2-205ENST00000465038 1770 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC26.3■■□□□ 1.8
COL4A3Q01955 AC092296.2-201ENST00000589470 999 ntBASIC26.3■■□□□ 1.8
COL4A3Q01955 SLC16A11-201ENST00000308009 1803 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
COL4A3Q01955 EID2-201ENST00000390658 1629 ntAPPRIS P1 BASIC26.3■■□□□ 1.8
COL4A3Q01955 SHC2-201ENST00000264554 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
COL4A3Q01955 QDPR-208ENST00000513615 1188 ntTSL 2 BASIC26.29■■□□□ 1.8
COL4A3Q01955 TFEB-204ENST00000373033 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
COL4A3Q01955 MMP28-203ENST00000612672 1092 ntTSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
COL4A3Q01955 MORF4L1-203ENST00000426013 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
COL4A3Q01955 BCL7C-201ENST00000215115 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
COL4A3Q01955 TAZ-201ENST00000369776 1596 ntTSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
COL4A3Q01955 MAZ-205ENST00000562337 1574 ntTSL 3 BASIC26.26■■□□□ 1.79
COL4A3Q01955 AC004987.1-201ENST00000428627 508 ntBASIC26.26■■□□□ 1.79
COL4A3Q01955 CDC34-201ENST00000215574 1471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
COL4A3Q01955 DCDC2C-201ENST00000399143 1476 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.26■■□□□ 1.79
COL4A3Q01955 ATPAF1-202ENST00000371937 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
COL4A3Q01955 RARRES2P1-201ENST00000474487 481 ntBASIC26.25■■□□□ 1.79
COL4A3Q01955 RPS2-210ENST00000530225 765 ntTSL 2 BASIC26.25■■□□□ 1.79
COL4A3Q01955 RAB4B-203ENST00000594800 1173 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.25■■□□□ 1.79
COL4A3Q01955 MIR219A2-201ENST00000608502 1504 ntBASIC26.25■■□□□ 1.79
COL4A3Q01955 LDB1-202ENST00000425280 2089 ntTSL 5 BASIC26.25■■□□□ 1.79
COL4A3Q01955 SLC52A2-201ENST00000329994 1896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
COL4A3Q01955 SSBP3-202ENST00000357475 1533 ntTSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
COL4A3Q01955 ZNF470-206ENST00000601902 1640 ntTSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
COL4A3Q01955 MRPL23-202ENST00000381519 643 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.24■■□□□ 1.79
COL4A3Q01955 MRPL23-205ENST00000397298 736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
COL4A3Q01955 RASSF8-202ENST00000381352 2320 ntTSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
COL4A3Q01955 GNG10-201ENST00000374293 1491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.23■■□□□ 1.79
COL4A3Q01955 MKRN1-202ENST00000443720 1601 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.23■■□□□ 1.79
COL4A3Q01955 AQP1-203ENST00000409899 1009 ntTSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
COL4A3Q01955 ZMYND19-201ENST00000298585 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.21■■□□□ 1.79
COL4A3Q01955 TSPY13P-201ENST00000338964 914 ntBASIC26.21■■□□□ 1.79
COL4A3Q01955 MAP4K3-211ENST00000484274 407 ntTSL 2 BASIC26.21■■□□□ 1.79
COL4A3Q01955 SPATA33-209ENST00000579310 1490 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.21■■□□□ 1.79
COL4A3Q01955 ITPKA-201ENST00000260386 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.78
COL4A3Q01955 C14orf80-203ENST00000354560 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.78
COL4A3Q01955 EPB41L4A-AS2-201ENST00000623705 1396 ntBASIC26.2■■□□□ 1.78
COL4A3Q01955 ILDR2-208ENST00000529387 1238 ntTSL 5 BASIC26.2■■□□□ 1.78
COL4A3Q01955 FCGRT-217ENST00000599988 660 ntTSL 5 BASIC26.2■■□□□ 1.78
COL4A3Q01955 MOB2-207ENST00000614710 705 ntTSL 5 BASIC26.2■■□□□ 1.78
COL4A3Q01955 C20orf24-201ENST00000342422 896 ntTSL 2 BASIC26.19■■□□□ 1.78
COL4A3Q01955 C20orf24-202ENST00000344795 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
COL4A3Q01955 PSMG4-207ENST00000451246 824 ntTSL 3 BASIC26.19■■□□□ 1.78
COL4A3Q01955 KMT2E-AS1-201ENST00000453677 736 ntTSL 3 BASIC26.19■■□□□ 1.78
COL4A3Q01955 SLC16A8-201ENST00000320521 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
COL4A3Q01955 PRELID2-207ENST00000511435 1894 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC26.19■■□□□ 1.78
COL4A3Q01955 TM6SF1-202ENST00000322019 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
COL4A3Q01955 TMEM158-201ENST00000503771 1813 ntAPPRIS P1 BASIC26.19■■□□□ 1.78
COL4A3Q01955 AL157400.5-201ENST00000507624 621 ntBASIC26.19■■□□□ 1.78
COL4A3Q01955 MED25-210ENST00000612854 801 ntTSL 5 BASIC26.19■■□□□ 1.78
COL4A3Q01955 MED25-213ENST00000620467 1293 ntTSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
COL4A3Q01955 MED25-214ENST00000622402 642 ntTSL 5 BASIC26.19■■□□□ 1.78
COL4A3Q01955 ATP5G2P3-201ENST00000429083 425 ntBASIC26.18■■□□□ 1.78
COL4A3Q01955 SEC11C-204ENST00000587834 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.18■■□□□ 1.78
COL4A3Q01955 MBOAT7-202ENST00000338624 2076 ntTSL 2 BASIC26.16■■□□□ 1.78
COL4A3Q01955 GUK1-208ENST00000366728 842 ntTSL 2 BASIC26.16■■□□□ 1.78
COL4A3Q01955 DSG2-202ENST00000585206 1081 ntTSL 2 BASIC26.16■■□□□ 1.78
COL4A3Q01955 ST7-208ENST00000393451 2110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
COL4A3Q01955 ST7-AS1-201ENST00000456775 1889 ntBASIC26.16■■□□□ 1.78
COL4A3Q01955 LSM6-202ENST00000502781 1352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
COL4A3Q01955 MCCD1-201ENST00000376191 955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
COL4A3Q01955 AC107214.1-201ENST00000457303 559 ntTSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
COL4A3Q01955 SLC9A3-AS1-207ENST00000607286 1357 ntTSL 5 BASIC26.15■■□□□ 1.78
COL4A3Q01955 SLC35D2-201ENST00000253270 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
COL4A3Q01955 AC027237.3-202ENST00000558617 1778 ntTSL 2 BASIC26.15■■□□□ 1.78
COL4A3Q01955 MEST-211ENST00000437945 1455 ntTSL 5 BASIC26.14■■□□□ 1.78
COL4A3Q01955 FEZ1-201ENST00000278919 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.78
COL4A3Q01955 IZUMO4-202ENST00000395301 1021 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
COL4A3Q01955 CMPK2-203ENST00000458098 1224 ntTSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
COL4A3Q01955 EFNA1-202ENST00000368407 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.5 ms